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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3121 | 2025-10-06 |
An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies
2023-04-28, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-023-00486-7
PMID:37118773
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研究论文 | 开发了一种使用寡核苷酸偶联抗体的单核ATAC-seq多重分析方法 | 首次使用识别核孔复合体蛋白的寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析 | 仅在2重和4重样本中验证了方法准确性 | 开发单核ATAC-seq样本多重分析技术 | 人和小鼠细胞样本的混合样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单核ATAC-seq, 寡核苷酸偶联抗体技术 | NA | 基因组测序数据 | 2重样本9144个细胞核,4重样本12208个细胞核 | NA | 单核ATAC-seq, 批量ATAC-seq | NA | NA |
3122 | 2025-10-06 |
CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth
2022-11-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200909
PMID:36239312
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示肺内皮细胞异质性,发现CXCL12信号对远端血管发育的关键作用 | 首次利用Cxcl12转基因小鼠报告系统结合单细胞测序技术解析肺动脉内皮细胞的功能异质性 | 研究局限于小鼠胚胎发育模型,尚未在人类样本中验证 | 探索肺血管系统在胚胎发育过程中的形态发生和生长机制 | 小鼠肺内皮细胞,特别是Cxcl12-DsRed+动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 儿科肺疾病 | 单细胞RNA测序,转基因报告系统,基因本体分析,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 转基因小鼠肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3123 | 2025-10-06 |
The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing
2022-Aug, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-022-03406-9
PMID:35759181
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综述 | 本文综述了红细胞谱系发育过程中特殊细胞周期的作用,重点关注CFU-e向红细胞终末分化的转变机制 | 揭示了CFU-e/ETD转变是一个快速的S期依赖性转录开关,并发现细胞周期速度和S期缩短在细胞命运决定中的新发育作用 | NA | 探讨红细胞谱系发育过程中细胞周期调控的机制 | 红细胞祖细胞(CFU-e)和红细胞终末分化(ETD)过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3124 | 2025-10-06 |
mDrop-Seq: Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq of Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans
2021-Dec-27, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines10010030
PMID:35062691
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研究论文 | 开发了一种名为mDrop-seq的高通量单细胞RNA测序技术,用于酵母菌的转录组分析 | 针对微生物物种开发了首个高通量单细胞RNA测序技术,解决了细胞壁坚硬和RNA量低的技术挑战 | 仅应用于两种酵母菌物种,尚未在其他微生物中验证 | 开发适用于微生物的高通量单细胞RNA测序技术并验证其应用价值 | 酿酒酵母和白色念珠菌 | 单细胞测序技术 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 酿酒酵母35,109个细胞,白色念珠菌39,705个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | mDrop-seq | 微生物Drop-seq技术,专门针对酵母菌优化 |
3125 | 2025-10-06 |
Characteristics and significance of γδ T cells in colorectal cancer
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2532231
PMID:40726078
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研究论文 | 本研究通过多重免疫组化和单细胞RNA测序分析结直肠癌中γδ T细胞的特征及其预后意义 | 首次在大型结直肠癌队列中系统分析γδ T细胞的预后价值,并发现其与抗原呈递缺陷和错配修复缺陷的关联 | 队列2中γδ T细胞与生存期的关联未达到统计学显著性,样本量相对有限 | 阐明γδ T细胞在结直肠癌中的特征和临床意义 | 结直肠癌患者组织样本 | 癌症免疫学 | 结直肠癌 | 多重免疫组化,单细胞RNA测序 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 1687例结直肠癌患者(免疫组化队列)+ 62例患者(单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3126 | 2025-10-06 |
Inhibition of FAK promotes pancreatic cancer immunotherapy by mediating CXCL10 secretion to enhance CD8+ T cell infiltration
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2539442
PMID:40726089
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研究论文 | 本研究探讨FAK抑制通过促进CXCL10分泌增强CD8+ T细胞浸润从而促进胰腺癌免疫治疗的机制 | 首次揭示FAK通过调控CXCL10分泌影响CD8+ T细胞浸润的具体机制,并验证FAK抑制剂与免疫检查点抑制剂的协同抗肿瘤效应 | FAK在胰腺癌免疫微环境中的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究FAK在胰腺癌免疫治疗中的作用及机制 | 胰腺癌肿瘤微环境、CD8+ T细胞、患者来源类器官 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、类器官共培养、小鼠模型 | 患者来源类器官模型、小鼠胰腺癌模型、双人源化模型 | 单细胞测序数据、临床标本数据 | 临床标本和实验模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3127 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals altered immune and stromal landscape in primary and liver metastasis of gastric cancer
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102163
PMID:40727437
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胃癌原发灶和肝转移灶中免疫和基质细胞的异质性 | 首次在单细胞水平系统比较胃癌原发灶与肝转移灶的肿瘤微环境差异 | 样本量有限(7例GC,2例NT,5例LM,3例HL),数据来源于公共数据库 | 识别与胃癌肝转移相关的基质细胞 | 胃癌组织、癌旁正常组织、肝转移灶和健康肝组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,RNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据,RNA-Seq数据,临床数据 | 107,875个细胞(来自7例GC,2例NT,5例LM,3例HL样本),448个RNA-Seq文件 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
3128 | 2025-10-06 |
B- and T cell receptor sequencing elucidates characteristics of lymphocyte depletion by ocrelizumab
2025-Aug-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113068
PMID:40727939
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研究论文 | 本研究通过分析B细胞和T细胞受体序列,阐明了奥瑞珠单抗治疗对多发性硬化症患者淋巴细胞耗竭的特征 | 首次在奥瑞珠单抗治疗背景下全面分析B细胞和T细胞受体库变化,并发现脑脊液中组织驻留记忆细胞的治疗抵抗现象 | 样本量有限,未来需要更大规模研究验证已识别表型与多发性硬化病理的关系 | 阐明奥瑞珠单抗治疗对多发性硬化症患者适应性免疫系统的影响 | 多发性硬化症患者和健康捐赠者的血液、脑脊液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | B细胞受体测序,T细胞受体测序,单细胞转录组测序 | NA | 基因组测序数据,转录组数据 | 35名多发性硬化症患者(奥瑞珠单抗治疗),11名健康捐赠者,14名多发性硬化症患者(那他珠单抗治疗),29名捐赠者的脑脊液和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3129 | 2025-07-30 |
From iPSCs to myotubes: Identifying potential biomarkers for human FSHD by single-cell transcriptomics
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70423
PMID:40726336
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3130 | 2025-10-06 |
Unravelling the Role of PIEZO1 in Adipogenesis of Fibrogenic/Adipogenic Progenitors for Muscle Fat Infiltration After Rotator Cuff Tear
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.70004
PMID:40726363
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研究论文 | 本研究探讨了机械敏感性离子通道PIEZO1在肩袖撕裂后肌纤维脂肪浸润中的作用机制 | 首次揭示PIEZO1通过ERK/KLF4信号通路调控FAPs成脂分化的新机制,并发现低强度脉冲超声可通过激活PIEZO1减轻脂肪浸润 | 研究样本量有限,机制研究主要基于动物模型,临床转化需要进一步验证 | 探索肩袖撕裂后机械环境变化如何影响肌肉脂肪浸润及其潜在治疗策略 | 人和小鼠的纤维生成/成脂祖细胞(FAPs) | 分子生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时定量PCR, 蛋白质印迹, 小分子处理, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人和小鼠的FAPs细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
3131 | 2025-10-06 |
Interplay between Matrix Viscoelasticity and Integrin Engagement Modulates Cancer-Associated Fibroblast States
2025-Jul-29, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202500389
PMID:40726283
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研究论文 | 本研究探讨了基质粘弹性与整合素结合如何调控癌症相关成纤维细胞状态 | 首次证明基质粘弹性与整合素结合共同调控CAF状态,并开发了可控制重现CAF异质性的体外模型 | 研究仅限于体外模型,缺乏体内验证 | 理解癌症相关成纤维细胞异质性及其调控机制 | 癌症相关成纤维细胞 | 细胞生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学,水凝胶培养 | 体外细胞培养模型 | 转录组数据,形态学数据 | 患者来源的CAFs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3132 | 2025-10-06 |
Ligilactobacillus Murinus and Lactobacillus Johnsonii Suppress Macrophage Pyroptosis in Atherosclerosis through Butyrate-GPR109A-GSDMD Axis
2025-Jul-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501707
PMID:40726432
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研究论文 | 本研究揭示了两种肠道益生菌通过丁酸盐-GPR109A-GSDMD轴抑制巨噬细胞焦亡的抗动脉粥样硬化机制 | 首次发现Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii与阿司匹林使用正相关,并阐明其通过丁酸盐-GPR109A信号通路抑制巨噬细胞焦亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类队列的关联分析,需要进一步验证具体的分子机制 | 探索药物-微生物群-代谢物相互作用在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠模型和人类队列中的肠道微生物群及其代谢产物 | 微生物组学 | 心血管疾病 | 宏基因组学、代谢组学、单细胞测序、分子生物学 | NA | 基因组数据、代谢组数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类队列(具体样本量未明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
3133 | 2025-10-06 |
Refining the resolution of the yeast genotype-phenotype map using single-cell RNA-sequencing
2025-Jul-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.93906
PMID:40720279
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术改进酵母基因型-表型图谱的分辨率 | 首次将大规模单细胞RNA测序数据整合到基因型-表型图谱研究中,揭示了表型变异与转录组变异之间的新关联 | 研究仅限于酵母模型,结果在其他生物中的普适性有待验证 | 改进基因型-表型图谱的分辨率,理解转录组调控在性状变异中的作用 | 酵母细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL定位 | 基因表达数据 | 18,233个酵母细胞,来自4,489个F2分离株 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3134 | 2025-10-06 |
Impact of ATP Synthase Subunit β on TLR Signaling Pathway in Promoting Airway Remodeling and Heterogeneity of Small Airway Epithelial Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025-Jul-28, Journal of innate immunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1159/000547329
PMID:40720940
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研究论文 | 本研究揭示了ATP合成酶β亚基通过激活TLR信号通路促进慢性阻塞性肺疾病气道重塑的机制 | 首次发现ATP5B作为关键枢纽基因通过TLR信号通路调控COPD气道重塑,并证实其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,需要在人类临床样本中进一步验证 | 探究ATP合成酶β亚基在COPD发病机制中的作用,重点关注上皮细胞异质性和气道重塑 | 小气道上皮细胞、BEAS-2B细胞系、CS/LPS诱导的COPD小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,体外细胞实验,体内动物模型验证 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 12个上皮细胞簇,CSE处理的BEAS-2B细胞,COPD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3135 | 2025-10-06 |
Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships
2025-Jul-28, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01437-1
PMID:40721510
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研究论文 | 开发了PERTURB-CAST方法和CHOCOLAT-G2P框架,整合体内组合功能基因组学与空间转录组学来解码肿瘤基因型与表型关系 | 开发了基于RNA模板连接探针的PERTURB-CAST方法,可在同一组织切片中整合扰动映射与全转录组表型分析,并创建了研究高阶组合扰动的CHOCOLAT-G2P框架 | NA | 解码肿瘤中基因型与表型的关系,研究组合扰动在组织水平的表型效应 | 自发性嵌合肝肿瘤 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学,功能基因组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10X Visium | 10X Visium空间转录组学平台 |
3136 | 2025-07-30 |
Leveraging single-cell spatial transcriptomics and connectomics to resolve brain circuit function in psychiatry
2025-Jul-28, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology
IF:6.6Q1
DOI:10.1038/s41386-025-02178-0
PMID:40721521
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3137 | 2025-10-06 |
Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution
2025-Jul-28, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02266-3
PMID:40721531
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研究论文 | 构建了包含单细胞转录组、宿主遗传学、血浆蛋白质组和肠道宏基因组的多组学免疫细胞图谱 | 首次在单细胞分辨率下整合多组学数据解析免疫细胞状态依赖性特征,并聚焦日本人群 | 样本主要来自日本人群,可能限制结果在其他人群的普适性 | 解析免疫细胞状态依赖性的分子调控特征 | 235名日本个体(包括COVID-19患者和健康人)的外周血单核细胞 | 单细胞多组学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, 全基因组关联分析, 血浆蛋白质组学, 肠道宏基因组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 遗传数据, 蛋白质组数据, 宏基因组数据 | 235人(包括COVID-19患者和健康对照),>150万个外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 宏基因组学 | NA | NA |
3138 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals a B cell-related immunosuppressive landscape and a potential suppressor in hepatocellular carcinoma
2025-Jul-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06869-6
PMID:40721811
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肝细胞癌中B细胞相关的免疫抑制景观,并鉴定SAA2作为新的肿瘤抑制因子 | 首次在单细胞水平系统描绘HCC中B细胞相关的免疫抑制微环境,发现Naïve B细胞减少是免疫抑制关键因素,并鉴定SAA2作为新的肿瘤抑制因子 | 样本量相对有限,机制研究仍需深入验证 | 探索肝细胞癌肿瘤微环境的免疫抑制机制并寻找新的治疗靶点 | 肝细胞癌组织及对应癌旁组织、B细胞亚群、肝细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、公共数据库数据 | HCC组织及对应非癌组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3139 | 2025-10-06 |
Identification of CD4_Naive cells related gene FMO4 as a positive regulator of the poor prognosis of septic CRC patients
2025-Jul-28, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03917-5
PMID:40722152
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现CD4_Naive细胞相关基因FMO4是脓毒症结直肠癌患者不良预后的正调控因子 | 首次结合单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示FMO4基因通过影响CD4_Naive细胞浸润和能量代谢促进脓毒症CRC患者不良预后 | 样本量较小(32例临床样本验证),需要更大规模研究验证 | 探讨T细胞及相关基因在结直肠癌相关脓毒症预后中的作用 | 结直肠癌和脓毒症患者的单细胞测序数据及32例脓毒症CRC患者血液样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 功能富集分析 | NA | 单细胞测序数据, 临床样本 | 32例脓毒症结直肠癌患者血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3140 | 2025-10-06 |
A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories
2025-Jul-28, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf179
PMID:40726147
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤的亚型特异性分化轨迹和共享的循环祖细胞群 | 首次在ATRT中发现共享的循环中间前体样细胞群,并证明可通过药理学方法操纵肿瘤细胞沿亚型特异性轨迹分化 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源 | 非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)样本和患者来源的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 儿科中枢神经系统肿瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间基因表达数据 | ATRT肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |