单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2961 - 2980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 2961 | 2025-10-06 |
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
2023-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.10.034
PMID:36481267
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞来源的B细胞活化因子在化脓性汗腺炎皮肤病变中支持B/浆细胞存续的机制 | 首次发现中性粒细胞是HS病变中BAFF的主要生产者，并阐明G-CSF和细菌产物共同刺激BAFF分泌的机制 | 研究样本来源有限，机制研究主要基于体外实验 | 阐明HS病变中支持B/浆细胞存续的介质及其作用机制 | HS患者皮肤样本、血浆、培养的皮肤活检样本、角质形成细胞、真皮成纤维细胞、中性粒细胞、单核细胞和B细胞 | 免疫学 | 化脓性汗腺炎 | mRNA测序, 定量PCR, 流式细胞术, 免疫组织荧光, 系统生物学分析 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 多个HS患者队列和对照队列的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2962 | 2025-10-06 |
A proteo-transcriptomic map of non-alcoholic fatty liver disease signatures
2023-04, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00775-1
PMID:37037945
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和转录组学整合分析，绘制了非酒精性脂肪肝疾病进展的分子特征图谱 | 首次提供了NAFLD进展过程中蛋白质组与转录组整合的详细图谱，并通过单细胞RNA测序解析了肝脏细胞类型对蛋白质组变化的贡献 | 样本量相对有限（306例患者），且为多中心研究可能存在技术批次效应 | 揭示NAFLD向肝硬化进展过程中循环蛋白质的系统性变化机制 | 306例经组织学特征明确的NAFLD患者 | 生物医学 | 非酒精性脂肪肝 | 蛋白质组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 逻辑回归 | 逻辑回归 | 蛋白质组数据, 转录组数据 | 306例NAFLD患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2963 | 2025-10-06 |
RevGel-seq: instrument-free single-cell RNA sequencing using a reversible hydrogel for cell-specific barcoding
2023-03-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-31915-y
PMID:36964177
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研究论文 | 介绍了一种基于可逆水凝胶技术的单细胞RNA测序方法RevGel-seq，无需专用仪器即可实现细胞特异性条形码标记 | 开发了无需微流控设备或液滴系统的单细胞RNA测序技术，通过可逆水凝胶固定细胞-磁珠复合物，提供实验设计的灵活性和样品处理的时间自由度 | 当前凝胶化设备的标准分析范围在10,000个输入细胞水平，可能限制更高通量应用 | 开发无需专用仪器的单细胞RNA测序技术 | 外周血单个核细胞(PBMC)、胰腺胰岛细胞、心肌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 标准分析约10,000个细胞，展示了PBMC、胰岛细胞和心肌细胞的应用 | NA | 单细胞RNA-seq | RevGel-seq | 基于可逆水凝胶的单细胞条形码技术，无需微流控或液滴系统 |
| 2964 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: Recent insights and therapies
2023-03, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2023.115441
PMID:36720355
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综述 | 本文综述了癌症干细胞的最新研究进展及其治疗策略 | 整合单细胞测序和空间转录组分析技术研究癌症干细胞，并总结靶向消除癌症干细胞的治疗策略 | NA | 探讨癌症干细胞在癌症生物学中的基础作用及治疗应用 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境中其他细胞的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2965 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics in Kidney Tissue
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3179-9_17
PMID:37423994
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研究论文 | 详细介绍空间转录组测序技术在肾脏组织中的应用方法 | 整合组织学与RNA测序，在完整组织空间背景下解析转录组表达 | NA | 开发和应用空间转录组测序技术于肾脏组织研究 | 小鼠和人类肾脏组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据，H&E图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium Spatial Tissue Optimization, Visium Spatial Gene Expression | Visium空间组织优化协议和Visium空间基因表达协议 |
| 2966 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA sequencing atlas of circulating leukocytes from healthy and osteosarcoma affected dogs
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1162700
PMID:37275879
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了健康犬和骨肉瘤患犬循环白细胞图谱，并分析骨肉瘤对免疫细胞转录组的影响 | 首次构建犬类循环白细胞的单细胞RNA测序图谱，揭示了CD4 T细胞亚型的显著异质性，并发现骨肉瘤患犬中髓源性抑制细胞比例增加 | 样本量相对有限（健康犬7只，骨肉瘤患犬10只），且受犬类特异性试剂限制 | 深入表征犬类免疫细胞异质性，建立转化医学相关的动物模型 | 健康犬和骨肉瘤患犬的循环白细胞 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17只犬（7只健康犬，10只骨肉瘤患犬） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2967 | 2025-10-06 |
The integrated single-cell analysis developed a lactate metabolism-driven signature to improve outcomes and immunotherapy in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1154410
PMID:37033259
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析构建了乳酸代谢驱动的特征模型，用于改善肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 首次利用单细胞RNA测序分析结合乳酸代谢相关基因构建预后模型，并验证了AHSA1基因在肺腺癌中的作用 | 需要更多外部数据集验证模型的普适性，实验验证仅限于AHSA1基因 | 构建基于乳酸代谢相关基因的预后模型，改善肺腺癌患者的治疗结果和免疫治疗效果 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, AUCell算法, 相关性分析, Cox回归, Lasso回归 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 多个外部独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2968 | 2025-10-06 |
A novel liver zonation phenotype-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1140201
PMID:36936935
|
研究论文 | 基于肝分区特征建立了一种新的肝细胞癌分子分型系统 | 首次鉴定94个人类肝细胞特异性分区标志物，并基于这些标志物将肝细胞癌分为三个具有不同预后和免疫特征的亚型 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌的肝分区特征并建立新的分子分型系统 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，RNA测序，微阵列分析 | 非负矩阵分解共识聚类 | 基因表达数据 | 训练集616例HCC样本，验证集285例HCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq，微阵列 | NA | NA |
| 2969 | 2025-10-06 |
Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac563
PMID:35980155
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研究论文 | 提出一种整合多个单细胞参考集和先验生物知识的稳健反卷积算法InteRD，用于从批量RNA测序数据推断细胞类型比例 | 开发了带惩罚回归和新评估标准的反卷积算法，能有效整合多个单细胞数据集并利用先验生物信息进行校准 | 算法性能仍依赖于外部数据源的质量和先验信息的准确性 | 开发更准确和稳健的细胞类型反卷积方法 | 批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2970 | 2025-10-06 |
Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets
2022-01, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 开发了一个增强的单细胞RNA测序分析工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点 | 整合了自动化细胞标记、伪时序排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的用户友好型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView | 基于已发表的单细胞数据集进行二次分析，需要进一步实验验证 | 开发单细胞RNA测序分析工作流程以研究动脉粥样硬化斑块微环境和发现潜在治疗方法 | 人类冠状动脉单细胞数据集中的细胞类型，特别是平滑肌细胞来源的成纤维样细胞 | 单细胞分析 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析，配体-受体相互作用分析 | 单细胞RNA测序数据 | 基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2971 | 2025-10-06 |
A joint deep learning model enables simultaneous batch effect correction, denoising, and clustering in single-cell transcriptomics
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271874.120
PMID:34035047
|
研究论文 | 提出一种联合深度学习模型CarDEC，可同时实现单细胞转录组数据的批次效应校正、去噪和聚类 | 首次在基因表达空间和嵌入空间同时校正批次效应，且能同时进行去噪和聚类分析 | 未提及模型在特定细胞类型或实验条件下的性能限制 | 开发单细胞RNA-seq数据分析方法，解决批次效应问题 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2972 | 2025-10-06 |
Generation of Pulmonary Endothelial Progenitor Cells for Cell-based Therapy Using Interspecies Mouse-Rat Chimeras
2021-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0758OC
PMID:33705684
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肺内皮祖细胞异质性，并利用种间嵌合体技术从多能干细胞生成功能性内皮祖细胞用于细胞治疗 | 首次鉴定FOXF1cKIT内皮祖细胞亚群，开发通过小鼠-大鼠种间嵌合体从多能干细胞生成功能性内皮祖细胞的新方法 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证 | 研究肺内皮祖细胞的异质性并开发基于干细胞的细胞治疗方法 | 新生人类和小鼠肺组织、小鼠肺内皮祖细胞、ACDMPV疾病模型小鼠 | 细胞生物学 | 新生儿肺疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 种间嵌合体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新生人类和小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2973 | 2025-10-06 |
Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data
2021-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009080
PMID:33661921
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研究论文 | 开发了BSCET方法，通过整合单细胞和bulk RNA-seq数据检测细胞类型特异性等位基因表达失衡 | 首次提出通过整合少量scRNA-seq数据来从大量bulk RNA-seq数据中推断细胞类型特异性AEI的方法 | 依赖外部scRNA-seq数据集的质量和代表性，且需要准确的细胞类型组成推断 | 开发检测细胞类型特异性等位基因表达失衡的计算方法 | 等位基因表达失衡与人类疾病的关系 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | 两个胰岛bulk RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2974 | 2025-10-06 |
Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis
2020-Oct, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-020-00233-7
PMID:33817554
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序分析的迭代迁移学习算法ItClust，用于细胞聚类和细胞类型分类 | 结合了监督细胞类型分类算法的思想，同时利用目标数据信息确保对仅存在于目标数据中的细胞具有分类敏感性 | 性能可能仍受源数据质量影响，对新型细胞类型的分类能力未明确说明 | 提高单细胞RNA测序分析中细胞聚类和细胞类型分类的准确性 | 来自不同物种和组织的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 来自不同物种和组织的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2975 | 2025-10-06 |
Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis
2025-Jul-31, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02557-5
PMID:40742465
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了与糖尿病肾病相关的三羧酸循环诊断生物标志物 | 首次系统性地将TCA循环相关基因与糖尿病肾病诊断联系起来，并通过多组学数据验证了HPGD和G6PC作为诊断标志物的潜力 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证生物标志物的临床实用性 | 开发糖尿病肾病的早期诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者肾脏组织和细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 单样本基因集富集分析, 机器学习 | 诊断预测模型 | 基因表达数据 | 基于GSE131882和GSE30122数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 2976 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori
2025-Aug, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012
PMID:39414226
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示幽门螺杆菌相关胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和微环境特征 | 首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的胃肿瘤发生单细胞图谱，揭示了不同细胞谱系的癌症相关表达特征和细胞间通讯网络 | 样本量相对有限（18例标本），需要在更大队列中验证发现 | 解析幽门螺杆菌驱动的胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和分子机制 | 人类胃组织标本（胃炎、胃肠上皮化生和胃癌） | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，免疫荧光，免疫组化，qRT-PCR，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据，组织学数据，公共数据库数据 | 18例胃组织标本（胃炎、胃肠上皮化生和胃癌），另有人类胃组织验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2977 | 2025-10-06 |
TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells
2025-Jan-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0134
PMID:39354883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现脑转移中TIMP1介导的星形胶质细胞对CD8+ T细胞的局部免疫抑制作用 | 首次揭示pSTAT3+星形胶质细胞通过分泌TIMP1调控CD63+ CD8+ T细胞功能的免疫抑制机制 | NA | 探究脑转移中星形胶质细胞介导的局部免疫抑制机制及治疗策略 | 脑转移模型中的星形胶质细胞和CD8+ T细胞 | 单细胞测序 | 脑转移瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2978 | 2025-10-06 |
Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory
2024-12, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012
PMID:39181419
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9突变株和单细胞RNA测序分析，探讨了Oikopleura dioica中pax37A和pax37B基因在房室制造滤器区域发育中的功能 | 首次揭示pax37B（而非pax37A）对房室滤器细胞分化的特异性调控作用，并提出滤器区域分泌上皮细胞可能保留或进化了神经上皮特征的新假说 | 研究仅针对特定海洋生物模型，其结论在其他生物中的普适性仍需验证 | 探究Pax3/7基因在尾索动物房室制造上皮发育中的功能机制 | Oikopleura dioica（尾索动物）的房室制造上皮及其滤器细胞 | 发育生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 野生型和突变型Oikopleura dioica个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2979 | 2025-10-06 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
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研究论文 | 本文提出了一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并表征细胞状态从正常到异常的转变 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型，揭示共享和破坏的细胞动态 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征异常细胞状态轨迹 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2980 | 2025-10-06 |
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183984
PMID:39436695
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研究论文 | 本研究探讨1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与糖尿病肾病发展的关系 | 首次在年轻1型糖尿病患者中结合多种先进技术评估肾脏氧化代谢，并通过单细胞RNA测序和空间代谢组学揭示肾小管细胞亚型分布与代谢功能障碍的关联 | 样本量相对较小（T1D组30人，对照组20人），研究结果需要在更大人群中验证 | 研究1型糖尿病患者胰岛素敏感性降低与肾脏氧化代谢改变对糖尿病肾病发展的影响 | 年轻1型糖尿病成人患者（n=30）和健康对照者（n=20） | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 11C-乙酸盐PET, MRI, 高胰岛素-正常血糖钳夹技术, 肾脏活检 | Slingshot算法, 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据, 代谢物数据, 影像数据, 临床数据 | 50人（30例1型糖尿病患者，20例健康对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间代谢组学 | NA | NA |