单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-26	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Jul, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次识别出CX3CR1、ELF1、CUL1、PARP3、DDX60、SP140L和MUC1作为pSS和PBC之间的串扰基因，并强调了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的关键作用	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索pSS和PBC之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	转录组学	自身免疫性疾病	差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的pSS（GSE66795）和PBC（GSE119600）数据集
242	2025-07-26	Mobilizing antigen-presenting mast cells in anti-PD-1-refractory triple-negative breast cancer: a phase 2 trial 2025-Jul, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03776-7 PMID:40563015	research paper	该研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗中抗PD-1耐药的新机制，并通过临床试验验证了一种新型治疗策略的有效性和安全性	揭示了乳腺组织中抗原呈递肥大细胞（apMCs）与抗PD-1疗效的关联，并发现过敏药物色甘酸可增强apMC介导的T细胞免疫，从而克服抗PD-1耐药	研究样本量有限，且仅针对女性患者，可能影响结果的普适性	探索三阴性乳腺癌抗PD-1耐药的机制并开发新的治疗策略	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境	precision immuno-oncology	triple-negative breast cancer	single-cell transcriptome, clinical trial	NA	transcriptome data, clinical data	44名初治TNBC患者（单细胞转录组分析）和484名TNBC患者（独立验证）
243	2025-07-26	A novel subset of inflammation-related liver NK cells modulates immune responses in a murine model of primary biliary cholangitis 2025-Jul, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103454 PMID:40609234	研究论文	本文发现了一种新型炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，其在原发性胆汁性胆管炎（PBC）的免疫调节中起关键作用	首次鉴定出具有CD49aCXCR6特征的irNK细胞亚群，并揭示其在PBC中的免疫调节功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究PBC发病机制中的免疫调节机制	炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）和CD4 T细胞	免疫学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	ARE-Del小鼠模型	基因表达数据	PBC小鼠模型和患者样本
244	2025-07-26	Guard cells on the adaxial and abaxial leaf surfaces use different compositions of potassium ion channels to drive light-induced stomatal opening 2025-Jul, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-02026-5 PMID:40634560	研究论文	本研究探讨了植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子机制	揭示了上下表皮保卫细胞利用不同钾离子通道驱动气孔光诱导开放的分子机制	研究仅基于拟南芥和烟草两种模式植物，结论在其他植物中的普适性有待验证	探究植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子基础	拟南芥和烟草的上下表皮保卫细胞	植物生理学	NA	单细胞RNA测序、转录组测序、OnGuard计算机模拟	NA	基因表达数据	两种模式植物（拟南芥和烟草）的保卫细胞
245	2025-07-26	OM-85, a Bacterial Lysate, Reduces Pulmonary Nodule Malignant Probability: A Retrospective Study 2025-Jul, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70109 PMID:40692186	研究论文	本研究探讨了细菌裂解物OM-85在治疗慢性支气管炎患者CT检测到的高风险肺结节中的疗效	首次评估OM-85对高风险肺结节的疗效，并发现其通过增加NK细胞比例降低恶性概率	回顾性研究设计，样本量相对较小	评估OM-85对高风险肺结节的治疗效果	慢性支气管炎患者的高风险肺结节	临床医学	肺癌	流式细胞术、多重免疫荧光(mIF)分析、scRNA-seq	NA	临床数据、影像数据(CT)、分子数据(scRNA-seq)	162名患者(72名治疗组，90名对照组)，共204个肺结节(93个治疗组结节，111个对照组结节)
246	2025-07-26	Single-cell RNA sequencing reveals Shen-Bai-Jie-Du decoction retards colorectal tumorigenesis by regulating the TMEM131-TNF signaling pathway-mediated differentiation of immunosuppressive dendritic cells 2025-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2025.05.013 PMID:40698132	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示参白解毒汤通过调节TMEM131-TNF信号通路介导的免疫抑制性树突状细胞分化延缓结直肠肿瘤发生	首次利用单细胞RNA测序技术揭示参白解毒汤通过调节TMEM131-TNF信号通路影响免疫抑制性树突状细胞分化，从而延缓结直肠肿瘤发生	研究机制尚未完全阐明，需要进一步验证TMEM131作为潜在靶点的作用	探究参白解毒汤延缓结直肠肿瘤发生的分子机制	结直肠肿瘤微环境中的免疫抑制性树突状细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化、流式细胞术、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	小鼠和临床患者样本
247	2025-07-26	IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626873 PMID:40661457	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选，识别了胶质母细胞瘤(GBM)中的关键细胞靶点	开发了一种新的计算流程，能够在单细胞水平识别GBM的特异性脆弱状态(VS)，并发现这些状态对癌症药物的不同敏感性	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	识别胶质母细胞瘤中的关键治疗靶点	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	迭代层次聚类	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	49个GBM肿瘤样本
248	2025-07-26	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态学上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，显著提升细胞分割的准确性和计算效率，尤其在肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测中表现优异	研究主要基于三种商业平台生成的数据集，可能在其他平台或数据类型上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性，以更精确地分析细胞的转录状态和微环境	单细胞空间转录组数据，特别是肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型（Proseg）	空间转录组数据	来自肾细胞癌患者样本的数据集
249	2025-07-26	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系，并发现肺泡巨噬细胞功能下降是重要机制	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步人类研究验证	探究衰老个体对SARS-CoV-2感染的免疫反应失调机制	老年和年轻小鼠的免疫反应差异	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠组(具体数量未提及)
250	2025-07-26	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞间通过TGFβ信号通路相互作用促进疾病进展的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA-seq、WGCNA、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用公开数据集GSE112278和GSE196676
251	2025-07-26	GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以改进细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因排名，提高了单细胞聚类和注释的准确性和生物学意义	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未验证	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高度相似的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
252	2025-07-26	A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling 2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.07.648438 PMID:40654723	研究论文	本文研究了人类和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制	通过单细胞RNA测序等技术鉴定了衰老β细胞亚群，并发现其通过特定SASP因子诱导次级衰老和β细胞功能障碍，JAK抑制剂可逆转这一效应	研究主要基于小鼠模型和有限的人类胰岛样本，需要在更大人群中验证	阐明衰老β细胞亚群在糖尿病进展中的作用机制并探索潜在治疗靶点	人类和小鼠的胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	scRNA-seq, 流式细胞术, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	高脂饮食小鼠模型和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛
253	2025-07-26	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能中的关键作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果的解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠（Mus musculus）的记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EZH2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了EZH2敲除小鼠和野生型小鼠
254	2025-07-26	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析可能受到样本量和异质性的限制	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序(ScRNA-seq)	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠(具体数量未明确说明)
255	2025-07-26	Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis 2025-Mar-08, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-025-03300-y PMID:40057475	研究论文	本研究通过单细胞测序技术指导抗GABAAR脑炎的个体化治疗	首次在抗GABAAR脑炎患者中应用单细胞测序技术，并发现CD8 T细胞单克隆群和异常JAK-STAT信号通路在疾病中的作用	研究仅基于一个病例，样本量有限	探索抗GABAAR脑炎的发病机制并开发个体化治疗方案	一名难治性抗GABAAR脑炎患者及四名健康志愿者的外周血单核细胞和脑脊液细胞	数字病理学	脑炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	1名患者和4名健康志愿者的PBMCs及患者的脑脊液细胞
256	2025-07-26	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19加强疫苗接种对T细胞和抗体反应的长期影响	首次全面分析了多次疫苗接种后T细胞反应的动态变化，揭示了无症状感染者的独特免疫特征	样本量相对较小（78人），且仅针对未报告有症状感染的接种者	了解重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名接种疫苗且未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名接种疫苗的个体
257	2025-07-26	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了血管扩张剂对肺动脉高压（PAH）患者外周血单个核细胞（PBMCs）炎症反应的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了血管扩张剂治疗对PAH患者PBMCs炎症转录组和信号通路的逆转作用，并发现单核细胞中'代谢调节中的胰高血糖素信号'通路在治疗后发生逆转	样本量较小（对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例），且仅观察了3个月的治疗效果	阐明血管扩张剂是否逆转PAH的炎症激活机制，并开发基于血液的诊断和预后工具	特发性PAH（iPAH）和系统性硬化相关PAH（sscPAH）患者及非PAH对照的外周血单个核细胞	单细胞组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例
258	2025-07-26	Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S493907 PMID:40697330	研究论文	该研究通过整合多组学分析，鉴定出PDZ结合激酶（PBK）作为肝细胞癌（HCC）的新型预后生物标志物	首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展，并作为预后分层和免疫治疗抵抗预测的双功能生物标志物	研究主要基于TCGA-LIHC队列数据，需进一步临床样本验证	寻找肝细胞癌的新型免疫治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者肿瘤样本及Huh7细胞系	肿瘤基因组学	肝细胞癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲低	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA-LIHC队列样本及Huh7细胞系
259	2025-07-26	Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/5925485 PMID:40697415	研究论文	通过整合转录组分析，为癫痫的诊断和病理生理学提供新见解	鉴定了与癫痫密切相关的四个关键基因（CD3D、CD3G、CTSW和JCHAIN），并构建了一个具有强区分能力的诊断模型	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示癫痫的病理生理学基础并改进潜在诊断和治疗策略	癫痫相关的差异表达基因（DEGs）和枢纽基因	生物信息学	癫痫	转录组分析、单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析	诊断模型	基因表达数据	两个癫痫数据集（GSE143272和GSE32534）及单细胞测序数据（GSE201048）
260	2025-07-26	Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation 2025, Drug design, development and therapy DOI:10.2147/DDDT.S505055 PMID:40698062	研究论文	本研究通过整合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证，探讨了参竹配方(SZF)在糖尿病视网膜病变(DR)治疗中的潜在机制	首次结合多种先进技术手段全面解析SZF的作用机制，并发现HIF-1α-VEGFA信号通路可能是其核心作用靶点	需要进一步的实验验证来确认这些机制	开发更安全有效的早期糖尿病视网膜病变治疗策略	糖尿病视网膜病变(DR)	生物医学研究	糖尿病视网膜病变	UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接	Db/db小鼠模型	质谱数据, 测序数据, 影像数据	Db/db小鼠(未明确数量)和GSE245561数据集中的临床样本