单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4341 - 4360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4341 | 2025-10-06 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 开发了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体，并应用于结核病研究 | 通过比较非重叠肽池的反应，能够区分真正的抗原特异性TCR克隆型与旁观者激活相关的TCR | NA | 开发识别抗原特异性TCR的方法并研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏的健康个体的T细胞受体 | 免疫学 | 结核病 | 肽驱动TCR鉴定、TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 序列数据、基因表达数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体 | NA | 单细胞RNA测序, bulk TCR测序 | NA | NA |
| 4342 | 2025-10-06 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学技术，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控机制 | 首次结合空间转录组学、成像质谱流式和质谱成像技术，系统解析胶质瘤核心与边缘区域的代谢异质性 | 样本量相对有限，需要进一步验证代谢物的功能机制 | 探索弥漫性胶质瘤区域特异性代谢依赖性与肿瘤生长的关系 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤组织（核心与边缘区域） | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 空间转录组学, 成像质谱流式, 质谱成像 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤样本（包含IDH突变少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤） | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
| 4343 | 2025-10-06 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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研究论文 | 开发了一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | 首次提出了能够同时考虑位点和异构体水平依赖关系的多变量测试方法，在稀疏数据上表现出稳健性能 | NA | 研究转录多样性的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 神经精神疾病, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多变量统计模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4344 | 2025-10-06 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
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研究论文 | 系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析在识别GWAS靶基因方面的互补性和差异性 | 首次系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析两种方法在识别非编码变异靶基因方面的表现 | 研究主要关注血液细胞性状相关的基因组区域，可能不适用于其他组织或疾病类型 | 评估不同方法在识别非编码变异靶基因方面的效果和互补性 | 数百个与血液细胞性状相关的基因组区域 | 功能基因组学 | 血液相关疾病 | CRISPR干扰, 单细胞转录组测序, eQTL分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 数百个基因组区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4345 | 2025-10-06 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
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研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示实验性肺动脉高压中新型巨噬细胞和内皮细胞亚群的作用 | 首次建立跨物种单细胞图谱，鉴定出Dhcr24高表达巨噬细胞亚群和Ednrb阳性内皮细胞亚群在肺动脉高压中的新作用 | 动物模型与人类疾病的完全对应关系仍需进一步验证 | 研究肺动脉高压动物模型与人类疾病的细胞水平关联 | 小鼠、大鼠肺动脉高压模型和人类肺动脉高压患者 | 单细胞测序分析 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种啮齿类动物模型和人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4346 | 2025-10-06 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
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研究论文 | 研究Meis转录因子在晚期视网膜祖细胞中过表达对时间模式和神经发生的影响 | 首次系统研究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的功能，揭示它们对时间身份和神经发生能力的不同调控作用 | 未能完全重编程晚期祖细胞，过表达效果有限 | 探究Meis因子过表达是否能够改变视网膜祖细胞的时间身份并诱导早期细胞类型 | 出生后小鼠视网膜祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜疾病 | 电转染，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4347 | 2025-10-06 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
|
研究论文 | 系统评估儿科癌症单细胞RNA测序数据存储现状并提出标准化建议框架 | 首次系统分析儿科癌症scRNA-seq数据存储的不一致性问题，并提出改善数据存储实践的具体建议框架 | 仅分析已公开的scRNA-seq数据集，未涉及其他单细胞测序技术 | 改善儿科癌症单细胞RNA测序数据的存储标准和使用效率 | 公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本，超过130万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4348 | 2025-10-06 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.25.650540
PMID:40654702
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了十三线地松鼠视锥细胞优势视网膜发育的分子机制 | 发现视锥细胞不仅来源于早期神经源性祖细胞，还来源于晚期神经源性祖细胞，这种扩展的视锥细胞生成期由转录因子表达的异时性转变驱动 | NA | 探索地松鼠视锥细胞优势视网膜发育的调控基础 | 十三线地松鼠发育过程中的视网膜 | 发育生物学 | 视力障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 4349 | 2025-10-06 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
|
研究论文 | 本研究探讨妊娠期肝内胆汁淤积症中胆汁酸通过NRF1/PGC-1α通路导致胎盘滋养细胞线粒体功能障碍的机制 | 首次在单细胞水平揭示ICP胎盘滋养细胞线粒体功能损伤机制，发现NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制受损 | 研究主要基于细胞模型，需要更多临床样本验证 | 探究胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制，为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和滋养细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序，荧光共聚焦显微镜，电子显微镜，线粒体膜电位检测 | 细胞模型 | 单细胞测序数据，显微镜图像，分子检测数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4350 | 2025-10-06 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类基因组中性别差异对基因表达和功能变异的影响 | 首次在单细胞水平系统识别1200个性别偏向表达基因，发现79%的性别差异基因受转录因子调控，并鉴定出2390个性别偏向eQTL | 独立数据集中复制证据有限，主要基于淋巴母细胞系研究 | 探索人类性别二态性的遗传机制及其对疾病的影响 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习, 线性模型 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4351 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过构建发育中抑制性神经元的单细胞转录组图谱，揭示了SST+神经元多样化的三种不同模式 | 开发了计算流程富集和整合稀有细胞类型，构建了包含超过51,000个SST+神经元的发育图谱，首次发现抑制性神经元多样化的三种模式：不变、扩张和收缩 | 主要基于小鼠数据，人类数据验证有限；稀有细胞类型的捕获仍存在技术挑战 | 探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿的生长抑素表达(SST+)抑制性神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4352 | 2024-09-25 |
Unveiling Molecular Diversity in Cerebral Thrombi via Spatial Transcriptomics
2024-10, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.047907
PMID:39206540
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4353 | 2025-10-06 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析揭示干燥综合征中GZMK+CD8+ T细胞靶向特定腺泡细胞类型的机制 | 首次识别出新型浆黏液腺泡细胞类型，并发现干燥综合征中GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向该类细胞 | 研究样本仅涉及人类小唾液腺，疾病病因和治疗方案仍未明确 | 解析干燥综合征的细胞景观变化和免疫病理机制 | 健康与干燥综合征患者的人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间基因表达数据 | 未明确样本数量的人类小唾液腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4354 | 2025-10-06 |
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors
2024-05-20, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2022-219958
PMID:38286613
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研究论文 | 本研究揭示了COPD患者基底细胞向分泌型细胞分化失衡的分子机制及其对环境应激的增强耐受性 | 首次发现COPD-IV期基底细胞存在独特的分子特征，包括KRT5和LAMB3表达上调及Wnt/Notch信号通路激活，驱动分泌型与多纤毛细胞失衡 | 样本量较小（COPD-IV n=4，COPD-II n=3，健康对照n=4），且仅针对特定环境纳米颗粒进行研究 | 阐明环境污染物作用下COPD患者支气管上皮细胞的耐受机制 | 原发性人支气管上皮细胞（pHBECs） | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组测序，功能分析，蛋白质分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 11例人支气管上皮细胞样本（4例COPD-IV期，3例COPD-II期，4例健康对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4355 | 2025-10-06 |
Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome
2023-06-15, The New England journal of medicine
DOI:10.1056/NEJMoa2202318
PMID:37256972
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研究论文 | 本研究通过基因测序发现STAT4基因功能获得性变异导致致残性全硬化性硬斑病，并证实JAK抑制剂鲁索替尼可改善该疾病的炎症表型 | 首次发现STAT4基因功能获得性变异与致残性全硬化性硬斑病的因果关系，并证明JAK抑制剂对该疾病的治疗潜力 | 研究样本量较小（仅4名患者），需要更大规模研究验证 | 探究致残性全硬化性硬斑病的遗传病因和潜在治疗方法 | 来自3个无亲缘关系家庭的4名致残性全硬化性硬斑病患者 | 医学遗传学 | 自身炎症性疾病 | 基因组测序, 单细胞RNA测序, 体外细胞功能实验 | NA | 基因组数据, 基因表达数据, 临床数据 | 4名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4356 | 2025-10-06 |
BASiCS workflow: a step-by-step analysis of expression variability using single cell RNA sequencing data
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.74416.2
PMID:38779464
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研究论文 | 介绍使用BASiCS Bioconductor包分析单细胞RNA测序数据中基因表达变异性的分步计算工作流程 | 提供集成框架同时进行数据标准化、技术噪音量化和下游分析，并在分析步骤间传播统计不确定性 | 依赖于公开可用数据集，需要用户具备一定的生物信息学分析能力 | 开发稳健量化单细胞基因表达变异性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 公开可用数据集（未指定具体样本数量） | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4357 | 2025-10-06 |
EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.70010
PMID:40641186
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研究论文 | 本研究揭示了EJC核心解旋酶EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路，从而促进肌肉萎缩和衰老的机制 | 首次发现EJC复合物核心组分EIF4A3在肌肉萎缩中的关键作用，并阐明其通过NEDD9 mRNA稳定性调控FAK信号通路的新机制 | 样本量相对有限（人类n=5，小鼠n=6-10），需在更大规模人群中验证 | 探究外显子连接复合物在肌肉萎缩中的作用机制 | 人类肌肉组织、小鼠模型、肌管细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 人类：5例年轻与老年对照；小鼠：每组6-10只 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4358 | 2025-10-06 |
Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation
2025-Jul-12, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251348148
PMID:40650465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了调控成牙本质细胞分化的转录因子代码 | 首次鉴定并验证了4个在牙齿发育中未被研究过的转录因子在成牙本质细胞分化中的功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证 | 解析干细胞向成牙本质细胞分化的分子机制 | 小鼠持续生长牙齿中的干细胞和诱导多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq，多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙齿样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4359 | 2025-10-06 |
Zmiz1-Mediated SUMOylation of NLRP3 Inflammasome Regulates Satellite Glial Cell Activation and Neuronal Autophagy in Trigeminal Neuralgia
2025-Jul-12, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02330-4
PMID:40650830
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研究论文 | 本研究揭示了Zmiz1通过介导NLRP3炎症小体的SUMO化修饰调控三叉神经痛中卫星胶质细胞活化和神经元自噬的新机制 | 首次发现Zmiz1是调控NLRP3炎症小体SUMO化的关键因子，并阐明其在三叉神经痛发病机制中的作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床样本中得到验证 | 探索三叉神经痛的分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 三叉神经痛大鼠模型、卫星胶质细胞、神经元 | 神经科学 | 三叉神经痛 | 单细胞转录组测序、生物信息学分析、免疫共沉淀、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 三叉神经痛大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4360 | 2025-10-06 |
Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL
2025-Jul-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61118-0
PMID:40640129
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研究论文 | 开发了一种名为SCALPEL的单细胞RNA测序工具，用于在单细胞水平定量分析转录本亚型 | 基于Nextflow的工具能够从标准3' scRNA-seq数据中定量表征转录本亚型，相比现有方法具有更高的灵敏度和特异性 | NA | 改进单细胞水平转录本亚型的定量分析，探索转录后基因调控机制 | 转录本亚型、细胞群体、3' UTR长度变化、miRNA特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、长短读长测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、合成数据、真实数据集 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 标准3'单细胞RNA测序 |