单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-04-25	Profiling Long Noncoding RNA in Psoriatic Skin Using Single-Cell RNA Sequencing 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.010 PMID:39342985	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对银屑病患者皮肤中的长链非编码RNA（lncRNA）进行表达谱分析	首次在单细胞水平上对银屑病皮肤中的lncRNA进行系统性的表达谱分析，并鉴定了细胞类型特异性的lncRNA	样本量较小（6名患者），且仅针对银屑病皮肤进行研究	探究lncRNA在银屑病皮肤中的表达模式及其与细胞增殖/表皮分化的关系	银屑病患者的皮损和未受累皮肤组织	基因组学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA测序数据	6名银屑病患者的配对皮损和未受累皮肤样本
282	2025-04-25	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率，为皮肤复杂异质性研究提供了新视角	技术尚处于早期阶段，可能存在一些未解决的技术限制和应用挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用潜力	皮肤组织	分子病理学	皮肤病	空间多组学技术	NA	基因组、蛋白质组和表观基因组数据	NA
283	2025-04-25	Human Enteric Glia Diversity in Health and Disease: New Avenues for the Treatment of Hirschsprung Disease 2025-May, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.12.011 PMID:39725172	研究论文	本研究探索了健康与疾病状态下人类肠道神经胶质细胞的多样性，并为赫希施普龙病的治疗提供了新途径	首次在儿科肠道中鉴定出两种主要的肠道神经胶质细胞类别，并揭示了它们在赫希施普龙病中的持续存在，为使用5-HT激动剂治疗提供了新靶点	研究主要基于儿科样本和斑马鱼模型，可能无法完全代表成人或其他物种的情况	探索健康与疾病状态下肠道神经胶质细胞的多样性及其在赫希施普龙病治疗中的潜在应用	儿科肠道样本和赫希施普龙病患者样本，以及野生型和ret突变斑马鱼	神经生物学	赫希施普龙病	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、免疫荧光、荧光原位杂交	NA	RNA测序数据、荧光图像	儿科对照和赫希施普龙病患者的全层肠切除材料，以及野生型和ret突变斑马鱼
284	2025-04-25	Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth 2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280 PMID:40079140	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析了出生后第1天小鼠主动脉瓣结构的细胞异质性	发现了一个独特的出生后第1天瓣膜内皮细胞亚群和3个未被充分认识的瓣膜间质细胞亚群	研究仅关注出生后第1天的主动脉瓣细胞异质性，未涵盖其他发育阶段	探索主动脉瓣在出生后成熟过程中建立和维持结构与功能的细胞机制	小鼠主动脉瓣细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	出生后第1天小鼠主动脉瓣样本
285	2025-04-25	Glucagon-like peptide-1 receptor signaling activation in alveolar type II cells enhances lung development in neonatal rats exposed to hyperoxia 2025-May, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103586 PMID:40080965	研究论文	本研究探讨了GLP-1R信号在肺泡II型细胞中对高氧暴露新生大鼠肺发育的促进作用及其潜在机制	首次揭示了GLP-1R信号通过调节线粒体分裂和糖代谢促进肺发育的新机制，并发现高氧通过抑制m6A甲基化影响GLP-1R激活	研究仅基于新生大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索GLP-1R在肺发育调控中的作用及其分子机制	新生Sprague-Dawley大鼠的肺泡II型细胞和RLE-6TN细胞	NA	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序、Western blotting、双免疫荧光染色、Seahorse XF96代谢分析、MeRIP-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、代谢数据	新生大鼠肺组织在不同时间点(3、7、10、14天)的样本
286	2025-04-25	MrgD as a Novel Modeling and Treatment Target for Pulmonary Hypertension 2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322337 PMID:40143817	研究论文	本研究探讨了MrgD在肺动脉高压（PH）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了MrgD在PH中的保护作用及其通过PIM1-AKT-MAZ信号通路调控肺动脉平滑肌细胞增殖的机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证有限	探究MrgD在肺动脉高压发病机制中的作用及其治疗潜力	肺动脉高压动物模型（Sugen5416+缺氧、野百合碱诱导）和人类肺动脉平滑肌细胞	心血管疾病研究	肺动脉高压	单细胞测序、RNA测序、分子生物学实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞增殖数据	多种PH动物模型及人类肺动脉平滑肌细胞
287	2025-04-25	Extracellular vesicle-packaged GBP2 from macrophages aggravates sepsis-induced acute lung injury by promoting ferroptosis in pulmonary vascular endothelial cells 2025-May, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103614 PMID:40156957	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞来源的细胞外囊泡（EVs）在脓毒症诱导的急性肺损伤（si-ALI）中的作用及其机制，发现GBP2通过促进肺血管内皮细胞铁死亡加剧肺损伤	首次揭示了GBP2通过OTUD5促进GPX4泛素化进而驱动内皮细胞铁死亡的机制，并筛选出具有潜在治疗作用的小分子化合物Plantainoside D	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明巨噬细胞来源EVs在si-ALI中的作用机制并探索潜在治疗靶点	巨噬细胞、肺血管内皮细胞、脓毒症患者和小鼠模型	分子病理学	急性肺损伤/脓毒症	蛋白质组测序、转录组重分析、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	CLP小鼠模型、内皮特异性Gpx4敲除小鼠	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	脓毒症患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞系、CLP小鼠模型
288	2025-04-25	Single-cell RNA sequencing reveals a reprogramming of hepatic immune cells and a protective role for B cells in MASH-driven HCC 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000668 PMID:40257356	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中肝脏免疫细胞的重编程及B细胞的保护作用	揭示了B细胞在抗肿瘤免疫中的新作用及其通过增强T细胞反应促进抗肿瘤免疫的机制	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中免疫细胞的作用及机制	小鼠模型中的肝脏免疫细胞，特别是B细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	μMT小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型进行研究
289	2025-04-25	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Signatures that Distinguish Allergic from Irritant Contact Dermatitis 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.008 PMID:39341550	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示区分过敏性接触性皮炎和刺激性接触性皮炎的分子特征	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了过敏性接触性皮炎和刺激性接触性皮炎在转录组水平上的差异，并开发了一个高敏感性和特异性的诊断模型	样本量较小，且仅针对健康志愿者进行研究，未涉及不同年龄或疾病严重程度的患者	发现区分过敏性接触性皮炎和刺激性接触性皮炎的生物标志物	人类皮肤组织	生物医学	过敏性接触性皮炎和刺激性接触性皮炎	单细胞RNA测序	逻辑回归模型	转录组和蛋白质组数据	健康人类志愿者
290	2025-04-25	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4（LxA）通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤（IRI）中的保护作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞的铁死亡，从而保护肺IRI	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	探究铁死亡在肺IRI中的作用及LxA的保护机制	肺移植后患者样本、C57BL/6小鼠、Fpr2和Nrf2基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞	生物医学	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序、小鼠肺移植模型、体外细胞实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、氧化脂质水平、肺功能参数	未明确说明患者样本数量，使用多组小鼠和细胞实验
291	2025-04-25	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-Apr-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组分析识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，并揭示了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在肝母细胞瘤中鉴定出恶性肝母细胞样细胞亚群，并阐明IGF2通过SREBF2促进胆固醇积累以维持干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内外实验验证	探索肝母细胞瘤的发病机制，特别是低分化晚期肿瘤的分子基础	肝母细胞瘤中的恶性肝母细胞样细胞亚群	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
292	2025-04-25	Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Apr-24, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00705-7 PMID:40272703	研究论文	提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	开发了scPathClus方法，通过将单细胞基因表达矩阵转换为通路富集矩阵并生成潜在特征矩阵，克服了现有单细胞聚类方法基于基因表达易受scRNA-seq数据中丢失事件影响的局限性	未明确说明方法在其他类型癌症或数据集上的适用性	改进单细胞聚类方法，识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, 拟时序分析, 批量转录组分析	基于社区检测的无监督聚类方法	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了PDAC的scRNA-seq数据集
293	2025-04-25	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Apr-24, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	research paper	该研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与男性不育症之间的因果关系	首次发现CFAP221基因的双等位基因变异是导致男性不育的新遗传原因，并证实ICSI治疗可有效解决由此引起的不育问题	研究样本仅来自两个中国家庭，可能无法代表更广泛人群的遗传多样性	探索男性不育症中弱畸精子症的新型遗传病因	两个无关的中国不育男性家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像、RNA测序数据	两个不育男性家庭的外周血样本和精子样本
294	2025-04-25	Multi-omics Analysis Revealed the Diagnostic and Therapeutic Value of Immunogenic Cell Death-derived SCN5A in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-24, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01444-2 PMID:40272736	research paper	本研究探讨了SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因在肝细胞癌中的诊断和治疗潜力	首次将SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因与肝细胞癌的预后和免疫微环境调控联系起来，并发现丙胺苯丙酮作为SCN5A的高亲和力结合剂具有抗肿瘤效果	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证	探索SCN5A在肝细胞癌中的诊断和治疗价值	肝细胞癌（HCC）	computational biology and experimental oncology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, machine learning, molecular docking	machine learning-based prognostic models	RNA sequencing data, clinical data	四个数据库的综合分析，HepG2细胞实验
295	2025-04-25	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-Apr-23, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	research paper	该研究整合单核RNA测序和空间转录组学数据，量化阿尔茨海默病(AD)前额叶皮层和颞回中的细胞变化	首次整合SEA-AD单核测序数据与空间转录组学，揭示AD进展中胶质细胞的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞回，未涵盖AD影响的其他脑区	理解AD病理过程中细胞水平的变化	AD患者前额叶皮层和颞回的细胞	digital pathology	geriatric disease	snRNA-Seq, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
296	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development: a Sample Preparation Protocol 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.prot108645 PMID:40268304	研究论文	本文描述了一种用于玉米胚胎发育研究的单细胞和空间转录组分析的样本制备协议	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组分析技术应用于玉米胚胎发育研究	仅提供了样本制备协议，未展示实际应用结果	研究玉米胚胎发育的细胞水平机制	玉米胚胎	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
297	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.top108468 PMID:40268305	review	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在玉米胚胎发育研究中的联合应用及其协同效果	结合单细胞RNA测序和空间转录组学两种技术研究玉米胚胎发育，提供了高分辨率的基因表达模式和调控网络分析	单细胞技术难以识别特定细胞簇，而空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少	研究玉米胚胎发育的基因表达模式和调控网络，以促进植物发育机制的理解和农业改良	玉米胚胎发育过程中的细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
298	2025-04-25	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Apr-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	该研究通过跨物种空间评估转录组和代谢组变化，揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展的分子和生化驱动因素	发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮中特异性富集，并证实UGT8抑制可通过神经酰胺介导的代偿性线粒体自噬和内在凋亡途径发挥抗癌作用	研究样本量较小（n=23），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	揭示IPMN向PDAC恶性进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢	胰腺癌	MALDI质谱空间成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9基因编辑、siRNA干扰、药理学抑制	Kras;Gnas和Kras;Tp53;Gnas突变小鼠模型	转录组数据、代谢组数据、组织影像数据	23例人类IPMN/PDAC组织样本及小鼠模型组织
299	2025-04-25	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Apr-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未涉及具体实验数据或样本量的详细分析	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，以推进精准肿瘤学	衰老与癌症的相互作用机制，特别是肿瘤微环境中的细胞异质性	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针	NA	单细胞数据	NA
300	2025-04-25	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's Disease 2025-Apr-23, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征（cSjD）中干扰素富集单核细胞亚群中SUV3表达降低的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达降低在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、fCLIP-qPCR、TEM、J2抗双链RNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据、显微镜图像	未明确说明患者数量（比较组阳性率为39% vs 0.08%）