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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3161 | 2025-10-06 |
Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Reveals Genes Related to Energy Metabolism and Efferocytosis in Lumbar Disc Herniation
2025-Jun-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13071536
PMID:40722613
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据,识别了与腰椎间盘突出症中能量代谢和胞葬作用相关的关键基因 | 首次将能量代谢和胞葬作用相关基因整合分析,并通过机器学习方法识别出6个关键枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索腰椎间盘突出症的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 腰椎间盘突出症患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 腰椎间盘突出症 | RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3162 | 2025-10-06 |
scQTLtools: An R/Bioconductor Package for Comprehensive Identification and Visualization of Single-Cell eQTLs
2025-Jun-23, Biology
DOI:10.3390/biology14070743
PMID:40723304
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞eQTL分析的综合R/Bioconductor软件包 | 提供端到端的单细胞eQTL分析流程,支持多种输入格式和统计模型,能够识别细胞类型特异性调控变异 | 目前仅支持顺式eQTL分析,尚未包含反式eQTL检测功能 | 开发一个功能全面、可扩展且用户友好的单细胞eQTL分析工具 | 单细胞RNA测序数据和基因型数据 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 线性回归、泊松回归、零膨胀负二项回归 | 基因表达数据、基因型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3163 | 2025-10-06 |
Pig meniscus single-cell sequencing reveals highly active red zone chondrocyte populations involved in stemness maintenance and vascularization development
2025-Jun-18, Journal of Zhejiang University. Science. B
DOI:10.1631/jzus.B2400388
PMID:40722245
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研究论文 | 通过猪半月板单细胞测序揭示了具有高度活性的红区软骨细胞亚群在干细胞特性维持和血管化发育中的作用 | 首次构建猪半月板单细胞转录组图谱,发现红区特异性软骨细胞亚群具有间充质干细胞特性和血管化诱导能力 | 研究基于猪模型,虽然与人类具有可比性但仍需进一步验证 | 探索半月板细胞组成特征及红区软骨细胞的生物学功能 | 猪半月板组织 | 单细胞组学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3164 | 2025-10-06 |
Single cell transcriptomic analysis reveals transcriptome differences of different cells between eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps and non-eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0328241
PMID:40720416
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉的细胞差异 | 首次在单细胞水平系统揭示两种鼻息肉亚型的细胞组成、代谢特征和免疫细胞功能差异 | 样本量较小(3例健康对照+6例患者),需更大队列验证 | 探索嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制差异 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者(包括嗜酸性和非嗜酸性亚型)的鼻腔组织细胞 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析、功能富集分析 | 单细胞转录组数据 | 9例样本(3健康对照+3 eCRSwNP+3 neCRSwNP) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3165 | 2025-10-06 |
Single-Cell Data and Weighted Correlation Network Analysis Revealed the Regulatory Mechanisms of Macrophages in Carotid Plaques
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/9987367
PMID:40727388
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研究论文 | 通过单细胞数据和加权基因相关网络分析揭示颈动脉斑块中巨噬细胞的调控机制 | 在单细胞水平识别影响颈动脉斑块进展的潜在生物标志物,并研究其在免疫调节、程序性细胞死亡和炎症因子调控中的作用 | NA | 探索颈动脉斑块形成机制,重点关注巨噬细胞异质性 | 颈动脉斑块中的巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, bulk RNA-seq, WGCNA, 随机森林, LASSO回归, qRT-PCR, Western blot, ssGSEA | 随机森林, LASSO回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3166 | 2025-10-06 |
Identifying and Diagnosing Lytic Cell Death Genes in Atherosclerosis Using Machine Learning and Bioinformatics
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S520039
PMID:40727462
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研究论文 | 本研究结合机器学习和生物信息学方法,识别和诊断动脉粥样硬化中的裂解性细胞死亡基因 | 首次将人工神经网络模型应用于动脉粥样硬化中裂解性细胞死亡基因的诊断,并识别出CYBB作为潜在生物标志物 | 数据来源于公共数据库GEO,缺乏独立验证队列 | 研究裂解性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用机制和诊断价值 | 动脉粥样硬化患者基因表达数据和单细胞测序数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞测序,生物信息学分析,机器学习 | 人工神经网络(ANN) | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3167 | 2025-10-06 |
Roles of central nervous system resident and recruited macrophages in the brain barrier system
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00986
PMID:39885670
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综述 | 本文综述了大脑屏障系统中驻留和募集巨噬细胞的起源、发育、分子特征和功能 | 重点关注小胶质细胞和边界相关巨噬细胞,并强调单细胞测序技术的最新进展 | NA | 探讨大脑屏障系统中巨噬细胞的作用机制 | 大脑屏障系统中的巨噬细胞(包括小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集巨噬细胞) | 神经免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3168 | 2025-10-06 |
A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage
2025-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2025.2531178
PMID:40623122
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研究论文 | 本研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠DHF模型,揭示Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素 | 首次建立具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠DHF模型,发现hTim4作为DENV-2功能性受体,揭示Syk介导的Th2极化细胞因子风暴新机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型,人类组织验证仍需进一步扩展 | 研究登革出血热(DHF)的发病机制和血管渗漏机制 | hTim4转基因C57BL/6J小鼠模型和人类DHF组织 | 数字病理学 | 登革热 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,空间转录组数据 | 转基因小鼠模型和人类DHF组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
3169 | 2025-10-06 |
The potential role of BCL2A1⁺ tissue-resident macrophages in the prognosis of Wilms tumor
2025-Jul-25, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02935-3
PMID:40707992
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研究论文 | 本研究首次在Wilms肿瘤中发现BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞亚群并揭示其在肿瘤进展中的关键作用 | 首次在Wilms肿瘤中鉴定出BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞亚群,并发现其高表达与晚期肿瘤和不良预后相关 | 样本量相对有限(120例患者),需要更大规模研究验证结果 | 探索Wilms肿瘤进展的关键机制和免疫治疗靶点 | Wilms肿瘤患者及其肿瘤和癌旁组织 | 数字病理学 | Wilms肿瘤 | 单细胞RNA测序, CIBERSORT分析, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | 120例Wilms肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3170 | 2025-10-06 |
Combined bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals cell-type-specific inflammatory crosstalk in pancreatic cancer
2025-Jul-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01815-8
PMID:40711603
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研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,揭示胰腺癌中细胞类型特异性的炎症信号串扰 | 结合批量转录组和单细胞RNA测序数据,首次系统解析了胰腺癌中非编码RNA与关键基因的细胞类型特异性表达模式及细胞间通讯网络 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;数据来源于公共数据库,样本来源可能存在异质性 | 阐明胰腺导管腺癌的分子和细胞景观,发现预后生物标志物和治疗靶点 | 胰腺导管腺癌(PDAC)组织及癌旁正常组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析 | ceRNA网络, PPI网络, CellChat细胞通讯模型 | 转录组数据(mRNA, miRNA, lncRNA, circRNA) | 来自NCBI GEO数据库的多个转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
3171 | 2025-10-06 |
Decoding epithelial-fibroblast interactions in lung adenocarcinoma through single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jul-24, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06250-6
PMID:40705084
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,解析肺腺癌中上皮细胞与成纤维细胞的相互作用机制 | 首次系统识别肺腺癌中8种上皮细胞和9种成纤维细胞亚群,并揭示其空间共定位特征及代谢互作网络 | 样本量相对有限(21例患者),需要在更大队列中验证发现 | 阐明肺腺癌肿瘤微环境中上皮-基质细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用 | 肺腺癌患者组织样本中的上皮细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CNV分析, 轨迹推断 | Seurat, Harmony, CellChat, MEBOCOST, CellTrek, Cox回归 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 21例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
3172 | 2025-10-06 |
Identification of key targets and exploration of therapeutic molecular mechanisms of natural compound tangeretin in osteosarcoma
2025-Jul-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03221-8
PMID:40705154
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探索天然化合物桔皮素在骨肉瘤治疗中的关键靶点和分子机制 | 首次结合WGCNA和网络药理学方法系统鉴定桔皮素治疗骨肉瘤的关键靶点,并通过单细胞测序深入探索其作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索天然化合物桔皮素在骨肉瘤治疗中的分子机制和潜在靶点 | 骨肉瘤细胞系和相关的基因靶点 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | WGCNA, 网络药理学, RT-qPCR, 分子对接, 单细胞测序 | 多基因诊断模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3173 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics identifies PDGFRA+ progenitors orchestrating angiogenesis and periodontal tissue regeneration
2025-Jul-24, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00384-6
PMID:40707447
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了PDGFRA+祖细胞在协调血管生成和牙周组织再生中的关键作用 | 首次发现PDGFRA+间充质干细胞与内皮细胞通过VEGFA和PDGFBB-PDGFRA相互信号传导介导血管生成-成骨耦合的新机制 | 研究主要聚焦于牙齿模型,机制在其他组织再生中的普适性需要进一步验证 | 解析牙周组织再生过程中的细胞协调机制 | 人牙囊和牙乳头细胞 | 单细胞生物学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3174 | 2025-10-06 |
A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection
2025-Jul-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11693-5
PMID:40707561
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研究论文 | 提出一种贝叶斯非参数聚类算法,能够整合多个供体的空间转录组数据进行联合聚类和基因选择 | 能够同时处理多个供体的空间转录组数据,自动确定聚类数量,识别跨供体的共有聚类和供体特异性聚类,并进行信息基因的变量选择 | NA | 解决现有空间转录组聚类算法的局限性,开发能够整合多供体数据的聚类方法 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非参数模型 | 基因表达数据和空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3175 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis revealed the immunosuppressive remodeling of tumor-associated macrophages mediated by the MIF-CD74 axis in gastric cancer
2025-Jul-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10301-w
PMID:40707596
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了胃癌中MIF-CD74轴介导的肿瘤相关巨噬细胞免疫抑制重塑 | 首次在胃癌中系统鉴定出四种不同的TAM亚群,并发现TAM-APOE亚群通过MIF-CD74轴与肿瘤细胞发生最强相互作用 | 样本量相对有限(11例胃癌组织),需要在更大队列中验证研究结果 | 探究胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与肿瘤细胞的代谢相互作用机制 | 胃癌组织和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 11例胃癌组织中的75,743个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3176 | 2025-10-06 |
Interpretable machine learning-guided single-cell mapping deciphers multi-lineage pancreatic dysregulation in type 2 diabetes
2025-Jul-24, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-025-02865-8
PMID:40707916
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研究论文 | 本研究开发了基于机器学习的单细胞分析框架,系统解析了2型糖尿病中胰腺多谱系细胞的失调机制 | 开发了PanSubPred和PSC-Stat两种新型机器学习工具,实现了胰腺细胞多谱系注释和星状细胞激活动态量化,发现了38个新型细胞类型特异性标志物 | 未明确说明样本来源和具体样本量,研究结果需要在更大规模数据集中验证 | 解析2型糖尿病中胰腺细胞异质性的病理重塑机制 | 胰腺单细胞转录组数据 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3177 | 2025-10-06 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907
PMID:40580476
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研究论文 | 本研究通过3年追踪调查78名无新冠肺炎症状感染者,探讨了多次疫苗接种对适应性免疫的长期影响 | 首次系统揭示多次新冠加强针接种后T细胞反应的长期动态变化特征,发现无症状感染者存在独特的T细胞亚群特征 | 样本量相对有限(78人),且无法完全排除未报告的无症状感染情况 | 评估多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫系统的长期影响 | 78名无报告新冠肺炎症状感染的个体 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、免疫反应数据 | 78名个体,追踪3年 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3178 | 2025-10-06 |
Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908
PMID:40581928
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研究论文 | 本研究探讨了podoplanin在淋巴结成纤维网状细胞中对免疫细胞通讯和炎症信号调控的作用 | 首次直接验证了PDPN信号在成年淋巴结成纤维网状细胞中的功能,揭示了其对基质-免疫细胞相互作用和炎症信号调控的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类淋巴结中的适用性需要进一步验证 | 研究podoplanin信号在淋巴结成纤维网状细胞免疫调节功能中的作用机制 | 淋巴结成纤维网状细胞和免疫细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
3179 | 2025-10-06 |
Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922
PMID:40628273
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研究论文 | 本研究揭示了线粒体内膜结构通过MIC60复合体调控病毒复制并促进抗病毒免疫的机制 | 首次将FF ATP合酶和MICOS复合体与病毒复制及免疫激活联系起来,阐明了线粒体结构-代谢与抗病毒免疫反应之间的新关联 | 研究主要聚焦于树突状细胞和VSV病毒感染模型,在其他细胞类型和病毒中的普适性有待验证 | 探索线粒体内膜和嵴结构在病毒复制中的作用及其对抗病毒免疫的影响 | 骨髓来源的树突状细胞和Mic60CD11c-Cre基因工程小鼠 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3180 | 2025-10-06 |
Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970
PMID:40638393
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研究论文 | 本研究揭示了入侵害虫美国白蛾通过水平基因转移获得几丁质酶基因HcuChiA,增强肠道抗真菌防御能力,从而促进对新寄主植物水杉的适应 | 首次证明水平基因转移获得的细菌源几丁质酶基因通过增强肠道抗真菌免疫促进害虫寄主适应性扩张 | 研究主要聚焦于单一基因功能,对其他可能参与适应机制的基因关注较少 | 探究水平基因转移在入侵害虫寄主适应性扩张中的作用机制 | 美国白蛾(Hyphantria cunea)及其五种寄主植物和水杉(Metasequoia glyptostroboides) | NA | NA | 比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNA干扰、重组蛋白表达 | NA | 转录组数据、基因表达数据、系统发育数据 | 五种寄主植物和人工饲料饲养的幼虫 | NA | NA | NA | NA |