单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-16	Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616 PMID:37756156	研究论文	本文提出了一种建立PPP1R15A抑制小鼠模型的协议，用于探索Sephin1对B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	使用单细胞转录组和TCR文库构建技术，整合表达和TCR数据，进行基因分化、调控网络和细胞间通讯分析	具体实验细节和操作步骤需参考Wang等人的完整研究	探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	B16F1皮下肿瘤小鼠模型	生物医学研究	肿瘤	单细胞转录组测序、TCR测序	小鼠模型	测序数据	NA
422	2025-05-16	Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679 PMID:37910511	研究论文	本文提出了一种从人类胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群的方案	提供了一种详细的胰腺癌组织免疫细胞分离和分析流程，适用于单细胞RNA测序等相关研究	未提及样本量的具体信息，且依赖于Zhang等人(2023)的详细执行步骤	开发一种标准化流程用于胰腺癌免疫细胞研究	人类胰腺癌组织中的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
423	2025-05-16	TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742 PMID:38019649	研究论文	介绍了一个名为TimiGP的R包，用于从批量转录组数据中描绘肿瘤微环境	开发了一个基于基因对的肿瘤免疫微环境分析工具，能够推断细胞间相互作用并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后的关联	NA	探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方法	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序，批量基因表达分析	NA	基因表达数据，生存数据	NA
424	2025-05-16	Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756 PMID:38043054	研究论文	介绍了一种用于成年秀丽隐杆线虫核分离的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，并应用于酒精暴露环境下的转录组分析	提出了一种克服秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序困难的单核RNA测序协议	未提及具体样本量或实验验证的局限性	开发适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法，以研究外部刺激下的细胞反应	成年秀丽隐杆线虫	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
425	2025-05-16	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了胆管外分支中腺体的异质性及其在胆管上皮更新中的作用	首次明确了胆管外腺体中不同位置胆管细胞的更新机制及其在组织维持中的作用	研究仅限于小鼠模型，人类胆管系统的可比性尚需验证	阐明胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支腺体及其上皮细胞	细胞生物学	胆管疾病	无标记克隆命运追踪、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
426	2025-05-16	Neural plate progenitors give rise to both anterior and posterior pituitary cells 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.018 PMID:37683631	research paper	该研究挑战了垂体腺细胞仅来源于非神经外胚层的传统观点，揭示了神经板前体细胞对垂体前后叶细胞的贡献以及垂体细胞间的相互作用	研究发现神经板前体细胞（斑马鱼her4.3+和小鼠Sox1+）不仅贡献于神经垂体细胞，还贡献于部分腺垂体细胞，揭示了垂体细胞分化的新机制	研究主要基于斑马鱼和小鼠模型，人类垂体发育是否遵循相同机制尚需验证	探究垂体细胞的起源和分化机制	斑马鱼和小鼠的垂体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、遗传追踪	NA	基因表达数据	斑马鱼和小鼠垂体细胞
427	2025-05-16	Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages 2023-11-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011 PMID:37875117	research paper	本文研究了α-1肾上腺素能信号通过调节斑马鱼巨噬细胞的细胞外基质重塑转录程序驱动心脏再生的机制	揭示了肾上腺素能信号通过巨噬细胞表型多样化和细胞外基质重塑转录程序调控心脏再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探究肾上腺素能信号在心脏修复中的作用机制	斑马鱼心脏巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组学	斑马鱼模型	转录组数据	NA
428	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection 2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.15.567132 PMID:38014096	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响	首次在控制环境下直接评估慢性HIV感染相关的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），且未观察到临床疾病迹象	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	两只长期感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTM）	免疫学	HIV感染和COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	临床数据、病毒动力学数据和免疫反应数据	两只猪尾猕猴
429	2025-05-15	Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia 2025-Dec, Hypertension in pregnancy IF:1.5Q4 DOI:10.1080/10641955.2025.2475814 PMID:40122115	研究论文	通过整合生物信息学分析，发现中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞浸润以及BLC6上调与妊娠期糖尿病和先兆子痫的共现相关	首次鉴定出BCL6、DNAH9和SCG2作为妊娠期糖尿病和先兆子痫的共同枢纽基因，并发现BCL6在中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞中的高表达	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探究妊娠期糖尿病和先兆子痫共现的枢纽基因和通路	妊娠期糖尿病和先兆子痫患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和先兆子痫	生物信息学分析、单细胞测序数据分析	回归模型、ROC分析	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
430	2025-05-15	The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance 2025-Aug, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102893 PMID:40188688	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和抗铁死亡中的作用	首次揭示了乳酸代谢通过上调MCT1促进视网膜母细胞瘤细胞存活和抗铁死亡的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证不足	阐明乳酸代谢相关基因表达谱对视网膜母细胞瘤发生和抗铁死亡的影响	视网膜母细胞瘤细胞系和患者组织样本	肿瘤代谢	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	患者视网膜组织和视网膜母细胞瘤组织的单细胞RNA测序数据
431	2025-05-15	Combining Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization to Explore Novel Drug Targets for Parkinson's Disease 2025-Jun, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04700-3 PMID:39890696	研究论文	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化探索帕金森病的新药物靶点	首次结合scRNA-Seq和MR方法探索T细胞相关基因对帕金森病风险的因果效应，并识别出五个潜在药物靶点	需要进一步的研究和临床试验来验证这些潜在药物靶点的有效性	探索帕金森病的致病机制和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), GWAS	NA	基因表达数据	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞scRNA-Seq数据集
432	2025-05-15	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼的长期治疗反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次在分子水平上探索了伊布替尼治疗期间克隆惰性的机制	研究样本量较小，仅包含两名患者的数据	评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的长期分子和临床反应	两名接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学, 多组学分析	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
433	2025-05-15	Novel Aortic Dissection Model Links Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2025-May-14, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326230 PMID:40365676	research paper	该研究通过创建一种新型的自发性主动脉夹层小鼠模型，揭示了内皮功能障碍和免疫浸润在主动脉夹层发病机制中的作用	首次将非综合征性家族性主动脉夹层患者的FBN1基因错义变异（p.G234D）通过CRISPR/Cas9系统引入小鼠，创建了新型自发性AD模型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证相关发现	揭示主动脉夹层的分子机制，特别是内皮细胞和免疫细胞在疾病起始中的作用	携带Fbn1G234D/G234D突变的小鼠主动脉组织	分子病理学	心血管疾病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、同步辐射成像、Western blot分析	小鼠疾病模型	基因测序数据、影像数据、蛋白质印迹数据	Fbn1G234D/G234D突变小鼠（具体数量未明确说明）
434	2025-05-15	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-May-14, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了急性MRV感染对鳜鱼幽门盲囊的全球响应机制，特别是浆膜炎的形成及其后续腹水症状的病理过程	首次在单细胞分辨率水平解析MRV感染诱导鳜鱼幽门盲囊浆膜炎的细胞组成变化及关键免疫细胞亚群的作用	研究仅聚焦于急性感染阶段的病理变化，未涉及慢性感染或不同鱼种间的比较分析	阐明MRV感染导致鳜鱼特征性腹水症状的分子病理机制	感染MRV病毒的鳜鱼幽门盲囊组织	鱼类病理学	病毒性鱼病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（鳜鱼个体及幽门盲囊组织）
435	2025-05-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-May-14, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭状态	首次在口腔扁平苔藓中使用单细胞RNA测序技术分析T细胞的组成和异质性，揭示了CD8+耗竭T细胞的关键作用	样本量较小（仅3名患者和3名健康对照），且小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病	探究口腔扁平苔藓免疫微环境中T细胞的组成和功能状态	口腔扁平苔藓患者和小鼠模型的T细胞	免疫学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、HE染色、免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞转录组数据、组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康对照的口腔黏膜组织
436	2025-05-15	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-May-14, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学技术，识别脂肪基质血管部分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节功能的亚群	整合单细胞RNA测序和批量蛋白质组学数据，首次识别出脂肪基质血管部分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	解析脂肪来源干细胞/基质细胞的异质性免疫调节潜能	脂肪基质血管部分(SVF)和脂肪来源干细胞/基质细胞(ASCs)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA seq), 批量蛋白质组学	Scissor算法	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
437	2025-05-15	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-May-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒感染与多发性硬化症早期活动之间的关联	发现TBX21+CD21loCXCR3+非典型B细胞(ABCs)在早期多发性硬化症患者中的扩增与疾病活动相关	未检测到EBV直接感染ABCs的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	NA	单细胞基因表达数据	来自ITN STAyCIS试验的纵向收集样本，包括早期MS患者、健康对照和其他疾病对照
438	2025-05-15	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-May-13, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，首次将ALDH2激活与免疫-血管调节相结合，针对糖尿病伤口的多重挑战	未提及临床前或临床试验的具体样本量及长期效果评估	解决糖尿病伤口因持续感染、免疫反应受损和血管化不足带来的治疗难题	糖尿病伤口组织中的中性粒细胞外陷阱（NETs）和ALDH2酶	生物医学工程	糖尿病	单细胞测序分析、光动力水凝胶技术	NA	临床标本的单细胞测序数据	NA
439	2025-05-15	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示Müller细胞在视网膜自身免疫炎症中的功能动态	首次通过AI辅助的单细胞分析识别出视网膜炎症中Müller细胞的九个亚群及T细胞的五个亚群，并发现激活的Müller细胞呈现巨噬细胞样表型	研究仅基于Aire-/-小鼠模型，未在人类样本中验证	探索视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态及其与T细胞的相互作用	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq	SCassist（AI辅助单细胞分析工作流）	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集（未明确样本量）
440	2025-05-15	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学识别玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化	研究仅关注早期感染阶段，未涉及症状表现后的过程	探究植物病毒早期系统性感染过程中宿主基因表达与病毒积累的关系	甘蔗花叶病毒(SCMV)感染的玉米叶片	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及五种细胞类型