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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4441 | 2025-10-06 |
MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems
2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627834
PMID:39763937
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研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具,用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通讯系统 | 基于独特的MatriComDB数据库(包含25,000多个经过整理的相互作用),专门针对基质组蛋白相互作用设计,能考虑ECM蛋白相互作用的特定规则 | NA | 开发工具以挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯 | 哺乳动物基质组基因(约1,000个基因中的80%)及其相互作用 | 生物信息学 | 癌症或纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 整合了46个scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4442 | 2025-10-06 |
Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses
2024-Dec, ILIVER..
DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132
PMID:40635861
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研究论文 | 通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,建立肝纤维化预后模型并研究IER3+巨噬细胞在肝纤维化中的作用 | 首次建立包含IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1四个基因的肝纤维化巨噬细胞相关预后特征模型,并通过单细胞分析发现IER3在髓系细胞中的特异性表达 | 研究依赖于公共数据库数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能够预测肝纤维化预后的关键遗传标志物 | 肝纤维化患者样本和健康对照 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的三个数据集(GSE84044、GSE130970、GSE15654) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4443 | 2025-10-06 |
The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL
2024-10-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8760
PMID:39365855
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞来源的TRAIL在介导缺血条件下稳定微血管生成中的关键作用 | 首次发现内皮细胞来源的TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新功能,并证明TRAIL-R2激动剂在治疗缺血中的潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验,临床转化仍需进一步验证 | 探究TRAIL在缺血条件下介导新生血管形成和血管稳定的分子机制 | 内皮细胞、周细胞、小鼠模型、患者动脉样本 | 血管生物学 | 外周动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4444 | 2025-10-06 |
Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj1252
PMID:39321281
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研究论文 | 本研究深入探讨了类风湿关节炎患者、风险人群和健康对照者滑膜组织的髓系细胞景观 | 首次在RA临床发病前发现CD40表达巨噬细胞群的富集,识别了早期致病性髓系特征 | 样本量相对有限,需要进一步验证这些发现 | 研究类风湿关节炎发病前的滑膜组织巨噬细胞稳态变化 | 类风湿关节炎患者、风险人群和健康对照者的滑膜组织细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 流式细胞术,RNA测序,代谢分析,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 67,908个RA和HC滑膜组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4445 | 2025-10-06 |
Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9582
PMID:39321290
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研究论文 | 研究维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响 | 首次揭示维生素D信号通过调控Aire表达影响胸腺上皮细胞分化,并发现其缺失导致胸腺早衰 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探究维生素D信号在胸腺上皮细胞分化和胸腺衰老中的作用机制 | Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺组织 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4446 | 2025-10-06 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
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研究论文 | 本研究探讨了肝脏肿瘤中CD8+ T细胞功能异常及其在肝转移形成中的作用机制 | 发现肝脏肿瘤中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量丰富但功能耗竭,并鉴定出SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞在促纤维化区域的相互作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据,需要更大样本验证 | 阐明肝脏肿瘤微环境中免疫细胞功能异常的机制 | 小鼠肿瘤模型和人类结肠癌肝转移患者 | 免疫学 | 结肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学CODEX, 多组学分析 | 差异伪时间轨迹推断分析 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 多个小鼠肿瘤模型和患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4447 | 2025-10-06 |
Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn0597
PMID:39141739
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研究论文 | 通过多组学方法揭示蜘蛛大壶腹丝纤维的起源、结构和组成 | 首次识别出18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质,并通过单细胞和空间转录组学发现丝腺分泌上皮存在六种细胞类型,这些细胞类型局限于三个不同的腺体区域 | NA | 理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成成分 | 蜘蛛大壶腹丝腺及其产生的丝纤维 | 生物信息学 | NA | 基因组学,蛋白质组学,单细胞RNA测序,空间转录组学,图像分析 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4448 | 2025-10-06 |
Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado0424
PMID:39151009
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研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术,在海葵中鉴定表达生殖系相关标记的细胞群体,并证明Nanos2对生殖系形成不可或缺 | 首次在刺胞动物中证明Nanos2在体细胞和生殖系干细胞中的保守作用,揭示了刺胞动物干细胞系统的共同进化起源 | 研究仅聚焦于海葵这一特定物种,需要更多刺胞动物物种验证结果的普适性 | 表征海葵中保守的干细胞标记基因,探索刺胞动物干细胞系统的进化起源 | 海葵Nematostella vectensis的干细胞群体 | 发育生物学 | NA | 转基因报告基因,单细胞转录组学,基因敲除 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4449 | 2025-10-06 |
Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma
2024-07, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15375
PMID:38886907
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建了M2肿瘤相关巨噬细胞相关基因特征,用于探索EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并预测免疫治疗反应 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2-TAM相关基因特征,用于EGFR阴性肺腺癌的免疫治疗预测 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证 | 改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果 | EGFR阴性肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
4450 | 2025-10-06 |
Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon
2024-05-28, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043
PMID:38489234
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示Sézary综合征中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及单核细胞功能障碍机制 | 发现I型干扰素联合抗CCR4抗体可激活单核细胞吞噬功能并清除Sézary细胞 | 疾病发病机制理解仍存在局限性 | 探索Sézary综合征的发病机制及优化联合治疗方案 | Sézary综合征患者样本中的恶性CD4+ T细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4451 | 2025-10-06 |
Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation
2023-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02815-2
PMID:37634007
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研究论文 | 本研究揭示甲状腺激素受体α1通过调控PAX8基因表达促进未分化甲状腺癌细胞向分化状态转变 | 首次发现TRα1作为甲状腺分化新调控因子,通过单细胞转录组分析揭示其通过多信号通路抑制肿瘤生长的分子机制 | 研究仅基于两种ATC细胞系,缺乏体内实验验证 | 探索TRα1在未分化甲状腺癌进展中的功能作用 | 人未分化甲状腺癌细胞系THJ-11T和THJ-16T | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,分子分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 两种人ATC细胞系及其TRα1稳定表达株系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4452 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals a cancer-associated fibroblast marker gene signature in hepatocellular carcinoma that predicts prognosis
2023-Mar, ILIVER..
DOI:10.1016/j.iliver.2022.12.002
PMID:40636406
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析构建了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的标志基因特征,用于预测患者预后 | 首次构建了基于单细胞RNA测序数据的CAF标志基因特征模型(CAFMGS),为肝细胞癌预后预测提供了新的生物标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 研究癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌中的预后价值和治疗靶点潜力 | 肝细胞癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | TCGA训练队列和ICGC验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4453 | 2025-10-06 |
Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf089
PMID:40630932
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研究论文 | 通过cDNA分子匹配比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法,评估MAS-ISO-seq方法的质量 | 首次通过细胞条形码和UMI匹配的cDNA分子直接比较长读长和短读长单细胞转录组测序方法 | 仅使用10x Genomics 3' cDNA平台,未评估其他单细胞技术平台 | 评估长读长和短读长单细胞转录组测序方法的可比性和偏差 | 单细胞转录组测序数据 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序,cDNA测序 | NA | 基因表达数据,转录本序列 | NA | 10x Genomics, Illumina, Pacific Biosciences | 单细胞RNA-seq,长读长测序,短读长测序 | 10x Chromium, Illumina测序平台, PacBio测序平台 | 10x Genomics 3' cDNA,Illumina短读长测序,Pacific Biosciences长读长测序 |
4454 | 2025-10-06 |
Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets
2025-Aug, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11035-z
PMID:39656376
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研究论文 | 通过多组学分析识别乳腺癌关键基因及潜在天然产物治疗靶点 | 整合WGCNA、差异基因表达、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学数据,首次系统筛选靶向角鲨烯环氧酶的天然产物化合物 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 识别乳腺癌关键基因和潜在天然产物治疗靶点 | 乳腺癌基因和天然产物化合物 | 生物信息学 | 乳腺癌 | WGCNA, 差异基因表达分析, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, ChIP-seq | NA | NA |
4455 | 2025-10-06 |
RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation
2025-Aug, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175
PMID:40451383
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研究论文 | 本研究探讨RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在胰腺β细胞翻译调控中的协同作用 | 首次揭示PCBP1和PCBP2通过共同调控翻译起始因子和核糖体mRNAs网络来维持β细胞全局翻译的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类β细胞中的具体机制仍需进一步验证 | 探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的功能关系 | 胰腺β细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, RNA免疫沉淀, CRISPR-Cas9, shRNA, 嘌呤霉素标记 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | β细胞特异性Pcbp1和Pcbp1/2双敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4456 | 2025-10-06 |
METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice
2025-Aug, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06459-7
PMID:40495021
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研究论文 | 本研究揭示METRNL蛋白在糖尿病代谢应激下通过抑制β细胞向α细胞转分化来维持β细胞功能 | 首次发现METRNL在胰岛β细胞中的特异性表达及其通过调控KLF6和c-Jun通路防止β细胞转分化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类胰岛细胞中验证 | 探究METRNL在维持胰岛β细胞功能和身份认同中的作用机制 | 小鼠胰岛β细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,葡萄糖刺激胰岛素分泌实验,基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,生理指标数据 | 未明确样本数量,使用正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4457 | 2025-10-06 |
FAM83A Promotes the Progression and Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma via PKM2-Mediated Aerobic Glycolysis
2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500989RR
PMID:40637278
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研究论文 | 本研究揭示了FAM83A通过PKM2介导的有氧糖酵解促进头颈部鳞状细胞癌进展和转移的机制 | 首次发现FAM83A与PKM2在HNSCC中的关系,阐明FAM83A通过Wnt/β-catenin信号通路激活PKM2转录的分子机制 | NA | 探究FAM83A在头颈部鳞状细胞癌代谢中的作用及其与PKM2的调控关系 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)细胞系和临床样本 | 癌症代谢研究 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4458 | 2025-10-06 |
The mechanism of Akkermansia muciniphila inhibiting the proliferation of colorectal cancer cells via ferroptosis
2025-Jul-10, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-03984-0
PMID:40637947
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研究论文 | 本研究探讨了Akkermansia muciniphila通过铁死亡途径抑制结直肠癌细胞增殖的机制 | 首次揭示Akkermansia muciniphila代谢物通过诱导铁死亡抑制结直肠癌细胞增殖的具体分子机制 | 研究仅使用Caco-2细胞系,缺乏体内实验验证 | 阐明Akkermansia muciniphila抑制结直肠癌细胞增殖的作用机制 | Caco-2结直肠癌细胞系 | 分子生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学分析、流式细胞术、细胞划痕实验 | 细胞模型 | 基因表达数据、细胞功能数据 | Caco-2细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4459 | 2025-10-06 |
Myeloid MAS-driven macrophage efferocytosis promotes resolution in ischemia-stressed mouse and human livers
2025-Jul-09, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr2725
PMID:40632838
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研究论文 | 本研究揭示了MAS受体通过PKA/CREB信号通路调控KLF4/MERTK轴,促进巨噬细胞对衰老中性粒细胞的清除,从而缓解肝脏缺血再灌注损伤 | 首次发现MAS/KLF4/MERTK轴在巨噬细胞胞葬作用中的调控机制,并通过单细胞RNA测序和空间转录组学证实其在肝脏缺血再灌注损伤中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类肝脏样本验证相对有限 | 探究MAS受体在髓系细胞先天免疫和肝组织稳态维持中的具体作用机制 | 小鼠模型和人类肝脏样本中的巨噬细胞和衰老中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 肝脏缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 活体成像, 基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4460 | 2025-10-06 |
STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity
2025-Jul-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf131
PMID:40633091
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研究论文 | 本研究揭示了单核细胞谱系细胞在STING激动剂治疗中通过CCR5依赖性迁移和IL-18产生促进CD8+ T细胞抗肿瘤免疫的关键机制 | 首次阐明单核细胞谱系细胞在STING激动剂治疗中的双重作用:通过CCR5依赖性迁移将肿瘤抗原运至淋巴结,并通过IL-18-IL-18R1相互作用激活CD8+ T细胞 | 研究主要基于小鼠模型(MC38和B16F10肿瘤),人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的I型干扰素信号和抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠单核细胞谱系细胞、CD8+ T细胞、自然杀伤细胞 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | CCR2缺陷小鼠、Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠、Ccr2+/+和Ccr2-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |