单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28975 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-06-16 |
Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70365
PMID:40515443
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2025-06-18 |
[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke]
2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:40525338
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析缺血性卒中中巨噬细胞亚群及其关键基因 | 首次结合scRNA-seq和hdWGCNA技术鉴定缺血性卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM)，并发现CCL6-CCR1信号轴在神经炎症中的潜在作用 | 未进行实验验证关键基因的功能机制，样本来源和数量未明确说明 | 探究缺血性卒中后巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用 | 缺血性卒中患者的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | NA |
| 363 | 2025-06-18 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，识别出在多发性骨髓瘤中过表达的CLPP基因，并探讨其作为治疗靶点的潜力 | 首次将CLPP基因识别为高风险多发性骨髓瘤的关键致病因子，并验证其作为治疗靶点的有效性 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞 | 肿瘤生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，但包含新诊断和复发/难治性病例样本 |
| 364 | 2025-06-18 |
Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111799
PMID:40507280
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性 | 识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 胶质母细胞瘤的免疫微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 365 | 2025-06-18 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本文探讨了使用条形码标记的单克隆胚胎体（EBs）作为解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题的潜在方案 | 开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码技术，提高了转录因子（TF）扰动效果的量化能力，并减少了EB分化过程中的克隆复杂性损失 | 研究结果在生物重复中不可重现，表明存在细胞瓶颈效应，限制了统计功效和嵌合体筛选的解释 | 加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现，改进嵌合体器官筛选方法 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs） | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 366 | 2025-06-18 |
TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice
2025-05-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxaf005
PMID:40401698
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研究论文 | 本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展 | 揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展 | 研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中进行验证 | 探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 |
| 367 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的微胶质细胞激活可逆性 | 首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，揭示了微胶质细胞激活的可逆性 | 研究仅观察了移植后3天的短期反应，缺乏长期追踪数据 | 探究视网膜移植后宿主微胶质细胞/巨噬细胞的激活机制和异质性 | 人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)和宿主视网膜髓系细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，10X Genomics Chromium平台，RNA Velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 每样本多达10,000个活细胞，使用3-6月龄knock-in小鼠 |
| 368 | 2025-06-18 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
|
研究论文 | 研究探讨了生物钟调控细胞周期进程对小鼠舌头味觉细胞更新的影响 | 揭示了生物钟通过调控细胞周期影响味觉细胞更新的机制，并发现味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索生物钟调控细胞周期对味觉细胞更新的影响及其生理意义 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 |
| 369 | 2025-06-18 |
scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf279
PMID:40515392
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务的表现 | scValue通过随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号 | NA | 优化大规模单细胞RNA测序数据的子采样方法，以提高下游机器学习和深度学习任务的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等 |
| 370 | 2025-06-18 |
An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus
2025-02-04, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae062
PMID:39383111
|
research paper | 该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加 | 揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性 | 样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异 | 阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用 | 系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞数据 | 57名SLE患者和31名健康成人志愿者 |
| 371 | 2025-06-18 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs） | SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets | 肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 372 | 2025-06-18 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
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研究论文 | 本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中 | 开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据 | 仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因 | 研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 373 | 2025-06-18 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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research paper | 提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法 | 构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性 | 仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限 | 开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | digital pathology | NA | Spatial Transcriptomics (ST) | network model | gene expression data | 一个真实ST数据集上的三种相互作用 |
| 374 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 375 | 2025-06-18 |
Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1610694
PMID:40519262
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研究论文 | 研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究甲状腺功能减退对卵巢颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现甲状腺功能减退促进氧化应激 | 研究仅基于大鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生育能力的影响 | 成年雌性大鼠 | 生殖医学 | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量的大鼠模型 |
| 376 | 2025-06-18 |
Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627
PMID:40519935
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research paper | 该研究通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其与免疫特征的关系 | 首次全面探索TMED2在泛癌中的调控作用及其与免疫特征和信号通路的关联 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证TMED2的具体作用机制 | 探究TMED2在癌症治疗中的潜在免疫特性和预后价值 | 多种癌症类型（包括CESC、MESO、LGG和UVM）及其相关细胞 | digital pathology | pan-cancer | 单细胞测序、通路富集分析、PPI网络分析 | NA | 基因表达数据、临床病理数据 | 多个公共数据库中的癌症和正常组织样本 |
| 377 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343
PMID:40519934
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research paper | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管畸形（CCM）病变组织中的细胞亚群和免疫浸润动态 | 首次在CCM病变组织中进行了单细胞RNA测序，揭示了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞的增加以及基因表达和信号通路的失调 | 样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例 | 全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路变化 | CCM患者的病变脑血管组织和对照组的正常脑血管组织 | digital pathology | cerebral cavernous malformation | 单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化 | NA | RNA-seq数据 | CCM患者的病变组织和对照组的正常组织（具体样本数量未明确说明） |
| 378 | 2025-06-18 |
Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558
PMID:40519938
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研究论文 | 本研究通过转录组生物信息学分析，揭示了幽门螺杆菌(H. pylori)感染在胃癌(GC)中通过ACSM5和HSPB2基因表达影响肿瘤微环境(TME)和化疗耐药的机制 | 建立了幽门螺杆菌相关预后指数(HPI)，发现高HPI与不良预后相关，并揭示了HPI与肿瘤微环境细胞浸润增强和抗肿瘤药物耐药性的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了部分实验验证，但仍需更多体内外实验进一步证实 | 探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药的影响机制 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性检测 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | TCGA和GSE62254数据集中的胃癌样本 |
| 379 | 2025-06-18 |
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112061
PMID:40520014
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综述 | 本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学技术提供的新见解 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织 | NA | 研究巨噬细胞在心血管疾病中的多样性和功能，为临床巨噬细胞靶向策略提供参考 | 巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA |
| 380 | 2025-06-18 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.108618
PMID:40520021
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用 | 首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型 | 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | NA |