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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4321 | 2025-10-06 |
Prognostic gene landscapes and therapeutic insights in sepsis-induced coagulopathy
2024-05, Thrombosis research
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.thromres.2024.03.011
PMID:38513536
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研究论文 | 本研究通过分析脓毒症患者的转录组数据,识别了与凝血相关的关键基因,并开发了预后模型和列线图来预测患者生存 | 首次通过单细胞测序揭示脓毒症中血小板与免疫细胞间的通讯改变,并发现FYN基因在凝血功能障碍中的核心作用 | 研究样本量有限,机制研究主要在动物模型中进行,需要进一步临床验证 | 探索脓毒症诱导凝血病(SIC)的预后基因标志物和治疗靶点 | 脓毒症患者和脓毒症大鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞测序, 实时定量PCR | 预后模型, 列线图, 共识聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 脓毒症患者全血转录组数据,脓毒症大鼠模型 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
4322 | 2025-10-06 |
PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2
2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.15.589676
PMID:38659941
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研究论文 | 研究发现小分子抑制剂RMC-113通过双重抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶,逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流损伤,发挥广谱抗病毒作用 | 首次揭示PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放过程中的作用,并发现其与病毒非结构蛋白6结合调控自噬流 | NA | 开发广谱抗病毒药物并阐明其作用机制 | 人类肺类器官和多种RNA病毒包括SARS-CoV-2 | 病毒学 | COVID-19 | 脂质组学、蛋白质组学、单细胞转录组学、功能测定 | NA | 分子数据、转录组数据、功能测定数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
4323 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-03-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607
PMID:38246225
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析胰腺导管腺癌恶性进展过程中的上皮细胞和微环境异质性 | 首次在单细胞水平揭示IPMN向PDAC进展过程中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化,发现SPP1-CD44通路在PDAC中显著增强 | 样本量相对有限(仅5个手术切除样本),需要更大队列验证发现 | 解析胰腺导管腺癌恶性进展的细胞分子机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)和胰腺导管腺癌(PDAC)患者手术样本 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 35,693个细胞,来自3个高级别IPMN和2个IPMN来源的PDAC | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
4324 | 2025-10-06 |
Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions
2024-03-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610
PMID:38244910
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞异质性、功能表型和细胞相互作用方面的最新研究进展 | 从发育角度系统总结TAM表型和功能变化,深入理解TAM在肿瘤微环境中的意义 | NA | 探讨单细胞RNA测序在肿瘤相关巨噬细胞研究中的应用和意义 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4325 | 2025-10-06 |
PGF2α signaling drives fibrotic remodeling and fibroblast population dynamics in mice
2023-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172977
PMID:37934604
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示PGF2α信号通路在特发性肺纤维化中的作用机制 | 首次发现PGF2α/FPr信号轴是TGF-β1非依赖性的IPF信号枢纽,并识别出易感的成纤维细胞亚群 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究PGF2α信号在肺纤维化重塑和成纤维细胞群体动态中的作用 | 表达Sftpc基因突变的小鼠模型和Ptgfr基因敲除小鼠 | 病理生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,伪时序分析,体外实验 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据,组织病理数据 | 多组基因型小鼠队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4326 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease
2019-10-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12464-3
PMID:31624246
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示人类T细胞在健康和疾病状态下的组织特异性特征和活化特征 | 首次建立人类T细胞在多个组织部位的高维参考图谱,揭示组织特异性T细胞特征和谱系特异性活化状态 | 样本来源仅限于肺部、淋巴结、骨髓和血液组织,未涵盖所有人体组织 | 研究组织部位对人类T细胞持久性和功能的影响 | 人类T细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过50,000个静息和活化T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4327 | 2025-10-06 |
SOD2 expression in patients with triple-negative breast cancer is associated with tumor-infiltrating lymphocytes and prognosis
2025-Aug, Breast cancer research and treatment
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10549-025-07775-7
PMID:40634732
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研究论文 | 本研究探讨了三阴性乳腺癌中SOD2表达与肿瘤浸润淋巴细胞及预后的关系 | 首次系统揭示SOD2表达与三阴性乳腺癌免疫微环境特征和临床预后的关联 | 样本来源多样且部分为回顾性分析,需进一步功能验证实验 | 探究SOD2在三阴性乳腺癌中的表达特征及其临床意义 | 三阴性乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学,蛋白质组学,RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 组织切片图像,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 组织芯片229例手术样本和144例新辅助化疗前活检样本,TCGA数据库91例,公共数据库534例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4328 | 2025-10-06 |
C3a-C3aR1-mediated interactions between fibroblast-like synoviocytes and macrophages promote the progression of rheumatoid arthritis
2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
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研究论文 | 本研究通过成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了类风湿关节炎滑膜中成纤维样滑膜细胞与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号通路促进疾病进展的新机制 | 首次发现成纤维样滑膜细胞与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号通路形成正反馈调节环路促进类风湿关节炎滑膜炎症 | 研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究类风湿关节炎滑膜微环境中细胞间相互作用机制及其在疾病进展中的作用 | 类风湿关节炎患者滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型 | 单细胞分析 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | 类风湿关节炎与骨关节炎滑膜组织比较研究 | NA | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | NA |
4329 | 2025-10-06 |
SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03125-7
PMID:40643718
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析,鉴定SLC3A2作为黑色素瘤预后和肿瘤微环境重塑的关键失巢凋亡相关基因 | 首次系统评估101种机器学习算法组合构建黑色素瘤预后模型,并通过单细胞分析揭示失巢凋亡在肿瘤微环境重塑中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 识别黑色素瘤中失巢凋亡相关的预后标志物并探索其与肿瘤微环境的关系 | 黑色素瘤患者和细胞系 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 机器学习, shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验 | 随机生存森林, 梯度提升机, Cox回归 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | 多个黑色素瘤队列(TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904)和单细胞数据集GSE215120 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
4330 | 2025-10-06 |
Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02981-7
PMID:40643756
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研究论文 | 本研究探讨Zwilch动粒蛋白通过参与细胞增殖、增强细胞通讯和重塑肿瘤微环境影响癌症患者预后的机制 | 首次系统揭示ZWILCH在多种癌症中的普遍高表达特征及其通过细胞通讯和肿瘤微环境重塑影响预后的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义 | 多种癌症类型及其肿瘤微环境 | 生物信息学 | 多种癌症 | 全转录组分析,空间转录组分析,单细胞转录组分析,GSEA,GSVA,KEGG富集分析,Aucell,全基因组CRISPR筛选 | 单变量Cox回归分析 | 转录组数据,功能蛋白数据 | 多种癌症患者样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
4331 | 2025-10-06 |
Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03154-2
PMID:40643861
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研究论文 | 基于PANoptosis相关基因通过多组学分析探索口腔鳞状细胞癌亚型的预后作用 | 首次基于PANoptosis相关基因对OSCC进行分子分型,并构建包含8个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA数据库,需要外部验证队列确认结果的普适性 | 探索PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌预后中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox回归模型, 聚类算法 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | TCGA数据库中的OSCC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
4332 | 2025-10-06 |
Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06937-3
PMID:40645977
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研究论文 | 本研究构建了肝细胞癌中巨噬细胞相关的预后基因特征,并评估了其预测免疫检查点抑制剂疗效的能力 | 首次基于单细胞RNA测序构建了八基因巨噬细胞相关预后特征,并深入揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制 | 研究样本量有限,需要更多独立队列验证基因特征的临床适用性 | 开发肝细胞癌预后生物标志物和免疫检查点抑制剂疗效预测工具 | 肝细胞癌患者、巨噬细胞亚型、PLAUR基因功能 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 功能实验 | 预后模型, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA-LIHC队列和配对肝癌与正常肝组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4333 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10354-x
PMID:40646181
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞测序识别结直肠癌关键预后基因MMRN1和SLC6A19及其功能机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统鉴定结直肠癌预后关键基因 | NA | 识别结直肠癌关键预后基因并探索其分子机制 | 结直肠癌相关基因和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR | 单变量Cox分析, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4334 | 2025-10-06 |
Comparison of local effects and systemic T-cell responses in patients with breast cancer treated by radiofrequency ablation versus microwave ablation
2025-Jul-11, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03896-7
PMID:40646574
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研究论文 | 比较射频消融与微波消融治疗乳腺癌的局部效果和系统性T细胞免疫反应 | 首次报道实体瘤热消融后外周T细胞溶解功能差异,通过单细胞RNA测序揭示微波消融激活树突状细胞脂肪酸代谢的机制 | 需要未来临床试验验证研究结果 | 比较两种热消融疗法在乳腺癌治疗中的局部效果和免疫反应差异 | 60名乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术, ELISA, qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 血液样本, 基因表达数据 | 60例乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4335 | 2025-10-06 |
Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics
2025-Jul-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06671-4
PMID:40640833
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研究论文 | 通过多模态方法评估乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液,包括循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学分析 | 首次结合循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序和细胞因子分析对乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行综合分子分析 | 研究仅基于单例患者样本,样本量有限 | 开发用于监测乳腺癌中枢神经系统转移治疗反应的微创方法 | HER2阳性乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 细胞因子分析, 循环肿瘤细胞检测 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组学数据, 细胞计数数据 | 1例患者的系列脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
4336 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos
2025-Jul-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05497-5
PMID:40634327
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析野生型和Cyp26b1基因敲除小鼠胚胎心脏的转录组变化 | 首次在四个发育时间点对Cyp26b1敲除小鼠心脏进行单细胞转录组分析,揭示其在心肌细胞中的特异性转录变化 | 研究仅关注胚胎期E10.5-E13.5发育阶段,未涉及更晚期发育或成年表型 | 探究Cyp26b1基因在心脏发育中的作用及其与左心室致密化不全的潜在关联 | 野生型和Cyp26b1基因敲除小鼠胚胎的心脏组织 | 单细胞组学 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 134,499个高质量细胞(57,923个野生型,62,488个敲除型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4337 | 2025-10-06 |
Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis
2025-Jul-01, Diabetes..
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0762
PMID:40063503
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析技术揭示了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞与成纤维细胞之间的新型细胞通讯机制 | 发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控成纤维细胞胶原基因表达的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究肥胖诱导的脂肪组织纤维化过程中的细胞间通讯机制 | 饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织及人类肥胖脂肪组织 | 单细胞生物学 | 肥胖相关代谢疾病 | 单细胞转录组分析,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
4338 | 2025-10-06 |
NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia
2025-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00256-w
PMID:40494896
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现NRF2通过激活WNT信号通路增强口腔白斑的光动力疗法耐药性 | 首次在单细胞水平揭示NRF2通过调控WNT信号通路介导口腔白斑光动力疗法耐药的新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模临床试验验证NRF2抑制剂的治疗效果 | 探究口腔白斑光动力疗法耐药的关键调控通路 | 口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型 | 单细胞组学 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例单细胞测序样本(3例敏感,3例耐药),117例验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4339 | 2025-10-06 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和AspWood数据库,鉴定并验证了毛果杨中木质部纤维优势表达基因的启动子 | 首次通过整合单细胞RNA测序和AspWood数据库系统鉴定毛果杨木质部纤维优势表达基因启动子,并创建了启动子::GUS转基因杨树进行功能验证 | 研究仅针对毛果杨这一树种,未在其他树种中验证启动子的保守性和功能 | 鉴定和验证适用于林木育种的木质部纤维特异性基因启动子 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的基因启动子和转基因植株 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割, RT-qPCR, 组织化学GUS染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 32个候选基因,最终验证9个基因启动子 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4340 | 2025-10-06 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
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荟萃分析 | 开发了一种专注于可重复性的单细胞转录组病例对照研究荟萃分析方法,用于识别稳健的差异表达基因 | 提出基于跨数据集相对差异表达排序可重复性的非参数荟萃分析方法SumRank | 依赖已发表研究的质量和一致性,可能受原始实验设计差异影响 | 评估单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性并开发改进的识别方法 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序研究数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病,精神疾病,传染病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 非参数荟萃分析模型 | 基因表达数据 | 多个已发表研究的汇总数据 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |