单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-22	DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.03.674100 PMID:40964337	研究论文	开发了用于单细胞等位基因特异性表达数据分析的高性能集成软件DAESC+	提供了首个端到端的单细胞ASE分析工具，包含高精度预处理模块和基于GPU加速的差异分析模块	NA	解决单细胞等位基因特异性表达分析缺乏专用计算工具的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, GPU加速计算	NA	单细胞测序数据	可扩展至超过百万个细胞，应用案例包含OneK1K队列子集
362	2025-09-22	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition 2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空转录组学分析克罗恩病，揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，首次发现PECAM2通过PECAM1-CD38相互作用驱动纤维化，并验证CD38抑制剂的治疗潜力	样本量较小（13例手术标本），且依赖动物模型验证，需进一步临床研究确认治疗价值	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制，并探索潜在治疗靶点	克罗恩病患者手术标本（包括炎症、纤维化组织及健康对照）及TNBS诱导的小鼠结肠炎模型	生物信息学	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体相互作用分析、伪时间分析、免疫染色	计算分析流程（整合多工具）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含患者组织及健康对照），独立验证队列及小鼠模型
363	2025-09-22	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究通过空间转录组学分析CTNNB1突变子宫内膜癌中β-连环蛋白不同亚细胞定位导致的转录组差异	首次发现β-连环蛋白核定位与非核定位区域具有截然不同的转录谱，并鉴定出Wnt/β-连环信号通路新型治疗靶点TROP2	研究局限于CTNNB1外显子3突变型子宫内膜样子宫内膜癌，样本异质性可能影响结果普适性	探究β-连环蛋白亚细胞定位对下游基因表达的影响	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌组织	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，蛋白质定位数据	具有肿瘤内异质性的子宫内膜癌组织样本（具体数量未明确说明）
364	2025-09-22	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本文揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现并定义了CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症和儿茶酚胺抵抗	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚未验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的分子机制和功能亚群	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠生命周期不同阶段的脂肪组织样本
365	2025-09-22	MIG-21 interacts with Wnt and Netrin signaling in gonad migration in C. elegans 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011866 PMID:40953068	研究论文	本研究利用scRNA-seq技术发现mig-21基因在线虫性腺迁移引导细胞中特异性表达，并揭示其与Wnt和Netrin信号通路协同调控细胞迁移的新机制	首次在性腺迁移系统中应用scRNA-seq技术，发现mig-21在DTC中的特异性表达及其与已知信号通路的协同作用机制	研究主要基于线虫模型，结论在高等生物中的普适性仍需验证	探究线虫性腺迁移过程中的细胞信号调控机制	秀丽隐杆线虫（C. elegans）的性腺远端尖端细胞（DTC）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、经典遗传学技术、RNAi敲降、活细胞成像	NA	基因表达数据、显微成像数据	基于已发表的成年线虫scRNA-seq数据集
366	2025-09-22	Spatial gene expression at single-cell resolution from histology using deep learning with GHIST 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02795-z PMID:40954301	研究论文	提出基于深度学习的GHIST框架，从组织学图像预测单细胞分辨率空间基因表达	利用亚细胞空间转录组学和多层次生物信息协同关系，实现单细胞分辨率预测	NA	开发低成本高精度的空间基因表达预测方法	组织学图像与空间转录组数据	数字病理学	癌症（多癌种）	空间转录组学，深度学习	深度学习框架（具体架构未说明）	组织学图像，基因表达数据	公共数据集和TCGA数据（未提供具体样本数量）
367	2025-09-22	Single-cell consequences of X-linked meiotic drive in stalk-eyed flies 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011816 PMID:40966227	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究马来西亚突眼蝇X连锁减数分裂驱动对睾丸转录组和性染色体调控的影响	首次在非模式生物（突眼蝇）中应用scRNA-seq研究减数分裂驱动机制，揭示了不完全减数分裂性染色体失活和复杂的剂量补偿轨迹	研究局限于单一物种（Teleopsis dalmanni），未与其他驱动系统进行跨物种比较	探究X连锁减数分裂驱动的分子机制及其对配子发生和性染色体调控的影响	马来西亚突眼蝇（Teleopsis dalmanni）的睾丸细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	包含驱动型和标准型睾丸的单细胞样本（具体数量未明确说明）
368	2025-09-22	Mitoepigenetic Targeting of Age-Related Dysfunction: Mechanisms, Therapeutic Avenues, and Transgenerational Implications 2025-Sep, Aging advances DOI:10.4103/agingadv.agingadv-d-25-00006 PMID:40969232	综述	本文综述了线粒体表观遗传学在衰老及相关疾病中的作用机制、治疗靶点和跨代影响	整合了线粒体表观遗传调控在心血管病、神经退行性疾病和癌症中的最新证据，并提出CRISPR和单细胞测序等未来研究方向	线粒体DNA甲基化检测技术存在标准化不足，临床前成果向治疗转化面临挑战	探讨线粒体表观遗传学在年龄相关功能障碍中的机制和治疗潜力	线粒体DNA（mtDNA）、表观遗传修饰、非编码RNA及代谢产物	表观遗传学	年龄相关疾病	单细胞测序、CRISPR技术、表观遗传分析	NA	表观遗传数据、生物标志物表达数据	NA（综述文章未涉及具体样本）
369	2025-09-22	Graph-based deep learning for integrating single-cell and bulk transcriptomic data to identify clinical cancer subtypes 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf467 PMID:40966644	研究论文	提出一种基于图深度学习的单细胞与批量转录组数据整合方法，用于精确识别癌症亚型并预测临床结局	开发了scBGDL方法，通过构建样本特异性基因图建模基因互作关系，并整合Graph Attention Networks、MinCutPool和Transformer模块实现多模态数据融合	NA	整合单细胞和批量转录组数据以识别癌症临床亚型并提升预后预测准确性	癌症患者转录组数据（涵盖16种TCGA癌症类型及三种特定癌症治疗场景队列）	生物信息学	癌症（多癌种）	scRNA-seq, 批量转录组测序	Graph Attention Networks, Transformer, MinCutPool	基因表达数据	16种癌症类型TCGA数据 + 3个独立队列（肺癌n=1099, 卵巢癌n=762, 黑色素瘤n=305）
370	2025-09-22	ISENICS: a model for identifying senescent immune cells and samples and characterization of their roles in tumor microenvironment 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf469 PMID:40966646	研究论文	开发了一个名为ISENICS的模型，用于识别衰老免疫细胞及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次提供了量化不同免疫细胞类型衰老水平的指标，并揭示了免疫细胞衰老与肿瘤免疫特征之间的癌症特异性关系	NA	探索衰老免疫细胞在肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用	23种癌症类型的肿瘤样本和正常样本	生物信息学	肿瘤癌症	RNA-seq（包括bulk和single-cell），反卷积算法	ISENICS模型	基因表达数据	23种癌症类型的样本
371	2025-09-22	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可塑性调控ITGB3表达的创新机制，并建立了18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据，转录组数据	NA
372	2025-09-22	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的防护作用及对小胶质细胞反应的影响	首次通过基因敲除ACAN证明PNN结构在调节小胶质细胞-斑块关联和斑块形态中的关键作用，并利用单细胞空间转录组学发现增强的DAM表型	研究基于5xFAD小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究周围神经网（PNNs）在阿尔茨海默病 pathogenesis 中的作用机制	5xFAD转基因小鼠模型及ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织形态学数据	5xFAD转基因小鼠和ACAN cKO小鼠模型
373	2025-09-22	Single-cell transcriptional landscape of liver transplant rejection reveals tissue persistence of clonally expanded, treatment-resistant T cells 2025-Aug-12, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.08.004 PMID:40812614	研究论文	利用单细胞RNA测序和免疫组库分析揭示肝移植排斥中克隆扩增的CD8 T细胞的组织持久性及其与治疗抵抗的关系	首次在儿科肝移植排斥中鉴定出克隆扩增的CD8 T细胞表型及其在组织中的长期持久性，并发现其与Kupffer细胞的差异互作机制	样本量较小（30例冷冻肝活检），且仅针对儿科患者，结果可能无法推广到成人群体	探究肝移植后T细胞介导的排斥（TCMR）中CD8 T细胞的克隆扩增、持久性和分子机制	儿科肝移植患者的肝活检样本（排斥与非排斥状态）	单细胞基因组学	肝移植排斥	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组库分析、MultiNicheNet互作分析	NA	单细胞转录组数据、免疫受体序列数据	30例冷冻肝活检样本（来自儿科患者）
374	2025-09-22	Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection 2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612 PMID:40803501	研究论文	本研究揭示慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞通过铁死亡机制导致功能失调，并探索靶向铁死亡恢复抗病毒能力的治疗策略	首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡，并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的机制	NA	探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系，并开发潜在干预策略	慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞，特别是HBV特异性CD8+ T细胞	免疫学	乙型肝炎	流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术	NA	细胞样本、分子数据	慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本（具体数量未明确说明）
375	2025-09-22	Identification and validation of mitochondrial ferroptosis and immune microenvironment-related hub biomarkers in liver cirrhosis by integrated bioinformatics analysis 2025 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504251380638 PMID:40966021	研究论文	通过整合生物信息学分析识别并验证与肝硬化的线粒体铁死亡和免疫微环境相关的枢纽生物标志物	首次结合线粒体铁死亡相关基因与免疫微环境分析，识别肝硬化中的关键生物标志物，并通过单细胞测序和分子对接进行多维度验证	研究依赖于公共数据库的转录组数据，未涉及独立临床队列的外部验证	寻找肝硬化诊断的生物标志物并探索其与免疫微环境的关联	肝硬化患者的肝组织转录组数据	生物信息学	肝硬化	RNA-seq, 单细胞测序, 免疫组化(IHC), 分子对接	LASSO回归, 随机森林, WGCNA	基因表达数据	NA（未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库）
376	2025-09-22	Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system 2025-May-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055 PMID:38934385	综述	本文综述了中枢神经系统中成熟少突胶质细胞的异质性，涵盖其形态、功能及分子多样性	挑战了成熟少突胶质细胞功能静态的传统观点，并系统总结了其亚型多样性及动态功能	细胞亚类划分需谨慎，因时空局限性研究可能导致细胞身份结论的过度简化	探讨成熟少突胶质细胞的功能与分子异质性及其在生理和病理条件下的意义	成熟少突胶质细胞	神经科学	多发性硬化、阿尔茨海默病、精神疾病	单细胞/细胞核RNA测序、空间转录组学、单细胞蛋白质组学	NA	分子表达数据	NA
377	2025-09-22	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究发现中年时期出现一种独特的脂肪祖细胞亚群CP-A，驱动活跃的脂肪生成并导致内脏脂肪堆积	首次通过单细胞RNA测序鉴定出年龄特异性脂肪祖细胞亚群CP-A，并揭示其通过白血病抑制因子受体信号通路促进脂肪生成	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
378	2025-09-22	Multi-omics integration uncovers key transcriptional regulators in triple-negative breast cancer spatial heterogeneity 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1614254 PMID:40969325	研究论文	通过多组学整合方法构建三阴性乳腺癌空间细胞图谱，揭示细胞类型异质性和关键转录调控因子	首次结合scRNA-seq和空间转录组学构建TNBC空间细胞图谱，识别上皮细胞和间质细胞中的关键转录因子及其调控网络	NA	解析三阴性乳腺癌的空间微环境异质性和调控机制	三阴性乳腺癌组织中的细胞类型及其空间分布	空间转录组学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学, 多组学整合	NA	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
379	2025-09-22	NADH supplementation improves human oocyte maturation and developmental competence of resulting embryos in controlled ovarian hyperstimulation cycles: a pilot study implicating the CDK2/GAS6 signaling pathway 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1627679 PMID:40969372	研究论文	一项初步研究显示NADH补充剂通过上调CDK2/GAS6信号通路改善人类卵母细胞成熟和胚胎发育能力	首次探索NADH（而非NAD+前体）对人类卵母细胞成熟的直接影响，并揭示其通过CDK2/GAS6信号通路发挥作用	初步研究样本量有限，使用废弃卵母细胞可能存在局限性	研究NADH对人类卵母细胞体外成熟和胚胎发育能力的影响及作用机制	人类GV/MⅠ期卵母细胞	生殖医学	卵巢功能减退	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、线粒体表型分析	NA	基因表达数据、荧光成像数据	来自控制性超排卵周期的废弃卵母细胞
380	2025-09-22	A Brief Introduction to Genomics and Single-cell Analysis for Psychiatric Disorders 2025, Juntendo medical journal DOI:10.14789/ejmj.JMJ25-0003-R PMID:40969821	综述	本文回顾了基因组学和单细胞分析在精神疾病研究中的最新进展，特别关注双相情感障碍	整合临床基因组数据与细胞类型特异性表达谱，探索iPSCs作为基因组研究未来延伸的潜力	直接获取活体人脑组织存在重大限制	理解精神疾病的病理机制并开发创新诊断和治疗策略	精神疾病（特别是双相情感障碍和精神分裂症）	基因组学	精神疾病	单细胞RNA测序，iPSCs技术	NA	基因组数据，表达谱数据	尸检脑组织样本