单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 5141 - 5160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5141 | 2024-12-24 |
scEGOT: single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport
2024-Dec-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05988-z
PMID:39710672
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scEGOT的单细胞轨迹推断框架，基于熵高斯混合最优传输理论，用于推断细胞分化轨迹 | scEGOT框架具有高解释性和低计算成本，能够应用于单细胞RNA-seq数据并扩展到其他单细胞数据类型如scATAC-seq | NA | 研究细胞分化机制并推断细胞分化轨迹 | 人类原始生殖细胞样细胞（PGCLC）诱导系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生成模型 | 单细胞数据 | NA |
| 5142 | 2024-12-24 |
Elevation of ANXA1 associated with potential protective mechanism against ferroptosis and immune cell infiltration in age-related macular degeneration
2024-Dec-23, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-024-02163-1
PMID:39710756
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用 | 本研究首次揭示了ANXA1在AMD中通过抑制铁死亡和调节免疫细胞浸润发挥潜在保护作用 | 本研究主要基于数据集分析和细胞模型验证，未来需要进一步在临床样本中验证ANXA1的作用 | 探讨铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在AMD中的作用机制 | 年龄相关性黄斑变性（AMD）患者及正常对照的基因表达和免疫细胞浸润情况 | 数字病理学 | 老年性疾病 | RT-qPCR, 免疫荧光, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自Gene Expression Omnibus的数据集, 细胞模型和小鼠模型 |
| 5143 | 2024-12-24 |
A novel human pluripotent stem cell gene activation system identifies IGFBP2 as a mediator in the production of haematopoietic progenitors in vitro
2024-Dec-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.94884
PMID:39714446
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研究论文 | 开发了一种新的可诱导CRISPR介导的激活策略（iCRISPRa），用于驱动多个人类多能干细胞中内源性转录因子的表达，以促进体外造血祖细胞的分化 | 首次使用iCRISPRa系统激活内源性转录因子，并发现IGFBP2在造血祖细胞发育中的关键作用 | 研究主要集中在体外实验，尚未验证该系统在体内环境中的有效性 | 探索从诱导多能干细胞（iPSCs）中生成功能性细胞的方法，并研究造血祖细胞分化的机制 | 人类多能干细胞（iPSCs）及其向造血祖细胞的分化过程 | 干细胞生物学 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 九个候选转录因子 |
| 5144 | 2024-12-24 |
Programmed cell death pathways in lung adenocarcinoma: illuminating tumor drug resistance and therapeutic opportunities through single-cell analysis
2024-Dec-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01736-0
PMID:39714518
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，揭示了肿瘤异质性、免疫浸润和预后的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，并发现了铁死亡和焦亡与良好生存结果的显著关联 | 研究仅限于肺腺癌，且样本量未在摘要中明确提及 | 探讨程序性细胞死亡途径在肺腺癌中的作用，揭示肿瘤药物抵抗和治疗机会的机制 | 肺腺癌中的程序性细胞死亡途径，包括凋亡、坏死、焦亡和铁死亡 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 5145 | 2024-12-24 |
Exploring the role of Disulfidptosis in glioma progression: insights into tumor heterogeneity and therapeutic potential through single-cell RNA sequencing
2024-Dec-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01685-8
PMID:39714742
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研究论文 | 本研究探讨了Disulfidptosis在胶质瘤进展中的作用，通过单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性和治疗潜力 | 首次研究了Disulfidptosis在胶质瘤中的作用，并利用单细胞RNA测序技术揭示了肿瘤异质性和潜在的治疗靶点 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证 | 探讨Disulfidptosis在胶质瘤进展中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 胶质瘤细胞及其对Disulfidptosis的响应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自胶质瘤患者的单细胞RNA测序数据 |
| 5146 | 2024-12-24 |
Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study
2024-Dec-23, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01030-9
PMID:39714755
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研究论文 | 本文通过综合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类 | 首次建立了基于调节性T细胞状态的肾细胞癌预后分类（RCC-TSC），并验证了其在不同预后和个性化治疗中的应用 | NA | 探索调节性T细胞与肾细胞癌异质性之间的关系，并建立新的分类方法以指导个性化治疗 | 肾细胞癌患者及其肿瘤中的调节性T细胞状态 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学染色 | NA | RNA测序数据、临床数据 | 537个bulk RNA测序样本和370名肾肿瘤患者的临床队列 |
| 5147 | 2024-12-24 |
Combination of spatial transcriptomics analysis and retrospective study reveals liver infection of SARS-COV-2 is associated with clinical outcomes of COVID-19
2024-Dec-21, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105517
PMID:39709771
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研究论文 | 本研究结合空间转录组分析和回顾性研究，揭示了SARS-CoV-2感染肝脏与COVID-19临床结果的关联 | 首次通过空间转录组分析和免疫组化技术，揭示了SARS-CoV-2在肝脏中的感染机制及其对临床结果的影响 | 样本量较小，仅基于6名患者的肝脏组织进行分析，且回顾性研究的样本量也有限 | 探讨SARS-CoV-2感染肝脏的机制及其对COVID-19患者临床结果的影响 | COVID-19患者的肝脏组织和临床数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 免疫组化（IHC）、10x Genomics Visium CytAssist空间基因分析、TCR CDR3序列分析 | NA | 组织、基因表达数据、临床数据 | 6名COVID-19患者的肝脏组织，650名住院COVID-19患者的临床数据 |
| 5148 | 2024-12-24 |
Dynamics of liver cancer cellular taxa revealed through single-cell RNA sequencing: Advances and challenges
2024-Dec-15, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217394
PMID:39689824
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝癌细胞动态的研究进展和挑战 | 单细胞RNA测序技术揭示了肝癌异质性和肿瘤微环境的关键分子驱动因素和表型景观 | 本文主要讨论了当前研究的挑战和局限性 | 探讨肝癌细胞动态的研究进展和挑战，推动个性化治疗的发展 | 肝癌的细胞动态、肿瘤微环境及其分子驱动因素 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5149 | 2024-12-24 |
Integrative Protocol for Generation of iPSC-Derived 3D Human Hepatic Organoids
2024-Dec-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67070
PMID:39714036
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研究论文 | 本文描述了一种利用人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成3D人肝类器官（HHOs）的优化方法 | 提出了一个从hiPSC生成HHOs的直接3D协议，模拟人类胚胎发育阶段，并优化了细胞解离策略以进行单细胞RNA测序 | NA | 开发一种稳定生成肝细胞培养物的方法，以用于肝脏研究 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的3D人肝类器官（HHOs） | NA | NA | 免疫荧光、定量RT-PCR、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 5150 | 2024-12-24 |
Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626438
PMID:39677822
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研究论文 | 本研究开发了一种新策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2并结合双SMAD和WNT抑制，高效驱动人类多能干细胞分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型 | 本研究创新性地整合了转录因子过表达与信号通路抑制，成功分化出多样化的GABA能神经元，并揭示了其命运调控机制 | 传统方法在神经分化、培养周期和PSC系间变异性方面存在挑战 | 开发一种新策略以克服传统方法的局限性，并研究GABA能神经元在神经发育和精神疾病中的作用 | 人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在疾病模型中的应用 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种区域特异性的GABA能神经元类型 |
| 5151 | 2024-12-24 |
PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates
2024-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402719
PMID:39304345
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研究论文 | 本文研究了转录因子PRDM16在心脏发育早期阶段的作用，特别是其对心室心肌细胞特化的影响 | 首次证明了PRDM16在心肌细胞中通过抑制其他细胞命运来决定心室心肌细胞的特化 | NA | 探讨PRDM16在心脏发育中的作用及其对心室心肌细胞特化的影响 | PRDM16在心脏发育中的功能及其对心室心肌细胞特化的调控机制 | NA | 心血管疾病 | RNA+ATAC单细胞测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 5152 | 2024-12-24 |
IGF2BP2 Shapes the Tumor Microenvironment by Regulating Monocyte and Macrophage Recruitment in Bladder Cancer
2024-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70506
PMID:39711402
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研究论文 | 本研究探讨了IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对单核细胞和巨噬细胞招募的影响 | 首次揭示了IGF2BP2作为m6A阅读子在调节膀胱癌肿瘤微环境中对巨噬细胞招募和极化的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗效果的影响 | IGF2BP2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 来自公共数据库的转录组和单细胞RNA-seq数据 |
| 5153 | 2024-12-24 |
stHGC: a self-supervised graph representation learning for spatial domain recognition with hybrid graph and spatial regularization
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae666
PMID:39710435
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研究论文 | 提出了一种名为stHGC的自监督图表示学习框架，用于空间域识别，结合了混合图和空间正则化 | 创新点在于提出了stHGC框架，通过混合邻居图和自监督图表示学习方法，有效整合了空间位置和基因表达信息，并引入了空间正则化约束以保留空间邻居的结构信息 | 未提及具体的局限性 | 旨在解决空间转录组学中有效整合空间位置和基因表达信息的挑战，以准确识别空间域 | 研究对象是空间转录组数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 自监督图表示学习 | 图注意力机制 | 空间转录组数据 | 未提及具体的样本数量 |
| 5154 | 2024-12-24 |
A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection
2024-Oct, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402713
PMID:39107066
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的方法ASAP，用于单细胞数据中的主题建模，通过近似伪批量投影来减少计算资源需求 | ASAP方法比现有方法更准确，且计算时间大幅减少，内存消耗更低 | NA | 开发一种适用于单细胞RNA-seq数据分析的可扩展主题建模方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 主题模型 | 基因表达数据 | 大量单细胞 |
| 5155 | 2024-12-24 |
PD-L1 regulates inflammatory programs of macrophages from human pluripotent stem cells
2024-02, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302461
PMID:37949473
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研究论文 | 本文研究了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中的炎症调控作用 | 首次揭示了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中调控炎症程序的作用 | 实验中使用的PD-L1 KO细胞系和抑制剂的具体细节未在摘要中明确说明 | 探讨PD-L1在巨噬细胞发育和炎症调控中的作用 | 人类多能干细胞衍生的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | PD-L1 KO人类多能干细胞及其衍生的巨噬细胞 |
| 5156 | 2024-12-24 |
MICA: a multi-omics method to predict gene regulatory networks in early human embryos
2024-01, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302415
PMID:37879938
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研究论文 | 本文评估了不同线性和非线性基因调控网络（GRN）预测方法在单细胞模拟和人类胚胎转录组数据集上的应用，并比较了表达归一化对GRN预测的影响 | 提出了基于互信息（MI）和染色质可及性（CA）的非线性方法MICA，用于单细胞转录组数据集的GRN预测，捕捉复杂的非单调依赖性和反馈回路 | NA | 在早期人类胚胎中预测基因调控网络 | 单细胞模拟数据集和人类胚胎转录组数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞组学 | 非线性方法 | 转录组数据 | NA |
| 5157 | 2024-12-24 |
Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1513821
PMID:39711954
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综述 | 本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展，重点介绍了空间转录组学和蛋白质组学的方法及其在解析肿瘤微环境中的应用 | 本文强调了空间生物学技术在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性中的重要作用，并讨论了将这些技术整合到精准医学策略中的潜力 | 本文指出了当前方法在处理结直肠癌组织异质性方面的局限性，并强调了需要新的计算工具来管理和解释这些复杂数据 | 探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其未来前景 | 结直肠癌的肿瘤微环境及其分子机制 | NA | 结直肠癌 | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | NA |
| 5158 | 2024-12-24 |
scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data
2023-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302103
PMID:37788907
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研究论文 | 本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子松鼠搜索算法 | 基因表达数据 | 八个基准单细胞RNA测序数据集 |
| 5159 | 2024-12-24 |
High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301929
PMID:37722727
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研究论文 | 本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性 | DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析 | NA | 开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性 | 小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠卵巢组织切片 |
| 5160 | 2024-12-24 |
A targeted sequencing extension for transcript genotyping in single-cell transcriptomics
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301971
PMID:37696578
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研究论文 | 本文评估了一种直接的靶向测序方法，作为高吞吐量液滴单细胞RNA测序的扩展，用于转录基因分型 | 本文提出了一种新的靶向测序扩展方法，结合了特定基因座分型与高吞吐量单细胞RNA测序，填补了现有方法的空白 | 本文未详细讨论该方法在不同细胞类型或复杂组织中的适用性 | 研究如何通过靶向测序扩展方法，结合基因型信息与基因表达数据，来研究遗传变异的影响 | 单细胞RNA测序中的转录基因分型 | 基因组学 | NA | 靶向测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |