单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-04-25	Efficient boosting of Omicron-reactive memory B cells after breakthrough infection protects from repeated exposure 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112278 PMID:40264792	研究论文	研究探讨了突破性感染（BTIs）对SARS-CoV-2变种持续突变和免疫力下降的影响，特别关注抗原特异性记忆B细胞（MBCs）对新变种的响应	揭示了预先存在的Omicron特异性MBCs在预防二次Omicron感染中的关键作用，以及MBCs在长期免疫中的重要性	研究样本量较小（107名参与者），且仅针对接受灭活疫苗的个体	理解抗原特异性记忆B细胞对新SARS-CoV-2变种的响应机制，为未来疫苗接种策略提供依据	107名接种了灭活疫苗并经历一次或两次Omicron突破性感染的参与者	免疫学	COVID-19	流式细胞术、SARS-CoV-2抗原探针、单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）分析	NA	细胞、基因表达、BCR序列数据	107名参与者
322	2025-04-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-Apr-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer框架，能够将计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
323	2025-04-25	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-Apr-16, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率发生，并证明这些突变通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤细胞增殖	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在癌症发生发展中的作用机制	人类癌症（特别是皮肤黑色素瘤）中的桥粒基因突变及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、共培养实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确样本数量，但涉及原发性黑色素瘤活检组织
324	2025-04-25	Astrocytic Ryk signaling coordinates scarring and wound healing after spinal cord injury 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417400122 PMID:40208942	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤后星形胶质细胞中Ryk信号在伤口愈合和瘢痕形成中的协调作用	首次揭示了Ryk受体在星形胶质细胞中的表达及其在脊髓损伤后伤口愈合过程中的关键调控作用	研究主要基于啮齿动物模型，人类样本验证有限	阐明脊髓损伤后伤口愈合的细胞机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤后的星形胶质细胞及其他相关细胞类型	神经科学	脊髓损伤	单细胞转录组分析、条件性基因敲除	基因敲除动物模型	基因表达数据、形态学数据	啮齿类动物模型和有限的人类脊髓样本
325	2025-04-25	FAO-fueled OXPHOS and NRF2-mediated stress resilience in MICs drive lymph node metastasis 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2411241122 PMID:40215279	研究论文	本研究探讨了肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用及其机制，发现脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2介导的应激抵抗在转移起始细胞中起关键作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定出具有干细胞特性的转移起始细胞，揭示了脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2-SLC7A11轴在淋巴结转移中的关键作用	研究主要关注食管鳞状细胞癌，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	探究肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用机制	转移起始细胞(MICs)和食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、转录组分析、脂质组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及单细胞RNA测序和多种组学分析
326	2025-04-25	Two duplicated GhMML3 genes coordinately control development of lint and fuzz fibers in cotton 2025-Apr-14, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101281 PMID:39943690	研究论文	该研究通过基因编辑和互补实验揭示了GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12在棉花纤维发育中的协同作用	发现GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12以剂量依赖方式调控棉绒和绒毛纤维的发育，并构建了GhMML3调控纤维发育的基因网络模型	未明确GhMML3与其他调控基因之间的具体互作机制	阐明棉花纤维发育的遗传和分子机制	棉花纤维发育相关基因GhMML3_D12和GhMML3_A12	植物分子遗传学	NA	基因编辑(CRISPR-Cas9)、互补实验、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型棉花J668及其突变体nNSM和#mml3s的分离后代
327	2025-04-25	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-Apr-12, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	本研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募，改善治疗效果	首次揭示了棘阿米巴通过减少中性粒细胞比例和抑制CXCL通路实现免疫逃逸的机制，并创新性地开发了具有双重功能的抗体-趋化因子融合蛋白	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	研究棘阿米巴角膜炎的免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗方法	棘阿米巴角膜炎患者角膜组织及动物模型	免疫治疗	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析、纳米抗体筛选	NA	转录组数据	9例患者（3例AK，3例真菌性角膜炎，3例细菌性角膜炎）
328	2025-04-25	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Apr-11, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	research paper	该研究提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）和Visium空间转录组学的新方法，用于在同一组织切片上识别RNA与代谢物的相关性	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间数据整合的变异性问题	研究仅在人乳腺癌和肺癌组织上进行了验证，未涉及其他癌症类型	开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未明确说明）
329	2025-04-25	Toward automated and explainable high-throughput perturbation analysis in single cells 2025-Apr-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2025.101228 PMID:40264958	research paper	介绍了一种名为CellCap的生成深度学习模型，用于解码单细胞RNA测序数据中的扰动效应	开发了CellCap模型，能够提取可解释的扰动响应模块的潜在表示，识别不同条件下激活的关键细胞通路	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	解决单细胞RNA测序数据中扰动分析的复杂性	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	machine learning	NA	scRNA-seq	generative deep-learning model	scRNA-seq数据	NA
330	2025-04-25	Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach 2025-Apr-10, The Prostate DOI:10.1002/pros.24895 PMID:40211483	研究论文	通过单细胞RNA测序和功能测试，研究了前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的机制	发现恩杂鲁胺治疗前的AR-low亚群被选择和扩增，从而赋予治疗耐药性	研究主要基于细胞系和异种移植模型，尚未在临床样本中验证	探究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的机制	LNCaP前列腺癌细胞系及其亚群	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、基因集富集分析(GSEA)、异种移植模型	NA	RNA测序数据	LNCaP细胞系及其亚群
331	2025-04-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	research paper	该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示了影响体内持久性的关键因素	首次系统性地研究了不同ICD结构如何指导T细胞功能，特别是在分子水平上，并发现了一种与特定ICD结构相关的独特持续信号特征	研究发现这种持续信号特征在液体肿瘤中有效，但在实体瘤中无效	解码CAR信号传导的设计原则，为下一代ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	生物医学工程	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
332	2025-04-25	Spatial dissection of tumour microenvironments in gastric cancers reveals the immunosuppressive crosstalk between CCL2+ fibroblasts and STAT3-activated macrophages 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332901 PMID:39580151	研究论文	通过空间转录组学分析胃癌微环境，揭示了CCL2+成纤维细胞与STAT3激活的巨噬细胞之间的免疫抑制性互作	首次在胃癌中利用空间转录组学技术解析了肿瘤微环境中不同细胞类型的空间分布和功能互作，特别是CCL2+成纤维细胞通过JAK-STAT3信号通路促进肿瘤进展的机制	样本量较小（仅9例原发胃癌样本），需要在更大队列中验证发现	将胃癌生态系统的空间组织转化为涉及恶性、间质和免疫细胞的功能性细胞互作图谱	胃癌组织中的恶性细胞、间质细胞和免疫细胞	空间转录组学	胃癌	Visium空间转录组测序	NA	空间转录组数据	9例原发胃癌样本
333	2025-04-25	Genetic variation at 11q23.1 confers colorectal cancer risk by dysregulation of colonic tuft cell transcriptional activator POU2AF2 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332121 PMID:39609081	研究论文	本研究通过多学科方法揭示了11q23.1位点的遗传变异如何通过调控POU2AF2基因影响结直肠癌风险	首次将11q23.1位点的遗传变异与结直肠癌风险联系起来，并揭示了POU2AF2作为簇细胞特异性转录激活因子的肿瘤抑制功能	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩大样本量	阐明11q23.1位点遗传变异导致结直肠癌风险的分子机制	结直肠癌相关遗传变异和POU2AF2基因	遗传学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞ATAC测序、CRISPR基因编辑	ApcMin/+小鼠模型	基因组数据、转录组数据、表观基因组数据	未明确说明人类样本量，使用ApcMin/+小鼠模型
334	2025-04-25	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除，从而增强抗肿瘤免疫	揭示了PI3Kγ抑制与放疗联合治疗胰腺癌的新机制，即通过促进巨噬细胞的抗原呈递和CD8+ T细胞激活来增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
335	2025-04-25	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统性地分析了颅神经板在闭合过程中的空间和时间基因表达变化，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序	研究仅针对小鼠模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	研究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板的区域化和形态发生机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
336	2025-04-25	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Apr-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中统计显著地检测细胞类型和状态	提出CHOIR方法，通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树中统计确定代表不同细胞群的簇，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题	NA	开发一种能够统计显著地识别单细胞数据中生物相关细胞群的方法	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
337	2025-04-25	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录变化及其发育轨迹	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的寄生虫-宿主相互作用	探究E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态及其与宿主的相互作用	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
338	2025-04-25	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平分析了NAPSA在ccRCC中的表达模式，并发现其与EMT过程及肿瘤微环境细胞间通讯的关联	样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本)，且机制研究仍需进一步深入	探究NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), TCGA数据分析, 体外siRNA转染实验	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GSE210042数据集)，以及OS-RC-2和Caki-1细胞系
339	2025-04-25	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90596 PMID:40184163	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别了14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用	肠嗜铬细胞(EC细胞)	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据和空间图像数据	NA
340	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-03, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	research paper	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡类型2和1细胞在空间上的分布模式	研究仅针对鸡肺发育过程，未涉及其他鸟类物种的比较分析	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子和细胞特征	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本