单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4461	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集
4462	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
4463	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
4464	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
4465	2025-02-07	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-Feb, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床样本中广泛验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
4466	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
4467	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
4468	2025-02-07	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，描绘了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的多细胞生态系统	首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本
4469	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4470	2025-02-07	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jan-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本文探讨了肺组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺组织驻留的c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并提出了通过靶向NR2F2表达来逆转肺血管重塑的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肺组织驻留的c-Kit+细胞在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺组织驻留的c-Kit+细胞及其分化为内皮细胞的潜力	生物医学	肺血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/缺氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	肺血管重塑小鼠模型及肺高压患者样本
4471	2025-02-07	Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology 2025-Jan-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025 PMID:39842636	研究论文	本文通过空间转录组学、多重免疫组化和双重标记技术，研究了早期和晚期胎盘的分子和细胞特征，揭示了人类生殖过程中免疫调节的新机制	发现了胚胎滋养层在植入前早期表达免疫检查点蛋白，揭示了胎儿和母体免疫系统之间的免疫反应机制，并提出了胎儿驱动的免疫平衡机制	研究主要基于正常和异位妊娠以及动物模型，可能无法完全代表所有人类妊娠情况	研究胎盘在早期和晚期的分子和细胞特征，以更好地理解人类生殖过程中的免疫调节	早期和晚期胎盘、正常和异位妊娠、动物模型	生殖免疫学	NA	空间转录组学(ST)、多重免疫组化、双重标记（免疫组化和荧光原位杂交(FISH)）	NA	组织、细胞、蛋白质和分子水平的数据	正常和异位妊娠样本及动物模型
4472	2025-02-07	Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620550 PMID:39554066	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片，以绘制老年人大脑背外侧前额叶皮层中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达图谱	首次系统地绘制了老年人大脑中lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的潜在功能作用	研究样本量相对较小，且仅限于背外侧前额叶皮层，可能无法全面反映整个大脑中lncRNA的表达情况	探索lncRNA在老年人大脑中的空间表达及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	统计建模	RNA表达数据	78个死后大脑切片，来自21名ROSMAP参与者
4473	2025-02-07	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2025-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012855 PMID:39869679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了西尼罗河病毒（WNV）感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异，特别是肠内分泌细胞（EE）中病毒RNA的高水平复制	未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调，且研究仅限于库蚊中肠，未涉及其他组织或物种	研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	库蚊中肠细胞
4474	2025-02-07	Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82406-7 PMID:39732739	研究论文	本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物	使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少	揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Single Cell Variational Inference (scVI)	基因表达数据	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本
4475	2025-02-07	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	本文研究了心脏骤停和复苏后早期炎症和神经学结果与多样化NKT细胞的关系	首次发现多样化NKT细胞在心脏骤停后神经保护中的作用，并提出了通过增强dNKT细胞数量或功能来治疗心脏骤停的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大量心脏骤停患者和小鼠模型
4476	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
4477	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4478	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
4479	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
4480	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点