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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4301 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions
2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05234-x
PMID:40072674
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析机械负荷对胫骨软骨细胞的影响 | 首次在单细胞水平构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱,并鉴定负荷相关枢纽基因 | 样本量有限(6名供体),仅分析胫骨特定区域 | 探究机械负荷对软骨细胞生物学过程的影响机制 | 人胫骨软骨组织样本 | 单细胞组学 | 骨关节疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 11个软骨组织样本(来自6名供体),132,685个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4302 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial
2025-Jul, The American journal of clinical nutrition
DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024
PMID:40294751
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示母乳喂养对新生儿免疫细胞白介素信号通路的调节作用 | 非随机临床试验设计,样本量较小(n=9) | 表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异 | 健康婴儿(3-3.5个月大)的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9名婴儿(6名母乳喂养,3名配方奶喂养) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4303 | 2025-10-06 |
Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60704-6
PMID:40593535
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研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了腱外膜来源的祖细胞在肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键作用 | 首次明确鉴定腱外膜作为肌腱损伤后纤维化和再生的重要祖细胞来源,并证明其空间依赖性功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究肌腱损伤修复过程中的细胞来源和机制 | 小鼠肌腱损伤模型和人类肌腱周围瘢痕组织 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4304 | 2025-10-06 |
Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution
2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01716-z
PMID:40551145
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学方法揭示胆管癌的分子异质性及肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 首次在单细胞分辨率下系统比较肝内和肝外胆管癌的肿瘤生态系统差异,发现肝外胆管癌特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其ISG15富集的微环境 | 样本量相对有限(28个样本),需要更大规模研究验证发现 | 解析胆管癌异质性并识别肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 胆管癌患者组织样本(包括慢性胆道炎症和不同解剖部位胆管癌) | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,空间RNA原位测序,多组学分析,组织微阵列,患者来源类器官,小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | 109,071个单细胞来自28个样本(7个慢性胆道炎症,21个胆管癌) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4305 | 2025-10-06 |
[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging]
2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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综述 | 本文总结了肝脏分区代谢特征在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系 | 整合单细胞基因组学和空间转录组学新技术揭示肝脏分区在疾病与衰老中的作用机制 | NA | 探讨肝脏分区的生物学特性及其在疾病和衰老过程中的作用 | 肝脏细胞沿门静脉-中央静脉轴的异质性 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 单细胞基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4306 | 2025-10-06 |
Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659555
PMID:40661461
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研究论文 | 通过单细胞转录组学等技术发现心脏内存在两种分子特征不同的神经元亚型,分别负责维持心脏稳态和应激韧性 | 首次在分子水平识别出两种功能特化的心脏内神经元亚型,并阐明其各自在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的独特作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类心脏中验证 | 探索心脏内在神经系统的分子和功能组织 | 小鼠心脏内在神经元 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4307 | 2025-10-06 |
Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through intrinsic apoptosis in the neonatal lung
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659126
PMID:40661545
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研究论文 | 本研究通过建立遗传标记小鼠模型,揭示了表达Stc1的次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)是发育过程中独特的细胞谱系,并通过内在凋亡途径在新生儿肺中被清除 | 首次建立了能够特异性标记发育性短暂SCMF的遗传工具,并证明SCMF与肺泡管肌成纤维细胞(DMF)具有不同的祖细胞群和生态位 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明肺肌成纤维细胞不同谱系在发育和疾病中的独特贡献 | 小鼠肺组织中的次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)和肺泡管肌成纤维细胞(DMF) | 发育生物学 | 肺发育疾病 | 单细胞RNA测序, 胚胎谱系追踪, 遗传操作 | 遗传工程小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞谱系数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4308 | 2025-10-06 |
ASXL1 truncating mutations drive leukemic resistance to T cell attack
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.29.656798
PMID:40661385
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研究论文 | 本研究通过整合分子分析和免疫功能研究,揭示了ASXL1截断突变通过抑制HLA-I表达驱动白血病对T细胞攻击产生耐药性的新机制 | 首次发现ASXL1截断突变是DLI耐药性的遗传基础,并阐明其通过Polycomb非依赖性机制抑制HLA-I表达的免疫逃逸通路 | 研究主要基于白血病细胞系K562和有限的患者队列,需要在更广泛的样本中验证 | 鉴定驱动白血病对供体淋巴细胞输注(DLI)产生耐药性的分子机制 | 接受DLI治疗的白血病患者和K562白血病细胞系 | 癌症免疫学 | 白血病 | 全外显子组测序, 靶向突变panel测序, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因组测序数据, 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 138,152个骨髓单个髓系细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4309 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omic analysis of mesenchymal cells reveals molecular signatures and putative regulators of lung allograft fibrosis
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625698
PMID:40661599
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术分析肺移植受体间充质细胞的分子特征,揭示肺移植物纤维化的调控机制 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性分析揭示CEBPD作为CLAD相关间充质细胞的关键调控因子 | 样本量有限,早期时间点差异不明显,需要更大队列验证 | 探索肺移植后慢性移植物功能障碍的分子机制 | 肺移植受体的支气管肺泡灌洗液中的间充质细胞 | 单细胞多组学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞多组学测序, siRNA敲低, 染色质可及性分析 | 逻辑回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据 | 肺移植受体支气管肺泡灌洗液样本(含CLAD和非CLAD对照组) | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
4310 | 2025-10-06 |
Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias
2025-May-07, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471
PMID:40333990
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研究论文 | 开发OncoSplice计算方法分析白血病剪接调控动态并发现新的治疗靶点 | 开发无监督计算方法OncoSplice,在无剪接因子突变情况下发现新的白血病分子亚型,并验证PRMT5抑制剂对白血病剪接异常的治疗效果 | 未明确说明样本量的具体数字和研究队列的详细特征 | 研究剪接调控在白血病中的作用机制并探索治疗策略 | 成人和儿童急性髓系白血病(AML) | 生物信息学 | 白血病 | 长读长单细胞RNA测序 | 无监督计算方法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4311 | 2025-10-06 |
Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both fibrosis and regeneration following acute flexor tendon injury in a spatially-dependent manner
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.30.526242
PMID:36778469
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研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了腱外膜来源细胞在肌腱损伤后同时参与纤维化和再生过程的空间依赖性作用 | 首次明确鉴定腱外膜作为重要的祖细胞群来源,这些细胞在肌腱损伤后同时参与纤维化和再生过程,具有空间依赖性特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索肌腱损伤后参与纤维化和再生过程的细胞群体及其作用机制 | 小鼠肌腱损伤模型和人类腱周瘢痕组织 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠肌腱损伤模型和人类瘢痕组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4312 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415
PMID:40127797
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs在胶质母细胞瘤免疫抑制和抗PD-1免疫治疗中的作用 | 首次发现VSIG4+S100A10+TAM是GBM不良预后的独立预后指标,并在抗PD-1免疫治疗无应答患者中显著积累 | 样本量相对有限(16例患者样本),需要更大规模研究验证 | 探索胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞异质性及其对免疫治疗疗效的影响 | 胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 细胞表型数据 | 16例胶质母细胞瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
4313 | 2025-10-06 |
SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.650107
PMID:40492199
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研究论文 | 开发了一个基于大型语言模型的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist | 首次将大型语言模型集成到单细胞RNA测序数据分析工作流中,提供参数推荐和结果解释 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程,降低使用门槛 | 单细胞RNA测序数据分析工作流 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM(大型语言模型) | 单细胞RNA测序数据 | NA | Google, OpenAI, Meta | 单细胞RNA-seq | Gemini, GPT, Llama3 | 基于大型语言模型的单细胞数据分析辅助工具 |
4314 | 2025-10-06 |
Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635092
PMID:39974918
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研究论文 | 本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析结肠组织,揭示与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常 | 首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术系统分析J型储袋失败的预测因素和分子机制 | 回顾性研究设计,单细胞空间转录组学仅分析了部分患者亚群 | 探究与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的组织病理学特征和分子机制 | 接受回肠储袋肛管吻合术(IPAA)的炎症性肠病患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学,组织病理学评估 | NA | 空间转录组数据,组织病理图像 | 417名患者队列,部分患者进行单细胞空间转录组分析 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
4315 | 2025-10-06 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示免疫疗法对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组数据,通过深度学习细胞分割模型实现精确的转录本定位和细胞间距离分析 | 测序读长限制可能影响数据完整性,样本量相对有限 | 研究免疫检查点抑制剂联合低甲基化药物治疗对急性髓系白血病骨髓微环境中细胞间相互作用的影响 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习图像分析 | 细胞分割模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4316 | 2025-10-06 |
The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis
2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405981122
PMID:39808658
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研究论文 | 本研究揭示了染色质重塑复合物ChAHP通过调控神经发育障碍风险基因和神经发生过程在脑发育中的关键作用 | 首次发现Adnp通过两步过程调控大脑皮层上层神经元生成:维持祖细胞增殖和调控神经元基因表达程序 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接相关性需要进一步验证 | 探究染色质重塑复合物ChAHP在神经发育和神经发育障碍中的作用机制 | 小鼠新皮层发育过程中的神经祖细胞和分化神经元 | 神经发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学, cut&run-seq, 组织学方法 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 染色质结合数据, 组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4317 | 2025-10-06 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-08-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了哮喘患者和健康捐赠者支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示了哮喘患者杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的应答受损 | 样本量较小(哮喘患者n=8,健康捐赠者n=8),需要更大规模研究验证 | 探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子应答机制 | 原代支气管上皮细胞(pBECs) | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例(8例哮喘患者,8例健康捐赠者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4318 | 2025-10-06 |
scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02201-0
PMID:38409223
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研究论文 | 开发基于生成式预训练变换器的单细胞多组学基础模型scGPT | 首次将生成式预训练模型应用于单细胞生物学领域,构建了包含3300多万个细胞的跨组学基础模型 | NA | 探索基础模型在细胞生物学和遗传研究中的适用性 | 单细胞测序数据中的基因和细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成式预训练变换器 | 单细胞多组学数据 | 超过3300万个细胞 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
4319 | 2025-10-06 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者来源肿瘤类器官模型,揭示了肿瘤异质性特征及其与顺铂治疗反应的关系 | 首次在头颈部鳞癌类器官模型中系统表征基因组特征和单细胞异质性,发现混合上皮-间质转化状态与顺铂耐药的相关性 | 样本量相对有限(31例患者),需要更大规模验证研究结果 | 建立头颈部鳞癌患者来源肿瘤类器官模型,研究肿瘤异质性与治疗反应机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者来源肿瘤类器官 | 数字病理 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 患者来源肿瘤类器官模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 31例头颈部鳞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
4320 | 2025-10-06 |
Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.598925
PMID:38915580
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研究论文 | 通过人类神经干细胞研究早期端脑发育阶段与皮质障碍病因的关联 | 首次在人类神经干细胞中模拟皮质障碍的早期发育起源,揭示了疾病特异性关键阶段和跨疾病的汇聚信号通路 | 研究主要基于体外模型,需要进一步验证在完整生物系统中的适用性 | 探索人类端脑早期发育阶段在皮质障碍病因中的作用机制 | 人类神经干细胞、自闭症患者来源的神经干细胞 | 发育神经生物学 | 皮质障碍、自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |