单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38003 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集，对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集，构建了强大的元数据资源，并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs，对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源为回顾性数据集，需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞（Tregs）的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集，总计137,648个单细胞；使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 342 | 2026-03-30 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
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研究论文 | 本研究通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息分析，揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性中的主导作用 | 首次在信号蛋白水平上研究EMT异质性，使用互信息分析揭示ERK在多种生长因子和化疗药物响应中的决定性作用，克服了群体水平研究和单细胞转录组学的局限性 | 研究主要聚焦于胰腺癌细胞，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证；分析方法依赖于蛋白质测量，可能受技术灵敏度限制 | 探究胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性的信号通路机制，以识别促进化疗反应的药物组合靶点 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 细胞信号转导 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息分析 | 互信息分析模型 | 蛋白质成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 343 | 2026-03-30 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，利用多视图图神经网络识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异性通讯事件 | 提出首个考虑生态位异质性的单细胞/斑点水平细胞间通讯推断方法，通过可解释的多视图图神经网络和CCC感知注意力机制 | NA | 开发能够捕捉生态位特异性细胞间通讯的计算工具 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 344 | 2026-03-30 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-04, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
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研究论文 | 本研究提出了一个计算集成遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观，并开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系流形 | 整合单细胞RNA测序等高通量基因分型方法与语言模型等先进学习方法，构建了一个用于分析基因型-表型动态关系的多模态基础模型，能够以更高分辨率解析细胞异质性 | NA | 解析复杂基因表达模式如何产生复杂表型这一生物学基本问题，探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用 | 人类转录组学数据，特别是内皮细胞中的von Willebrand因子（VWF）基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2026-03-30 |
Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data
2024-03, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00597-5
PMID:38438786
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCORPION的工具，用于从单细胞/核RNA测序数据重建可比较的基因调控网络，以支持群体水平的比较 | SCORPION利用消息传递算法和相同基线先验，克服了数据稀疏性和细胞异质性，在合成数据上优于12种现有基因调控网络重建技术，并能准确识别野生型和转录因子扰动细胞间的调控网络差异 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种工具，用于从单细胞转录组学数据重建可比较的基因调控网络，以进行群体水平的比较 | 单细胞/核RNA测序数据，特别是来自结直肠癌和相邻健康组织的200,436个细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 消息传递算法 | 单细胞转录组学数据 | 200,436个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 346 | 2026-03-30 |
Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools
2024-02, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00595-7
PMID:38374363
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研究论文 | 本文介绍了CellBarcode工具包及其条形码模拟套件CellBarcodeSim，用于从批量或单细胞测序数据中高效、灵活地提取和过滤多种条形码类型 | 开发了支持多种条形码类型和分析策略的通用工具，并提供了条形码模拟功能以优化识别过程 | 未明确提及具体的技术限制或性能边界 | 提高DNA细胞条形码识别的准确性和可重复性 | DNA细胞条形码 | 生物信息学 | NA | PCR和测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | NA |
| 347 | 2026-03-30 |
ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005
PMID:37543242
|
研究论文 | 本研究揭示了ΔNp63在成年表皮中调控角质形成细胞增殖、自我维持及抑制炎症的关键作用 | 首次阐明ΔNp63在成年表皮稳态中的核心调控功能，发现其缺失会引发银屑病样炎症反应，并鉴定出下游关键效应通路 | 研究主要依赖基因敲除模型，人类表皮中的验证尚不充分；单细胞测序样本量有限 | 探究ΔNp63转录因子在成年表皮稳态维持中的分子机制 | 小鼠表皮角质形成细胞 | 单细胞组学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 348 | 2026-03-30 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-09, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在运行时间上具有线性与二次方的优势，且在合理条件下能高概率计算肿瘤的真实进展历史 | NA | 开发一种快速且准确的算法来推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的基因型矩阵 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因型矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 349 | 2026-03-30 |
Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies
2020-07-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-020-00924-z
PMID:32718354
|
综述 | 本文综述了蛋白水解靶向嵌合体（PROTACs）作为新兴疗法在血液恶性肿瘤治疗中的应用潜力 | 提出利用人类全组织单细胞RNA测序数据识别造血细胞类型特异性E3连接酶，以开发肿瘤特异性PROTACs，提高治疗安全性 | NA | 总结PROTACs在血液恶性肿瘤治疗中的潜力，并讨论提高其临床安全性的策略 | 蛋白水解靶向嵌合体（PROTACs）及其在血液恶性肿瘤中的应用 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 350 | 2026-03-29 |
Tubulointerstitial inflammation in glomerular diseases: mechanistic pathways, prognostic value, and translational therapeutic targets
2026-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2026.2646426
PMID:41876962
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综述 | 本文系统综述了肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后意义及其作为转化治疗靶点的潜力 | 倡导从以肾小球为中心的框架转向肾小球-间质系统的视角，并强调了AI增强数字病理学、空间转录组学等新兴技术在精细表征间质免疫-纤维化微环境中的应用 | 指出肾小管间质炎症的独立预后意义在不同疾病和人群中仍不一致，且方法学上的差异（如定义、评分系统和协变量调整）是造成这些不一致的主要原因 | 阐明肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病通路、预后价值及作为转化治疗靶点的潜力 | 肾小球疾病中的肾小管间质炎症 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，成像技术 | NA | 病理图像，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 351 | 2026-03-29 |
Construction of TLS-related gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000925
PMID:41894176
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研究论文 | 本研究构建了三级淋巴结构相关基因特征（TLSRS），用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次开发了基于三级淋巴结构相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型，并利用单细胞、空间转录组学等技术验证了基因与TLS的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证；基因特征的普适性需在更多独立队列中验证 | 预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应，推动精准医疗发展 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异基因表达分析、加权相关网络分析、LASSO回归、GSEA、单细胞RNA-seq、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确指定样本数量，涉及肝细胞癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 352 | 2026-03-29 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Chemotherapy-Induced Changes in Osteosarcoma With a Pyroptosis-Related Gene-Based Prognostic Model
2026-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71110
PMID:41896410
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析化疗诱导的骨肉瘤变化，并基于焦亡相关基因构建了一个预后模型Pyroscore | 首次在单细胞水平上系统分析化疗对骨肉瘤细胞亚群和肿瘤微环境的影响，并开发了基于焦亡相关基因的预后模型Pyroscore，该模型整合了101种机器学习算法进行验证 | 研究未明确说明样本来源和数量细节，且模型验证可能受限于现有数据集 | 探究化疗对骨肉瘤细胞亚群和分子通路的影响，并开发预后模型以改善患者治疗策略 | 骨肉瘤细胞及其微环境中的各种细胞亚群 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法（包括BAK1、CASP1、CASP5、CASP6等基因的整合模型） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2026-03-29 |
Single-nucleus multiomic profiling of the aging mouse substantia nigra reveals conserved gene alterations linked to Parkinson's disease
2026-Mar-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281113.125
PMID:41781332
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研究论文 | 本研究通过对小鼠黑质进行单核多组学测序，揭示了衰老过程中与帕金森病相关的保守基因变化 | 首次使用单核多组学测序技术，在细胞类型特异性水平上描绘了小鼠黑质在整个生命周期中的转录组和表观基因组变化，并整合了多个公共PD单细胞RNA-seq数据集，识别出85个在衰老和PD中一致差异表达的基因 | 研究基于小鼠模型，其结果向人类PD的转化需要进一步验证；样本量相对有限 | 阐明衰老与帕金森病病理之间的具体联系机制 | 小鼠黑质中的细胞 | 单细胞基因组学 | 帕金森病 | 单核多组学测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 40,125个细胞 | NA | 单核多组学测序，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2026-03-29 |
Application of GBD 2021 and multiple omics to reveal the association and potential mechanism between glycated hemoglobin and intervertebral disc degeneration
2026-Mar-27, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05208-w
PMID:41893906
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研究论文 | 本研究整合全球疾病负担数据、孟德尔随机化分析、多组学数据和单细胞转录组学，全面揭示了糖化血红蛋白与椎间盘退变之间的关联及潜在机制 | 首次通过整合全球流行病学数据、孟德尔随机化因果推断、多组学整合分析及单细胞转录组学，系统揭示了HbA1c与IVDD的因果关系，并鉴定了五个关键HbA1c相关基因及其在椎间盘退变中的细胞特异性作用 | 研究主要基于公共数据库和已有测序数据，缺乏实验验证；单细胞分析样本量有限；药物靶向预测需进一步实验确认 | 阐明糖化血红蛋白对椎间盘退变的因果影响，鉴定关键相关基因并探索其分子机制及潜在治疗靶点 | 全球人群糖尿病与腰痛流行病学数据、椎间盘退变相关基因组数据、人髓核组织单细胞转录组数据 | 生物信息学与多组学整合分析 | 椎间盘退变 | 孟德尔随机化分析、全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 流行病学数据、基因组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | 全球人群流行病学数据、大型GWAS汇总统计数据、单细胞RNA测序人髓核组织样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2026-03-29 |
Analysis and validation of mast cells and enriched genes in colorectal cancer with liver metastasis by multi-omics data
2026-Mar-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04916-2
PMID:41894110
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析，探讨了肥大细胞在结直肠癌肝转移中的作用，并构建了基于肥大细胞富集基因的预测模型 | 首次结合bulk-seq和scRNA-seq数据，系统分析肥大细胞在结直肠癌肝转移中的比例变化，并鉴定出三个关键基因构建预测模型 | 样本量相对有限（223个样本），且未深入探讨肥大细胞影响肝转移的具体分子机制 | 确定肥大细胞及其富集基因在结直肠癌肝转移中的作用 | 结直肠癌患者组织样本（包括原发灶和肝转移灶） | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学数据分析、CIBERSORT算法、scRNA-seq、免疫组化 | 预测模型（基于基因表达） | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、临床数据 | 223个样本（来自四个bulk-seq数据集），外加scRNA-seq数据集和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2026-03-29 |
Association between craniosynostosis and phospholipid metabolism: Insights from single-cell and transcriptomic analysis
2026-Mar-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048030
PMID:41894269
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了颅缝早闭与磷脂代谢之间的关联 | 首次从磷脂代谢角度系统研究颅缝早闭的发病机制，并探索他汀类药物作为潜在治疗策略的再利用 | 他汀类药物的遗传证据受样本量限制，统计显著性有限，需要更大队列和实验模型验证 | 阐明颅缝早闭的发病机制，特别是磷脂代谢的作用，并探索潜在治疗靶点 | 临床样本（人类）和小鼠颅缝组织 | 数字病理学 | 颅缝早闭 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 孟德尔随机化, 网络药理学, 分子对接 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量，涉及临床样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 357 | 2026-03-29 |
Pharmacologic targeting of the dopamine D2 receptor impacts the efficacy of immune checkpoint blockade in melanoma
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014080
PMID:41895714
|
研究论文 | 本研究探讨了通过药物靶向多巴胺D2受体（D2R）来调节催乳素（PRL）水平，从而影响免疫检查点抑制剂（ICIs）在黑色素瘤治疗中的疗效 | 首次利用FDA批准的D2R激动剂和拮抗剂（溴隐亭和甲氧氯普胺）在体内调节PRL水平，并结合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了D2R靶向治疗通过独立于PRL的机制（如增强MHC表达和CD8+ T细胞活性）来改善ICIs疗效 | 研究主要基于小鼠模型（如B16F0和MEL11443黑色素瘤），尚未在人类患者中进行验证，且机制探索虽全面但部分体外实验需进一步体内确认 | 评估靶向多巴胺D2受体（D2R）的药物是否能改善免疫检查点抑制剂（ICIs）在黑色素瘤治疗中的疗效 | 小鼠黑色素瘤模型（B16F0和MEL11443），包括PRL位点ICI应答者和非应答者动物模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学 | NA | RNA测序数据，流式细胞数据，免疫组化图像 | 使用小鼠模型（具体数量未在摘要中明确说明），涉及B16F0和MEL11443黑色素瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 358 | 2026-03-29 |
Circulating exhausted CD8+ effector memory cells differentiate immune checkpoint inhibitor-induced liver injury from other acute immune-mediated liver injuries
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014178
PMID:41895713
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，鉴定出一种循环耗竭性CD8+效应记忆T细胞亚群，可作为区分免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他急性免疫介导性肝损伤的潜在生物标志物 | 首次系统性地将ChILI与DILI和AIH进行免疫表型比较，并鉴定出具有诊断潜力的特异性循环CD8+ T细胞亚群 | 样本量相对有限，且为观察性研究，需要更大规模的前瞻性队列验证 | 寻找能够区分免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他类型急性免疫介导性肝损伤的生物标志物 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者（包括发生和未发生肝损伤者）、健康对照、DILI患者、AIH患者 | 数字病理学 | 肝损伤 | 质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、细胞因子谱分析、共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据、bulk转录组数据、蛋白质表达数据、影像数据 | 多个患者队列（包括ChILI患者、对照患者、DILI患者、AIH患者及健康对照），具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2026-03-29 |
Hypergraph Representations of Single-Cell RNA Sequencing Data for Improved Cell Clustering
2026-Mar-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag148
PMID:41896196
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研究论文 | 本文提出了一种将单细胞RNA测序数据表示为超图的新方法，并开发了两种新的聚类算法，以提高细胞类型识别的准确性 | 首次将单细胞RNA测序数据表示为超图以捕获高阶信息，并提出了两种新的超图随机游走聚类算法（DIPHW和CoMem-DIPHW），其中CoMem-DIPHW整合了单细胞基因表达局部信息和共表达网络全局信息 | 未明确说明算法在超大规模数据集上的计算效率，且主要针对具有弱模块性的数据展示了最大改进 | 改进单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析，提高细胞类型分化的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 超图随机游走算法（DIPHW, CoMem-DIPHW） | 基因表达数据 | 多个真实世界数据集（人类胰腺、小鼠胰腺、人类大脑、小鼠大脑组织细胞）以及基于人类肺腺癌细胞系的真实标注数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 360 | 2026-03-29 |
Th17-driven CD8+ T cells in hUC-MSC and CAR T-cell dual immunotherapy for superior anti-tumor efficacy
2026-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08656-7
PMID:41896206
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研究论文 | 本研究开发了一种结合人脐带间充质干细胞与CD19 CAR-T细胞的双重细胞免疫疗法，以增强在高肿瘤负荷条件下的抗肿瘤疗效 | 首次提出并验证了hUC-MSCs与CAR-T细胞联合使用的双重免疫治疗策略，揭示了hUC-MSCs通过诱导Th17分化促进CD8+ NK样细胞毒性T淋巴细胞生成，从而增强CAR-T细胞功能并减轻CRS的新机制 | 研究主要在异种移植模型中进行，尚未在人体临床试验中验证；对hUC-MSCs作用的具体分子机制探索仍需深入 | 提高CAR-T细胞疗法在高肿瘤负荷血液恶性肿瘤中的疗效和安全性 | B细胞淋巴瘤异种移植模型、CD19 CAR-T细胞、人脐带间充质干细胞 | 细胞免疫治疗 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |