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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3041 - 3060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3041 | 2025-10-06 |
Soft graph clustering for single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06231-z
PMID:40713495
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的软图聚类方法scSGC，通过非二元边权重更准确地表征细胞间连续相似性 | 开发了双通道切割信息软图嵌入模块和基于最优传输的聚类优化模块，克服传统硬图构建的局限性 | 未明确说明方法在超大规模数据集上的可扩展性限制 | 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器 | 基因表达数据 | 十个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3042 | 2025-10-06 |
Biomarkers of pediatric Epstein-Barr virus-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis through single-cell transcriptomics
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62090-5
PMID:40715093
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定儿童EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的潜在生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下系统比较EBV-HLH与传染性单核细胞增多症的免疫景观差异，发现IDO1单核细胞和L-犬尿氨酸的特异性升高 | 样本量相对有限，主要聚焦儿童患者，缺乏遗传性免疫缺陷患者的对照 | 阐明EBV-HLH与良性EBV感染的免疫机制差异，寻找疾病特异性生物标志物 | 儿童EBV-HLH患者、传染性单核细胞增多症患者和健康志愿者 | 单细胞生物学 | EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 儿童EBV-HLH患者、IM患者和健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3043 | 2025-10-06 |
Triple-effect correction for Cell Painting data with contrastive and domain-adversarial learning
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62193-z
PMID:40715122
|
研究论文 | 提出一种针对Cell Painting数据的三重效应校正方法cpDistiller，利用对比学习和领域对抗学习技术 | 首次针对Cell Painting数据中的三重技术效应（批次效应、行列位置效应）提出专门校正方法，结合对比学习和领域对抗学习 | NA | 开发Cell Painting数据的技术效应校正方法，提高数据可靠性 | Cell Painting成像数据 | 计算机视觉 | NA | 对比学习, 领域对抗学习, 高斯混合变分自编码器 | 变分自编码器, 对比学习模型, 领域对抗网络 | 细胞染色图像 | NA | NA | Cell Painting, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3044 | 2025-10-06 |
The mechanotransducer Piezo1 coordinates metabolism and inflammation to promote skin growth
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62270-3
PMID:40715139
|
研究论文 | 本研究揭示了机械敏感离子通道Piezo1在拉伸诱导的皮肤生长中协调代谢和炎症反应的关键作用 | 首次发现Piezo1通过协调代谢重编程和免疫细胞浸润促进张力诱导的皮肤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究机械张力如何通过Piezo1协调代谢和炎症促进皮肤生长 | 小鼠皮肤组织、表皮细胞、巨噬细胞和单核细胞 | 细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据,空间转录组数据 | 小鼠皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3045 | 2025-10-06 |
A multi-omic single-cell landscape reveals transcription and epigenetic regulatory features of t(8;21) AML
2025-Jul-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06659-0
PMID:40707954
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示t(8;21)急性髓系白血病的转录和表观遗传调控特征 | 首次在t(8;21)AML中整合单细胞转录组和染色质可及性分析，识别了TCF12作为最活跃的转录因子，发现了功能不同的T细胞亚群和新的白血病CMP样细胞簇 | 样本量相对有限，需要在更大队列中进一步验证发现 | 解析t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性和基因调控程序 | 新诊断t(8;21)AML患者和健康对照的骨髓样本 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | t(8;21)AML患者和健康对照骨髓样本，并在三个独立队列中验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3046 | 2025-10-06 |
Developing a novel aging assessment model to uncover heterogeneity in organ aging and screening of aging-related drugs
2025-Jul-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01501-0
PMID:40708007
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型多器官衰老评估模型（2A模型），用于揭示器官衰老异质性并筛选抗衰老药物 | 构建了首个全面小鼠多器官衰老图谱，开发了能评估单细胞水平衰老状态的2A模型，并系统筛选出多器官衰老调节药物 | 研究主要基于小鼠模型，人类验证数据相对有限；单细胞RNA测序数据仅针对衰老小鼠肺部 | 开发精准的衰老评估方法并筛选抗衰老药物 | 小鼠16个器官的衰老过程及相关基因表达 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序，随机游走算法，基因集富集分析 | 2A衰老评估模型 | 基因表达谱，单细胞RNA测序数据，药物基因组数据 | 小鼠16个器官的衰老轨迹分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3047 | 2025-10-06 |
Melanocytes and photosensory organs share a common ancestry that illuminates the origins of the neural crest
2025-Jul-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08502-0
PMID:40696183
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了脊椎动物黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的共同进化起源 | 首次通过多组学数据证明黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞起源于脊索动物祖先的色素感光结构 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步功能实验验证 | 探索脊椎动物黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的进化关系 | 黑色素细胞、松果体细胞、视网膜色素上皮细胞和海鞘感觉囊泡色素细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析,空间转录组学 | 系统发育转录组学 | 转录组数据,表观遗传数据,空间表达数据 | 多种细胞类型包括黑色素细胞、松果体细胞、RPE和海鞘色素细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3048 | 2025-10-06 |
Probability of stealth multiplets in sample-multiplexing for droplet-based single-cell analysis
2025-Jul-23, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11835-z
PMID:40702454
|
研究论文 | 本文开发了一个理论模型来预测样本多重单细胞RNA测序中的隐形多重态概率 | 首次提出'隐形多重态'概念并建立了定量预测模型，揭示了先前被忽视的部分隐形多重态对数据完整性的影响 | 理论模型可能需要更多实验验证，未提供具体的优化算法解决方案 | 评估样本多重单细胞RNA测序中隐形多重态的概率及其对数据质量的影响 | 液滴单细胞RNA测序中的多重态现象 | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 理论概率模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 样本多重单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞RNA测序平台 |
| 3049 | 2025-10-06 |
Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938
PMID:40608517
|
研究论文 | 本研究开发了一种功能性人淋巴结体外模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活机制 | 建立了保留完整组织结构的人淋巴结切片模型系统，结合单细胞转录组学和多重成像技术揭示了先天淋巴细胞和基质细胞在疫苗佐剂反应中的新作用 | 体外模型可能无法完全模拟体内复杂免疫环境 | 阐明人类对疫苗佐剂的免疫应答机制 | 人淋巴结组织 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学, 多重成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3050 | 2025-10-06 |
The role of LAMA5 in breast cancer progression and its potential in immunotherapy
2025-Jul-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03113-x
PMID:40694271
|
研究论文 | 本研究探讨LAMA5在乳腺癌进展中的作用及其在免疫治疗中的潜在价值 | 首次系统分析LAMA5在乳腺癌中的表达特征、预后价值及其与免疫微环境和治疗反应的关系 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 阐明LAMA5在乳腺癌进展和免疫调节中的具体作用机制 | 乳腺癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | DESeq2, Kaplan-Meier, Cox回归, CIBERSORT, ESTIMATE, GSEA | 基因表达数据 | TCGA和GTEx数据库中的乳腺癌和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3051 | 2025-10-06 |
Transdifferentiation of tongue muscle cells into cancer-associated fibroblasts in response to tongue squamous cell carcinoma
2025-Jul-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61951-3
PMID:40695868
|
研究论文 | 本研究揭示了舌鳞状细胞癌中舌肌细胞转分化为癌症相关成纤维细胞的机制 | 首次证实舌肌细胞在TSCC环境中可转分化为CAFs，并发现IL-17a抑制剂可抑制此过程 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限 | 探究舌鳞状细胞癌微环境中细胞转分化机制 | 舌肌细胞和癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序，谱系追踪移植实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4-NQO诱导的TSCC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3052 | 2025-10-06 |
Mitochondria-related gene-based molecular subtypes of lung adenocarcinoma and their prognostic implications
2025-Jul-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07982-8
PMID:40695869
|
研究论文 | 基于线粒体相关基因对肺腺癌进行分子分型并评估其预后意义 | 首次利用线粒体相关基因对肺腺癌进行分子分型，并通过单细胞RNA测序揭示亚型间细胞异质性 | 研究样本量有限（515例），且为回顾性分析 | 探索线粒体相关基因在肺腺癌分型及预后预测中的价值 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，XGBoost分类器 | XGBoost | 基因表达数据 | 515例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3053 | 2025-10-06 |
Beyond the nuclear border: single-cell analysis of in situ sequenced human brain tissue using cellular features
2025-Jul-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08518-6
PMID:40696148
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞形态学的靶向转录本分配方法，用于优化FFPE保存的人脑组织原位测序数据分析 | 整合荧光成像数据指导转录本分配，结合核边界和扩展核边界分割方法，提高微胶质细胞检测数量和转录本分配特异性 | 研究主要针对形态复杂的中枢神经系统，方法在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 优化原位测序数据分析中的转录本分配策略，提高细胞分割和转录本定位的准确性 | 福尔马林固定石蜡包埋的人脑尸检组织 | 空间转录组学 | NA | 原位测序，荧光成像 | NA | 空间转录组数据，荧光成像数据 | NA | NA | 原位测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 3054 | 2025-10-06 |
FedscGen: privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03684-6
PMID:40696440
|
研究论文 | 提出一种基于隐私保护的联邦学习方法FedscGen，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | 结合安全多方计算技术，在scGen模型基础上开发了通信效率高的联邦学习方法，支持新研究的集成 | NA | 解决单细胞RNA测序数据批次效应问题，同时保护基因组隐私 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | scGen, 联邦学习 | 基因表达数据 | 人类胰腺数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3055 | 2025-10-06 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2025-Jul-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086
PMID:40543500
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞转座子元件位点水平分析的计算工具Stellarscope，并构建了人类PBMCs中转座子元件表达的图谱 | 首次在单细胞水平系统分析转座子元件表达，发现位点特异性转座子元件能够区分细胞类型和识别标准mRNA表达谱无法识别的细胞亚群 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 研究转座子元件在人类生物学中的影响 | 人类外周血单个核细胞(PBMCs) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 期望最大化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未在摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3056 | 2025-10-06 |
Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR
2025-Jul-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088
PMID:40633544
|
研究论文 | 开发了一种用于CITE-seq数据自动去噪的R工具ThresholdR | 提出首个专门针对CITE-seq中抗体衍生标签数据自动去噪的工具，能够可靠地分离信号与噪声 | NA | 解决CITE-seq数据中抗体衍生标签的技术噪声问题 | CITE-seq数据中的抗体衍生标签信号 | 单细胞测序数据分析 | NA | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | 阈值算法 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-seq | NA | NA |
| 3057 | 2025-10-06 |
Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer
2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02943-7
PMID:40690087
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探索G6PD在乳腺癌淋巴结转移免疫微环境中的作用 | 首次发现磷酸戊糖途径在乳腺癌转移过程中的激活，并揭示G6PD通过驱动Treg细胞浸润促进淋巴结转移的新机制 | 样本量相对有限（8例患者），需要更大规模研究验证 | 探索G6PD在乳腺癌淋巴结转移免疫微环境形成中的作用机制 | 乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | 8例乳腺癌患者的118,127个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3058 | 2025-10-06 |
Spatial-scERA: a method for reconstructing spatial single-cell enhancer activity in multicellular organisms
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf684
PMID:40694852
|
研究论文 | 开发了一种名为spatial-scERA的新方法，用于在多细胞生物中重建空间单细胞增强子活性 | 整合平行报告基因检测、单细胞RNA测序和最优传输空间重建，首次实现在3D虚拟样本中单细胞水平映射细胞类型特异性增强子活性 | 仅在果蝇胚胎中使用25个候选增强子进行了评估，需要进一步验证在其他生物系统中的适用性 | 开发能够准确重建增强子空间活动模式的方法 | 多细胞生物中的增强子区域 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 最优传输算法, 平行报告基因检测 | 最优传输模型 | 单细胞转录组数据, 空间重建数据 | 果蝇胚胎中的25个候选增强子 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3059 | 2025-10-06 |
A cluster-based cell-type deconvolution of spatial transcriptomic data
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf714
PMID:40705925
|
研究论文 | 提出一种基于聚类的空间转录组数据细胞类型反卷积方法DECLUST | 通过识别包含基因表达和空间坐标的空间聚类来保持组织空间结构，并在聚类层面进行反卷积以克服单个点低表达水平的挑战 | 未提及方法在更广泛组织类型或疾病模型中的验证情况 | 开发更准确的空间转录组数据细胞类型反卷积方法 | 人类乳腺癌组织、人类卵巢癌和小鼠脑组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌,卵巢癌 | 空间转录组学 | 聚类分析 | 空间转录组数据 | 模拟人类乳腺癌数据集和两个真实数据集（人类卵巢癌、小鼠脑） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3060 | 2025-10-06 |
Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112023
PMID:40585359
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研究论文 | 本研究通过机器学习整合开发了缺氧相关基因签名，用于改善胶质瘤患者的预后预测 | 首次基于单细胞RNA测序分析揭示胶质瘤缺氧微环境的细胞异质性通讯，并建立11基因缺氧特征签名 | NA | 开发胶质瘤缺氧相关预后预测工具并指导治疗决策 | 胶质瘤患者 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 六个队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |