本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2981 | 2025-10-06 |
Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-Oct-15, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 通过整合多组学方法揭示asporin在肺动脉高压中的保护作用 | 发现ASPN基因作为肺动脉高压中的关键枢纽基因,具有保护性作用 | 获取人类肺动脉高压肺样本较为困难 | 解析肺动脉高压的病理生物学机制 | 肺动脉高压患者肺组织样本和Sugen-缺氧大鼠模型 | 多组学整合分析 | 肺动脉高压 | 转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学 | 贝叶斯网络 | 转录组数据、临床病理数据 | 96例疾病样本和52例对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq、转录组分析 | NA | NA |
2982 | 2025-10-06 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
|
研究论文 | 本研究评估五种机器学习算法在肾脏单细胞和单核RNA测序数据中自动注释细胞类型的性能 | 首次系统比较五种监督分类方法在肾脏scRNA-seq和snRNA-seq数据中的细胞类型注释性能,并评估跨平台数据的泛化能力 | 活检样本数量有限,且scRNA-seq训练模型在snRNA-seq数据上表现较差 | 开发自动化的细胞类型注释方法以减少对领域专家知识和人工标注的依赖 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 支持向量机, 随机森林, 多层感知机, k近邻, 极端梯度提升 | 基因表达数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
2983 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
|
研究论文 | 通过整合分析批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型并开发了CDR评分系统 | 首次探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义,开发了基于9个基因的CDR评分系统 | 研究基于GEO数据库,样本来源有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其临床预后意义 | 膀胱癌患者样本数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, Lasso回归, Cox回归 | NA | 基因表达数据 | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2984 | 2025-10-06 |
Molecular pathology, developmental changes and synaptic dysfunction in (pre-) symptomatic human C9ORF72-ALS/FTD cerebral organoids
2024-09-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01857-1
PMID:39289761
|
研究论文 | 本研究利用iPSC来源的脑类器官模型揭示了C9ORF72基因突变导致的ALS/FTD疾病早期分子病理和突触功能障碍 | 首次在3D人脑类器官模型中系统揭示了C9-ALS/FTD从无症状期到症状期的分子病理发展过程 | 无症状携带者的下游细胞缺陷检测结果存在个体差异 | 探究C9ORF72基因突变导致ALS/FTD疾病的早期病理机制 | C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的iPSC来源脑类器官 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化/额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序,膜片钳电生理学 | 脑类器官模型 | 基因表达数据,电生理数据 | C9-ALS/FTD患者、无症状携带者和对照组的多个人iPSC系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2985 | 2025-10-06 |
SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036
PMID:39401181
|
研究论文 | 开发了一个名为SuperFeat的计算框架,通过单细胞RNA测序数据学习定量特征以促进药物重定位 | 提出了基于人工神经网络的监督特征学习与评分框架,能够评估病理组织中的典型细胞状态/特征并识别靶向这些特征的潜在药物 | NA | 开发计算框架促进药物重定位 | 单细胞RNA测序数据中的细胞特征 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2986 | 2025-10-06 |
Advances in preclinical assessment of therapeutic targets for bladder cancer precision medicine
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001177
PMID:38602053
|
综述 | 本文综述了膀胱癌精准医学领域的新型治疗靶点与治疗策略的最新进展 | 重点关注抗体药物偶联物联合免疫疗法、克服化疗耐药性策略、基因组改变靶向及单细胞RNA测序在肿瘤微环境表征中的应用 | NA | 梳理膀胱癌肿瘤异质性复杂性,改善患者个体化治疗结果 | 膀胱癌患者 | 精准医学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2987 | 2025-10-06 |
Recent contributions of single-cell and spatial profiling to the understanding of bladder cancer
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001183
PMID:38650456
|
综述 | 总结单细胞和空间组学技术在膀胱癌研究中的最新进展及其对治疗策略开发的潜在影响 | 通过单细胞和空间组学技术揭示了膀胱癌肿瘤微环境的复杂性和异质性,发现了多种恶性细胞亚群及其与治疗反应的关系 | 将研究发现转化为临床实践和实施个性化治疗策略仍面临挑战 | 理解膀胱癌生物学特征并开发新型治疗策略 | 膀胱癌肿瘤微环境、细胞异质性和治疗反应 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,空间组学 | NA | 转录组数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
2988 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of tumor-associated macrophages and M2 macrophages in CRC: unraveling molecular heterogeneity and developing a novel risk signature
2024-05-27, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01881-z
PMID:38802881
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-seq数据,开发了结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞和M2巨噬细胞的新型风险标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据识别TAM-M2巨噬细胞相关基因,并构建了预后风险标志物TAMM2RS | 需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 发现结直肠癌中TAM-M2巨噬细胞相关的新型生物标志物并解析分子异质性 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO Cox分析, qPCR | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
2989 | 2025-10-06 |
scRNA+TCR+BCR-seq revealed the proportions and gene expression patterns of dual receptor T and B lymphocytes in NPC and NLH
2024-05-21, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149820
PMID:38547605
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示鼻咽癌和鼻咽淋巴增生中双受体淋巴细胞的组成、克隆扩增及基因表达特征 | 首次在鼻咽癌和鼻咽淋巴增生中发现双受体淋巴细胞的存在,并证实其克隆扩增及谱系特征 | 样本量较小(7例NPC和3例NLH),需要更大规模研究验证 | 探究肿瘤微环境中双受体淋巴细胞的生物学特性和功能 | 鼻咽癌患者和鼻咽淋巴增生患者的淋巴细胞 | 单细胞组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,TCR测序,BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 7例鼻咽癌患者和3例鼻咽淋巴增生患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞免疫组库测序 | NA | scRNA+TCR+BCR-seq技术 |
2990 | 2025-10-06 |
Identification of sepsis-associated mitochondrial genes through RNA and single-cell sequencing approaches
2024-05-03, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01891-x
PMID:38702721
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞测序方法识别与脓毒症相关的线粒体基因 | 整合高通量测序与生物信息学分析,首次发现COX7B和NDUFA4两个线粒体基因与脓毒症预后密切相关 | 样本量较小(20例脓毒症患者和10例健康对照),单细胞测序样本仅5例 | 识别脓毒症相关的线粒体生物标志物以提高诊断和预后准确性 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞测序数据 | 30例(20例脓毒症+10例健康对照)用于RNA-seq,5例用于单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2991 | 2025-10-06 |
Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients
2024-May, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-023-09897-2
PMID:37796367
|
研究论文 | 本研究探讨Notch配体在类风湿关节炎滑膜组织中的表达特征及其作为抗TNF治疗反应生物标志物的潜力 | 首次发现RA骨髓Notch配体可作为抗TNF治疗反应的标志物,并揭示其在FLS和内皮细胞中的转激活作用 | 研究样本量未明确说明,且主要基于转录组分析,缺乏蛋白质水平验证 | 阐明Notch通路在RA滑膜组织细胞中的功能意义及RA治疗对其表达的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织细胞,包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,形态学研究,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2992 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Immune Landscape of CD4+ T Cells in Coronary Culprit Plaques With Acute Coronary Syndrome in Humans-Brief Report
2024-05, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320409
PMID:38572648
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了急性冠脉综合征患者冠状动脉斑块中CD4+ T细胞的免疫景观特征 | 首次在单细胞水平揭示了ACS患者冠状动脉斑块中CD4+ T细胞的特性,发现了中央记忆CD4+ T细胞在ACS斑块中的比例升高及其分化轨迹 | 样本量较小(7例患者),仅分析了冠状动脉斑块中的免疫细胞 | 表征ACS患者冠状动脉斑块中T细胞的单细胞水平特征,评估T细胞克隆扩增,寻找预防ACS的治疗靶点 | 急性冠脉综合征和慢性冠脉综合征患者的冠状动脉斑块样本 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据,TCR序列数据 | 7例患者(4例慢性冠脉综合征,3例急性冠脉综合征)的冠状动脉斑块样本,另加3例ACS斑块样本用于TCR分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞RNA测序平台 |
2993 | 2025-10-06 |
CNS Resident Innate Immune Cells: Guardians of CNS Homeostasis
2024-Apr-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25094865
PMID:38732082
|
综述 | 本文聚焦中枢神经系统常驻先天免疫细胞在维持稳态及参与神经炎症和神经退行性疾病中的作用 | 利用单细胞RNA测序等先进技术区分了常驻与浸润免疫细胞,特别是边界相关巨噬细胞的表型谱系 | NA | 探讨中枢神经系统常驻先天免疫细胞在生理稳态和病理状态下的功能 | 中枢神经系统实质和非实质组织(脑膜、血管周隙、脉络丛)中的常驻免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,多参数流式细胞术,质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多参数流式细胞术,质谱流式细胞术 | NA | NA |
2994 | 2025-10-06 |
Multi-omics and immunogenomics analysis revealed PFKFB3 as a targetable hallmark and mediates sunitinib resistance in papillary renal cell carcinoma: in silico study with laboratory verification
2024-Apr-15, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-024-01808-5
PMID:38622715
|
研究论文 | 通过多组学和免疫基因组学分析揭示PFKFB3作为乳头状肾细胞癌的可靶向特征并介导舒尼替尼耐药性 | 构建了糖酵解-免疫预后指数(GIRPI)特征,首次发现PFKFB3在pRCC中的关键调控作用及其介导舒尼替尼耐药的机制 | 主要为计算机模拟研究,实验室验证有限,需要更多临床样本验证 | 阐明糖酵解特征在乳头状肾细胞癌中的调控功能及治疗抵抗机制 | 乳头状肾细胞癌细胞系和患者数据 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | WGCNA, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, siRNA, 细胞增殖和迁移实验 | 糖酵解-免疫预后指数(GIRPI)模型 | 基因组数据, 转录组数据, 实验数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
2995 | 2025-10-06 |
A Path to Persistence after EGFR Inhibition
2024-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0274
PMID:38616658
|
研究论文 | 本研究通过患者来源异种移植模型和单细胞RNA测序,揭示了EGFR突变非小细胞肺癌对奥希替尼产生耐受性的机制 | 首次发现神经内分泌谱系转录因子ASCL1介导的药物耐受持久细胞转录簇,并揭示其通过触发上皮-间质转化程序促进药物耐受 | 表型可塑性机制尚未完全阐明,缺乏体内持久性模型 | 研究EGFR突变非小细胞肺癌对酪氨酸激酶抑制剂产生耐受性的分子机制 | EGFR突变非小细胞肺癌患者来源异种移植模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2996 | 2025-10-06 |
Identification of the role of DAB2 and CXCL8 in uterine spiral artery remodeling in early-onset preeclampsia
2024-Apr-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05212-4
PMID:38613672
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现DAB2和CXCL8在早发型子痫前期子宫螺旋动脉重塑中的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示DAB2通过CXCL8/PI3K/AKT通路调控绒毛外滋养细胞与蜕膜血管平滑肌细胞间的通讯机制 | 研究主要基于体外细胞模型和胎盘-蜕膜共培养模型,需要进一步体内实验验证 | 探究早发型子痫前期中子宫螺旋动脉异常重塑的分子机制 | 早发型子痫前期患者和对照组的胎盘组织、HTR-8/SVneo细胞、人血管平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序、细胞培养、胎盘-蜕膜共培养模型 | 细胞模型、共培养模型 | 单细胞RNA测序数据、细胞表型数据 | 早发型子痫前期患者和对照组胎盘组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2997 | 2025-10-06 |
Single cell lineage tracing reveals clonal dynamics of anti-EGFR therapy resistance in triple negative breast cancer
2024-04-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01327-2
PMID:38605363
|
研究论文 | 通过单细胞谱系追踪揭示三阴性乳腺癌对抗EGFR治疗耐药性的克隆动态 | 整合细胞条形码和单细胞转录组学重建EGFR扩增TNBC细胞的亚克隆动态,发现罕见的预存耐药亚群 | NA | 阐明三阴性乳腺癌对EGFR靶向治疗反应不一致的机制 | EGFR扩增的三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序, 细胞条形码, 深度学习 | 深度学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2998 | 2025-10-06 |
Sorafenib inhibits ossification of the posterior longitudinal ligament by blocking LOXL2-mediated vascularization
2024-Apr-10, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00327-7
PMID:38594260
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示后纵韧带骨化的分子机制,发现LOXL2通过HIF1A通路调控韧带细胞的内皮样分化,并证实索拉非尼可有效抑制LOXL2介导的血管生成从而阻断骨化进程 | 首次在单细胞分辨率阐明OPLL的细胞演化过程,发现韧带干细胞具有内皮细胞样表型转化能力,并鉴定LOXL2为非酶活性依赖的新型调控因子 | 动物模型结果向临床转化的有效性仍需验证,LOXL2具体作用机制细节需进一步阐明 | 探索后纵韧带骨化的分子机制并寻找潜在治疗策略 | 后纵韧带组织样本、韧带干细胞、动物模型 | 单细胞生物学 | 后纵韧带骨化 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 临床样本和动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2999 | 2025-10-06 |
Drug repositioning for immunotherapy in breast cancer using single-cell analysis
2024-Apr-08, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00359-z
PMID:38589404
|
荟萃分析 | 本研究通过单细胞分析探索乳腺癌免疫治疗中的药物重定位策略 | 整合单细胞RNA测序数据与药物重定位方法,提出针对免疫调节肽的精准调控策略 | NA | 开发针对乳腺癌的免疫治疗新策略 | 人类乳腺上皮细胞(恶性与正常) | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 蛋白质水平检测 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
3000 | 2025-10-06 |
Itraconazole inhibits tumor growth via CEBPB-mediated glycolysis in colorectal cancer
2024-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16082
PMID:38278779
|
研究论文 | 本研究揭示抗真菌药物伊曲康唑通过CEBPB介导的糖酵解途径抑制结直肠癌肿瘤生长 | 首次发现伊曲康唑通过CEBPB-ENO1轴调控糖酵解抑制结直肠癌生长,并鉴定CEBPB为伊曲康唑的新靶点 | 研究样本量较小(仅4只小鼠),临床验证数据有限 | 探究伊曲康唑对结直肠癌的抗肿瘤作用机制 | 结直肠癌细胞系、荷瘤小鼠模型和临床患者样本 | 癌症代谢研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、靶向类器官测序 | 细胞系来源异种移植模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 4只小鼠肿瘤样本(治疗组与对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |