单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-12	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jun-10, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的作用，并提出了NRF2抑制作为增强治疗效果的策略	样本量相对较小（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	探究口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的关键调控通路	口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型	癌症生物学	口腔白斑	单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据	117例患者样本（3例敏感，3例耐药）和动物模型
242	2025-06-12	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Jun-10, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞身份和功能中的关键作用，并阐明了其通过KLF6通路防止β细胞转分化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究METRNL在糖尿病代谢压力下对β细胞功能的保护机制	小鼠胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，蛋白质数据	使用高脂饮食(HFD)喂养小鼠和db/db糖尿病小鼠模型
243	2025-06-12	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jun-10, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本文研究了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞的相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，促进伤口愈合的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
244	2025-06-12	Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer 2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01634-w PMID:40484863	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了CD151作为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌化疗耐药的关键生物标志物	首次将CD151识别为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的关键生物标志物，并揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用	研究主要基于医院队列，样本代表性可能有限	阐明代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的遗传和分子机制，并寻找关键生物标志物	代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌患者	数字病理学	结肠直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, IHC染色	random forest, SVM-RFE	基因表达数据	医院队列中的EOCRC患者
245	2025-06-12	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA数据，利用机器学习算法揭示了特发性肺纤维化（IPF）中NOTCH和自噬活性的异质性及其相互关系	首次在单细胞水平上揭示了IPF中NOTCH和自噬活性的异质性及其一致性，并鉴定了同时调控这两个通路的关键基因IGFBP7、PPIC和RUNX1	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平的验证，但功能实验仍需进一步深入	探究IPF中NOTCH和自噬通路的异质性及其相互关系	特发性肺纤维化（IPF）患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	eXtreme Gradient Boosting, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量
246	2025-06-12	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	research paper	该研究通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	首次将SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗的新靶点进行系统研究	研究主要基于数据库分析，需要更多实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和靶向治疗中的潜在应用价值	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和作用	癌症研究	多种癌症（特别提到乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的泛癌样本（未明确具体数量）
247	2025-06-12	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了M2巨噬细胞的分化途径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果仅为初步发现，需要通过体外/体内实验进一步验证这些特征基因或配体-受体对在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
248	2025-06-12	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在免疫治疗抵抗中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性尚需验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本及肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据及体内肿瘤模型
249	2025-06-12	Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer 2025-Jun-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10042-6 PMID:40483281	研究论文	本研究探讨了甲状腺癌中树突状细胞通过Annexin A1-FPR1相互作用调节免疫微环境的机制	揭示了ANXA1-FPR1轴在甲状腺癌免疫调节中的新机制，并提出了针对该轴的免疫治疗新策略	NA	研究甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的作用机制	甲状腺癌组织和树突状细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序和转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
250	2025-06-12	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process 2025-Jun-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08316-0 PMID:40483363	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入描述了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用	优化了脱钙方法，显著提高了RNA质量，并结合Visium CytAssist平台及Seurat、CARD和Monocle软件包进行综合分析，准确定位了关键细胞群并识别了调控其激活和分化的关键转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果在人类骨折愈合中的适用性尚需进一步验证	揭示骨折愈合过程中的细胞和分子机制	小鼠股骨骨折模型	空间转录组学	骨折	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠股骨骨折模型在骨折前（Day 0）及骨折后第5天和第15天的样本
251	2025-06-12	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Jun-06, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	研究论文	本研究探讨了KHDC3基因通过调节YAP信号通路的差异分布影响早期胚胎的谱系分化	揭示了KHDC3在早期胚胎发育中通过调节YAP信号通路影响胚胎细胞谱系分化的新机制	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用及其对胚胎细胞谱系分化的影响	早期胚胎（从2细胞期到囊胚期）	发育生物学	妊娠相关疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及从2细胞期到囊胚期的早期胚胎
252	2025-06-12	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	research paper	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组近交系小鼠群体，探索阿霉素诱导的心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组近交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	揭示阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组近交系小鼠	遗传学	心血管疾病	系统遗传学方法、QTL定位、孟德尔随机化分析	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据	58个BXD品系小鼠及亲本B6和D2小鼠（每个品系/性别≥4只，3-4月龄）
253	2025-06-12	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	介绍了一种名为mNSF的多样本非负空间因子化框架，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF框架无需对齐样本，能够处理空间对齐不可行的情况，同时保持与基于对齐方法相当的性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的计算方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF（多样本非负空间因子化）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
254	2025-06-12	Insights of immune cell heterogeneity, tumor-initiated subtype transformation, drug resistance, treatment and detecting technologies in glioma microenvironment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.033 PMID:39097088	综述	本文全面探讨了胶质瘤微环境中四种主要免疫细胞的作用及其亚型转化机制，以及化疗耐药性和免疫治疗策略	详细分析了胶质瘤诱导免疫细胞亚型转化的机制，并探讨了免疫细胞相关单细胞测序技术的进展	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	深入理解胶质瘤微环境中免疫细胞的异质性及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的免疫细胞，特别是中性粒细胞、巨噬细胞、淋巴细胞和髓源性抑制细胞（MDSCs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
255	2025-06-12	Single-cell atlas of human gingiva unveils a NETs-related neutrophil subpopulation regulating periodontal immunity 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.028 PMID:39084404	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了牙龈组织中与NETs相关的中性粒细胞亚群及其在牙周免疫中的作用	首次构建了牙周微环境的单细胞图谱，并鉴定出一个与NETs相关的中性粒细胞亚群(NrNeu)，揭示了牙龈成纤维细胞通过MIF-CD74/CXCR4轴促进NETs产生的调控关系	研究样本量有限，且动物模型与人类疾病存在差异	阐明NETs在牙周免疫病理中的具体功能和机制	健康人群和牙周炎患者的牙龈组织	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序，高维加权基因共表达网络分析，伪时间分析	六种机器学习方法构建的预测模型	RNA测序数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本
256	2025-06-12	RNA modification gene WDR4 facilitates tumor progression and immunotherapy resistance in breast cancer 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.06.029 PMID:38960276	研究论文	本研究基于RNA修饰相关基因开发了一种预测乳腺癌患者治疗反应和生存结果的策略	首次全面评估了多种RNA修饰在乳腺癌中的临床价值，并建立了一个包含九个基因的签名RMscore，用于预测患者预后和治疗反应	研究尚未完全阐明所有RNA修饰基因在乳腺癌中的具体作用机制	探索RNA修饰相关基因在乳腺癌中的临床价值，并开发预测治疗反应和生存结果的策略	乳腺癌患者	癌症研究	乳腺癌	转录组分析、单细胞转录组分析、基因组学分析、流式细胞术、免疫组织化学和免疫荧光染色	NA	转录组数据、单细胞数据、基因组数据	未明确提及具体样本数量
257	2025-06-12	Histone deacetylases facilitate Th17-cell differentiation and pathogenicity in autoimmune uveitis via CDK6/ID2 axis 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.029 PMID:39107200	研究论文	本文研究了组蛋白去乙酰化酶（HDACs）在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中通过CDK6/ID2轴促进Th17细胞分化和致病性的机制	揭示了HDACs通过CDK6/ID2轴调控Th17细胞分化和致病性的新机制，并提出了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HDACs在AU发病机制中的作用及其下游分子机制	自身免疫性葡萄膜炎（AU）患者和小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、siRNA、特异性抑制剂和过继转移实验	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	AU患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和EAU小鼠的免疫细胞
258	2025-06-12	ST6GALNAC1-mediated sialylation in uterine endometrial epithelium facilitates the epithelium-embryo attachment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.021 PMID:39111624	research paper	研究ST6GALNAC1介导的子宫子宫内膜上皮细胞唾液酸化在胚胎-上皮细胞附着中的作用	首次揭示了ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的关键作用，并鉴定了CD44作为sTn的载体	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类体内应用的直接证据有限	探究ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入过程中的功能	人类和小鼠的子宫内膜及胚胎	生殖生物学	生殖系统疾病	免疫组化、体外植入模型、免疫沉淀结合质谱分析、scRNA-seq、蛋白互作实验	体外细胞模型和小鼠模型	蛋白质组学数据、RNA-seq数据、图像数据	人类子宫内膜样本和小鼠模型
259	2025-06-12	Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells 2025-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01093-w PMID:39623220	research paper	开发了一种从人多能干细胞生成和长期培养人类小脑类器官（hCerO）的方案，模拟了胎儿小脑的细胞多样性和功能特征	首次成功复制了人类小脑的细胞多样性和部分独特的细胞结构特征，并实现了Purkinje细胞的长期健康存活和成熟	未提及具体局限性	探索人类小脑发育和疾病的研究平台	人类小脑类器官（hCerO）	发育神经生物学	小脑疾病	单细胞转录组学、免疫组织化学、钙动力学和电生理特性研究	人类小脑类器官（hCerO）模型	细胞培养数据	未提及具体样本数量
260	2025-06-12	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Jun, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	研究探讨了内皮细胞EphA4在创伤性脑损伤后大脑皮层细胞特异性转录组变化中的作用	首次揭示了内皮细胞EphA4敲除对星形胶质细胞基因表达的显著影响，并发现新的Sox9+细胞簇	研究仅基于实验性创伤性脑损伤模型，临床相关性有待验证	阐明创伤性脑损伤后细胞特异性转录变化的机制	内皮细胞和星形胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	EphA4基因敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用实验性创伤性脑损伤模型