本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4141 | 2025-10-06 |
Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology
2025-Jul-15, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01809-x
PMID:40664942
|
研究论文 | 通过整合GWAS、单细胞转录组学、bulk RNA测序和网络药理学分析,探索肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制 | 首次通过多组学整合分析鉴定出与肾结石相关的关键基因PALLD和R3HDM1,并发现成纤维细胞和血管平滑肌细胞/周细胞是关键的细胞类型 | 研究数据来源于公共数据库,缺乏实验验证 | 探索肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制 | 肾结石患者和肠道微生物群 | 生物信息学 | 肾结石 | GWAS, 单细胞转录组测序, bulk RNA测序, 网络药理学, 分子对接 | 孟德尔随机化, 差异表达分析, 富集分析 | 基因组数据, 转录组数据 | 多个公共数据集(ukb-b-18372, GSE73680, GSE117518, GSE231569) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, GWAS | NA | NA |
4142 | 2025-10-06 |
In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population
2025-Jul-15, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03091-0
PMID:40665025
|
研究论文 | 通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白(MYOF)在脑癌中的致癌作用并提出叶酸作为潜在治疗方法 | 首次通过计算药物发现和空间转录组学结合生成式人工智能实验,研究叶酸在MYOF敲低中的治疗潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探索MYOF在脑癌发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肌铁蛋白(MYOF)基因及其在脑癌中的作用机制 | 生物信息学 | 脑癌 | 生物信息学分析, 计算药物发现, 空间转录组学, 生成式人工智能 | 生成式人工智能 | 基因表达数据, 突变数据, 通路数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4143 | 2025-10-06 |
Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus
2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240817
PMID:40244172
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学方法揭示了PRC2在Aire靶基因随机表达和胸腺模拟细胞发育中的关键作用 | 首次发现PRC2通过染色质抑制为Aire实现随机基因表达提供先决条件,并独立于Aire调控模拟细胞的发育 | 研究聚焦于胸腺上皮细胞,未涉及其他免疫细胞类型 | 阐明Aire靶基因的表达调控机制及其在胸腺中枢耐受中的作用 | 髓质胸腺上皮细胞(mTECs) | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞多组学分析,深度单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
4144 | 2025-10-06 |
Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy
2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001
PMID:40057828
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了骨髓瘤细胞内在ANXA1升高和T细胞功能障碍导致BCMA阴性复发的新机制 | 首次在单细胞水平发现BCMA阴性骨髓瘤细胞高表达ANXA1,并证实ANXA1通过激活AMPKα信号通路促进肿瘤生长和削弱CAR-T细胞功能 | 研究样本量有限,主要基于单个病例的深入分析,需要更大规模研究验证 | 探究多发性骨髓瘤在接受BCMA CAR-T细胞治疗后出现BCMA阴性复发的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者、骨髓瘤细胞系、CAR-T细胞 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例CAR-T治疗后复发患者及未接受CAR-T治疗的MM患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4145 | 2025-10-06 |
Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging
2025-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70053
PMID:40159808
|
研究论文 | 本研究揭示了IGF-1信号通路通过诱导毛囊干细胞衰老调控毛发老化的机制,并提出了针对性的干预策略 | 首次发现皮肤中IGF-1水平随年龄显著增加,并通过转基因模型证实过量IGF-1会触发毛囊干细胞衰老,同时验证了多种干预策略的有效性 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需要进一步验证;干预策略的长期效果和安全性需进一步评估 | 探究IGF-1信号通路在毛囊老化过程中的作用机制及潜在治疗策略 | 小鼠模型(包括转基因小鼠)和人类皮肤样本 | 细胞生物学 | 毛发老化 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4146 | 2025-10-06 |
Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System
2025-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70050
PMID:40192736
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了吡咯喹啉醌在重编程造血免疫系统衰老单细胞景观中的作用 | 首次在单细胞水平系统阐明PQQ通过调控ASPP1、Yy1和CD62L等关键分子靶点逆转免疫衰老的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需进一步验证 | 探究PQQ对造血免疫系统衰老的调控作用及分子机制 | 小鼠脾脏和骨髓免疫细胞 | 单细胞生物学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA测序 | 机器学习程序 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4147 | 2025-10-06 |
Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations
2025-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70082
PMID:40285422
|
研究论文 | 通过整合分析儿童至衰弱老年人的PBMC转录组数据,揭示免疫衰老的复杂动态变化 | 首次结合bulk-cell和单细胞RNA-seq数据,系统描绘从儿童到衰弱老年人全年龄段的免疫衰老轨迹 | 样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明,缺乏功能验证实验 | 研究年龄相关的免疫系统变化,特别是免疫衰老过程 | 外周血单个核细胞(PBMCs),涵盖从儿童到衰弱老年人的不同年龄段人群 | 生物信息学 | 老年疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 从儿童到衰弱老年人的PBMC样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4148 | 2025-10-06 |
C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies
2025-Jul, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786
PMID:40287006
|
研究论文 | 开发基于卷积神经网络的自动化红细胞集落计数工具C-COUNT | 首次将卷积神经网络应用于红细胞集落形成单位(CFU-e)检测的自动化评分 | 未明确说明模型在更广泛实验条件下的泛化能力 | 解决红细胞集落形成检测中人工计数耗时且易出错的问题 | 红细胞集落形成单位(CFU-e)集落 | 计算机视觉 | 血液疾病 | 自动显微镜成像 | CNN | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
4149 | 2025-10-06 |
Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma
2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175
PMID:40250710
|
研究论文 | 通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新型标志物 | 首次在儿童PFA-EPN中通过空间表型分析鉴定CD147作为高级别肿瘤的新型标志物,并揭示CD147+小胶质细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 样本量较小(G2 n=5,G3 n=7),仅针对后颅窝A型室管膜瘤 | 研究儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的空间异质性及其与肿瘤分级的关系 | 儿童后颅窝A型室管膜瘤(WHO 2级和3级)肿瘤样本 | 数字病理学 | 室管膜瘤 | 多重免疫荧光,单细胞RNA测序 | 空间表型分析 | 图像,基因表达数据 | 12例肿瘤样本(5例G2,7例G3) | NA | 空间表型分析,单细胞RNA测序 | NA | NA |
4150 | 2025-10-06 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-Jul, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
|
研究论文 | 本研究揭示了Asperosaponin VI通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs与PODXL+ ECs的偶联,促进骨质疏松性骨折愈合 | 首次发现Asperosaponin VI可靶向Piezo1激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路,促进骨形成和血管生成的偶联 | 研究主要基于动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并开发新的治疗方案 | LEPR+骨髓间充质干细胞和PODXL+内皮细胞 | 分子生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序,分子对接,CETSA,DARTS,三维培养,免疫荧光,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 卵巢切除结合股骨骨折小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4151 | 2025-10-06 |
Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01916-5
PMID:40537735
|
研究论文 | 通过基因表达和单细胞RNA测序分析探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序确认免疫相关基因在睾丸不同细胞群体中的差异表达 | 研究基于现有数据集分析,需要进一步实验验证 | 探讨免疫失调在非梗阻性无精子症发病机制中的作用 | 非梗阻性无精子症患者睾丸组织和细胞 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 差异表达分析 | 基因表达数据 | 多个数据集中的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4152 | 2025-10-06 |
Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241
PMID:40623094
|
研究论文 | 本文通过引入动力学矩阵分析单细胞突变负荷分布与位点频率谱、细胞分裂分布之间的关系 | 开发了新的数学框架——动力学矩阵,首次统一分析三种突变统计分布并推导了死亡情况下的近似表达式 | NA | 研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布规律 | 肿瘤细胞群体的突变分布 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞测序 | 动力学矩阵 | 突变数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
4153 | 2025-10-06 |
Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases
2025-Jul, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00909-y
PMID:40579478
|
研究论文 | 本研究通过基因编辑技术创建携带线粒体tRNA突变的小鼠模型,揭示了这些突变在肾脏中的年龄依赖性积累规律及其与线粒体肾病的关系 | 首次利用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术构建多种致病性线粒体tRNA突变小鼠模型,并结合多组学技术揭示肾脏不同细胞类型的异质性突变动态 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累模式及其与线粒体肾病的机制联系 | 携带三种不同致病性线粒体tRNA突变的基因编辑小鼠模型 | 生物医学 | 线粒体肾病 | DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序 | 基因编辑小鼠模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 三种不同突变类型的小鼠模型 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 线粒体单细胞转座酶可及染色质测序(mtscATAC-seq) |
4154 | 2025-10-06 |
Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning
2025-Jun, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70009
PMID:40666234
|
研究论文 | 通过机器学习方法识别神经母细胞瘤基因表达谱中的预后生物标志物 | 提出了一种基于网络的整合机器学习方法,结合bulk和单细胞RNA测序数据发现神经母细胞瘤预后相关生物标志物 | NA | 识别神经母细胞瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 神经母细胞瘤基因表达数据 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 支持向量机 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4155 | 2025-10-06 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
|
研究论文 | 通过695个脑样本的交叉表达元分析,揭示了空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出交叉表达概念,避免基因列表筛选或细胞类型注释,直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 元分析网络 | 空间转录组数据 | 约2500万个细胞,695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
4156 | 2025-10-06 |
Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage
2025-Apr, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2505347
PMID:40384395
|
研究论文 | 本研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,对支气管肺泡灌洗液中的细胞群体进行联合分析 | 首次在同一支气管肺泡灌洗液样本中同时应用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术进行互补验证 | 研究样本仅来自健康参与者,未包括疾病状态样本 | 评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞群体表征中的一致性和互补性 | 支气管肺泡灌洗液中的细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA表达数据,蛋白质表达数据 | 健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
4157 | 2025-10-06 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury
2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639065
PMID:40027701
|
研究论文 | 本研究探讨抑制甲基硫腺苷磷酸化酶(MTAP)对实验性急性肾损伤的保护作用 | 首次提出MTAP抑制作为急性肾损伤的新型肾脏保护策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床适用性有待验证 | 开发急性肾损伤的新型治疗策略 | 急性肾损伤小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4158 | 2025-10-06 |
Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521
PMID:40280276
|
研究论文 | 本研究探讨了分层蛋白在急性胃损伤后胃主细胞转分化为表达解痉多肽的化生细胞过程中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示分层蛋白在胃主细胞转分化过程中的调控机制,并发现其通过调节EGFR/ERK信号通路发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究分层蛋白在胃主细胞转分化和SPEM发育过程中的分子机制 | Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型中的胃主细胞 | 单细胞生物学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组化,组织学检查 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4159 | 2025-10-06 |
Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1602234
PMID:40666074
|
综述 | 本文综述了基于单细胞Hi-C数据的染色质拓扑关联域生物信息学工具及其在人工智能背景下的应用 | 首次系统综述了单细胞水平TAD结构计算分析中的人工智能策略,特别关注深度神经网络在处理大规模单细胞Hi-C数据中的优势 | 单细胞Hi-C数据存在超稀疏性、噪声干扰、实验伪影和细胞异质性等挑战 | 探讨单细胞Hi-C数据中拓扑关联域的计算分析方法及其在人工智能时代的发展趋势 | 染色质拓扑关联域(TADs) | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C测序 | 深度神经网络 | 基因组三维结构数据 | NA | NA | 单细胞Hi-C | NA | NA |
4160 | 2025-10-06 |
SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1606195
PMID:40666097
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA-seq数据,建立了基于SPP1和FOLR2特征的肝细胞癌TAMs新型分类系统 | 超越传统的M1/M2范式重新定义TAMs异质性,将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来 | TAMs的临床和治疗意义仍需进一步探索 | 探索肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的临床和治疗意义 | 肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,轨迹分析,多重免疫荧光 | 无监督聚类 | RNA测序数据,基因表达数据 | 大规模单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |