本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4481 | 2025-10-06 |
Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway
2025-Jun-19, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323
PMID:40537024
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中后通过Akt-mTOR通路促进血管生成的作用机制 | 首次发现外周血巨噬细胞是脑卒中后神经调节蛋白-1的来源,并阐明其通过Akt/mTOR/VEGF信号通路促进血管生成的神经保护机制 | NA | 探究神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中中的来源、功能及分子机制 | 急性缺血性脑卒中患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序 | NA | 临床样本数据、动物实验数据 | 急性缺血性脑卒中患者的配对血栓和外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4482 | 2025-10-06 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
|
研究论文 | 构建首个跨人类器官系统的多模态亚细胞分辨率健康成人组织参考图谱 | 首次创建多模态、亚细胞分辨率的人类组织空间图谱,整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征 | NA | 建立人类组织空间参考图谱以支持空间诊断和精准医学 | 健康成人多个器官系统的组织样本 | 空间生物学 | 结直肠癌,炎症性肠病 | 空间转录组学,蛋白质组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,蛋白质组数据,组织学图像 | 超过100名捐赠者的1500多万个细胞 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx空间分子成像仪, 10x Xenium原位分析系统, GeoMx数字空间分析系统 |
4483 | 2025-10-06 |
Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.20.639313
PMID:40060435
|
研究论文 | 本研究通过全脑转录组分析揭示了怀孕和产后经历通过多巴胺依赖的转录机制诱导持久神经适应的分子机制 | 首次确定多巴胺是调控怀孕和产后神经适应的核心调节因子,发现H3多巴胺化这一新型组蛋白修饰在介导神经可塑性中的关键作用 | 研究主要聚焦于海马背侧形成区,其他脑区的适应性变化可能未被完全探索 | 阐明怀孕和产后经历诱导持久神经适应的分子机制 | 小鼠和人类的海马背侧形成区,特别是背侧下托 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,全脑转录组分析,化学遗传学 | NA | 转录组数据,表观基因组数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4484 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases
2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009
PMID:40451386
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因子 | 首次使用Dp16小鼠模型结合单细胞转录组技术系统研究21号染色体三体对肺部疾病的影响机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探索21号染色体三体导致唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制 | Dp16小鼠模型(携带人类21号染色体同源区域片段重复) | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Dp16小鼠和对照小鼠的肺组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4485 | 2025-10-06 |
Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification
2025-May-07, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008
PMID:40339790
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠模型揭示PRMT5在表皮发育中的关键作用,发现其缺失会导致基底角质形成细胞出现衰老样表型和表皮分层缺陷 | 首次在体内证明PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老,并鉴定出一类非典型的基底角质形成细胞样细胞群体 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类皮肤中验证;敲除时间较早(胚胎期7.5天),可能影响整个表皮发育 | 探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用机制 | 条件性敲除Prmt5的小鼠模型及其表皮组织 | 发育生物学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序,ATAC-seq,条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据,组织学图像 | 条件性敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
4486 | 2025-10-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1
PMID:40321764
|
研究论文 | 开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型,用于连接组织病理学图像与转录组学数据 | 首次提出将转录组数据转化为“句子”形式,并开发了整合组织学图像与转录组学的视觉-组学基础模型 | NA | 开发能够整合组织病理学图像与转录组学数据的计算方法 | 组织切片图像和转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基础模型 | 图像, 文本 | 220万对组织图像和转录组数据,涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组数据 |
4487 | 2025-10-06 |
Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00261.2024
PMID:39832482
|
研究论文 | 本研究探讨臭氧暴露对年轻、中年和老年小鼠肺组织的结构和免疫反应影响,特别关注表面活性蛋白C突变的影响 | 首次结合年龄因素和SP-C基因突变,利用空间转录组学分析臭氧暴露对肺组织的区域特异性影响 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎;仅考察了急性暴露效应,缺乏长期暴露数据 | 理解臭氧暴露在老年和遗传易感群体中加剧肺损伤的机制 | 年轻(8-14周)、中年(44-52周)和老年(>80周)小鼠,包括野生型和SP-C突变型 | 呼吸毒理学 | 呼吸系统疾病 | 流式细胞术, 空间转录组学 | 动物模型 | 图像, 转录组数据, 流式细胞数据 | 多年龄段小鼠群体(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4488 | 2025-10-06 |
Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00360.2024
PMID:39903192
|
研究论文 | 本研究通过恒河猴模型探讨母体食用THC对后代肺发育和功能的影响 | 首次在灵长类动物模型中系统评估产前食用THC对后代肺发育的长期影响,并整合影像学、肺功能测试和多组学分析 | 样本量有限,仅使用恒河猴模型,结果外推到人类需谨慎 | 确定子宫内THC暴露是否对后代肺发育和功能产生有害影响 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | NA | 磁共振成像, 肺功能测试, 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间RNA测序 | NA | 影像数据, 生理功能数据, 分子数据 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4489 | 2025-10-06 |
SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf076
PMID:40627366
|
研究论文 | 介绍SeuratExtend——一个基于Seurat框架构建的综合性R软件包,通过整合关键工具和数据库来简化单细胞RNA测序数据分析 | 在广泛采用的Seurat框架基础上构建,通过统一R接口整合多种Python工具和数据库,提供优化的可视化功能和精心设计的配色方案 | NA | 开发一个集成化、直观的单细胞RNA测序数据分析框架 | 单细胞RNA测序数据分析工具和数据库 | 生物信息学 | 肿瘤相关疾病,自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4490 | 2025-10-06 |
Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850
PMID:40630954
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CHCHD2P9是胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物,其高表达与不良预后相关 | 首次发现CHCHD2P9在胶质瘤进展中的关键作用,并建立基于CHCHD2P9的风险预后模型 | 未明确说明样本具体数量,机制研究可能不够深入 | 探究胶质母细胞瘤异质性及预后相关分子机制 | 胶质母细胞瘤亚群细胞 | 数字病理学 | 脑癌/胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 细胞实验, 流式细胞术 | 风险预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4491 | 2025-10-06 |
Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903
PMID:40630963
|
研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序识别并验证了心力衰竭中三个免疫原性细胞死亡相关生物标志物 | 首次系统识别并验证了心力衰竭中CD163、FPR1和VSIG4这三个免疫原性细胞死亡相关生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别心力衰竭中免疫原性细胞死亡相关生物标志物并探索其机制 | 心力衰竭患者和动物模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 实时定量PCR | 机器学习, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE57338、GSE3586、GSE5406、GSE183852) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
4492 | 2025-10-06 |
Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439
PMID:40630945
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析,揭示了膀胱癌中牛磺酸代谢失调如何重塑肿瘤微环境并驱动免疫抑制 | 开发了牛磺酸代谢失调指数(TMs)作为预后生物标志物,揭示了牛磺酸代谢通过Notch信号和EGFR通路促进免疫抑制的新机制 | 研究主要基于计算分析和体外共培养验证,需要进一步的体内实验验证 | 阐明牛磺酸代谢在膀胱癌免疫抑制中的作用机制,为免疫治疗提供新靶点 | 膀胱癌患者样本和肿瘤微环境中的各类细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组分析, 共培养系统 | 机器学习, 生存模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | TCGA队列患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
4493 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus
2024-12, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2023.2281228
PMID:38347676
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的组成和转录特征差异 | 首次在单细胞水平比较儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录特征,识别出潜在治疗靶点和生物标志物 | 发病机制仍不明确,样本量未明确说明 | 比较儿童和成人系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的组成和转录特征差异 | 儿童和成人系统性红斑狼疮患者及匹配的健康捐赠者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4494 | 2025-10-06 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619644
PMID:39484551
|
研究论文 | 本研究构建了首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium,用于探索炎症性肠病相关的代谢变化 | 开发了首个人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型,包含独特的转运反应区室用于模拟与肠道微生物组的代谢相互作用 | 模型基于稳态假设,可能无法完全反映体内动态代谢过程 | 解析人类结肠上皮细胞的代谢活动,识别炎症性肠病相关的代谢特征 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,基因组尺度代谢模型 | 基因组尺度代谢模型 | 基因表达数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者样本及健康对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4495 | 2025-10-06 |
Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation
2024-07-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022
PMID:38772365
|
研究论文 | 本研究揭示了皮肤炎症中上皮细胞与免疫细胞通过代谢协调维持慢性炎症的机制 | 发现HIF1α驱动的糖酵解代谢通路在上皮细胞和γδ T17细胞间建立代谢层级协调,共同维持皮肤炎症 | 研究主要基于小鼠模型和离体人类病变组织,在体人类验证尚需进一步研究 | 探究皮肤炎症疾病中上皮细胞与免疫细胞代谢协调的分子机制 | 银屑病皮肤病变组织、小鼠皮肤炎症模型 | 空间转录组学 | 银屑病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,免疫荧光 | 小鼠遗传模型 | 基因表达数据,蛋白质定位数据 | 人类银屑病病变组织和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4496 | 2025-10-06 |
Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review
2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303
PMID:38934720
|
综述 | 本文综述了转录组学方法在研究心肌细胞与生物材料相互作用中的应用 | 强调转录组学方法在理解心肌细胞-生物材料相互作用中的独特价值,并探讨新兴技术如单细胞RNA测序和空间转录组学的应用前景 | 存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异和复杂分析流程等挑战 | 探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用,促进心脏生物工程和再生医学发展 | 心肌细胞与生物材料的相互作用 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics, 机器学习 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
4497 | 2025-10-06 |
Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy
2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-024-00812-3
PMID:39050513
|
研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术,探索自然杀伤细胞在杀伤过程中的转录程序动态变化 | 首次将单细胞RNA测序与活细胞成像结合,实时关联NK细胞转录组数据与杀伤功能表型 | 研究基于NK-92细胞系和HeLa细胞的模型系统,可能不完全代表体内NK细胞功能 | 确定驱动NK细胞杀伤表型的细胞内信号传导机制 | 自然杀伤细胞和HeLa宫颈癌细胞 | 单细胞生物学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,活细胞成像,荧光显微镜 | NA | 转录组数据,图像数据 | NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
4498 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling
2024-05, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15283
PMID:38587042
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常通过巨噬细胞抑制因子信号影响肿瘤相关巨噬细胞并刺激血管生成 | 首次系统揭示鞘脂代谢在肿瘤微环境中的作用机制,发现MIF-CD74配体-受体对在巨噬细胞与癌细胞通讯中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用机制 | 非小细胞肺癌组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4499 | 2025-10-06 |
Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing
2024-05, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15301
PMID:38587029
|
研究论文 | 基于单细胞和bulk RNA测序构建食管癌免疫细胞相关预后风险模型并分析肿瘤免疫环境调控 | 首次在单细胞水平构建食管癌独立预后模型,系统阐明免疫细胞组成、功能、演化和细胞间通讯模式 | 未明确说明样本量大小和数据来源的具体限制 | 开发食管癌预后风险模型并探索肿瘤免疫环境调控机制 | 食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,多组学分析 | 预后风险模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4500 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis
2024-03, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15243
PMID:38316626
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳腺癌脑转移患者脑脊液中的免疫细胞,揭示肿瘤免疫微环境特征 | 首次利用脑脊液单细胞测序非侵入性地描绘乳腺癌脑转移的免疫微环境景观 | 样本量有限,脑脊液可能无法完全代表肿瘤组织内的免疫微环境 | 解析乳腺癌脑转移患者的肿瘤免疫微环境特征 | 乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |