单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-09-22	Unlocking hematopoietic stem cell potential: integrative computational approaches for genomic and transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1589823 PMID:40970097	综述	本文综述了整合计算方法在造血干细胞基因组和转录组分析中的应用与潜力	强调计算工具与多组学数据的协同作用，用于发现新型HSC亚型、调控因子及治疗靶点	NA	解析造血干细胞生物学机制并提升血液疾病精准治疗	造血干细胞（HSCs）	计算生物学	血液疾病	scRNA-seq, ChIP-seq, 网络推断算法, 机器学习	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据, 多组学数据	NA
382	2025-09-22	CD44 as a novel therapeutic target in pulmonary arterial hypertension: Insights from multi-omics integration and molecular docking 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332817 PMID:40971695	研究论文	本研究通过多组学整合和分子对接探讨CD44作为肺动脉高压新型治疗靶点的潜力	首次发现CD44在肺动脉平滑肌细胞中的显著表达及其与孕酮的潜在相互作用，为治疗干预提供新途径	NA	研究CD44在肺动脉高压炎症过程中的作用并探索其治疗靶点潜力	特发性肺动脉高压患者和肺动脉细胞	生物信息学	肺动脉高压	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接	NA	RNA测序数据	NA
383	2025-09-22	Exploratory trajectory inference reveals convergent lineages for CD8 T cells in chronic LCMV infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332406 PMID:40971956	研究论文	本文提出探索性轨迹推断方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析CD8 T细胞在慢性感染中的分化轨迹	引入基于模拟的轨迹集成无监督聚类分析，首次成功解析收敛性分化拓扑结构	方法依赖于模拟数据的质量，在复杂拓扑结构中可能仍存在解析难度	开发新的轨迹推断方法以解决单细胞数据中复杂分化轨迹的解析问题	慢性LCMV感染过程中的CD8 T细胞	生物信息学	病毒感染	scRNAseq, RNA velocity分析	无监督聚类	单细胞RNA测序数据	慢性LCMV感染时间序列中的CD8 T细胞样本
384	2025-09-22	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	观点文章	探讨生成式AI在结合骨细胞转录组与形态学数据方面的应用前景与挑战	提出利用生成式AI整合单细胞测序和空间转录组数据，以细胞分辨率解析骨细胞的生物学过程	存在骨单细胞数据集的技术偏差、重要骨细胞类型缺乏分析以及空间信息不足等问题	推动生成式AI在骨细胞生物学研究中的应用，揭示细胞分化动态和形态-分子关联	骨细胞	计算生物学	NA	单细胞测序, 空间转录组学	生成式AI	组织学图像, 单细胞分子数据, 空间转录组数据	NA
385	2025-09-22	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力通过基质刚度调控人肺成纤维细胞衰老相关分泌表型和转录组特征	揭示机械力通过调控基质刚度影响细胞衰老和SASP的独特机制，并发现高刚度驱动的胶原蛋白富集特征	研究基于体外细胞模型和小鼠模型，人类直接证据仍需进一步验证	探究物理机械刺激对细胞衰老及衰老相关分泌表型的影响	人原代肺成纤维细胞（IMR-90）和小鼠肺纤维化模型	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序、计算元分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	使用三种不同刚度基质（2 kPa、50 kPa、3 GPa）培养的细胞样本
386	2025-09-22	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	首次结合单细胞高维细胞成像和空间转录组学，发现PD-L1+M2样巨噬细胞通过TGFβ1通路维持干细胞样肿瘤细胞存活的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，需进一步人类验证	探究肝细胞癌微小残留病的免疫逃逸机制并开发靶向治疗策略	肝细胞癌患者样本（n=108）和转基因小鼠模型	数字病理学	肝细胞癌	单细胞高维细胞成像、空间转录组学	NA	空间多组学数据、影像数据	108例患者，107万个细胞，两种小鼠模型
387	2025-09-22	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术首次分析幼年性硬皮病患者皮肤病变的细胞和分子特征	首次应用Visium CytAssist空间转录组学平台研究幼年性硬皮病皮肤病变，结合单细胞RNA测序数据进行验证	初步研究，样本量有限，需进一步扩大验证	探究幼年性硬皮病皮肤病变的细胞和分子机制	幼年性局限性及系统性硬皮病患者的皮肤病变组织	数字病理学	自身免疫性疾病	空间转录组学(ST), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据, 单细胞测序数据	幼年性硬皮病患者皮肤病变组织（具体样本数未明确说明）
388	2025-09-22	Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing 2024-May, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23275 PMID:37742089	研究论文	本研究比较了不同冷冻保存方法对鼻息肉组织细胞功能和单细胞RNA测序的影响	首次系统评估鼻息肉组织块保存与解离细胞悬液保存对特定细胞类型（肥大细胞和上皮细胞）功能的影响	研究仅针对鼻息肉组织，结果可能不适用于其他组织类型	优化鼻息肉组织的冷冻保存方法以支持细胞功能研究和单细胞RNA测序	鼻息肉组织样本	单细胞测序	鼻息肉病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
389	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing analysis of mouse cochlea identifies a novel proinflammatory CD74+CD14+ macrophage subset in mice with age-related and noise-induced hearing loss 2025-Oct, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2025.109376 PMID:40743638	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠耳蜗，在年龄相关性和噪声性听力损失中发现一种新型促炎性CD74+CD14+巨噬细胞亚群	首次在ARHL和NIHL中鉴定出CD74+CD14+巨噬细胞亚群，并揭示其与炎症通路和螺旋神经节神经元退化的增强细胞通讯	研究局限于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄相关性和噪声性听力损失中耳蜗免疫微环境的变化	小鼠耳蜗免疫细胞，特别是巨噬细胞亚群	单细胞组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的小鼠耳蜗组织
390	2025-09-21	Elucidating cellular origins and TME dynamic evolution in NSCLC through multi-omics technologies 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189425 PMID:40840819	综述	本文综述了通过多组学技术揭示非小细胞肺癌的细胞起源及肿瘤微环境动态演化机制	整合单细胞和空间转录组学解析SOX2/WNT/YAP通路驱动的谱系可塑性，并鉴定出CXCL13+CD8+T细胞等新型治疗靶点	时空异质性解析存在挑战，需依赖人工智能建模进行精准干预	阐明NSCLC的细胞起源与肿瘤微环境动态演化机制	非小细胞肺癌（NSCLC）特别是肺腺癌（LUAD）	数字病理学	肺癌	多组学技术（单细胞/空间转录组学）	AI-driven modeling	多组学数据	NA
391	2025-09-21	Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models 2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2505656122 PMID:40966282	研究论文	本研究探讨了淋巴系统功能障碍与杜氏肌营养不良症（DMD）动物模型疾病发病机制之间的关联	首次在DMD动物模型中揭示淋巴运输功能受损、收缩异常及炎症性淋巴管生成，并证明基因治疗后淋巴功能改善	研究基于动物模型（小鼠和大），结果尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD动物模型中淋巴系统是否失调及其在疾病进展中的作用	DMD小鼠模型、金毛犬肌营养不良症（GRMD）犬模型、小鼠和大鼠淋巴肌细胞（LMCs）	肌肉疾病研究	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序、显微淋巴管造影、磁共振淋巴管成像、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	D2小鼠模型、GRMD犬模型及对照动物的淋巴肌细胞和组织
392	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for large/giant congenital melanocytic nevi 2025-Sep-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf360 PMID:40974031	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示大型/巨型先天性黑色素细胞痣（L/GCMN）的转录组景观和潜在治疗靶点	首次在L/GCMN研究中应用单细胞技术，发现TBX2作为核心转录因子特异性表达于GCMN黑色素细胞亚群，并鉴定PTN-PTPRZ1和IGF1-IGF1R信号通路的异常激活	NA	阐明L/GCMN皮肤微环境中细胞的转录组特征，探索黑色素细胞病理变化的关键分子机制及其与其他细胞的相互作用	L/GCMN患者的病变和非病变皮肤样本、健康皮肤样本以及原代痣黑色素细胞	数字病理	皮肤疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、免疫组化、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	L/GCMN患者和健康人的皮肤样本
393	2025-09-21	Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across IDH-stratified glioma 2025-Sep-20, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf206 PMID:40974256	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析IDH突变型和野生型胶质瘤的局部与外周免疫微环境，揭示基因型无关的预后免疫特征	首次在配对肿瘤和PBMC样本中系统比较胶质瘤的局部与外周免疫特征，发现新型GZMH+ CD8+ T细胞群体和具有补体交互特征的微胶质样外周血细胞	样本量较小（仅18例患者），需更大队列验证发现	解析IDH分型胶质瘤的免疫微环境异质性并挖掘预后相关免疫标志物	IDH突变型（6例）和野生型（12例）胶质瘤患者的肿瘤组织及配对外周血单核细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序），TCGA转录组反卷积分析	NA	单细胞转录组数据	18例胶质瘤患者（6例IDH突变型，12例野生型）的配对肿瘤组织和PBMC样本
394	2025-09-21	HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis 2025-Sep-19, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251378007 PMID:40971318	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示HIF-1α诱导的小胶质细胞介导的神经炎症在阿尔茨海默病中的作用	识别了一个具有炎症-血管生成转录特征的新型小胶质细胞亚群（microglia_2），并发现HIF-1α是其关键调控因子	研究主要基于5×FAD小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活动的转录调控机制	AD患者和5×FAD小鼠模型的小胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据	AD患者和5×FAD小鼠的脑组织样本
395	2025-09-21	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep-19, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	提出一种名为MouSSE的新方法，用于从小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测细胞因子活性	开发了首个专门针对小鼠数据的细胞因子活性估算方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	提高小鼠单细胞水平细胞因子活性表征的准确性	小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症	scRNA-seq, ST, 基因集评分方法	Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	使用Immune Dictionary实验数据和外部scRNA-seq/ST数据集进行验证
396	2025-09-21	Cancer-associated fibroblasts drive lung adenocarcinoma progression via THBS2-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Sep-19, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03569-9 PMID:40973793	研究论文	本研究揭示癌症相关成纤维细胞通过THBS2介导的上皮-间质转化驱动肺腺癌进展	首次发现高表达THBS2的基质CAF亚型，并阐明THBS2-SDC4-EMT信号轴在肿瘤-基质相互作用中的关键作用	NA	解析肺腺癌进展过程中肿瘤-基质相互作用的动态机制	肺腺癌患者组织样本及体内外模型	肿瘤微环境研究	肺腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间定位数据	包含原位腺癌、微浸润腺癌和浸润性腺癌的多阶段临床样本
397	2025-09-21	The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression 2025-Sep-19, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf032 PMID:40973873	研究论文	通过多组学技术研究肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）在上尿路尿路上皮癌（UTUC）进展中的调控作用	首次构建UTUC的全面微环境图谱，发现CAFs通过FN1和COL1A1与高恶性上皮细胞互作，并鉴定出与膀胱尿路上皮癌（BUC）共享的预后标志物	NA	探究CAFs在UTUC进展中的调控机制及与BUC的共性	上尿路尿路上皮癌（UTUC）和膀胱尿路上皮癌（BUC）的肿瘤微环境	肿瘤微环境研究	尿路上皮癌	scRNA-seq, snRNA-seq, Stereo-seq, 免疫荧光芯片	风险模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫荧光数据	多队列样本（具体数量未明确说明）
398	2025-09-21	Bone marrow B lymphopoiesis accelerates early cerebral amyloid pathology 2025-Sep-18, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02419-0 PMID:40962797	研究论文	本研究揭示骨髓B淋巴细胞生成通过IL-6信号通路加速早期脑淀粉样蛋白病理	首次发现Aβ在AD患者颅骨骨髓中优先积累，并证明骨髓来源的年龄相关B细胞通过增强小胶质细胞反应性加剧AD神经病理	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究骨髓造血系统改变对阿尔茨海默病神经炎症和脑Aβ病理的影响	AD患者骨髓样本、5×FAD和APP/PS1转基因小鼠模型	神经免疫学	阿尔茨海默病	流式细胞术、细胞追踪分析、单细胞测序、颅内注射	转基因小鼠模型（5×FAD和APP/PS1）	细胞学数据、分子生物学数据、行为学数据	两种AD小鼠模型及IL-6敲除小鼠，具体样本量未明确说明
399	2025-09-21	Neural basis for parental behavioral transitions in mice 2025-Sep-18, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103113 PMID:40972155	综述	本文综述了小鼠亲代行为转换的神经基础，重点探讨激素与特定脑区细胞类型的相互作用机制	整合单细胞转录组学和细胞类型特异性遗传操作技术，揭示激素驱动大脑关键区域可塑性的新机制	主要基于小鼠模型研究，人类相关性尚需进一步验证；性二态性机制的讨论较为初步	阐明哺乳动物亲代行为转换的神经内分泌机制	小鼠的亲代护理行为及其神经基础	神经科学	NA	单细胞转录组学、细胞类型特异性遗传操作	NA	神经生物学数据	NA
400	2025-09-21	SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain 2025-Sep-18, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf208 PMID:40973181	研究论文	本研究揭示了脑肿瘤中缺氧适应性肿瘤细胞通过乳酸极化SPP1+巨噬细胞促进肿瘤进展的机制	发现SPP1+巨噬细胞通过乳酸介导的组蛋白乳酸化被极化，并直接激活MAPK信号通路促进肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究脑肿瘤微环境中缺氧适应性肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制	脑肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组、CRISPR/Cas9基因编辑、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据、实验数据	转基因小鼠模型和实验细胞模型