单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals KRAS/TP53-Driven Neutrophil Reprogramming in Luad: A Multi-Gene Prognostic Model and Therapeutic Targeting of RHOV 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2025.062584 PMID:40486872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了KRAS/TP53突变驱动的肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中中性粒细胞的重编程，并开发了一个基于中性粒细胞的预后标志物	揭示了KRAS/TP53突变对肿瘤微环境中中性粒细胞动态的影响，开发了五基因预后标志物，并验证了RHOV作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外细胞模型	阐明KRAS/TP53突变如何重编程肿瘤微环境，并开发LUAD的预后标志物	肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的中性粒细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析（hdWGCNA），LASSO回归	预后标志物模型	转录组数据	TCGA-LUAD队列及外部验证队列（IMvigor210, GSE78220）
282	2025-06-12	Topology entropy: Enhancing graph partitioning for TAD identification and single-cell clustering 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.037 PMID:40487196	研究论文	本文提出了一种名为拓扑熵的新方法，用于量化生物图的复杂性，并开发了两种方法TEC-O和TEC-U，分别用于有序和无序生物图的分割	引入了拓扑熵来量化生物图的复杂性，并证明最小化相关熵等同于最优图分割，开发了两种新方法TEC-O和TEC-U	NA	探索大规模图中复杂结构的量化方法，并优化生物图的分割	生物图，包括Hi-C接触图和单细胞测序数据	生物信息学	NA	Hi-C测序，单细胞测序	TEC-O, TEC-U	图数据，测序数据	五个细胞系的Hi-C数据和十个单细胞测序数据集
283	2025-06-12	Exploring the anti-gastric cancer mechanisms of Diosgenin through integrated network analysis, bioinformatics, single-cell sequencing, and cell experiments 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1600960 PMID:40487391	研究论文	本研究通过整合网络分析、生物信息学、单细胞测序和细胞实验，探讨了薯蓣皂苷元抗胃癌的机制	采用多方法策略（包括网络分析、生物信息学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化和细胞实验）全面研究薯蓣皂苷元的抗胃癌机制，并识别了关键效应分子	未明确说明样本量及具体实验设计的局限性	全面研究薯蓣皂苷元抗胃癌的作用机制	薯蓣皂苷元及其在胃癌中的作用靶点	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
284	2025-06-12	Single-cell and transcriptomic analyses reveal the role of PCDH17 in the non-inflammatory tumor microenvironment of pancreatic cancer 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1559909 PMID:40487760	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示PCDH17在胰腺癌非炎症性肿瘤微环境中的作用	首次揭示了PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控机制及其与炎症基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于单细胞数据分析，实验验证部分有待进一步扩展	探究PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控作用	胰腺癌组织、内皮细胞、T细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞测序、免疫荧光技术	NA	单细胞数据、转录组数据	多种肿瘤类型的组织样本（具体数量未明确说明）
285	2025-06-12	Utilizing Multi-omics analysis to elucidate the role of mitochondrial gene defects in Gastric cancer progression 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325520 PMID:40489463	研究论文	通过多组学分析揭示线粒体基因缺陷在胃癌进展中的作用	识别了八个与线粒体自噬相关的预后基因，并建立了预测胃癌患者3年生存状态的预后模型，其中DUSP1被确定为关键基因	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, ssGSEA算法, CIBERSORT算法	预后模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
286	2025-06-12	Integration of Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveals BCL2L14 as a Novel IGKC+ T Cell-Associated Therapeutic Target in Breast Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523147 PMID:40491783	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，发现BCL2L14作为IGKC+ T细胞亚群的新型治疗靶点在乳腺癌中的作用	发现了一个新的IGKC+ T细胞亚群及其相关生物标志物BCL2L14，并验证了其在乳腺癌进展中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的体内实验验证	识别乳腺癌中新的免疫细胞亚群及其相关生物标志物，以开发靶向治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	机器学习算法	RNA测序数据	乳腺癌队列中的多个样本
287	2025-06-12	GSDMD is a novel predictive biomarker for immunotherapy response: in the pan-cancer and single cell landscapes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570901 PMID:40491921	研究论文	该文章探讨了GSDMD作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次将GSDMD确立为跨癌种免疫治疗反应的预测生物标志物，并揭示了其通过增强焦亡途径调控PARPi抗肿瘤效应的新机制	研究主要基于TCGA数据库和类器官模型，尚未进行大规模临床队列验证	探索GSDMD作为免疫治疗预测标志物的潜力及其调控肿瘤免疫微环境的机制	多种癌症类型（pan-cancer）及免疫细胞群体	肿瘤免疫学	泛癌种	单细胞RNA测序、类器官功能实验、生物信息学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA泛癌数据集及单细胞测序数据
288	2025-06-12	A telomere-associated molecular landscape reveals immunological, microbial, and therapeutic heterogeneity in colorectal cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1615533 PMID:40492114	research paper	该研究开发了一个名为TELscore的端粒评分系统，通过整合转录组和肿瘤内微生物组数据，揭示了结直肠癌中的免疫、微生物和治疗异质性	开发了TELscore评分系统，首次将端粒生物学、免疫微环境和肿瘤内微生物组整合到结直肠癌的分子分型中	研究主要基于公开数据集，需要进一步的前瞻性临床验证	探索端粒生物学在结直肠癌中的临床意义并开发新的分子分型工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序，16S rRNA测序，scRNA-seq，全切片数字病理成像，免疫组化	NA	转录组数据，微生物组数据，病理图像数据，单细胞RNA测序数据	多个公开结直肠癌队列的数据
289	2025-06-12	Unveiling fatty acid subtypes: immunometabolic interplay and therapeutic opportunities in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570873 PMID:40492126	研究论文	本研究开发了一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	通过整合转录组学和代谢组学数据，揭示了脂肪酸代谢特征在胃癌患者中的临床相关性，并开发了一个新的R包GCFAMS用于预后评估	研究样本量有限，且需要进一步验证模型的临床适用性	开发一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序，转录组学，代谢组学	随机森林模型，Cox回归	基因表达数据，代谢数据	多个数据集中的胃癌患者样本
290	2025-06-12	Fibroblast Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma and Identification of Prognostic Markers Based on Single-cell Transcriptome Analysis 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673348482241028074147 PMID:39528451	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中成纤维细胞的异质性及其转录调控机制，并识别了潜在的预后标志物	首次在肝细胞癌中系统分析了成纤维细胞的异质性、转录调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了与预后相关的关键转录因子CEBPD和FOSB	研究样本量有限，且仅基于单细胞转录组数据，需要进一步的实验验证	探索成纤维细胞在肝细胞癌中的复杂作用及其转录调控机制，发现潜在的预后标志物	肝细胞癌中的成纤维细胞	单细胞转录组学	肝细胞癌	单细胞转录组测序、inferCNV、CellChat、Monocle 2、SCENIC分析、qRT-PCR、Transwell实验	NA	单细胞转录组数据	来自GSE149614数据集的非肿瘤肝组织和原发性肝细胞癌组织样本
291	2025-06-12	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学研究的优化协议	提出了一种自动化友好的代谢标记RNA协议，结合单细胞RNA测序和组合索引技术，用于捕获基因表达的时间动态信息	需要参考Maizels等人的研究以获取完整的协议执行细节	研究基因表达的动态变化	单细胞RNA	转录组学	NA	4-thiouridine (4sU)标记，单细胞RNA测序，组合索引	NA	RNA测序数据	NA
292	2025-06-12	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文提出了一种基于抗CD3/CD28珠刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的T细胞激活研究协议	使用抗CD3/CD28珠刺激和scRNA-seq技术研究T细胞激活的详细协议	协议的具体执行细节需参考Li等人的文献	研究T细胞激活的分子机制	人类外周血单个核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
293	2025-06-12	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文提出了一种分离特定神经元类型用于批量及单细胞RNA测序的方案	提供了一种针对秀丽隐杆线虫特定神经元类型的分离、RNA提取及单细胞测序准备的详细步骤	方案可能不适用于其他生物体的神经元分离	开发一种分离特定神经元类型用于基因表达分析的方法	秀丽隐杆线虫的神经元	分子生物学	NA	RNA测序（包括批量及单细胞RNA测序）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	幼虫和成年秀丽隐杆线虫的特定神经元类型
294	2025-06-12	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文提出了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）获取高质量单细胞多组学数据的协议	改进了多组学样本处理流程，整合了单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种获取高质量单细胞多组学数据的标准化流程	人类外周血单核细胞（PBMCs）	生物医学	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组分析、蛋白质组分析	NA	基因组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	NA
295	2025-06-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	证明了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，提供了出色的空间解析基因表达成像和定量结果	NA	开发并验证一种适用于Xenium空间转录组学研究的实验协议	固定冷冻小鼠脑切片	空间转录组学	NA	Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
296	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
297	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
298	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
299	2025-06-12	Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52762-z PMID:39366958	研究论文	研究ONECUT3转录因子在下丘脑神经元形态发生中的调控作用	发现ONECUT3通过调控NAV2影响下丘脑神经元的极化和形态发生，这一机制在不同神经元亚型和多个物种中保守	研究主要基于小鼠和线虫模型，人类神经元中的具体机制尚需进一步验证	探究转录因子ONECUT3在神经元分化过程中的作用机制	下丘脑GABA能多巴胺神经元和促甲状腺激素释放激素(TRH)谷氨酸能神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能获得性实验、siRNA敲降	NA	基因表达数据	小鼠和线虫模型
300	2025-06-12	The lncRNA SNHG26 drives the inflammatory-to-proliferative state transition of keratinocyte progenitor cells during wound healing 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52783-8 PMID:39366968	研究论文	该研究揭示了长链非编码RNA SNHG26在皮肤伤口愈合过程中调控角质形成细胞祖细胞从炎症状态向增殖状态转变的关键作用	首次发现SNHG26通过调控转录因子ILF2的基因组定位来促进角质形成细胞祖细胞的炎症-增殖状态转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	探索伤口愈合过程中炎症相向增殖相转变的分子机制	角质形成细胞祖细胞	分子生物学	皮肤创伤	单细胞转录组分析、功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用Snhg26缺陷小鼠和体外培养细胞