单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4261 - 4280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4261 | 2025-10-06 |
A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660757
PMID:40667350
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研究论文 | 本研究构建了胰腺癌放化疗的空间图谱，揭示了耐受性细胞群体的细胞和微环境决定因素 | 开发了新型统计方法SpaCCI解析空间细胞互作，首次发现CXCL12/TGFβ驱动的耐受细胞生态位及其对铁死亡和铜死亡途径的抵抗机制 | 样本量相对有限（50例患者样本），空间转录组数据存在细胞类型混合的技术局限 | 阐明胰腺导管腺癌对放疗的适应性机制和细胞间相互作用 | 胰腺导管腺癌患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | SpaCCI统计模型 | 转录组数据, 空间数据 | 50例患者样本（16例纵向匹配单细胞RNA测序，34例空间转录组样本） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4262 | 2025-10-06 |
The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782
PMID:40478737
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了幼年大鼠内侧杏仁核中游戏行为的性别差异转录组特征 | 首次揭示了游戏行为相关转录组在内侧杏仁核中的性别特异性表达模式，并确定抑制性神经元是驱动这种性别差异的关键细胞类型 | 研究仅针对大鼠模型，结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探索游戏行为在内侧杏仁核中的分子机制和性别差异基础 | 幼年大鼠的内侧杏仁核组织 | 神经科学, 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 整合生物信息学分析 | NA | 转录组数据 | 新生和幼年大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4263 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma
2025-Jun-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132117
PMID:40647416
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析骨肉瘤的免疫微环境特征 | 首次在骨肉瘤中系统鉴定免疫抑制细胞群体并揭示MDSCs通过NF-κB通路促进免疫抑制微环境的机制 | 样本量较小（12个单细胞RNA测序样本），需要更大队列验证 | 解析骨肉瘤免疫微环境的组成和功能 | 骨肉瘤肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 细胞-细胞通讯模型 | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4264 | 2025-10-06 |
Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.659743
PMID:40666832
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学解析垂体神经内分泌肿瘤的发育可塑性和微环境相互作用 | 发现垂体神经内分泌肿瘤存在跨越亚型的转录连续谱，挑战传统离散分类；揭示肿瘤细胞共用了正常成体神经内分泌细胞的细胞通讯网络 | 样本来源仅限于人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤，未涉及其他物种或更广泛的肿瘤类型 | 解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤组织 | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 419,874个细胞 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4265 | 2025-10-06 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
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研究论文 | 本研究通过建立HER2阳性乳腺癌小脑转移模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在脑转移中的关键作用 | 首次开发了免疫活性小鼠的HER2阳性乳腺癌小脑转移模型，并发现癌细胞产生的IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进脑转移生长 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的分子机制及治疗策略 | HER2阳性乳腺癌小鼠模型和小脑转移灶 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，MRI，光学成像 | 小鼠移植瘤模型 | 基因表达数据，影像数据 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4266 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660571
PMID:40667236
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺陷浦肯野细胞中内质网应激在酒精诱导的小脑易损性中的作用机制 | 首次发现MANF在保护浦肯野细胞免受酒精诱导的内质网应激中起关键作用，并揭示了性别特异性差异 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；机制研究仍需进一步深入 | 探究MANF在酒精诱导的浦肯野细胞内质网应激和神经退行性变中的保护作用 | 小鼠浦肯野细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学，高通量原位分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据，行为学数据，组织学数据 | PC特异性MANF敲除小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4267 | 2025-10-06 |
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660790
PMID:40667316
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研究论文 | 开发了一个结合机器学习和多重原位分析的端到端平台，用于加速脊髓背角增强子发现 | 开发了ESCargoT平台，整合机器学习指导的增强子优先排序、模块化AAV组装和多重原位筛选，实现空间分辨的多重增强子分析 | 基于猕猴基因组的增强子在小鼠中表现出功能特异性，可能存在物种差异限制 | 开发精确控制神经回路的方法，加速细胞靶向工具和基因治疗发展 | 脊髓背角少突胶质细胞和15种背角神经元亚型 | 机器学习 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 染色质可及性数据分析，机器学习模型，空间平行报告基因检测 | 机器学习模型 | 染色质可及性数据，空间表达数据 | 27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试 | NA | 多重原位分析，空间转录组学 | ESCargoT平台 | 整合机器学习指导的增强子优先排序、模块化AAV组装和多重原位筛选的端到端平台 |
| 4268 | 2025-10-06 |
The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.660029
PMID:40667152
|
研究论文 | 本研究探讨LRRK2-R1441G突变如何通过年龄依赖性方式导致多巴胺神经元线粒体功能障碍和氧化应激 | 首次结合BAC转基因小鼠模型和线粒体靶向氧化还原成像技术，揭示LRRK2突变引起年龄依赖性线粒体功能衰退的机制 | 研究基于转基因小鼠模型，与人类帕金森病存在物种差异 | 探究LRRK2-R1441G突变对中脑多巴胺神经元线粒体功能的影响 | BAC转基因小鼠模型中的中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 双光子成像、空间转录组学、线粒体靶向氧化还原成像 | BAC转基因小鼠模型 | 图像、基因表达数据 | 3、6、10月龄小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析仪 |
| 4269 | 2025-10-06 |
Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示扁平苔藓中I型干扰素反应触发界面皮炎反应的免疫发病机制 | 首次在扁平苔藓中发现I型干扰素富集环境，并证明IFN-β能使角质形成细胞对CD8 T细胞介导的细胞死亡敏感 | NA | 研究扁平苔癣的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者皮损组织与健康对照皮肤 | 单细胞组学 | 皮肤炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4270 | 2025-10-06 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
|
研究论文 | 提出一种基于正交图自编码器的空间转录组数据细胞间通讯网络构建方法 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器分别捕获细胞/点和基因维度特征，并通过最大化重建特征相似性进行整合 | NA | 从空间转录组数据推断细胞间通讯网络 | 细胞间通讯机制 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达谱，空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4271 | 2025-10-06 |
Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells
2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002633
PMID:40663487
|
研究论文 | 通过双向孟德尔随机化和单细胞测序研究CD39+细胞在脓毒症中的代谢免疫机制 | 首次整合双向孟德尔随机化与单细胞转录组学揭示CD39+CD8+T细胞通过代谢中间产物影响脓毒症风险的免疫代谢交叉对话机制 | 研究样本量有限，需要进一步实验验证代谢物与免疫表型间的因果关系 | 探究免疫表型与代谢物在脓毒症发病机制中的相互作用 | 脓毒症患者与对照组的免疫细胞和代谢物 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 11,643例脓毒症病例和GSE167363数据集样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4272 | 2025-10-06 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
|
研究论文 | 本研究通过比较年轻和中年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学变化，揭示了年龄对脊髓损伤修复机制的影响 | 首次对中年小鼠脊髓损伤病理生物学进行全面的转录组学研究，填补了该年龄段研究空白 | 研究仅关注急性期变化，未评估长期修复过程；样本量相对有限 | 探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响 | 年轻（2-4个月）和中年（10-12个月）小鼠 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,行为数据,组织病理学数据 | 年轻和中年小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4273 | 2025-10-06 |
Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S530987
PMID:40655119
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研究论文 | 本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)如何增强DNA疫苗诱导的抗肿瘤免疫反应 | 首次发现ASPH抑制可增强DNA疫苗激发的CD8+T细胞免疫反应，并对MHC-I下调的肿瘤产生有效免疫 | 研究仅使用小鼠TC-1/A9肿瘤模型，尚未在人类临床试验中验证 | 研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫的影响及参与的免疫细胞 | 小鼠TC-1/A9肿瘤模型及相关的免疫细胞 | 免疫肿瘤学 | 肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ELISPOT检测 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4274 | 2025-10-06 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在脑动静脉畸形发病机制中的关键作用，并验证其通过影响内皮细胞增殖促进疾病进展 | NA | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形患者的内皮细胞 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 细胞转染, CCK-8, RT-qPCR, Transwell, EdU, 管形成实验 | monocle2, CytoTRACE, slingshot, CellChat, pySCENIC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 4275 | 2025-10-06 |
Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf123
PMID:40655197
|
研究论文 | 开发了一种利用单细胞RNA测序数据和伪时间导数识别细胞周期调控基因的新方法 | 通过伪时间方法和基因表达速度计算，无需细胞周期同步化或选择实验即可研究细胞周期 | 方法主要适用于细胞系实验，可能受技术变异影响 | 开发无需化学修饰或特定阶段细胞选择的研究细胞周期的方法 | 细胞周期调控基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4276 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1579121
PMID:40655943
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究长期电磁场暴露对肝脏的时空影响 | 首次在单细胞分辨率下系统评估长期电磁场暴露对肝脏的时空影响，揭示了不同肝细胞区域对电磁辐射的敏感性差异 | 研究仅使用小鼠模型，结果向人类外推需谨慎 | 系统评估长期电磁场暴露对肝脏的影响 | 小鼠肝脏细胞 | 单细胞分析 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序，脂质组学分析，组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据，血清生化数据，组织学图像 | 长期电磁场暴露的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4277 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.114505
PMID:40657372
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了宫颈癌进展中TGF-β信号驱动的多细胞相互作用及其预后相关性 | 首次在单细胞分辨率上系统描绘宫颈癌不同进展阶段的肿瘤微环境动态变化，发现TGF-β驱动的Epi0-中性粒细胞-CAFs生态位形成及其预后价值 | 样本量相对有限（scRNA-seq仅11例），需要更大队列验证 | 解析宫颈癌进展过程中肿瘤微环境异质性演变及其预后意义 | 宫颈癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,多重免疫组化 | 计算模型,基因集变异分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量转录组数据 | scRNA-seq: 11例（局部3例、区域4例、转移4例）,TCGA-CESC队列: 304例 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 4278 | 2025-10-06 |
Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.113580
PMID:40657391
|
研究论文 | 本研究通过整合多尺度分析和机器学习方法，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞在肺腺癌进展和预后中的关键作用 | 首次系统鉴定eCAFs作为CAF分化的进化终点，发现其通过COL1A1-CD44和COL1A2-CD44配体-受体对与SPP1+巨噬细胞相互作用的新机制 | 需要进一步的实验验证 | 研究肺腺癌中细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞的预后作用和治疗靶点价值 | 肺腺癌肿瘤样本和多个队列的转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习 | 101种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 15个LUAD肿瘤样本，整合TCGA、GSE31210、GSE72094多队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 4279 | 2025-10-06 |
CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat
2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC
PMID:38507610
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9基因编辑和囊胚互补技术，首次在大鼠体内成功生成了小鼠肺组织 | 首次实现跨物种（小鼠-大鼠）肺组织生成，胚胎干细胞对肺组织贡献率达到近99% | 研究仅限于小鼠和大鼠模型，尚未在大型动物或人类中验证 | 探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺器官的可能性 | 小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎 | 发育生物学 | 肺发育不全 | CRISPR-Cas9基因编辑，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，免疫染色图像，流式细胞术数据 | 基因编辑大鼠胚胎和鼠-大鼠嵌合体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4280 | 2025-10-06 |
Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma
2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219
PMID:38364947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了FLASH和常规放疗对弥漫中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响 | 首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放疗对DMG肿瘤免疫微环境的免疫改变图谱 | 研究样本量有限，仅使用小鼠模型，时间点观察有限（仅第4天和第10天） | 探索FLASH和常规放疗对弥漫中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异 | 原位同系小鼠脑干弥漫中线胶质瘤模型中的免疫细胞 | 数字病理学 | 弥漫中线胶质瘤 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 小鼠脑干DMG模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |