单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-13	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	介绍了一个名为scATD的高通量且可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	提出了一种基于大语言模型的迁移学习框架scATD，包括三个子模型，通过双向风格迁移和知识蒸馏技术实现无需模型参数训练即可对新患者进行预测，提高了预测性能和效率	需要进一步验证在更广泛数据集上的适用性和稳定性	开发一个高通量、快速预测单细胞癌症耐药性的框架，以解决临床需求	单细胞RNA测序数据	machine learning	cancer	single-cell RNA sequencing, transfer learning, knowledge distillation	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist	RNA sequencing data	多样化的数据集（具体数量未提及）
202	2025-06-13	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下的适应性机制	揭示了根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是通过ABA信号通路调控细胞壁重塑和屏障形成	研究仅针对水稻，未验证其他植物物种的适应性机制	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件和环境胁迫	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
203	2025-06-13	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了一种新的计算工具ConnectionMiner，用于解码神经元连接并识别与突触连接强度相关的基因表达特征	开发了ConnectionMiner工具，结合scRNAseq和电子显微镜连接组数据，概率性地优化细胞类型注释并识别与突触连接相关的基因表达组合	研究仅针对果蝇腿部运动系统，可能不适用于其他生物或神经系统	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元及其前运动神经元	neuroscience	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞RNA测序数据集
204	2025-06-13	Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis 2025-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.14876 PMID:40496475	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境	揭示了转移性甲状腺乳头状癌中免疫细胞群体的显著异质性，特别是M2巨噬细胞、DC2s和Tregs的存在与癌症进展和转移的关联	NA	探究甲状腺乳头状癌转移过程中的免疫微环境变化	转移性甲状腺乳头状癌及其相邻正常组织，以及无转移的甲状腺乳头状癌肿瘤	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
205	2025-06-13	Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility 2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences IF:0.7Q4 PMID:40501243	研究论文	本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路，探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制并识别潜在药物靶点	首次在子宫内膜异位症组织中发现了PI3K/Akt和NF-κB通路的增强表达，并通过体外和动物模型验证了这些通路抑制剂对子宫内膜细胞生长和生育能力的影响	研究样本量相对有限（300例患者），且未涉及长期随访数据	阐明子宫内膜异位症相关不孕的机制并开发靶向治疗方法	子宫内膜异位症患者（轻度、重度）和对照组	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序、细胞培养、动物模型	NA	临床数据、分子生物学数据	300例患者（分轻度、重度和对照组）
206	2025-06-13	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	综述	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境(TME)研究中的最新进展	总结了单细胞多组学技术特别是单细胞转录组测序在揭示ESCC肿瘤微环境异质性和细胞互作方面的创新应用	作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究方法的具体限制	阐明ESCC肿瘤微环境的细胞组成和分子特征以改善诊断和治疗策略	食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	食管癌	单细胞测序，单细胞转录组测序	NA	单细胞组学数据	NA
207	2025-06-13	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	研究论文	本研究探讨了急性移植物抗宿主病（aGVHD）中组织特异性T细胞免疫反应的机制	揭示了肺和肝脏中T细胞转录程序的差异及其与克隆扩增的关系，表明其独立于抗原特异性	研究基于非人灵长类动物模型，可能不完全适用于人类	探究组织微环境信号在alloimmune介导的克隆扩增期间对T细胞转录编程的作用	急性移植物抗宿主病（aGVHD）中的T细胞	免疫学	移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	非人灵长类动物模型
208	2025-06-13	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究通过多组学方法探索了铁死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分类及其风险模型的预后评估价值	建立了一个基于五个铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2、FMOD）的风险模型，用于预测胶质母细胞瘤的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索铁死亡分类及其风险模型在胶质母细胞瘤中的预后评估价值	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
209	2025-06-13	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了琥珀酸在卵巢癌中的作用机制及其潜在治疗靶点	首次结合生物信息学和单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的治疗靶点及免疫微环境特征	样本量未明确说明，且未进行体内外实验验证关键枢纽基因的功能	探究琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点及作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
210	2025-06-13	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	research paper	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，以提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用Human Protein Atlas单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而优化基因集集合	该方法依赖于Human Protein Atlas的数据，可能受限于该数据库的覆盖范围和准确性	优化单细胞转录组数据的基因集测试方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
211	2025-06-13	Multi-omics analysis and single-cell sequencing revealed the lysosome associated molecular subtypes and prognostic model development of papillary thyroid carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325486 PMID:40493560	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）中溶酶体相关的分子亚型，并开发了预后模型	开发了一个基于溶酶体相关基因（LAGs）的评分系统用于风险分层，并通过单细胞测序验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究溶酶体在PTC中的基因组和生物学特征，并开发预后模型	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	数字病理学	甲状腺癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、qRT-PCR、集落形成实验、Transwell实验	LAG评分系统	基因组数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的PTC样本
212	2025-06-13	Malignant epithelial cell marker-driven risk signature enables precise stratification in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610991 PMID:40496864	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了食管癌的细胞图谱，并基于恶性上皮细胞的标记基因开发了一个多基因风险评分模型，用于预测预后、免疫状态和潜在药物反应	首次在单细胞水平上系统表征了食管癌上皮细胞的异质性，并基于恶性上皮细胞标记基因开发了一个具有预测预后、免疫状态和药物反应能力的六基因风险模型	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	开发一个能够精确分层食管癌患者预后和指导个性化治疗的风险模型	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者组织和细胞系	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, inferCNV分析, SCENIC, Monocle, qRT-PCR	多基因风险评分模型	RNA测序数据	TCGA和GEO(GSE53624)队列数据，以及ESCC组织样本和细胞系
213	2025-06-13	Deciphering mitochondrial dysfunction in keratoconus: Insights into ACSL4 from machine learning-based bulk and single-cell transcriptome analyses and experimental validation 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.013 PMID:40496889	研究论文	通过基于机器学习的批量转录组和单细胞转录组分析及实验验证，探讨了圆锥角膜中线粒体功能障碍的作用，特别是ACSL4基因的关键角色	首次将ACSL4基因鉴定为圆锥角膜的潜在生物标志物，并揭示了其在基质刚度变化下的表达模式	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内实验中验证ACSL4的功能	探讨圆锥角膜中线粒体功能障碍的分子机制	圆锥角膜患者及体外培养的人基质角膜细胞	数字病理学	圆锥角膜	转录组分析、定量PCR、Western blot、单细胞测序	多种机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	104个线粒体相关差异表达基因，体外培养的人基质角膜细胞
214	2025-06-13	[ELUCIDATION OF PATHOGENESIS IN HUMAN INFLAMMATORY SKIN DISEASES USING SINGLE-CELL RNA-SEQ ANALYSIS] 2025, Arerugi = [Allergy] DOI:10.15036/arerugi.74.107 PMID:40500185	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
215	2025-06-13	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据高质量地转换为人类同源基因数据	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码，即可实现非人类转录组的人类同源基因转换	未明确提及具体限制	促进药理学转录组数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源基因转换	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤、脊髓损伤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
216	2025-06-13	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，揭示了显著的遗传变异性并发现了潜在必需基因候选	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并采用跨物种机器学习方法预测了必需单拷贝基因	研究仅针对Haecon-5株，与其他菌株的比较仍需进一步验证	为宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学研究提供基因组资源	Haemonchus contortus寄生虫的Haecon-5株	基因组学	寄生虫感染	比较基因组分析、机器学习、单细胞RNA-seq	跨物种机器学习模型	基因组序列、转录组数据	1个Haecon-5株基因组（约280 Mb）和19,234个蛋白质编码基因模型
217	2025-06-13	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	research paper	本文探讨了癌症组织中基质组蛋白的多样化模式及其在肿瘤微环境中的作用	利用多种组学方法（包括表观组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）及新技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）研究癌症基质组	癌症基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明	揭示癌症基质组在肿瘤微环境中的调控作用及其临床意义	癌症组织中的基质组蛋白	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表观组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	NA	组学数据	NA
218	2025-06-13	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究人类胚胎发生过程中，血源性内皮细胞（HE）在不同缺氧条件下对造血过程的影响及其对氧化应激的响应	揭示了不同HE来源的血细胞谱系在缺氧条件下的转录变化及氧化应激反应的差异，特别是红细胞对氧化应激的易感性和CD45细胞的抗性机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨缺氧和氧化应激如何影响血源性内皮细胞衍生的造血谱系	人类胚胎中的血源性内皮细胞及其衍生的血细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
219	2025-06-13	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特性在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组相关	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究抗体在结核分枝杆菌限制中的机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
220	2025-06-13	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	该研究揭示了Dhx36解旋酶在小鼠心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过解析启动子G-四链体结构调控关键心脏基因网络，影响心肌细胞分化和传导系统形态发生	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	小鼠胚胎和新生心脏	心血管发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	基因组数据，表观基因组数据	未明确说明数量的基因敲除小鼠样本