单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-04-26	Mapping Cell Identity from scRNA-seq: A primer on computational methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.051 PMID:40270709	review	本文提供了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中细胞身份注释的计算方法概述	对现有工具进行分类并讨论其关键优势、局限性和应用范围	未提及具体方法的性能比较或实验验证	为scRNA-seq数据中的细胞身份注释提供计算方法指南	单细胞RNA测序数据和相关的计算方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
342	2025-04-26	Investigation of the role of GEM in systemic lupus erythematosus through multi-omics joint analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569605 PMID:40270963	研究论文	通过多组学联合分析探究GEM在系统性红斑狼疮中的作用	首次通过单细胞RNA测序结合细胞实验揭示GEM基因在SLE成纤维细胞中的调控机制	研究局限于体外细胞实验，未进行动物模型验证	阐明GEM基因在系统性红斑狼疮发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者的成纤维细胞	生物医学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞功能实验	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
343	2025-04-26	Epithelial and macrophage cell interaction in cervical cancer through single-cell RNA-sequencing and spatial analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537785 PMID:40270962	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间分析研究宫颈癌中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了宫颈癌肿瘤微环境中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用及其对预后的影响	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于样本量和数据质量	探索宫颈癌肿瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	宫颈癌患者的肿瘤微环境细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 免疫组化	基因集变异分析(GSVA), 肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评分	基因组数据, 转录组数据, 临床生存数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌样本数据
344	2025-04-26	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本研究旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后标志物，并识别膀胱癌（BLCA）中的关键枢纽RBP	首次将RBMS3识别为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	开发RBP预后标志物并识别膀胱癌中的关键RBP	膀胱癌（BLCA）	生物信息学	膀胱癌	scRNA-Seq, 生物信息学分析	风险模型	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	NA
345	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
346	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
347	2025-04-26	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	结合对抗域适应策略、对比损失和自步学习机制，实现了全局分布匹配和判别性特征表示，优于现有方法	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并提高细胞类型注释准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	基因表达数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
348	2025-04-26	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	research paper	介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，用于快速、低成本地检测单细胞水平的m6A修饰	Scm6A结合m6A转录调控因子表达水平和顺式序列特征，提供了高效可靠的预测，并在多种细胞类型和疾病样本中验证了其可靠性	NA	开发一种快速、低成本且可靠的单细胞m6A定量方法，以解决现有方法在检测细胞间m6A特异性方面的挑战	外周血单个核细胞（PBMCs）中的CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织和COVID-19患者血液样本	machine learning	lung cancer, COVID-19	scRNA-seq, m6A-seq, MACS	machine learning-based approach	RNA sequencing data	外周血单个核细胞（PBMCs）、肺癌组织和COVID-19患者血液样本
349	2025-04-26	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	研究上呼吸道黏膜中多细菌细胞内大分子对单细胞表观因子谱的影响	揭示了多细菌细胞内大分子（PIMs）在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对单细胞效应细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用	研究主要基于人类口腔黏膜，可能无法完全代表其他上呼吸道区域	探究黏膜上皮细胞类型中宿主-微生物的相互作用	人类口腔黏膜上皮细胞和基质细胞	单细胞RNA测序	慢性炎症性疾病	单细胞RNA测序、杂交、免疫组织化学	NA	RNA序列数据、免疫组织化学图像	人类口腔角质形成细胞（HOKs）
350	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
351	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
352	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
353	2025-04-26	DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007 PMID:39215426	research paper	介绍了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染	DVsc是首个针对scRNA-seq数据设计的计算框架，能够精确量化病毒感染，并支持多种单细胞测序平台	未提及具体的技术限制或样本多样性不足的问题	开发一个高效检测病毒感染的计算框架，以研究病毒感染对疾病的影响	临床样本中的单细胞转录组数据	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	约200个临床样本，感染了超过10种不同的病毒
354	2025-04-26	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分辨率互作组学，揭示了牙周炎中与牙齿相关角质形成细胞的相互作用及其在炎症中的作用	首次整合了人类牙周组织的单细胞RNA测序图谱，并揭示了牙周炎中角质形成细胞的特定免疫相互作用和空间表型	需要进一步研究以支持在慢性炎症状态下的精准牙周干预	研究牙周炎中牙周生态位细胞类型与微生物的关系	人类牙周组织中的角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物的相互作用	单细胞组学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞宏基因组学、荧光原位杂交、高度多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、空间表型数据	34个样本，105,918个细胞
355	2025-04-26	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测跨多个组学研究的多类表达模式一致的生物标志物，填补了现有方法仅适用于两分类场景的空白	未明确说明方法在样本量较小或数据质量较差时的表现	开发一种能够整合多个组学研究并检测多类生物标志物的统计方法	多类设计的组学数据（如不同疾病亚型、处理、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	互信息一致性分析（MICA）	转录组数据	小鼠代谢相关转录组研究的四种组织和雌激素处理表达谱的三个来源
356	2025-04-26	The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication 2024-Jun, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00685-8 PMID:38238518	review	本文探讨了细胞间相互作用和通讯研究方法的最新进展	介绍了下一代计算工具的演化，这些工具能够处理细胞异质性、空间组织、多种配体类型和细胞内信号事件，并支持更大更复杂的数据集	未提及具体工具或方法的性能比较或验证结果	加速发现细胞在其群落中的作用	细胞间相互作用和通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
357	2025-04-26	Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics 2024-May-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1 PMID:38798675	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	整合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型，探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	定量表征基因型与表型之间的复杂关系	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
358	2025-04-26	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-03, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	research paper	该研究探讨了Spinster homolog 2 (SPNS2)在胶质母细胞瘤(GBM)中的生物学功能和分子作用，发现SPNS2通过抑制PTEN/PI3K/AKT通路抑制GBM细胞的恶性进展、干细胞性和免疫浸润	首次揭示了SPNS2在GBM中的抑癌作用及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的分子机制，并发现SPNS2与肿瘤免疫浸润的相关性	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制	胶质母细胞瘤细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞测序、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本
359	2025-04-26	Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563466 PMID:37961527	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序及其驱动因素	发现了胶质瘤相关髓系细胞表达的四种免疫调节活性程序，并揭示了这些程序由微环境信号和治疗驱动，而非细胞类型、起源或突变状态	研究主要基于人类肿瘤样本，未涉及动物模型验证	理解胶质瘤中免疫调节性髓系细胞的特征及其对免疫治疗的影响	胶质瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据	85个人类肿瘤中的183,062个髓系细胞
360	2025-04-26	High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq 2023-05-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38409-5 PMID:37173341	research paper	开发了一种基于液滴的单核RNA测序技术（snRandom-seq），用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的全长度总RNA捕获	snRandom-seq技术具有较低的双重率（0.3%）、更高的RNA覆盖度，并能检测更多非编码RNA和新转录RNA，相比现有高通量scRNA-seq技术具有优势	未提及具体局限性	开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，以促进生物医学研究	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	生物医学研究	肝癌	snRandom-seq	NA	RNA测序数据	临床FFPE人肝癌标本