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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4201 | 2025-10-06 |
Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation
2025-Jul, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604
PMID:40452271
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综述 | 本文综述了气道上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力 | 整合了单细胞测序技术的新发现与单克隆抗体靶向治疗的最新进展 | 气道炎症的复杂病理生理机制尚未完全阐明 | 探讨上皮-免疫细胞相互作用在气道炎症中的机制及治疗潜力 | 慢性气道炎症疾病(包括慢性鼻窦炎、过敏性鼻炎、哮喘、囊性纤维化和慢性阻塞性肺疾病) | NA | 气道炎症疾病 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4202 | 2025-10-06 |
Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients
2025-Jul, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70491
PMID:40673701
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析儿童传染性单核细胞增多症的免疫动态特征 | 首次在单细胞水平揭示EBV感染B细胞亚群的趋向性差异,发现RPMS1致癌调节因子在维持病毒潜伏期的作用,以及NK细胞亚群对EBV的差异化应答机制 | 研究样本仅限于儿科IM患者,未包含其他年龄段或EBV相关疾病对照 | 解析EBV与宿主免疫系统的相互作用机制 | 传染性单核细胞增多症患者的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 传染性单核细胞增多症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 儿科IM患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4203 | 2025-10-06 |
Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics
2025-Jun-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1
PMID:40585205
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研究论文 | 通过空间转录组学技术解析骨骼和骨骼肌中的细胞通讯网络及信号通路 | 首次构建了骨骼和骨骼肌之间空间分辨的细胞通讯图谱,揭示了13个关键信号通路和特异性配体-受体对 | 仅使用小鼠模型进行研究,人类组织中的验证尚需进一步探索 | 研究骨骼和骨骼肌之间的细胞通讯网络和信号通路 | 小鼠股骨及相邻骨骼肌组织 | 空间转录组学 | 骨质疏松症,肌肉减少症,代谢综合征 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠骨骼肌肉组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组分析平台 |
4204 | 2025-10-06 |
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.572477
PMID:38187622
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA-seq数据的可解释轨迹推断方法scLANE测试 | 使用可解释的广义线性模型处理基因表达非线性变化,通过经验选择的基样条和扩展到估计方程与混合模型支持复杂实验设计 | NA | 开发可解释的轨迹差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型,基样条 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4205 | 2025-10-06 |
Variational inference of single cell time series
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610389
PMID:39257806
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研究论文 | 提出一种名为SNOW的深度学习算法,用于解析单细胞时间序列数据中的时间依赖性和时间独立性贡献 | 开发了能够同时处理时间和细胞身份影响的概率框架,能够构建有生物学意义的潜在空间、去除批次效应并生成真实的单细胞水平时间序列 | NA | 解决单细胞时间序列数据分析中细胞类型注释和细胞类型依赖性动态建模的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4206 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026
PMID:40220759
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研究论文 | 提出一种基于超图变分自编码器的贝叶斯深度生成模型,用于单细胞RNA测序数据分析和基因调控网络推断 | 首次将超图表示学习与变分自编码器结合,通过结构方程模型和超图自注意力机制协同优化基因调控网络推断 | NA | 开发高效的单细胞RNA测序数据分析方法,准确推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据,基因调控网络,基因模块 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE),超图神经网络,自注意力机制 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4207 | 2025-10-06 |
A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023
PMID:40262526
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研究论文 | 介绍一种用于高通量冷冻处理和组织分析的多重组织模具方法 | 开发了首个可实现冷冻处理多重化的商业协议和产品,能同时处理不同大小和来源的组织 | 未提及该方法在临床应用中的验证数据 | 开发更高效、经济的组织冷冻处理方法 | 小鼠组织和神经类器官 | 组织病理学 | NA | 冷冻切片、组织分析、空间转录组学 | NA | 组织切片、表达标记数据 | 19种不同成年小鼠组织,约110个不同年龄和大小的神经类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4208 | 2025-10-06 |
CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
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研究论文 | 提出CellCover方法用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因组合 | 将标记基因选择问题建模为组合优化中的最小集合覆盖问题,克服传统差异表达方法的局限性 | 方法依赖于二值化表达数据,可能损失部分连续表达信息 | 开发更有效的细胞类型标记基因识别方法 | 血液和脑组织中的细胞类型,特别是新皮质神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组合优化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(包含大量细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4209 | 2025-10-06 |
Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1587258
PMID:40661076
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研究论文 | 本研究通过高维加权基因共表达网络分析探索M2巨噬细胞相关生物标志物,并预测胶质母细胞瘤候选药物 | 首次结合单细胞RNA测序和hdWGCNA方法系统识别M2巨噬细胞相关基因标志物,并预测thalidomide作为候选治疗药物 | 研究基于公共数据库数据,需要实验验证;样本来源有限 | 识别M2巨噬细胞相关基因生物标志物并预测胶质母细胞瘤治疗药物 | 胶质母细胞瘤组织和细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, 分子对接 | 诊断模型 | 基因表达数据 | GSE162631和GSE4290数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4210 | 2025-10-06 |
Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S511466
PMID:40661237
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研究论文 | 本研究探讨NEDD4L在肝细胞癌中的表达、预后价值及其通过调控细胞周期和免疫检查点促进肝癌恶性行为的机制 | 首次系统揭示NEDD4L在肝癌中的双重调控作用——既通过泛素化降解细胞周期抑制因子促进细胞异常增殖,又通过下调免疫检查点促进免疫逃逸 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究NEDD4L在肝细胞癌发生发展中的作用机制及治疗潜力 | 肝细胞癌细胞系及患者单细胞测序数据 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞测序, Edu, CCK-8, Transwell, 伤口愈合实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 体外功能实验数据 | 多个数据库的肝癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
4211 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391
PMID:40661959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了康复期COVID-19孕妇中NK细胞功能受损的免疫特征 | 首次在康复期孕妇中发现SARS-CoV-2感染导致NK细胞和细胞毒性T细胞功能持续受损,揭示了感染后免疫系统长期改变 | 研究样本仅来自两个地理队列,需要更大规模研究验证 | 研究SARS-CoV-2感染对孕妇免疫系统的短期和长期影响 | 孕妇(包括COVID-19感染期和康复期) | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 两个独立地理队列的孕妇样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium Single Cell 3' Gel Bead Chip and Library Kit | 10x Chromium Single Cell 3'(Drop-seq方法) |
4212 | 2025-10-06 |
Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8828435
PMID:40662145
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研究论文 | 本研究基于饥饿反应相关基因构建了首个肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于饥饿反应相关基因构建肝细胞癌预后风险模型,揭示了SRRGs在LIHC预后预测中的价值 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发基于饥饿反应相关基因的肝细胞癌预后评估模型 | 肝细胞癌患者、Huh7和THLE-2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、WGCNA、功能富集分析、ssGSEA、伤口愈合实验、transwell实验 | RiskScore风险模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4213 | 2025-10-06 |
Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application
2024-04-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741
PMID:38395378
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研究论文 | 本研究通过超深度单细胞TCR/RNA测序和自体类器官技术,在PDAC患者中鉴定和验证肿瘤反应性T细胞受体 | 开发了不依赖抗原/HLA的肿瘤反应性TCR表征策略,结合单细胞测序和自体类器官技术 | 仅为概念验证研究,样本量有限(仅2例PDAC患者) | 开发个性化TCR-T细胞疗法的肿瘤反应性TCR表征方法 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 | 单细胞测序 | 胰腺癌 | 单细胞TCR/RNA测序,类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据,TCR序列数据 | 2例PDAC患者,超过82,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞TCR测序 | NA | NA |
4214 | 2025-10-06 |
Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-04-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799
PMID:38479553
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统比较了肝细胞癌和肝内胆管癌的肿瘤免疫微环境差异 | 首次通过整合41个单细胞RNA测序样本系统比较两种主要原发性肝癌的免疫微环境,并发现HCC中EGR1巨噬细胞的特异性富集 | 样本数量相对有限,仅包含41个样本 | 系统评估肝细胞癌和肝内胆管癌肿瘤免疫微环境的异同 | 肝细胞癌和肝内胆管癌的肿瘤组织样本 | 单细胞基因组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 41个单细胞RNA测序样本,涵盖两种恶性肿瘤的四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4215 | 2025-10-06 |
Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases
2024-04-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778
PMID:38458593
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研究论文 | 探讨术前APRI指标对结直肠癌肝转移患者预后及肿瘤微环境的预测价值 | 首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化揭示APRI与肿瘤微环境的关联机制 | 回顾性多中心研究,需前瞻性研究进一步验证 | 寻找改善结直肠癌肝转移患者预后预测的可靠生物标志物 | 1323例接受同步切除的结直肠癌肝转移患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光 | Cox风险回归模型 | 血液检测数据, 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | 1323例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 多重免疫组化 | NA | NA |
4216 | 2025-10-06 |
CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20
2024-04-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747
PMID:38403110
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研究论文 | 本研究揭示CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20介导乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂产生耐药性 | 首次发现CD63+癌症相关成纤维细胞亚群在CDK4/6抑制剂耐药肿瘤组织中富集,并阐明其通过外泌体miR-20靶向RB1 mRNA的耐药机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序和肿瘤异种移植模型,临床验证尚需进一步研究 | 探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂产生耐药性的机制及潜在治疗策略 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞、癌症相关成纤维细胞、肿瘤异种移植模型 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 外泌体分析, 纳米颗粒合成 | 肿瘤异种移植模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4217 | 2025-10-06 |
Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals
2024-03, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29539
PMID:38516755
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学比较了异基因造血干细胞移植患者与健康个体对SARS-CoV-2疫苗的CD8+ T细胞应答 | 首次在ASCT患者中结合单细胞RNA测序与TCR/BCR谱分析,揭示疫苗诱导的CD8 T细胞应答特征 | 样本量有限,仅40%患者产生保护性抗体滴度 | 评估ASCT患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特征 | 异基因造血干细胞移植患者和健康疫苗接种者 | 单细胞转录组学 | 免疫缺陷状态 | 单细胞RNA测序,TCR/BCR谱分析 | NA | 单细胞转录组数据,血清学数据 | ASCT患者队列与公开健康疫苗接种者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4218 | 2025-10-06 |
CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis
2024-02-21, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmg-2023-109434
PMID:37852749
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研究论文 | 本研究通过外显子测序发现CCDC66基因突变与高度近视相关,并探讨了其通过影响细胞有丝分裂导致高度近视的机制 | 首次发现CCDC66基因无义突变(c.C172T, p.Q58X)与高度近视表型共分离,并证明CCDC66缺陷会通过影响微管聚合和细胞有丝分裂过程导致视网膜发育异常 | 样本量相对有限(一个家系和200例散发病例),功能研究主要在HEK293和Hela细胞系中进行,未在视网膜原代细胞中验证 | 鉴定高度近视的致病基因并探索其致病机制 | 高度近视患者家系和散发病例,人类和小鼠胚胎视网膜,HEK293和Hela细胞系 | 遗传学 | 高度近视 | 外显子测序,Sanger测序,单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因敲除,免疫荧光染色,免疫印迹 | NA | 基因组数据,转录组数据,细胞图像数据 | 1个高度近视家系和200例散发性高度近视患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4219 | 2025-10-06 |
Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01093-1
PMID:34782740
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研究论文 | 开发了结合长读长单细胞RNA测序与计算分析的CELLO-seq方法,用于在单细胞水平测量转座子元件在特定位点的表达 | 首次实现了在单细胞分辨率下对转座子元件进行位点特异性表达分析,解决了短读长测序技术无法准确定位高重复序列的难题 | 对于小鼠中极少数非常年轻的转座子元件仍无法高置信度地映射回参考基因组 | 开发能够准确测量转座子元件位点特异性表达的单细胞测序技术 | 二细胞期小鼠卵裂球和人类诱导多能干细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 二细胞期小鼠卵裂球和人类诱导多能干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CELLO-seq(单细胞长读长RNA测序) |
4220 | 2025-10-06 |
CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976
PMID:40466617
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研究论文 | 本研究揭示了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白(OPN)驱动快速肺纤维化的机制 | 首次发现CD163+巨噬细胞-骨桥蛋白轴在快速肺纤维化中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于COVID-19相关快速肺纤维化患者,结果在其他病因引起的肺纤维化中的普适性需要进一步验证 | 阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化发病机制中的作用 | COVID-19相关快速肺纤维化患者、LPS三击诱导的小鼠快速肺纤维化模型、体外共培养系统 | 病理生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 基因敲除, 基因沉默 | 动物模型, 细胞共培养模型 | 基因表达数据, 病理学数据 | COVID-19相关快速肺纤维化患者样本、小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |