单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-09-04	Single-cell RNA sequencing reveals immune regulatory mechanisms and molecular therapeutic strategies in the microenvironment of multiple myeloma 2025-Sep-03, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003306 PMID:40899849	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示多发性骨髓瘤微环境中的免疫调控机制并探索分子治疗策略	整合scRNA-seq、孟德尔随机化和分子对接技术，首次系统解析MM微环境中免疫细胞与肿瘤细胞的互作网络并发现新的治疗靶点	未明确说明样本量及临床队列验证的局限性	探究多发性骨髓瘤微环境中的分子与细胞互作机制，发现治疗靶点	多发性骨髓瘤肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞	生物信息学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, 孟德尔随机化, GSVA, 分子对接	Seurat聚类分析, 细胞互作分析	单细胞转录组数据	NA
422	2025-09-03	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Oct, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过整合多组学数据解析脑膜瘤预后，重点关注巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及SPP1靶向治疗策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组数据对脑膜瘤进行分子分型，揭示SPP1在巨噬细胞功能调控中的关键作用及治疗潜力	研究基于302对样本，仍需更大规模验证；SPP1靶向治疗的临床转化需进一步实验	建立脑膜瘤的预后分层模型并探索免疫微环境调控机制	302对脑膜瘤样本及其多组学数据	生物信息学	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、scRNA-seq、SCISSOR、scRank	多组学整合聚类	基因组学数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
423	2025-09-03	A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity 2025-Oct, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007 PMID:40541706	研究论文	通过单细胞和bulk RNA测序揭示TNBC的预后基因特征、亚型特异性药物敏感性及肿瘤异质性	整合多组学方法识别出与化疗耐药相关的可塑性上皮亚群和220个共有差异表达基因，并构建四基因预后特征	NA	研究TNBC的细胞异质性、耐药机制及预后生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 表观基因组分析, 突变分析	无监督聚类	RNA测序数据	来自GSE176078和TCGA-BRCA数据集的样本
424	2025-09-03	Corrigendum to "Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning" [Translational Oncology 2025 Jun 26;59:102457] 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102474 PMID:40818872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
425	2025-09-03	Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation 2025-Sep-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854 PMID:40499413	研究论文	本研究探讨了细颗粒物通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化激活STC2介导的线粒体自噬从而加剧哮喘的分子机制	首次揭示PM通过m6A甲基化调控STC2-mitophagy轴加重哮喘的机制，并发现季节性PM暴露与患者血清METTL3/STC2水平的相关性	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自外周血样本，缺乏直接的组织机制验证	阐明细颗粒物加剧哮喘的分子机制	哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），m6A甲基化分析	NA	基因表达数据，血清蛋白浓度数据	小鼠模型和人类哮喘患者季节性外周血样本
426	2025-09-03	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Sep-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	本研究揭示长链非编码RNA TRAF3IP2-AS1缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移的机制	首次发现TRAF3IP2-AS1通过竞争性结合IGF2BP2降低MLKL mRNA稳定性，并通过干扰PPM1B泛素化促进RIPK3磷酸化，从而双向调控坏死性凋亡	NA	探究胰腺癌肝转移的分子机制及潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本、类器官模型、转基因小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	NA	基因组数据、图像数据	患者来源样本及多种实验模型
427	2025-09-03	EML4-ALK Rearrangement Creates a Distinctive Myeloid Cell-Dominant Immunosuppressive Microenvironment in Lung Cancer 2025-Sep-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0532 PMID:40627846	研究论文	本研究探讨了EML4-ALK重排阳性肺腺癌中独特的髓系细胞主导的免疫抑制微环境特征及其治疗策略	首次揭示ALK+肺腺癌通过高表达IL6和MDSC趋化因子形成髓系主导的免疫抑制微环境，并证实IL6R抑制剂联合免疫检查点抑制剂的有效性	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究ALK+肺腺癌对免疫治疗不响应的机制并开发新的联合治疗策略	ALK融合基因阳性肺腺癌组织及小鼠模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序，肿瘤浸润白细胞分析	小鼠肺腺癌模型	基因表达数据，细胞数量数据	ALK+与ALK-肺腺癌组织的对比分析
428	2025-09-03	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	研究类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	首次揭示抗PAD4抗体通过特异性结合单核细胞触发炎症级联反应，促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型和体外实验，人类体内直接证据尚待完善	阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的作用途径	类风湿关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、CIA小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞	免疫病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞实验数据	使用类风湿关节炎患者来源的抗体、人类外周血单核细胞和滑膜细胞，以及CIA小鼠模型
429	2025-09-03	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	研究论文	通过多参数流式细胞术和单细胞RNA测序，识别骨关节炎患者循环免疫细胞中CD25高表达转换记忆B细胞的扩增	首次在单细胞分辨率下鉴定骨关节炎相关的循环免疫细胞特征，并发现CD25hiCXCR5hiCD27+IgD- B细胞亚群作为潜在早期生物标志物	样本量较小（健康供体21人，OA患者17人，DMT患者10人），需进一步验证	识别骨关节炎的循环免疫细胞生物标志物	人类外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	骨关节炎	飞行时间质谱流式细胞术（29标志物面板），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	21名健康供体、17名OA患者、10名退行性半月板撕裂（DMT）患者
430	2025-09-03	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	研究论文	本研究通过猪肺移植模型和单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的关键作用	首次建立猪原位单肺移植模型模拟长时间冷缺血再灌注损伤，并利用单细胞测序发现巨噬细胞铁死亡通路的显著富集	研究样本量有限，且仅为初步机制探索，需要进一步验证	开发大型动物模型研究肺缺血再灌注损伤的病理生理机制	猪肺移植模型中的肺泡巨噬细胞	单细胞测序分析	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、透射电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、显微镜图像数据	猪肺移植模型（具体数量未明确说明）
431	2025-09-03	Association Between T2DM, TyG Index, Multiple Sclerosis, and Rheumatoid Arthritis: Insights into Potential Mechanisms 2025-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04961-y PMID:40279037	研究论文	本研究探讨2型糖尿病（T2DM）和胰岛素抵抗指标TyG指数与自身免疫性疾病（如多发性硬化和类风湿关节炎）的因果关联及免疫细胞介导机制	首次结合孟德尔随机化分析与贝叶斯共定位方法，发现CD3+ naïve CD8 T细胞介导TyG指数与多发性硬化的关联，并鉴定TCF7L2和TNFSF13B基因变异的关键作用	基于GWAS汇总数据的二次分析，未涉及原始个体层面数据验证	探究T2DM和胰岛素抵抗与自身免疫性疾病的因果关联及免疫机制	人类遗传数据与免疫细胞	生物医学遗传学	自身免疫性疾病	孟德尔随机化分析、贝叶斯共定位、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GWAS数据挖掘	MR分析模型	遗传汇总数据、单细胞转录组数据	多组GWAS汇总数据（未明确样本量）
432	2025-09-03	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植物功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化的关系	首次通过单细胞RNA测序分析ALAD不同结局组的细胞组成变化和转录特征，并发现AI2基因评分与ALAD严重程度相关	样本量较小（共20例），属于初步研究	识别ALAD患者中会进展为慢性肺移植物功能障碍（CLAD）的高风险个体，并寻找针对性治疗靶点	肺移植受体，包括ALAD患者和移植功能稳定的对照组	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	20例肺移植受体（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
433	2025-09-03	eIF3f promotes tumour malignancy by remodelling fatty acid biosynthesis in hepatocellular carcinoma 2025-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.045 PMID:40154622	研究论文	本研究揭示eIF3f通过稳定ACSL4促进肝细胞癌脂肪酸生物合成和恶性进展的机制	首次发现eIF3f通过K48连接去泛素化稳定ACSL4蛋白，并阐明脂肪酸代谢影响CD8+ T细胞浸润的免疫微环境重塑机制	需要进一步临床研究验证eIF3f靶向治疗在人类患者中的疗效	阐明肝细胞癌脂肪酸代谢的分子机制并探索精准治疗靶点	肝细胞癌（HCC）组织、类器官模型和多物种肿瘤模型	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、代谢流分析、飞行时间质谱流式技术	NA	多组学数据（转录组、代谢组、蛋白组）、影像数据	NA（未在摘要中明确说明样本数量）
434	2025-09-03	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	研究论文	本研究探讨TRPV4通道在集合淋巴管收缩功能调控中的作用及其机制	首次在集合淋巴管单细胞转录组中鉴定TRPV4高表达，并揭示TRPV4+髓系细胞通过前列腺素和NO信号通路调控淋巴管收缩的新机制	机制研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究TRPV4通道在淋巴管功能调节中的表达和作用	小鼠集合淋巴管、淋巴管内皮细胞、髓系细胞及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	分子细胞生物学	淋巴系统疾病	单细胞RNA测序、Cre-lox基因敲除、共聚焦显微镜、钙成像	NA	基因表达数据、图像数据、功能实验数据	转基因小鼠模型及人类淋巴水肿活检样本
435	2025-09-03	Harnessing Calmodulin-Related Genes to Build a Prognostic Model in Esophageal Squamous Cell Carcinoma for a Comprehensive Analysis of Single-Cell Immune Characteristics and Drug Efficacy 2025-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000561 PMID:40375794	研究论文	基于钙调蛋白相关基因构建食管鳞癌预后模型，并分析单细胞免疫特征与药物疗效	首次利用钙调蛋白相关基因构建ESCC预后模型，结合单细胞测序揭示基因表达模式，并通过实验验证AZD-8055与MYO1G的结合稳定性	研究依赖TCGA数据库样本，未提及外部验证队列或临床前瞻性验证	开发食管鳞癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	食管鳞癌患者组织样本及细胞系	生物信息学	食管癌	qPCR, 单细胞测序, LASSO Cox回归, 分子对接, CETSA	Cox比例风险模型	基因表达数据	TCGA-ESCC数据集样本（未明确数量）及人类ESCC细胞系验证
436	2025-09-03	Identifying Key Plasma Proteins in the Onset of Parkinson's Disease: Proteome-Wide Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05041-x PMID:40380075	研究论文	通过蛋白质组范围孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，识别与帕金森病发病相关的关键血浆蛋白	整合多种分析方法（孟德尔随机化、共定位分析、SMR分析、HEIDI检验）并结合单细胞RNA测序数据，首次系统鉴定21种与帕金森病有因果关系的血浆蛋白并探索其细胞特异性表达模式	研究结果需要大量实验验证来确认其诊断和治疗潜力	探索帕金森病的发病机制，寻找可用的血浆标志物和靶向治疗药物	帕金森病患者和2923种血浆蛋白	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化分析、共定位分析、SMR分析、HEIDI检验、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	英国生物银行数据库中的2923种血浆蛋白数据
437	2025-09-03	The Role of HbA1c in Parkinson's Disease: An Integrative Analysis by Single-Cell, Bulk Transcriptome and Mendelian Randomization 2025-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05063-5 PMID:40397357	研究论文	通过整合单细胞、批量转录组和孟德尔随机化分析，探讨HbA1c与帕金森病预后的因果关系并筛选诊断生物标志物	首次结合孟德尔随机化、转录组数据和机器学习方法，鉴定HbA1c作为帕金森病风险因子并发现五个新型诊断生物标志物	基于公开数据库的二次分析，可能受原始数据质量和样本量的限制	探究HbA1c与帕金森病的因果关系及潜在诊断生物标志物	帕金森病患者与对照人群的遗传和转录组数据	生物信息学	帕金森病	GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化分析	机器学习（具体模型未明确说明）	遗传数据、转录组数据	使用多个公共数据集（GSE20292、GSE157783等），包含223个独立SNP和625个相关基因
438	2025-09-03	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-Sep, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本研究揭示SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	首次阐明SEC61G通过钙离子-CaM-EGFR信号轴驱动结直肠癌进展的具体分子通路	机制研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究SEC61G在结直肠癌进展中的功能及分子机制	结直肠癌细胞系、肿瘤组织及患者预后数据	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	TCGA数据集及实验验证样本（未明确数量）
439	2025-09-03	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的潜在推动作用及其应用进展	强调空间组学相比单细胞测序在保留空间背景和多模态分析方面的优势，并探讨其在揭示肿瘤微环境异质性和三级淋巴结构中的新应用	NA	促进空间组学技术与其他技术结合，实现癌症精准免疫治疗	肿瘤微环境（TME）、B细胞与T细胞的表型差异、三级淋巴结构	空间组学	肿瘤	空间组学分析	NA	多模态空间数据	NA
440	2025-09-03	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Sep, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示Folliculin基因缺失通过异常激活TFEB导致Henle袢囊肿形成的机制	首次证明Flcn缺失通过TFEB（而非TFE3）异常激活引起全肾单位囊肿形成，尤其在Henle袢最显著	研究基于小鼠模型，人类肾脏疾病可能存在物种差异	探究Folliculin基因在肾单位发育中的功能及其与囊肿形成的关系	基因敲除小鼠的肾脏组织	分子病理学	肾脏囊肿疾病	单细胞RNA测序、基因敲除技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	多种基因敲除小鼠模型（Flcn敲除、Flcn/Tfe3双敲除、Flcn/Tfeb双敲除）