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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4361 | 2025-10-06 |
PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07836-1
PMID:40640171
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研究论文 | 本研究揭示了PLIN2通过稳定CD36蛋白表达促进结直肠癌上皮-间质转化和肿瘤进展的分子机制 | 首次发现PLIN2通过抑制CD36的蛋白酶体降解途径稳定其蛋白表达,从而促进CD36介导的上皮-间质转化过程 | NA | 构建可靠的结直肠癌预后预测模型并阐明肿瘤进展的关键分子机制 | 结直肠癌细胞、临床标本、组织芯片 | 生物医学研究 | 结直肠癌 | WGCNA、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫沉淀、免疫荧光 | LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达谱、临床数据 | 120个免疫细胞表达谱及临床标本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | NA | NA |
4362 | 2025-10-06 |
Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-09310-6
PMID:40640353
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研究论文 | 本研究探索并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值 | 首次结合孟德尔随机化和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学的预后基因,并构建了高精度的风险模型 | 研究机制仍需进一步实验验证,风险模型AUC值仅超过0.6,准确度有提升空间 | 评估线粒体自噬和线粒体动力学在宫颈癌中的预后意义 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 孟德尔随机化,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 多种机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4363 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10421-3
PMID:40640360
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉,揭示衰老和身体衰弱过程中的转录异质性 | 首次在单细胞水平系统比较相对健康衰老、年龄相关衰弱和年龄无关衰弱三种状态的转录调控网络和细胞通讯差异 | 研究仅针对小鼠模型,结果需要进一步在人类样本中验证 | 阐明衰老和身体衰弱的分子机制 | 小鼠后肢肌肉组织 | 单细胞转录组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,SMART测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老小鼠,分为非衰弱年轻/年老组和衰弱年老组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4364 | 2025-10-06 |
Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses
2025-Jul-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03078-x
PMID:40640432
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序方法系统研究衰老相关基因在胰腺癌中的作用,发现IQGAP2在胰腺癌中的因果作用和治疗靶点潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证IQGAP2的功能机制 | 探索衰老相关基因在胰腺癌发生发展中的作用及其治疗潜力 | 胰腺癌细胞和衰老相关基因 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 功能富集分析 | SMR分析, HEIDI检验, 共定位分析 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4365 | 2025-10-06 |
MTMR14 depletion aggravates intrapulmonary inflammation and emphysema in experimental COPD through activating macrophage M1 polarization
2025-Jul-10, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03293-8
PMID:40640787
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研究论文 | 本研究探讨MTMR14在COPD巨噬细胞极化中的作用机制 | 首次揭示MTMR14通过PI3K/Akt和NF-κB通路负调控巨噬细胞M1极化,并发现TRIM21通过泛素-蛋白酶体系统下调MTMR14 | 未提供临床样本量具体数据,动物模型结果向临床转化的有效性需进一步验证 | 研究MTMR14在慢性阻塞性肺疾病巨噬细胞中的功能和机制 | 巨噬细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型、临床标本 | 分子生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 生物信息学分析、单细胞测序、免疫共沉淀、环己酰亚胺追踪实验 | 基因敲除小鼠模型、细胞敲低/过表达模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、功能实验数据 | 临床标本、动物模型和细胞模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4366 | 2025-10-06 |
Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction
2025-Jul-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06726-6
PMID:40640882
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据,揭示了心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及蛋白质水平动态变化 | 首次整合单细胞转录组和蛋白质组数据系统分析心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及蛋白质翻译后修饰 | 研究主要基于动物实验数据,尚未在人类样本中进行验证 | 探究心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及其蛋白质水平动态变化对预后的影响 | 心肌梗死后小鼠模型中的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量,包含多个时间点(3天、7天、28天)的巨噬细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
4367 | 2025-10-06 |
Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions
2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00867-4
PMID:40640892
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综述 | 本文综述了神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略现状及未来方向 | 系统整合了新兴的小胶质细胞靶向治疗策略和生物标志物,并提出了将肿瘤学中伴随诊断模式应用于神经退行性疾病的创新思路 | 许多生物标志物仍局限于临床前研究,面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战 | 探讨神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略 | 阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化、帕金森病和额颞叶痴呆等神经退行性疾病 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞组学、空间转录组学、人工智能多模态数据整合 | NA | 多模态数据 | NA | NA | 单细胞组学, 空间转录组学 | NA | NA |
4368 | 2025-10-06 |
Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13023-025-03876-0
PMID:40640934
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研究论文 | 通过机器学习识别脂质相关基因并构建特发性肺纤维化的诊断和预后模型 | 首次结合脂质相关基因与机器学习构建IPF诊断预后模型,并通过单细胞测序和功能实验验证KLF4基因的致病作用 | 研究样本量有限,需要更多临床验证,KLF4的具体作用机制仍需深入探索 | 探索脂质代谢与特发性肺纤维化的关系并构建相关预测模型 | 特发性肺纤维化患者样本和人类肺泡II型上皮细胞 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序,加权基因共表达网络分析,机器学习算法,细胞功能实验 | 机器学习模型,诊断模型,预后模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 多个数据集的特发性肺纤维化样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4369 | 2025-10-06 |
A clinical road map for single-cell omics
2025-Jul-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.06.009
PMID:40645168
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综述 | 本文探讨单细胞组学技术从科研向临床转化的关键障碍与发展路线图 | 提出通过开发同时量化多种细胞类型特异性病理生理过程的组合生物标志物来指导临床决策的框架 | 单细胞技术尚未常规应用于临床医疗决策 | 识别阻碍单细胞组学临床部署的关键障碍并制定转化路线图 | 单细胞转录组学技术及其临床转化 | 生物信息学 | NA | 单细胞组学 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
4370 | 2025-10-06 |
Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells
2025-Jul-10, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2025.06.004
PMID:40645853
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评论 | 本文讨论了血液系统恶性肿瘤诊断分类中忽视免疫环境的现状,并提出了整合新一代免疫分析技术的解决方案 | 提出将非恶性免疫区室作为治疗靶点或生物标志物纳入临床决策,并建议建立标准化的免疫特征分类 | 未提供具体实验数据验证所提方法的有效性 | 改进血液系统恶性肿瘤的诊断分类和精准免疫治疗 | 血液系统恶性肿瘤及其免疫微环境 | 数字病理学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序、空间转录组学、先进细胞计数技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4371 | 2025-10-06 |
Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-87361-5
PMID:40629035
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了LDHA驱动的CD8+T细胞代谢重编程在非小细胞肺癌免疫逃逸和治疗抵抗中的关键作用 | 首次系统描绘了NSCLC中CD8+T细胞的单细胞图谱,发现LTB+LDHA+CD8+T细胞亚群具有独特的代谢和免疫表型,并利用机器学习模型识别出与转移相关的关键基因 | 研究样本量相对有限(89例患者),且为回顾性分析 | 探究CD8+T细胞代谢重编程在非小细胞肺癌免疫逃逸和治疗抵抗中的作用机制 | 非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,蛋白质组学,机器学习 | StepCox[forward]+Lasso等117种机器学习模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 89例NSCLC患者的9个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
4372 | 2025-10-06 |
Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation
2025-Jul-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14131033
PMID:40643552
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研究论文 | 本研究利用杜氏肌营养不良症患者iPSCs衍生的3D骨骼肌类器官系统,揭示了肌源性祖细胞成熟发育延迟的现象 | 首次使用3D骨骼肌类器官系统模拟DMD疾病,发现肌源性祖细胞存在发育成熟延迟的创新发现 | 研究仅使用三个DMD患者iPSC系和两个非等基因健康对照,样本量有限 | 研究杜氏肌营养不良症中骨骼肌再生能力受损的机制 | 杜氏肌营养不良症患者iPSCs衍生的骨骼肌类器官 | 干细胞与类器官研究 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序,3D类器官培养 | 3D骨骼肌类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 三个DMD患者iPSC系和两个非等基因健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4373 | 2025-10-06 |
TriCLFF: a multi-modal feature fusion framework using contrastive learning for spatial domain identification
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf316
PMID:40639417
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研究论文 | 提出基于对比学习的多模态特征融合框架TriCLFF,用于空间转录组数据中的空间域识别 | 开发了基于对比学习的多模态特征融合框架,能有效整合空间关联、基因表达水平和组织学特征 | NA | 开发空间转录组数据分析方法,实现精确的空间域识别 | 小鼠大脑前部、小鼠嗅球、人背外侧前额叶皮层和人乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 对比学习 | 空间多模态数据 | 四个数据集 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组平台,Stereo-seq空间转录组技术 |
4374 | 2025-10-06 |
High-resolution transcriptome atlas of bladder cancer highlights the functional myeloid subsets in modulating immune microenvironment
2025-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105801
PMID:40561775
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了膀胱癌中髓系细胞的功能亚群及其在调节肿瘤微环境中的作用 | 首次系统描绘了膀胱癌中TREM2+巨噬细胞和CMA1+肥大细胞等髓系细胞亚群的功能状态,并发现TREM2和APP作为免疫调节分子的新功能 | 样本量相对较小(11例患者),需要在更大队列中验证研究结果 | 深入探索膀胱癌肿瘤微环境中髓系细胞的功能特征和免疫调节机制 | 膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织,以及体外培养细胞和小鼠肿瘤模型 | 单细胞生物学 | 膀胱癌 | 单细胞转录组测序,密度梯度离心,体外培养,小鼠肿瘤模型,去卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 11例膀胱癌患者的配对肿瘤和正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4375 | 2025-10-06 |
Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically
2025-Jun-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14131000
PMID:40643521
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研究论文 | 开发了一种自动生成关键点文件的方法Xenium-Align,用于在Xenium Explorer软件中实现H&E图像和Xenium DAPI染色图像的对齐 | 提出了首个自动生成关键点的方法,替代了需要领域专家手动标记关键点的传统流程 | 方法运行时间效率有待优化,可用性需要进一步提升 | 开发自动图像配准方法,用于空间转录组学研究中的图像对齐 | 人类肾脏样本和皮肤样本,包括健康和疾病状态 | 空间转录组学 | 肾脏疾病,皮肤疾病 | 图像配准,关键点识别 | NA | H&E图像,Xenium DAPI染色图像 | 14个人类肾脏样本和1个人类皮肤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 10x Xenium原位空间转录组平台 |
4376 | 2025-10-06 |
Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024193
PMID:39949198
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研究论文 | 本研究揭示了新生儿心肌组织来源的细胞外囊泡通过Pak2-Erk1/2轴调控巨噬细胞旁分泌活动,从而抑制心肌细胞增殖的机制 | 首次发现出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡通过Pak2-Erk1/2信号通路调控巨噬细胞功能,进而影响心肌细胞增殖能力 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;具体囊泡内容物的作用机制仍需进一步探索 | 探究心肌组织来源的细胞外囊泡对新生儿心脏再生能力的影响机制 | 小鼠心肌组织、细胞外囊泡、巨噬细胞、新生儿心肌细胞 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序、共培养实验 | NA | 单细胞测序数据、组学数据 | 小鼠出生后第1天和第8天心肌组织 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
4377 | 2025-10-06 |
Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024202
PMID:39953797
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研究论文 | 本研究通过双光子钙成像和单细胞RNA测序技术,探索了背根神经节神经元对疼痛和瘙痒刺激的响应差异及分子特征 | 首次系统比较了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的响应差异,并揭示了不同神经元亚群在慢性疼痛和瘙痒发展中的独特转录组变化 | 研究主要聚焦于背根神经节神经元,未涉及中枢神经系统的调控机制 | 探究外周感觉神经元对疼痛和瘙痒刺激的响应差异及分子机制 | 小鼠背根神经节神经元 | 神经科学 | 慢性疼痛和瘙痒 | 双光子钙成像, 单细胞RNA测序 | NA | 钙成像数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4378 | 2025-10-06 |
Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia
2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00560-0
PMID:39243082
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术鉴定ADGRG1作为急性髓系白血病中肿瘤反应性T细胞的特异性标志物 | 首次发现ADGRG1可作为CD8+肿瘤反应性T细胞的特定标志物,并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能 | 研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1融合基因的AML患者,需要更广泛的患者群体验证 | 探索急性髓系白血病中肿瘤反应性T细胞的特征和特异性标志物 | 新诊断AML患者的骨髓T细胞和Runx1; Mx1-Cre小鼠模型 | 单细胞生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 单细胞V(D)J测序 | STARTRAC-like算法 | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 新诊断RUNX1::RUNX1T1融合基因AML患者的骨髓T细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞V(D)J测序 | NA | NA |
4379 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals pathogenic mechanism of renal fibrosis in imiquimod-induced lupus nephritis in mice
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102087
PMID:40641741
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示咪喹莫特诱导的小鼠狼疮性肾炎肾纤维化的致病机制 | 首次建立狼疮性肾炎肾脏的单核与空间转录组图谱,识别出外髓质内条纹区成纤维细胞特异性激活及促纤维化巨噬细胞亚型Lyz2 | 研究局限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 阐明狼疮性肾炎肾纤维化的细胞分子病理机制 | 咪喹莫特诱导的狼疮性肾炎小鼠肾脏组织 | 空间转录组学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单核RNA测序数据 | 狼疮性肾炎与对照组小鼠肾脏样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
4380 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Alternative Splicing and Gene Regulatory Network Reveals Remarkable Expression and Regulation Dynamics During Human Early Embryonic Development
2025-Jul, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00075
PMID:40641848
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研究论文 | 通过整合基因表达水平、选择性剪接、异构体转换和基因调控网络,系统研究人类早期胚胎发育中的基因表达动态 | 首次在单细胞水平系统整合基因表达、选择性剪接和调控网络分析人类早期胚胎发育动态 | 仅关注E3到E7阶段的胚胎发育,未涵盖更广泛的发育时期 | 揭示人类早期胚胎发育过程中基因表达的动态特征 | 人类早期胚胎(E3-E7阶段) | 单细胞组学 | 发育生物学 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | E3到E7阶段人类胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |