单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
342	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
343	2025-06-10	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用图神经网络的消息传递层分层框架，支持跨多种单细胞和空间组学数据集的细胞注释	未明确提及具体局限性，但暗示现有高质量scRNA-seq参考和标记集的稀缺性可能影响性能	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，解决现有工具在scATAC-seq和空间转录组数据中表现不佳的问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络	单细胞测序数据、空间组学数据	包含329种细胞类型、2497个基因标记、28种组织类型的人类和植物数据集
344	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
345	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
346	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
347	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
348	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
349	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
350	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织
351	2025-06-10	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的新协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞以及从短读长测序数据重建剪接信号的困难	需要参考Cortés-López等人的详细协议来执行该技术	开发一种能够准确分析RNA剪接因子突变的多组学分析方法	人类细胞中的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接	基因组学	NA	长读长测序、单细胞转录组分析、细胞表面蛋白质组分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
352	2025-06-10	Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083 PMID:38781077	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序的熵评分协议，用于量化干细胞衍生的心肌细胞成熟度	首次使用单细胞RNA测序的熵评分来量化心肌细胞的成熟度	未提及样本量或实验验证的详细结果	量化干细胞衍生的心肌细胞的成熟度	干细胞衍生的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
353	2025-06-10	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	research paper	提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度学习框架，用于去噪单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	采用动态批处理的对抗自编码器（DB-AAE）进行scRNA-seq数据的去噪和排序	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	解决scRNA-seq数据中的技术噪声问题，如低捕获率和丢失事件	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	machine learning	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
354	2025-06-10	Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT 2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology DOI:10.1097/PAS.0000000000002152 PMID:37994665	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征患者中混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）的候选生物标志物L1CAM和LINC01187	发现L1CAM和LINC01187作为HOT的独特标志物，能够以棋盘格模式相互排斥地表达，区分HOT与其他肾癌亚型	研究样本可能有限，未涉及大规模临床验证	探索Birt-Hogg-Dubé综合征相关肾肿瘤的诊断标志物	Birt-Hogg-Dubé综合征患者的混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）和正常肾组织	数字病理学	肾癌	RNA测序（包括批量测序和单细胞测序）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
355	2025-06-10	Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae085 PMID:38911824	研究论文	本研究提出了一种名为EAD的计算方法，利用个体间基因表达的差异共表达模式来解复用单细胞RNA测序数据，无需额外实验步骤	EAD方法首次利用个体间差异共表达模式进行解复用，结合遗传信息可提高分配准确性，并可识别同一供体不同激活状态的细胞	方法在非免疫细胞中的应用效果需进一步验证	开发无需额外实验步骤的单细胞RNA测序数据解复用方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6只同基因近交系小鼠、30份脓毒症和健康个体样本、脑单核转录组图谱
356	2025-06-10	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	research paper	本文介绍了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	提出了社区连通性分析（ACC）方法，填补了现有工具在分析细胞群落内部及之间相对相似性方面的空白	NA	开发一种计算工具来表征空间转录组数据中细胞群落的连通性	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	空间转录组技术（10× Visium、NanoString CosMx）	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	包括小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人类小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
357	2025-06-09	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-Sep-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	建立了三种小鼠MASH模型，并通过转录组分析比较其与人类MASH的相似性，提出了模型选择的新策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他层面的生物学差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH方面的适用性	小鼠MASH模型和人类MASH转录组数据	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)	RNA测序（bulk和single-cell RNA sequencing）	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型（HFD、MCD和CDA-HFD）及人类MASH数据集
358	2025-06-09	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网页工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了针对单细胞测序数据的分析功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，以及基于线粒体基因的细胞亚群分析	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度	探索线粒体在不同细胞类型及同一细胞类型内的动态变化	线粒体在单细胞水平上的功能和动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型(SCA1)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括SCA1研究中的单细胞转录组数据
359	2025-06-09	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过原型对TCR氨基酸序列进行数字化，为比较分析提供参考点，并有助于解码抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并利用其追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA
360	2025-06-09	Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization 2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811 PMID:40324532	研究论文	本研究开发了一种新型的离子化阳离子脂质纳米颗粒（icLNPs），用于递送Itgb1-siRNA，以靶向治疗角膜新生血管（CoNV）	通过结合抗Flt1肽引导和雷公藤甲素修饰，提高了icLNPs的靶向性和抗炎性能，有效抑制血管内皮细胞增殖和迁移	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型的非侵入性治疗方法，用于治疗角膜新生血管	角膜新生血管（CoNV）及其相关血管内皮细胞和周细胞	生物医学工程	眼科疾病	单细胞测序、siRNA递送技术	NA	NA	小鼠模型