单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-12	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-Jun, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	review	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用	整合单细胞和空间技术，系统解析皮肤免疫系统的多层次异质性及其功能调控	NA	探讨皮肤免疫系统的分子和细胞特征及其在健康和疾病中的功能调控	皮肤组织中的先天性和适应性免疫细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	NA
262	2025-06-12	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Jun, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	research paper	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	利用IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了一个风险预后模型，用于预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以改善临床决策和免疫治疗策略	胃腺癌（STAD）患者	digital pathology	stomach adenocarcinoma	bulk RNA sequencing, single-cell sequencing	Cox regression, LASSO regression, NMF	genomic data, clinical data	TCGA数据库中的STAD患者数据
263	2025-06-12	One probe fits all: a highly customizable modular RNA in situ hybridization platform expanding the application of SABER DNA probes 2025-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204775 PMID:40446186	研究论文	介绍了一种高度可定制的模块化RNA原位杂交平台OneSABER，扩展了SABER DNA探针的应用	OneSABER平台统一了多种常用的单重和多重、比色和荧光ISH方法，使用单一类型的DNA探针	NA	开发一个统一的开放平台，简化RNA原位杂交过程并降低成本	再生扁虫Macrostomum lignano和Schmidtea mediterranea的整体样本，以及福尔马林固定、石蜡包埋的小鼠肠道切片	分子生物学	NA	RNA原位杂交(ISH)，信号放大交换反应(SABER)	NA	NA	NA
264	2025-06-12	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Defines N7-Methylguanosine (m7G)-Mediated Modifications' Role in Prognosis and the Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70992 PMID:40485623	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究N7-甲基鸟苷（m7G）修饰在肝细胞癌预后和肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统地分析了m7G修饰在肝细胞癌中的临床特征、预后、肿瘤免疫微环境及免疫治疗敏感性中的作用，并开发了m7Gscore评分系统	研究主要依赖于公共数据库和生物信息学分析，实验验证样本量有限	探究m7G修饰在肝细胞癌中的生物学意义及其对预后和免疫治疗的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	hepatocellular carcinoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, GSVA, PCA, RT-qPCR, western blot, immunohistochemistry	unsupervised clustering, PCA	RNA sequencing data, protein expression data	来自GEO、TCGA、ICGC数据库的多个数据集，以及实验验证的HCC和正常样本
265	2025-06-12	Long Noncoding RNA Interleukin 6 Antisense RNA 1 Promotes Inflammatory Effects in Lung Macrophages via Exosomes Through the S100A9/TLR4 Pathway in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Progression 2025-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70204 PMID:40487749	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA IL6-AS1在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的作用及其通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进肺部炎症的机制	首次揭示了IL6-AS1通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进成纤维细胞与巨噬细胞间的串扰，加剧COPD肺部炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类患者中验证	阐明IL6-AS1在COPD发病机制中的作用及其分子机制	小鼠COPD模型、COPD患者样本、肺成纤维细胞-巨噬细胞共培养系统	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、AAV转染	小鼠COPD模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
266	2025-06-12	scEVE: a single-cell RNA-seq ensemble clustering algorithm capitalizing on the differences of predictions between multiple clustering methods 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf073 PMID:40491972	研究论文	本文提出了一种名为scEVE的单细胞RNA测序集成聚类算法，该算法通过利用多种聚类方法预测之间的差异来改进细胞群体的识别	scEVE算法通过描述聚类结果之间的差异而非最小化这些差异，解决了现有集成算法未能生成带有不确定性值和多分辨率聚类结果的概念性挑战	NA	开发一种能够处理单细胞RNA测序数据集成聚类的新算法，解决现有方法在不确定性和多分辨率方面的不足	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类算法	RNA测序数据	15个实验数据集和最多1200个合成数据集
267	2025-06-12	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	research paper	该研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与肺功能和预后的关系	首次发现BPIFB1在IPF中高表达，并证实其与肺功能下降和不良预后相关，揭示了BPIFB1可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原蛋白合成参与IPF发病机制	血液中BPIFB1表达水平在对照组和IPF患者中无显著差异，限制了其作为血液生物标志物的应用	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其临床意义	特发性肺纤维化患者和对照组的基因表达数据	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了Gene Expression Omnibus数据库中的数据和临床样本
268	2025-06-12	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了复发T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中的免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次通过单细胞转录组分析详细描述了T-ALL患者的骨髓免疫微环境，并发现JUN在NK细胞耗竭和T-ALL增殖中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需进一步验证	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者的骨髓免疫微环境及NK细胞	数字病理学	白血病	scRNA-seq	CDX, PDX, NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本及多种模型（未明确具体数量）
269	2025-06-12	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	研究论文	本研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性的临床意义及其与预后的关系	首次全面纵向分析了膀胱癌患者TCR多样性，揭示了低TCR多样性与不良预后的关联，并发现TCR多样性可作为潜在的生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅针对膀胱癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	评估TCR多样性在膀胱癌患者中的临床意义及其作为预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体（TCR）多样性	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
270	2025-06-12	Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140 PMID:40398393	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学研究了肺缺血再灌注损伤模型中的中性粒细胞亚型，发现CD177+中性粒细胞是导致肺损伤的关键亚群，并可作为预测严重原发性移植物功能障碍的早期生物标志物	首次识别CD177+中性粒细胞作为肺缺血再灌注损伤中的关键炎症驱动亚群，并证明靶向线粒体复合物I可减轻其活化和肺损伤	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类临床应用的转化效果需要进一步验证	探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制并寻找治疗靶点	CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的作用	NA	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠IRI模型和大鼠左肺移植模型
271	2025-06-12	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-May-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文介绍了一种通过流式细胞术和单细胞转录组学研究分离和表征人类玻璃体免疫细胞浸润的定制方案	提供了一种改进的手术样本收集方法和其他措施，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及具体的技术限制或样本量限制	开发一种协议以研究眼内免疫反应	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	眼科疾病	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	未提及具体样本量
272	2025-06-12	Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.104522 PMID:40487942	研究论文	本研究探讨了辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	发现辛伐他汀通过下调SERPINE1和激活cGMP/PKG通路抑制结肠癌细胞增殖和迁移，并提出了一种新的治疗策略	研究仅基于体外实验，未进行体内验证	研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	结肠癌细胞系NCM460、HCT-116和SW620	癌症研究	结肠癌	细胞计数试剂盒-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术、实时聚合酶链反应、Western blotting	NA	细胞实验数据	三种结肠癌细胞系
273	2025-06-12	Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.103594 PMID:40487972	research paper	本研究探讨了ANAPC1在肝细胞癌（HCC）中通过泛素化相关通路调控细胞周期和代谢水平的潜在功能	首次全面研究了ANAPC1在HCC中的表达及其通过泛素化相关机制调控疾病进展的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明ANAPC1在HCC中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA测序、微阵列、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR分析	NA	RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化组织样本、单细胞RNA测序数据	包括批量RNA样本、IHC组织样本和恶性肝细胞样本，具体数量未明确说明
274	2025-06-12	Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation 2025-May, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4 DOI:10.56434/j.arch.esp.urol.20257804.66 PMID:40495508	研究论文	本研究通过分析慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞RNA测序数据，探讨了免疫相关基因（IRGs）的表达模式及其潜在调控机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了cABMR患者PBMCs中免疫相关基因的表达模式，并鉴定了与这些基因表达相关的关键转录因子（STAT1、IRF1和FOS）	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证，且样本来源仅限于PBMCs和肾脏组织	阐明cABMR患者中免疫相关基因的表达模式及其调控机制	慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肾脏组织	生物信息学	肾脏移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
275	2025-06-12	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板（PLT）生成的主要场所，并通过多种实验方法在不同物种中进行了验证	首次通过多种实验方法（包括自动血液分析仪、免疫组化染色和单细胞RNA测序）在不同物种中系统评估了肺部血小板生成的能力	研究样本量有限，且不同物种间的比较可能受到生物学差异的影响	验证肺部是否是血小板生成的主要场所	人类、大鼠、兔子和小鼠的血液、骨髓和肺部巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪、免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数、组织切片、RNA序列数据	人类（n=24，n=93）、大鼠（n=20，n=19）、兔子（n=19）、小鼠（未明确数量）
276	2025-06-12	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制	首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路减轻肺纤维化，并鉴定NFκB为该过程中的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究尼达尼布治疗特发性肺纤维化的分子机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和间质巨噬细胞	分子病理学	肺纤维化	单细胞测序、RNA-seq、Monocle2、Cellchat、Scenic	动物模型（小鼠）	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
277	2025-06-12	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	通过单细胞测序技术研究高海拔和低海拔地区牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	揭示了高海拔牦牛AEC II细胞在免疫调节、粘附和代谢活动方面的增强，以及SHIP1和SFTPC等因子在AEC I和AEC II转分化中的作用	研究仅针对牦牛，可能不适用于其他高原动物	探究牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔环境中的适应机制	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10× scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织
278	2025-06-12	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了化疗免疫治疗中肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	首次结合外周血单核细胞的时间序列RNA测序和肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的富集及其与肿瘤微环境转录状态的关联	研究样本量较小（N=54），且为单臂2期临床试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗的免疫学机制并寻找预测性生物标志物	间皮瘤患者	肿瘤免疫学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, TCR-seq	NA	转录组数据	54名患者
279	2025-06-12	Innate immune cell barrier-related genes inform precision prognosis in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559373 PMID:40486509	研究论文	本研究通过分析先天免疫细胞屏障相关基因，开发了一个预测胰腺癌预后的模型，并揭示了新的治疗靶点	开发了基于先天免疫细胞屏障相关基因的CDRG-RSF预后模型，并发现UBASH3B基因在免疫抑制和药物耐药性中的双重作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别胰腺癌的预后生物标志物，开发预测模型，并发现个性化治疗的新靶点	胰腺癌患者及其相关基因表达数据	精准医学	胰腺癌	scRNA-seq, 机器学习算法	RSF模型	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的样本
280	2025-06-12	TSLP pretreatment inhibits M1 macrophage polarization and attenuates LPS-induced iNKT cell-dependent acute lung injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583235 PMID:40486522	研究论文	研究TSLP在脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的作用及其机制	首次揭示TSLP通过抑制M1巨噬细胞极化和减少iNKT细胞依赖的炎症反应来减轻LPS诱导的急性肺损伤	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探索TSLP在脓毒症相关ARDS中的保护作用机制	野生型小鼠和Jα18-/-小鼠的肺组织和免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征	转录组测序、单细胞转录组测序、流式细胞术	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及野生型和基因敲除小鼠模型