单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5121 - 5140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5121 | 2025-10-06 |
Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies
2025-Jun-17, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c01496
PMID:40547707
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法，揭示了免疫原性细胞死亡在膀胱癌中的作用，并识别出关键基因SLC2A3作为预后标志和治疗靶点 | 首次构建基于免疫原性细胞死亡的风险特征，并通过101种组合机器学习算法识别出关键基因SLC2A3在癌症相关成纤维细胞中的高表达 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 探索免疫原性细胞死亡在膀胱癌中的作用机制，开发预后标志物和个性化治疗策略 | 膀胱癌患者样本和正常对照样本 | 机器学习 | 膀胱癌 | 多组学分析，单细胞测序 | 组合机器学习算法，单机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5122 | 2025-10-06 |
Liver metastasis or peritoneal metastasis: single-cell RNA sequencing reveals the organotropism in colorectal cancer is driven by distinct partial-EMT processes
2025-Jun-17, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217880
PMID:40553883
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌肝转移和腹膜转移中不同的部分上皮间质转化状态驱动器官趋向性 | 首次在单细胞水平比较结直肠癌肝转移和腹膜转移的肿瘤细胞部分上皮间质转化状态差异 | 未明确验证这些差异如何具体导致器官特异性转移 | 探索结直肠癌转移器官趋向性的分子机制 | 结直肠癌肝转移和腹膜转移患者的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5123 | 2025-10-06 |
Application of single-cell sequencing in the study of immune cell infiltration in inflammatory bowel disease and colorectal cancer
2025-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i6.107382
PMID:40547160
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在炎症性肠病与结直肠癌免疫细胞浸润研究中的应用 | 利用单细胞测序技术揭示肠道微环境中免疫细胞的浸润模式及其在疾病进展中的作用 | NA | 探讨炎症性肠病与结直肠癌之间的相互关系及免疫细胞浸润特征 | 炎症性肠病和结直肠癌中的免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5124 | 2025-10-06 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
|
研究论文 | 开发了一种高灵敏度和可扩展的时间分辨单细胞RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读段比对率、降低了背景突变并增强了文库复杂性 | NA | 解析单细胞分辨率下新合成RNA与预存在RNA池的基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | scNT-seq2 | 时间分辨单细胞RNA测序技术，优化了第二链cDNA合成步骤 |
| 5125 | 2025-10-06 |
Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01507-x
PMID:39826027
|
研究论文 | 研究基质刚度对多柔比星诱导的人肺成纤维细胞衰老相关分泌表型和转录组特征的影响 | 首次揭示机械张力通过调节基质刚度影响细胞衰老标志物和分泌表型，并识别出高刚度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征 | 研究主要基于体外细胞培养模型，体内验证相对有限 | 探究物理机械刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响机制 | 人原代肺成纤维细胞(IMR-90) | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 质谱分析, 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 计算元分析 | 蛋白质组数据, 转录组数据 | 三种不同刚度基质培养的细胞(生理性2 kPa, 纤维化50 kPa, 塑料约3 GPa) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
| 5126 | 2025-10-06 |
A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01556-2
PMID:39934558
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示了小鼠卵巢衰老过程中的细胞类型特异性分子特征 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术系统描绘了小鼠卵巢衰老的单细胞多组学景观，揭示了不同细胞类型在衰老过程中的特异性转录变化及其顺式/反式调控元件 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究卵巢衰老的分子机制及其与雌性生育能力下降的关系 | 年轻和年老小鼠的卵巢组织 | 单细胞组学 | 生殖系统衰老 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 5127 | 2025-10-06 |
SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01568-y
PMID:39998731
|
研究论文 | 开发并验证了一个人类皮肤特异性衰老基因集SenSkin™ | 创建了首个专门针对人类皮肤的衰老基因集，解决了现有通用衰老基因集在皮肤组织中敏感性和特异性不足的问题 | 研究主要基于文献回顾和现有数据集验证，缺乏实验验证 | 开发组织特异性衰老基因集以提高皮肤衰老细胞检测的准确性 | 人类皮肤组织及皮肤细胞类型 | 生物信息学 | 皮肤衰老 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个RNA-seq数据集（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5128 | 2025-10-06 |
Recent Neuropathology Concepts
2025-Jun, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251320056
PMID:40079493
|
综述 | 介绍2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学新概念的专题会议内容 | 聚焦人工智能在毒理病理学中的应用、新型组织可视化分析技术以及特定病例报告 | 仅涵盖会议报告内容，未涉及原始研究数据 | 探讨新兴技术对药物筛选和开发的当前及潜在影响 | 毒理病理学家、神经病理学技术、临床前物种 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学 | NA | 组织图像、转录组数据、病例报告 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5129 | 2025-10-06 |
Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System
2025-Jun, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251325204
PMID:40119776
|
综述 | 本微型综述探讨空间转录组学在中枢神经系统研究中的应用与影响 | 系统评述空间转录组学如何通过提供空间分辨的基因表达数据革新对中枢神经系统的理解 | 面临数据解读和分辨率限制等挑战 | 探索空间转录组学对中枢神经系统研究的影响 | 中枢神经系统及神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症、肌萎缩侧索硬化症） | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5130 | 2025-10-06 |
Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01623-8
PMID:40156736
|
研究论文 | 通过全基因组分析识别前列腺癌的体细胞遗传驱动因素 | 整合多组学数据和多种分析方法，首次系统识别150个与前列腺癌因果相关的基因，其中MSMB基因在所有四种分析中均表现一致 | 仅基于现有数据库进行分析，缺乏实验验证；部分基因在前列腺癌中的功能机制尚不明确 | 探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素 | 前列腺癌相关基因 | 基因组学 | 前列腺癌 | eQTL分析、孟德尔随机化、蛋白质相互作用分析、单细胞RNA-seq、共定位分析 | NA | 基因组数据、表达数据、临床数据 | UK Biobank: 9131病例和173493对照；PRACTICAL研究: 79148病例和61106对照；FinnGen队列: 13216病例和119948对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
| 5131 | 2025-10-06 |
Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems
2025-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00804-x
PMID:40346196
|
研究论文 | 提出一种双层级方程识别框架，用于从观测数据中发现和验证非线性物理系统的控制方程 | 利用强化学习的策略梯度算法实现双层级优化，同时进行方程发现和验证 | NA | 从观测数据中识别非线性物理系统的控制方程 | 非线性物理系统，包括湍流、三体系统以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程 | 机器学习 | NA | 强化学习，策略梯度算法 | 双层级优化框架 | 观测数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5132 | 2025-10-06 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
|
研究论文 | 开发了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，能够识别细胞类型特异性生态位和生态位特异性细胞通讯事件 | 首次提出使用可解释的多视图图神经网络通过细胞通讯感知注意力机制，在单细胞/点位水平推断细胞间通讯，考虑生态位异质性 | 未明确说明方法在非空间转录组数据上的适用性，验证主要基于有限的组织类型 | 开发能够考虑生态位异质性的细胞间通讯推断方法 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 空间转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5133 | 2025-10-06 |
Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169
PMID:40505018
|
研究论文 | 提出一种名为WISpR的机器学习算法，用于空间转录组学数据中细胞类型的稀疏反卷积 | 引入权重诱导稀疏回归算法，整合位点特异性超参数和稀疏驱动建模，在非匹配数据集中仍能保持生物学一致性 | 未明确说明算法计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 开发能够准确预测空间转录组学中细胞类型分布的新方法 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 权重诱导稀疏回归(WISpR) | 空间转录组学数据，单细胞参考数据 | 十个数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5134 | 2025-10-06 |
Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways
2025-Jun, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252
PMID:40547113
|
研究论文 | 通过整合空间多组学和单细胞转录组学技术，揭示了糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调的分子机制 | 首次建立了糖尿病肾病的空间分辨代谢图谱，将分子分区与肾脏组织解剖定位联系起来，识别了GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明糖尿病肾病中空间代谢异质性及其在疾病进展中的作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和人类患者样本 | 空间多组学 | 糖尿病肾病 | 空间多组学, 单细胞转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间多组学数据, 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠模型和人类DN患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 5135 | 2025-10-06 |
Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics
2025-May-06, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.039195
PMID:40314374
|
研究论文 | 本研究通过整合人类蛋白质组学和遗传学分析，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点 | 首次将CALB2鉴定为腹主动脉瘤的因果风险因子，并通过多组学分析揭示其在脂肪组织间皮细胞中的特异性表达 | 研究主要基于遗传学证据和小鼠模型，需要在人类临床试验中进一步验证 | 识别腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点 | 人类遗传数据、小鼠腹主动脉瘤模型 | 生物医学 | 腹主动脉瘤 | 蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、多组学数据分析、bulk RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 遗传数据、蛋白质组数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5136 | 2025-10-06 |
Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models
2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70038
PMID:40444294
|
研究论文 | 通过小鼠伤口模型中伤口液的单细胞RNA测序揭示难愈合伤口的候选生物标志物 | 首次使用伤口液细胞进行单细胞RNA测序分析，识别不同延迟愈合伤口模型中的共同生物标志物 | 样本收集困难，研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证 | 探索不依赖单一病理学的因素，填补当前伤口管理空白 | 小鼠伤口模型中的伤口液细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种代表性延迟伤口模型（老年、糖尿病和脂多糖诱导炎症模型）与正常年轻小鼠的比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5137 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling
2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635571
PMID:39975088
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染早期阶段的特异性转录模式、免疫反应和形态改变信号 | 首次在人类化小鼠模型中利用空间转录组学技术系统分析HIV与结核分枝杆菌共感染的早期免疫反应和组织形态变化 | 研究仅观察感染后三周的早期阶段，缺乏长期动态变化数据；人类化小鼠模型可能与真实人类感染存在差异 | 理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期在受影响器官中的表型和功能性免疫细胞浸润变化 | 人类化小鼠模型的肺组织样本 | 空间转录组学 | 结核病 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | 人类化小鼠感染模型（HIV单感染、结核分枝杆菌单感染、共感染三组） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5138 | 2025-10-06 |
A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18
PMID:40553287
|
研究论文 | 本文提供了一个用于胶质母细胞瘤单核RNA测序表征的工具包 | 开发了针对临床GBM样本和患者来源细胞系的高质量单核制备优化流程 | NA | 建立胶质母细胞瘤单核RNA测序的标准化实验流程 | 胶质母细胞瘤临床标本和患者来源细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 5139 | 2025-10-06 |
A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6629479
PMID:40547199
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的功能异质性，并开发了一个三基因预后标志物 | 首次在胃癌中系统解析CD8+ T细胞的功能亚群异质性，并鉴定出具有预后和治疗潜力的三基因标志物(SELL/CD79B/RAMP2) | 样本量相对有限(23例胃癌组织)，需要在更大队列中进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞的功能异质性及其对临床预后的影响 | 胃癌组织和相关的CD8+ T细胞亚群 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 伪时间轨迹分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 无监督聚类, 伪时间分析, PPI网络分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 23例胃癌组织(scRNA-seq) + TCGA-STAD队列(批量转录组) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5140 | 2025-10-06 |
Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1554845
PMID:40548122
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据识别胶质瘤相关巨噬细胞的预后基因，构建预后模型并筛选出组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他作为潜在治疗药物 | 首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析识别胶质瘤相关巨噬细胞特异性预后基因，并通过药物筛选验证伏立诺他的治疗潜力 | 研究基于生物信息学分析和体外共培养模型，需要进一步体内实验验证 | 探索胶质瘤相关巨噬细胞在胶质瘤进展中的分子机制并寻找潜在免疫治疗策略 | 胶质瘤相关巨噬细胞和胶质瘤微环境 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析, Cox回归分析, LASSO回归分析 | 预后模型, 共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |