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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-11-08 |
A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs
2025-Sep-17, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252
PMID:40972808
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学开发了一个30基因分类器,用于区分低风险骨髓增生异常综合征的造血干细胞与健康造血干细胞 | 首次利用单细胞转录组学在LR-MDS中开发了30基因评分系统,并揭示了囊泡运输通路在疾病中的新作用机制 | 研究仅限于低风险MDS患者,未涵盖高风险MDS群体 | 阐明低风险骨髓增生异常综合征的病理生理机制并发现潜在治疗靶点 | 低风险骨髓增生异常综合征患者的造血干细胞和祖细胞 | 单细胞组学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞转录组测序 | 基因评分模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 382 | 2025-11-08 |
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.24.655962
PMID:40501545
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研究论文 | 本研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病中T细胞克隆动态和表型可塑性 | 开发了新型计算工具DecompTCR用于纵向TCR分析,首次整合混合淋巴细胞反应克隆指纹识别、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序和空间转录组学技术 | 样本量相对有限(27名alloHCT受者),研究结果需要在更大队列中验证 | 解析异基因造血细胞移植后T细胞介导的复杂病理机制 | 27名异基因造血细胞移植受者的T细胞 | 单细胞多组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA/TCR测序,空间转录组学,TCR克隆分型,混合淋巴细胞反应 | DecompTCR | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | 27名异基因造血细胞移植受者 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞TCR测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 383 | 2025-11-08 |
Unveiling and verification of mitochondria-related genes as potential diagnostic biomarkers in ulcerative colitis based on bioinformatics analysis and experimental validation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336224
PMID:41187148
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,构建了基于线粒体相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型 | 首次系统性地识别线粒体相关差异表达基因作为溃疡性结肠炎的潜在诊断标志物,并验证ACADM和ACADSB基因在疾病中的重要作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要更多前瞻性研究验证诊断模型的临床适用性 | 构建溃疡性结肠炎的诊断模型,阐明线粒体相关基因在疾病发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 465名溃疡性结肠炎患者和154名健康对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2025-11-08 |
Construction and validation of an anoikis-related prognostic model for lung adenocarcinoma based on bulk and single-cell transcriptomic data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335788
PMID:41187171
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研究论文 | 基于批量和单细胞转录组数据构建并验证肺腺癌失巢凋亡相关预后模型 | 首次结合批量转录组和单细胞RNA测序数据,开发了包含7个基因的失巢凋亡相关预后特征,并揭示了TIMP1通过促进Treg细胞活性导致免疫抑制肿瘤微环境的机制 | 模型验证仅限于两个GEO数据库队列,需要更多独立队列验证临床适用性 | 开发并验证肺腺癌失巢凋亡相关预后预测模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多重免疫荧光 | Cox回归, LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 两个GEO数据库肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-11-08 |
Finding differentially expressed genes between cell fates predicted by image-based deep learning
2025, Biophysics and physicobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.2142/biophysico.bppb-v22.0022
PMID:41189733
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研究论文 | 开发了一种整合基于图像的深度学习细胞命运预测与单细胞转录组分析的方法,用于发现不同预测命运间的差异表达基因 | 首次将图像基深度学习细胞命运预测与单细胞全转录组分析相结合,在转录组谱未显示明显聚类时仍能检测差异表达基因 | 仅作为原理验证应用于热应激诱导的细胞死亡模型,尚未在其他细胞命运决定过程中验证 | 发现细胞命运决定过程中的早期触发基因 | 哺乳动物细胞系(经历热应激后命运不同的细胞) | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 延时成像, 深度学习 | 深度学习模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 386 | 2025-11-08 |
Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations
2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024
PMID:39295144
|
研究论文 | 本研究通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法在临床前小鼠模型中逆转庞贝病的病理效应 | 首次系统性评估慢病毒造血干细胞基因疗法对庞贝病相关肌肉和神经系统表现的矫正效果,并包含整合位点分析和单细胞RNA测序的全面安全性评估 | 研究仅限于临床前小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发治疗庞贝病的下一代基因疗法 | 庞贝病小鼠模型 | 基因治疗 | 庞贝病 | 慢病毒载体基因治疗,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,整合位点分析数据 | 临床前小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 387 | 2025-11-08 |
Advancing bone biology: The mutual promotion of biology and pioneering technologies
2024-Sep-16, The innovation life
DOI:10.59717/j.xinn-life.2024.100078
PMID:41189598
|
综述 | 回顾骨生物学发展历程并探讨前沿技术对骨生物学研究的推动作用 | 系统梳理骨生物学历史里程碑,强调多组学方法和人工智能等新兴技术的整合潜力 | NA | 探讨骨生物学发展历程与前沿技术的相互促进作用 | 骨组织生物学研究 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 388 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
|
研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 389 | 2025-11-07 |
Transcriptomics- and 3D imaging-based characterization of the lymphatic vasculature in human skin
2026-Jan-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20242353
PMID:41186588
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和三维成像技术对人类皮肤淋巴管系统进行表征研究 | 首次在人类皮肤中发现CD24作为淋巴瓣膜上瓣叶特异性标志物,并揭示了人类皮肤淋巴网络与鼠类的关键差异 | 研究主要聚焦于人类皮肤组织,未涉及其他组织类型的淋巴管比较 | 深入理解人类皮肤淋巴管的结构特征和功能 | 人类皮肤和皮下脂肪组织中的淋巴内皮细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴系统疾病 | 单细胞RNA测序,三维成像 | NA | 基因表达数据,三维图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2025-11-07 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序验证人视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的应用价值 | 首次使用人视网膜类器官模型研究Stargardt病,并在早期发育阶段成功捕捉患者与对照样本间的分子差异 | 样本量较小(仅2名STGD患者),且视网膜类器官模拟晚发性遗传性视网膜疾病特征的能力仍需进一步验证 | 验证视网膜类器官作为遗传性视网膜疾病的疾病模型 | 人视网膜类器官 | 单细胞测序 | Stargardt病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2名STGD患者和健康对照的视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 391 | 2025-11-07 |
DEHP promotes psoriasis via immune modulation and direct molecular interactions: Evidence from epidemiology, multi-omics, and structural simulation
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180723
PMID:41124907
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研究论文 | 本研究通过流行病学分析、多组学整合和分子模拟揭示了DEHP通过免疫调节和直接分子相互作用促进银屑病的机制 | 首次提供人群水平的DEHP与银屑病关联证据,整合多组学数据识别核心基因,并通过分子模拟验证DEHP与蛋白的稳定结合 | 研究主要基于美国NHANES数据,样本代表性有限;机制验证主要依赖计算模拟,需要实验进一步证实 | 阐明环境污染物DEHP在银屑病发病机制中的作用 | 美国成年人群体、银屑病相关基因和蛋白、免疫细胞 | 多组学整合分析 | 银屑病 | 流行病学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习、加权基因共表达网络分析 | 流行病学数据、基因表达数据、蛋白质结构数据 | 1523名美国成年人 | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 392 | 2025-11-07 |
Multiomics analysis reveals the genetic and epigenetic features of high-risk NK cell-type chronic active EBV infection
2025-Nov-06, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026805
PMID:40737598
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示高危NK细胞型慢性活动性EBV感染的遗传和表观遗传特征 | 首次通过综合多组学分析鉴定出NK细胞型CAEBV的CIMP亚型,并发现其与NK/T细胞淋巴瘤相似的DNA甲基化模式 | 样本量相对有限(65例患者),需要更大规模研究验证 | 探索慢性活动性EBV感染的分子机制和潜在治疗方法 | 65例慢性活动性EBV感染患者 | 生物医学 | 慢性活动性EBV感染 | 基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、表面蛋白质组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞数据 | 65例CAEBV患者 | NA | 单细胞转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 393 | 2025-11-07 |
Stromal Cell-Mast Cell Communication Orchestrates Anti-Viral Immunity in the Meninges
2025-Nov-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514842
PMID:41195564
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研究论文 | 本研究揭示了脑膜中肥大细胞通过与基质细胞通讯在抗病毒免疫中的关键作用 | 首次发现肥大细胞在脑膜血管周围的分布模式及断奶后成熟过程,并阐明IL-33受体介导的基质细胞-肥大细胞通讯机制 | NA | 探究肥大细胞在脑膜抗病毒免疫中的功能和作用机制 | 脑膜肥大细胞和基质细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2025-11-07 |
Hair follicle stem cell fate supports distinct clinical endotypes in hidradenitis suppurativa
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70152
PMID:41195937
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了毛囊干细胞在化脓性汗腺炎早期发病机制中的两种不同分化轨迹,并基于临床表型定义了三种疾病内型 | 首次发现毛囊干细胞存在两种不同的分化轨迹,分别与炎症和角化相关,并基于此定义了三种临床内型 | 样本量相对有限(49例患者),且仅分析了病灶周围皮肤 | 研究毛囊干细胞命运在化脓性汗腺炎早期发病机制中的作用 | 化脓性汗腺炎患者和健康捐赠者的毛囊细胞 | 单细胞生物学 | 化脓性汗腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 49例HS患者和健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 395 | 2025-11-07 |
scRNA-Seq reveals anti-lymphoma immune responses in mogamulizumab-associated skin eruptions
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70154
PMID:41195968
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示莫格利珠单抗相关皮疹中抗淋巴瘤免疫反应的分子特征 | 首次在单细胞水平揭示MAR中残留恶性T细胞克隆的沉默状态及抗肿瘤免疫微环境特征 | 样本量较小(MAR组4例,CTCL组6例,健康对照组4例) | 对莫格利珠单抗相关皮疹进行全面的分子特征分析 | 皮肤活检样本(来自MAR患者、未经治疗的CTCL患者和健康对照) | 单细胞基因组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例皮肤活检(4例MAR,6例CTCL,4例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 396 | 2025-11-07 |
CD103-Positive Tumor-Infiltrating Lymphocytes Predict a Favorable Prognosis in Colorectal Cancer with Liver Metastasis
2025-Nov-06, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-17977-4
PMID:41196535
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研究论文 | 本研究探讨CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的空间分布特征及其预后价值 | 首次系统揭示CD103+TILs在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的空间分布异质性及其不同的预后意义 | 样本量相对有限(84例患者),且为回顾性研究设计 | 阐明CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的临床意义和功能特征 | 84例同时接受原发结直肠癌和肝转移灶手术切除的患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学,多重免疫荧光分析,单细胞RNA测序,空间转录组分析 | NA | 组织切片图像,基因表达数据 | 84例患者(包含原发肿瘤和肝转移灶配对样本) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 397 | 2025-11-07 |
TransGRN: a transfer learning-based framework for inferring gene regulatory networks across cell lines
2025-Nov-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3628564
PMID:41191474
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研究论文 | 提出一种基于迁移学习的跨细胞系基因调控网络推断框架TransGRN | 采用跨细胞系预训练策略,结合多源细胞系scRNA-seq数据与大型语言模型获取的生物学知识,整合基因表达谱与语义信息 | NA | 解决目标细胞类型调控数据稀缺情况下的基因调控网络推断问题 | 跨细胞系的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习, 大型语言模型 | 基因表达数据, 语义信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 398 | 2025-11-07 |
scGCRC: Graph and Contrastive-Based Representation Learning for Single-Cell RNA-Seq Data Clustering
2025-Nov-05, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3629161
PMID:41191468
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研究论文 | 提出一种基于局部自注意力网络和对比学习的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 通过局部自注意力网络自动聚合细胞关系图中的潜在信息,并采用双对比学习模块同时在细胞和簇级别优化细胞表征 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 局部自注意力网络, 对比学习, Leiden社区发现算法 | 基因表达数据 | 160个子样本数据集,3个不同协议数据集,9个真实公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-11-07 |
Rapid clonal selection within early hematopoietic cell compartments presages outcome to ivosidenib combination therapy
2025-Nov-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027948
PMID:41191518
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了ivosidenib联合疗法在IDH1突变髓系肿瘤患者中早期克隆选择的动力学特征 | 首次结合高灵敏度单细胞基因分型和单细胞RNA测序技术,在治疗早期识别出具有复发风险的克隆选择过程 | 样本量较小(仅8例患者),需要更大规模研究验证 | 探究靶向治疗中克隆选择的动力学特征和分子机制 | 8例IDH1突变髓系肿瘤患者 | 单细胞组学 | 髓系肿瘤 | 单细胞基因分型, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 400 | 2025-11-07 |
A multi-dimensional bioinformatic dissection of the molecular mechanisms in high BMI-associated colorectal cancer: identification and validation of EGLN1 as a key target
2025-Nov-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003801
PMID:41191606
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研究论文 | 通过多维度生物信息学分析揭示高BMI相关结直肠癌的分子机制,并验证EGLN1作为关键治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据识别EGLN1作为高BMI相关结直肠癌的核心保护性靶点,并发现天然化合物Cianidanol作为其调节剂 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 系统研究高BMI与结直肠癌的遗传关联和分子机制,识别关键治疗靶点 | 结直肠癌患者数据、HCT116结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 孟德尔随机化分析、差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、分子对接 | 预后模型、PPI网络 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA队列数据、全球疾病负担数据(1990-2021) | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |