单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-26	A cluster-based cell-type deconvolution of spatial transcriptomic data 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf714 PMID:40705925	研究论文	本文介绍了一种基于聚类的空间转录组数据去卷积方法DECLUST，用于准确估计细胞类型组成	DECLUST方法通过结合基因表达和空间坐标识别空间聚类，保留组织空间结构，并在聚类水平进行去卷积，克服了传统方法在低表达水平和忽视空间关系方面的限制	方法仅在人类乳腺癌、卵巢癌和小鼠脑组织的ST数据集上进行了评估，尚未在其他组织类型中验证	开发一种更准确和稳健的空间转录组数据去卷积方法	空间转录组数据中的细胞类型组成	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学(ST)	聚类算法	空间转录组数据	模拟的人类乳腺癌组织数据集和两个真实ST数据集（人类卵巢癌和小鼠脑组织）
222	2025-07-26	VEGFA and APOE regulate distinct functional states of mast cells in hepatocellular carcinoma: A single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146131 PMID:40683486	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其对预后的影响	首次鉴定出四种功能不同的肿瘤相关肥大细胞亚群，并揭示了APOE和VEGFA在调节肥大细胞功能状态中的关键作用	样本量相对有限，需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其对预后的影响	肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的肥大细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)	NA	单细胞转录组数据、免疫组化数据	32例HCC患者的肿瘤组织和5例患者的癌旁组织(单细胞测序)，90对肿瘤和癌旁组织(mIHC验证)
223	2025-07-26	Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells 2025-Jul-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141102 PMID:40710355	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估Graves病患者外周血单个核细胞和甲状腺内单个核细胞中的B细胞，通过甲状腺自身抗原肽刺激揭示B细胞反应差异	首次在Graves病中应用单细胞RNA测序结合甲状腺自身抗原肽刺激技术分析B细胞反应特征	样本来源限于接受甲状腺切除术的患者，可能无法完全代表所有Graves病患者	阐明Graves病发病机制中B细胞对甲状腺自身抗原的应答特征	Graves病患者的B细胞（来自外周血和甲状腺组织）	免疫学	Graves病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	接受甲状腺切除术的Graves病患者样本（具体数量未明确说明）
224	2025-07-26	Recreating pathophysiology of CLN2 disease and demonstrating reversion by TPP1 gene therapy in hiPSC-derived retinal organoids and retina-on-chip 2025-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102244 PMID:40706588	研究论文	该研究利用hiPSC衍生的视网膜类器官和视网膜芯片系统，建立了CLN2疾病的体外模型，并展示了AAV介导的TPP1基因治疗的潜力	创新性地建立了人类相关的微生理视网膜疾病模型，揭示了CLN2病理生理学的新机制，并证明了AAV9.hCLN2基因治疗的潜力	研究仅基于体外模型，尚未在体内或临床试验中验证	研究CLN2疾病的病理生理学并探索基因治疗方法	hiPSC衍生的视网膜类器官、视网膜色素上皮细胞和视网膜芯片系统	基因治疗	神经元蜡样脂褐质沉积症2型(CLN2)	单细胞RNA测序、AAV介导的基因治疗	视网膜类器官模型、视网膜芯片系统	基因表达数据、组织学数据	NA
225	2025-07-26	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs）与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联	首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用，并开发了预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的CXCL9-TLS响应预测评分系统（CTRscore）	研究主要基于鼻咽癌，其他癌症类型中的IFN-HEVs作用尚不明确	探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在ICB治疗中的作用	鼻咽癌（NPC）患者	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析	NA	转录组数据、单细胞数据	三个独立的鼻咽癌队列
226	2025-07-26	Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209 PMID:40602406	研究论文	本研究开发了一种基于卡迪奥脂类似物的脂质纳米颗粒，用于递送senolytic体内CAR-T疗法，以治疗炎症性衰老相关疾病	首次使用无需抗体修饰的卡迪奥脂类似物脂质纳米颗粒递送mRNA编码的CAR-T疗法，并验证其在治疗肝纤维化和类风湿性关节炎中的效果	研究尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	开发新型体内CAR-T细胞工程递送系统，用于治疗炎症性衰老相关疾病	T细胞、肝纤维化和类风湿性关节炎模型	生物医学工程	肝纤维化、类风湿性关节炎	mRNA递送技术、单细胞测序	CAR-T细胞疗法	实验数据、测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外和体内实验
227	2025-07-26	Exploring the role of neutrophil extracellular traps in colorectal cancer: Insights from single-cell sequencing 2025-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i7.107589 PMID:40697221	研究论文	探讨中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）在结直肠癌（CRC）中的生物学功能、分子机制及其对疾病进展的影响，并分析单细胞测序技术（SCS）在该领域的应用	结合单细胞测序技术（SCS）揭示NETs在CRC中的作用，为开发新型诊断生物标志物和靶向治疗策略提供理论基础	需进一步探索SCS技术与互补方法的整合，以研究NETs并开发针对NETs的特异性检测方法和治疗策略	研究NETs在CRC中的作用及其对肿瘤微环境（TME）的影响，推动CRC精准医学发展	结直肠癌（CRC）及其肿瘤微环境（TME）中的中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序技术（SCS）	NA	单细胞测序数据	NA
228	2025-07-26	Regulation of Hindbrain Vascular Development by rps20 in Zebrafish 2025-Jul-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141070 PMID:40710323	研究论文	本研究探讨了rps20基因在斑马鱼后脑血管发育中的调控作用及其与衰老相关脑血管缺陷的关联	揭示了rps20基因通过调控关键信号分子影响后脑血管发育的新机制，为理解衰老相关脑血管疾病提供了新视角	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老相关基因在脑血管发育中的作用机制	斑马鱼后脑血管发育过程	发育生物学	神经系统疾病	scRNA-seq, qPCR, 全胚胎原位杂交, CRISPR/Cas9基因敲除	斑马鱼体内模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及不同发育阶段的斑马鱼胚胎和成体
229	2025-07-26	Immune and Inflammatory Properties of Megakaryocytes 2025-Jul-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141053 PMID:40710306	综述	本文综述了巨核细胞在健康和特定病理条件下的免疫和炎症功能的新发现	揭示了巨核细胞除血小板生成外的免疫和炎症调节功能，特别是通过单细胞RNA测序发现的'免疫巨核细胞'亚群	NA	探讨巨核细胞在免疫和炎症中的功能	巨核细胞及其亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
230	2025-07-26	A Meta-Review of Spatial Transcriptomics Analysis Software 2025-Jul-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141060 PMID:40710313	meta-analysis	本文对空间转录组学分析软件进行了元综述，旨在为选择适合特定数据集或计算环境的软件提供指导	整合了多个基准测试研究的结果，涵盖了空间转录组学分析的四个关键领域，为软件选择提供了全面的参考	未提及具体软件的适用性限制或在不同计算环境下的性能差异	评估和比较空间转录组学分析软件的性能和适用性	空间转录组学分析软件	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间坐标数据	NA
231	2025-07-26	Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow 2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf102 PMID:40631353	研究论文	本文揭示了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用	发现了L13a蛋白在调控巨噬细胞多样性和极化中的新功能，超越了传统的M1-M2二分法概念	研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞分化模型，需要进一步体内验证	探究核糖体蛋白L13a在巨噬细胞极化过程中的调控机制	骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞	免疫学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型(L13aflox/flox LysMCre+)	基因表达数据	对照小鼠和L13a敲除小鼠的骨髓来源细胞
232	2025-07-26	Computational and Imaging Approaches for Precision Characterization of Bone, Cartilage, and Synovial Biomolecules 2025-Jul-09, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm15070298 PMID:40710415	综述	本文综述了成像、计算建模和测序技术在关节组织健康高分辨率、非侵入性表征方面的最新进展	整合了高分辨率MRI、定量CT、超声弹性成像与放射组学、深度学习和多尺度建模方法，以及RNA-seq、空间转录组学和质谱蛋白质组学，用于基于组学的成像生物标志物发现	临床广泛应用需要强大的数据基础设施、法规遵从性和医生教育	实现关节组织健康的精准表征，以支持早期检测、多参数组织评估和靶向干预	骨、软骨和滑膜组织的生物分子	数字病理学	退行性关节疾病	高分辨率MRI、定量CT、超声弹性成像、RNA-seq、空间转录组学、质谱蛋白质组学	CNN、有限元模型、基于代理的模型	图像、组学数据	NA
233	2025-07-26	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	研究论文	该研究通过人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元与患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官共培养系统，揭示了胆碱能神经元与GBM细胞之间的突触连接及其对肿瘤进展的影响	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM的相互作用，揭示了胆碱能突触输入通过CHRM3受体促进GBM增殖的新机制	研究仅基于体外共培养模型，未在体内验证胆碱能神经元对GBM的影响	探究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤的相互作用及其对肿瘤生物学的影响	人类诱导多能干细胞衍生的胆碱能神经元和患者来源的GBM类器官	癌症神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、钙成像、电子显微镜、跨单突触追踪	hiPSC衍生的共培养模型	基因表达数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用患者来源的GBM类器官和hiPSC衍生的胆碱能神经元
234	2025-07-26	The Integrated Function of the Lateral Hypothalamus in Energy Homeostasis 2025-Jul-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14141042 PMID:40710295	review	本文综述了外侧下丘脑区（LHA）在能量稳态和动机行为调控中的中心整合作用	整合了单细胞转录组学揭示的LHA分子异质性和神经元亚型多样性，提出了LHA作为动态多功能代谢调控中心的新视角	未提及具体实验数据或样本量，主要基于文献整合	阐明LHA在代谢调控中的分子机制与神经环路功能	外侧下丘脑区神经元亚群（GABA能、谷氨酸能、食欲素、MCH等）及其神经环路	神经科学	肥胖及相关代谢紊乱	单细胞转录组学	NA	分子与功能研究数据	NA
235	2025-07-26	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学研究和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在鸡精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用仍有限	理解鸡生长的遗传调控机制，推动精准育种方法的发展	鸡的生长性状及其遗传调控	遗传学与精准育种	NA	多组学研究（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、scRNA-seq、CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
236	2025-07-26	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病微环境	首次在JIA治疗初期未接受治疗的儿童中，通过多组学技术揭示了滑膜组织的细胞组成和空间结构，并发现了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法完全代表疾病进展后期的病理变化	揭示幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞基础，为精准靶向治疗提供依据	幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确说明数量的JIA患儿滑膜组织活检样本及匹配的滑液和外周血样本
237	2025-07-26	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jul-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文研究了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	首次揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发型AD风险降低47%的关联，并阐明了其通过外周髓系细胞浸润介导的保护机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本验证有限	探究克隆造血与阿尔茨海默病病理的相互作用机制	TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人类iPSC衍生小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术	AD小鼠模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据、实验小鼠、人类iPSC衍生细胞
238	2025-07-26	GRANet: a graph residual attention network for gene regulatory network inference 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf349 PMID:40708222	研究论文	提出了一种名为GRANet的图残差注意力网络，用于基因调控网络推断	利用残差注意力机制自适应学习复杂的基因调控关系，并整合多维生物特征进行更全面的推断	未提及具体局限性	提高基因调控网络推断的准确性	基因调控网络(GRNs)	机器学习	NA	scRNA-seq	GRANet (Graph Residual Attention Network)	基因表达数据	多个数据集（未具体说明样本数量）
239	2025-07-26	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Jul, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的新作用机制，并提出了SCI治疗的潜在靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后神经元保护中的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
240	2025-07-26	De novo TANC2 variants caused developmental and epileptic encephalopathy and epilepsy 2025-Jul, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.18358 PMID:40110879	research paper	本研究探讨了TANC2基因变异与癫痫及发育性癫痫性脑病（DEE）的关联及其表型变异的机制	首次将TANC2基因确定为癫痫和DEE的致病基因，并通过果蝇模型和单细胞RNA测序验证了其功能	样本量较小（仅6例），且功能研究主要基于果蝇模型，可能不完全适用于人类	探索TANC2基因与癫痫及神经发育障碍的关联机制	癫痫患者及TANC2基因变异	遗传学	癫痫及发育性癫痫性脑病	外显子测序、单细胞RNA测序、果蝇模型	果蝇基因敲除模型	基因测序数据、表达谱数据	6例癫痫患者