单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-06-12	Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction 2024-10, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10764-w PMID:39028417	research paper	该研究描述了人类胎盘中滋养层侧群标记物的特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的异常表达	首次在胎盘功能不全疾病中表征了滋养层侧群标记物的表达模式，并揭示了这些标记物在滋养层细胞分化过程中的动态变化	样本量相对较小（n=3用于定位研究，n=78/30/18用于mRNA测量），且SERPINE3在体外验证中未被检测到	探究滋养层侧群标记物在胎盘发育和胎盘功能不全疾病中的作用	人类胎盘组织、先兆子痫和胎儿生长受限患者的胎盘样本	生殖医学	先兆子痫和胎儿生长受限	单细胞转录组学、体外细胞分化模型、mRNA定量分析	人滋养层干细胞(hTSC)向绒毛外滋养层(EVT)分化模型	基因表达数据、组织切片	定位研究n=3，mRNA测量n=78先兆子痫/30FGR/18对照，体外验证n=5
302	2025-06-12	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究探讨了转录因子GATA3在早期妊娠胎盘中外绒毛滋养细胞(EVT)分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍发生的关联	揭示了GATA3在EVT分化过程中对上皮-间质转化(EMT)和细胞衰老的双重调控作用，并发现其在复发性流产(RM)中的异常定位	研究主要基于细胞系和有限的临床样本，需要在更大规模的临床队列中验证	阐明GATA3在EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	人外绒毛滋养细胞(EVT)、JEG3和HTR8/SVneo细胞系	生殖医学	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胎盘类器官模型和胎盘组织样本
303	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
304	2025-06-12	Single-cell Profiling of Reprogrammed Human Neural Stem Cells Unveils High Similarity to Neural Progenitors in the Developing Central Nervous System 2024-07, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10698-3 PMID:38519702	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了重编程人类神经干细胞与发育中中枢神经系统神经祖细胞的高度相似性	首次在单细胞水平上全面比较了诱导神经干细胞(iNSCs)与生理对应细胞的转录组特征，发现其与胚胎神经上皮细胞的相似性	研究仅基于转录组数据，缺乏功能验证实验	评估诱导神经干细胞(iNSCs)与生理神经干细胞的相似性	人类诱导神经干细胞(iNSCs)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
305	2025-06-12	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	research paper	该研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）与小细胞肺癌（SCLC）在分子异质性和细胞命运轨迹上的相似性	首次建立了高转移性ONB的小鼠模型，并发现ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类ONB的临床相关性需要进一步验证	探索嗅觉神经母细胞瘤的起源和分子特征，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤生物学	嗅觉神经母细胞瘤和小细胞肺癌	遗传工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪	遗传工程小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
306	2025-06-12	CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae283 PMID:38856169	研究论文	介绍了一个名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞身份、标记物、调控和相互作用	开发了CACIMAR工具，能够通过加权和模型计算保守特征，测量细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性	未提及具体局限性	揭示跨物种的保守基因调控和细胞分子机制	小鼠、斑马鱼和小鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	加权和模型	单细胞RNA测序数据	公开可用的小鼠、斑马鱼和小鸡的scRNA-seq数据
307	2025-06-11	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2026-01-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微极细胞的极化途径及针对活化微极细胞的治疗药物	阐明了促炎和抗炎微极细胞涉及的信号通路，并回顾了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临诸多挑战	探讨创伤性脑损伤中微极细胞的极化途径及治疗策略	微极细胞及其在创伤性脑损伤中的作用	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
308	2025-06-11	Changes in border-associated macrophages after stroke: Single-cell sequencing analysis 2026-01-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01092 PMID:39927762	研究论文	本文通过单细胞测序分析研究了中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用	首次全面分析了中风后边界相关巨噬细胞的动态转录变化及其参与的炎症相关通路调控，并提出了Stat3抑制作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用机制	小鼠边界相关巨噬细胞	单细胞测序分析	中风	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE174574和GSE225948)
309	2025-06-11	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	综述	本文综述了单细胞测序技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示视网膜血管疾病的细胞和分子异质性，探索整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法以增强视网膜反应的空间和时间映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	为临床医生和研究人员提供视网膜缺血性疾病单细胞分析前沿领域的全面更新	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性缺氧性视网膜病变（IHR）	数字病理学	视网膜疾病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学, 多组学方法	NA	RNA测序数据	NA
310	2025-06-11	Targeting SPP1+ macrophages via the SPP1-CD44 axis reveals a key mechanism of immune suppression and tumor progression in ovarian cancer 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114906 PMID:40446696	研究论文	该研究通过整合分析卵巢癌单细胞测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴促进T细胞耗竭和免疫抑制的机制	首次发现SPP1+巨噬细胞亚群通过SPP1-CD44轴驱动卵巢癌中的免疫抑制和T细胞耗竭，并验证了nilotinib作为潜在SPP1抑制剂的治疗潜力	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索卵巢癌中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)促进免疫抑制和肿瘤进展的分子机制	高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)中的肿瘤相关巨噬细胞和T细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	单细胞测序数据	六个HGSOC单细胞测序数据集
311	2025-06-11	Mefunidone treats pulmonary fibrosis by targeting SDH to regulate fibro-promoting macrophages 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114971 PMID:40449267	研究论文	本研究揭示了Mefunidone通过靶向SDH并调节促纤维化巨噬细胞转化来治疗肺纤维化的新机制	首次发现Mefunidone通过结合并抑制SDH活性来抑制琥珀酸生成，进而调控促纤维化巨噬细胞表型转化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Mefunidone治疗肺纤维化的分子靶点和潜在机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和促纤维化巨噬细胞	基础医学研究	肺纤维化	单细胞测序技术	动物模型	实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠
312	2025-06-11	Multi-omics identifies OSM-OSMR as a key receptor-ligand in the tumor environment of endometrial adenocarcinoma 2025-Jul-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114933 PMID:40450916	研究论文	本研究通过多组学方法识别了OSM-OSMR作为子宫内膜腺癌肿瘤微环境中的关键受体-配体，并构建了一个预后模型	首次发现OSM信号在子宫内膜癌组织中的细胞通讯中显著升高，并基于OSM基因集将子宫内膜腺癌分为四种亚型，构建了七基因特征的预后模型	研究主要基于公开数据集和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	探索子宫内膜腺癌肿瘤微环境中细胞间的配体-受体关系并构建预后模型	子宫内膜腺癌组织和细胞系	肿瘤微环境研究	子宫内膜腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据和临床数据	来自GEO和TCGA的公开数据集及Ishikawa细胞系
313	2025-06-11	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-Jul, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	本研究探讨了连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的潜在机制	首次发现PHN能与GSK-3β形成稳定复合物，并证实其通过抑制GSK-3β促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，临床转化效果需进一步验证	阐明PHN缓解脓毒症相关ALI/ARDS的分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、ALI/ARDS动物模型	分子药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	分子对接、动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序	LPS诱导的小鼠和斑马鱼炎症模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、细胞表型数据	从公共数据库筛选8331个ALI/ARDS相关靶基因，并进行了体内外实验验证
314	2025-06-11	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Jun-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学方法，揭示了乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进淋巴管生成和转移中的作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学方法全面解析乳腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境，并确定GLO1作为新的治疗靶点	样本量相对较小（23名患者的28个淋巴结样本），可能限制结果的普遍性	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结转移样本	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, 多组学方法	NA	RNA测序数据, 多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
315	2025-06-11	Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma 2025-Jun-10, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyaf164 PMID:40492497	研究论文	本研究探讨了基线总病灶糖酵解（TLG）作为生物标志物在早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）高风险患者识别中的应用	首次提出基线TLG作为识别高风险NKTCL患者的生物标志物，并发现其与免疫抑制微环境的相关性	样本量相对较小（n=192），且仅针对早期NKTCL患者	探索基线生物标志物在NKTCL预后预测中的应用	早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）患者	数字病理学	自然杀伤/T细胞淋巴瘤	18F-FDG PET/CT, scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	影像数据, 基因表达数据	192例早期NKTCL患者（训练组127例，验证组65例），其中10例进行scRNA-seq，65例进行bulk RNA-seq
316	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
317	2025-06-11	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-09, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高密度条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）作为条形码载体，显著提高了标记密度和稳定性，克服了现有DNA标记方法的局限性	未明确提及技术在大规模应用中的成本效益分析或长期稳定性数据	开发一种高效、稳定的样本多重标记技术，以降低scRNA-seq的成本并减少批次效应	培养细胞系、组织消化物中的异质细胞（如脾脏和肥胖啮齿动物脂肪组织）	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物（6-plex条形码样本）、肥胖啮齿动物脂肪组织样本
318	2025-06-11	Serum amyloid A1-Induced intrahepatic regulatory T cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	research paper	该研究探讨了血清淀粉样蛋白A1（SAA1）如何通过Toll样受体2（TLR2）损害调节性T细胞（Tregs）功能，从而推动自身免疫性肝炎（AIH）的进展	揭示了AIH中肝内Tregs功能失调的新机制，并提出了通过靶向SAA1-TLR2通路恢复Tregs功能的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能失调的分子机制及其对疾病进展的影响	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
319	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
320	2025-06-11	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一种表达GPNMB的巨噬细胞亚群，其在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用，并证明了GPNMB对肌肉细胞的直接影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其在肌肉再生中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞