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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-01-10 |
IL-21 enhances the cytotoxicity of intratumoral CD8+ T cells improving radiation efficacy
2026-Jan-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.190531
PMID:41505202
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-21(IL-21)与放疗联合应用在增强肿瘤微环境中CD8+ T细胞细胞毒性、改善放疗疗效方面的作用 | 首次系统性地揭示了IL-21与放疗之间的协同作用,通过单细胞转录组测序阐明了其增强CD8+ T细胞效应功能和防止耗竭的分子机制,并在人源化小鼠模型和患者样本中进行了验证 | 研究主要基于临床前模型(小鼠模型和人源化小鼠),尚未在大型临床试验中得到验证;食管癌患者样本分析为回顾性,样本量有限 | 探索IL-21作为放疗佐剂,通过调节肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫反应,从而提高放疗疗效 | 小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型(A549肿瘤)、食管癌患者术后样本 | 肿瘤免疫学 | 癌症(食管癌、肺癌模型) | 单细胞转录组测序、组织微阵列分析、数据库挖掘 | NA | 转录组数据、组织样本数据、临床数据 | 小鼠模型、人源化小鼠模型及食管癌患者术后样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2026-01-10 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学绘制了骨组织的体感传入神经环路,并识别出骨折愈合所需的神经营养信号 | 首次系统性地描绘了骨组织神经支配的神经解剖学环路,并发现FGF9是骨折修复的关键调节因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 阐明介导骨骼伤害感受和再生的神经解剖学环路,并识别促进骨折愈合的关键神经营养信号 | 小鼠骨组织及其支配的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠背根神经节神经元(骨折前后) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2026-01-10 |
IDH-mutant gliomas arise from glial progenitor cells harboring the initial driver mutation
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adt0559
PMID:41505555
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研究论文 | 本研究通过深度测序和空间转录组学分析,确定了IDH突变胶质瘤起源于携带初始驱动突变的胶质祖细胞 | 首次结合细胞类型特异性突变分析、克隆进化方向、患者大脑空间转录组学和癌症小鼠模型,明确了IDH突变胶质瘤的起源细胞 | 样本量相对有限(70名患者),且仅针对IDH突变胶质瘤,可能不适用于其他类型脑肿瘤 | 探究IDH突变胶质瘤的起源细胞,以理解肿瘤进化并开发新治疗方法 | IDH突变胶质瘤患者(70名)的肿瘤组织、瘤周皮质、脑室下区和血液样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 深度测序, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 70名患者的142个组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 244 | 2026-01-10 |
CD73 blockade enhances antitumor efficacy of oHSV in solid tumors by increasing macrophage-mediated antigen presentation
2026-Jan-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013640
PMID:41506791
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研究论文 | 本研究探讨了CD73阻断如何通过增强巨噬细胞介导的抗原呈递来提高溶瘤疱疹病毒在实体瘤中的抗肿瘤疗效 | 揭示了免疫抑制性胞外腺苷信号是溶瘤病毒疗法的主要障碍,并证明CD73阻断可防止肿瘤免疫逃逸,支持了溶瘤病毒与CD73阻断联合策略的临床开发 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本的转录组分析,尚未在大型临床试验中验证联合疗法的安全性和长期疗效 | 研究免疫抑制性胞外腺苷信号在调节溶瘤疱疹病毒抗肿瘤免疫疗效中的作用 | 实体瘤模型(包括颅内肿瘤模型)、CD73基因敲除小鼠、患者肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术免疫表型分析、免疫荧光成像、转录组分析 | CD73基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像 | 患者肿瘤样本(治疗前与治疗后)、CD73敲除小鼠与野生型小鼠的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2026-01-10 |
Representation learning of single-cell RNA-seq data
2026-Jan-08, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080889.125
PMID:41506911
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据的表示学习方法,包括因子模型、自编码器、对比学习和基于Transformer的基础模型 | 提出了一个连贯的分类法,阐明了这些方法的概念基础、共同假设和关键区别,并讨论了现有基准和未来挑战 | NA | 综述单细胞RNA测序数据的表示学习方法,提供分类框架并讨论未来挑战 | 单细胞RNA测序数据及其表示学习方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子模型, 自编码器, 对比学习, Transformer | 基因表达数据 | 超过1亿个测序细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2026-01-10 |
Disruption of bile acid homeostasis potentiates Paneth cell ablation by activating the intestinal Farnesoid X receptor in necrotizing enterocolitis
2026-Jan-08, NPJ biofilms and microbiomes
IF:7.8Q1
DOI:10.1038/s41522-025-00904-6
PMID:41507219
|
研究论文 | 本研究揭示了胆汁酸稳态破坏通过激活肠道法尼醇X受体导致潘氏细胞丢失,从而在坏死性小肠结肠炎发病机制中的作用 | 首次阐明胆汁酸积累通过FXR抑制Wnt/PCP信号通路,调控肠道干细胞向潘氏细胞分化,并发现通过下调FGFR4可改善肠道菌群和丁酸盐浓度,从而恢复潘氏细胞数量 | 研究主要基于动物模型和单细胞测序数据,临床转化和人体验证尚需进一步探索 | 探究胆汁酸稳态在坏死性小肠结肠炎发病机制中的作用 | 坏死性小肠结肠炎中的潘氏细胞、肠道干细胞及胆汁酸代谢通路 | 单细胞组学 | 坏死性小肠结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2026-01-10 |
The differentiation and function of heterogeneous thymic dendritic cell subsets require signals provided by distinct thymocyte cell types
2026-Jan-08, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02371-9
PMID:41507389
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和功能实验,鉴定了胸腺中七种常规树突状细胞亚群,并揭示了不同胸腺细胞亚型(CD4SP和CD8SP)在支持这些亚群稳态、激活和功能中的特异性作用 | 首次系统鉴定胸腺中七种cDC亚群,并阐明CD4SP和CD8SP胸腺细胞通过不同信号通路(如CD40信号和干扰素信号)特异性调控cDC1与cDC2/pDC的稳态与激活 | 研究主要基于小鼠模型,人类胸腺DC亚群的功能异质性及调控机制仍需进一步验证 | 探究胸腺树突状细胞亚群的异质性、稳态维持机制及其在中央耐受建立中的功能 | 小鼠胸腺中的常规树突状细胞亚群(cDC1、cDC2、pDC)及不同发育阶段的胸腺细胞(CD4SP、CD8SP) | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 248 | 2026-01-10 |
VISTA uncovers missing gene expression and spatial-induced information for spatial transcriptomic data analysis
2026-Jan-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09479-6
PMID:41507434
|
研究论文 | 本文提出VISTA模型,通过整合scRNA-seq和SST数据,预测空间转录组数据中未测量的基因表达,以增强空间转录组数据的分析能力 | VISTA模型结合变分推断和几何深度学习,并引入不确定性量化,首次实现了在空间转录组数据中准确预测未测量基因表达,支持多种下游分析 | 模型依赖于scRNA-seq和SST数据的整合质量,可能受数据噪声和批次效应影响,且未明确说明在更复杂组织或疾病模型中的泛化能力 | 开发一种模型以弥补空间转录组数据基因覆盖不足的问题,提升空间转录组数据的分子覆盖度和空间分辨率 | 空间转录组数据(SST)和单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq) | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq(scRNA-seq),空间转录组学(SST) | 变分推断,几何深度学习 | 基因表达数据,空间数据 | 四个数据集(具体样本数未提供) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 249 | 2026-01-10 |
scXDR: drug response prediction across single-cell datasets via heterogeneous network transfer learning
2026-Jan-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09418-5
PMID:41507436
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为scXDR的异质网络迁移学习模型,用于跨单细胞数据集的药物反应预测 | 通过异质网络整合药物、基因和细胞的特征与关联,执行消息传递、特征与结构对齐、结构重建和药物-细胞评分预测,避免了传统方法依赖批量RNA测序数据与单细胞数据整合的假设限制 | 未明确说明模型在处理高度异质性或噪声数据时的鲁棒性,以及在实际临床应用中的验证范围 | 提高单细胞水平药物反应预测的准确性,为药物开发和精准治疗提供指导 | 药物、基因、细胞(包括单细胞数据集) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 异质网络迁移学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2026-01-10 |
Revealing high-resolution spatial metagenes from spatial transcriptomics
2026-Jan-08, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01848-x
PMID:41507531
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2026-01-10 |
Mapping the secondary response to traumatic brain injury using spatial transcriptomics shows acute 4-aminopyridine treatment mitigates axonal and molecular pathology
2026-Jan-08, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02219-1
PMID:41508250
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探究了急性4-氨基吡啶治疗对创伤性脑损伤后轴突和分子病理的影响 | 结合临床导向的神经病理学和全基因组空间转录组学,全面分析创伤性脑损伤的继发性损伤过程,并评估4-氨基吡啶作为急性治疗药物的潜力 | 研究仅在小鼠模型中进行,未涉及人类临床试验,且高剂量4-氨基吡啶可能诱发癫痫行为 | 评估4-氨基吡啶作为急性创伤性脑损伤治疗药物,以减轻轴突损伤和促进活动依赖性修复 | 成年雄性和雌性小鼠的创伤性脑损伤模型,重点关注胼胝体轴突 | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学,免疫标记 | NA | 空间转录组数据,免疫标记图像 | 成年雄性和雌性小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 252 | 2026-01-10 |
Uncovering the potential of pathomics: prognostic prediction and mechanistic investigation of pancreatic cancer
2026-Jan-08, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70011
PMID:41508286
|
研究论文 | 本研究探讨了基于机器学习的病理组学模型在预测胰腺癌患者术后总生存期方面的价值及其生物学意义 | 结合肿瘤和瘤周区域的病理组学参数提供互补的预后信息,并首次将LASSO机器学习方法与临床参数结合构建综合列线图,同时利用空间分析和单细胞测序揭示病理组学评分与免疫细胞浸润的关联 | 回顾性研究设计,样本量相对较小(173例患者),且仅来自两个中心,可能存在选择偏倚 | 预测胰腺导管腺癌患者的术后总生存期并探究其生物学机制 | 胰腺导管腺癌患者 | 数字病理 | 胰腺癌 | 病理组学分析,机器学习,多重免疫荧光,空间分析,单细胞测序 | LASSO,以及其他四种机器学习方法 | 病理图像,临床数据,基因表达数据 | 173例胰腺导管腺癌患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 253 | 2026-01-10 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell transcriptomic datasets
2026-Jan-08, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2026.100564
PMID:41508611
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研究论文 | 本文提出一个评估从单细胞转录组数据推断遗传祖先方法的框架,并应用于人类细胞图谱数据集 | 开发了一个专门针对单细胞转录组数据的遗传祖先推断评估框架,验证了现有工具在数据稀疏和变异检测不完美情况下的准确性 | 仅评估了有限数量的工具和数据集,可能未涵盖所有单细胞平台或祖先群体 | 评估和改进从单细胞转录组数据推断遗传祖先的方法,以促进数据分析和人类遗传多样性研究 | 单细胞转录组数据集中的遗传多态性 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE等遗传祖先推断工具 | 单细胞转录组测序数据 | 来自十个人类细胞图谱数据集的401名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2026-01-10 |
Single-cell RNA sequencing reveals the therapeutic mechanism of Calvatia lilacina in promoting wound healing of anal fistula
2026-Jan-07, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-025-01293-w
PMID:41495793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了紫色秃马勃孢子促进肛瘘伤口愈合的治疗机制 | 首次从单细胞水平解析了紫色秃马勃孢子通过调节巨噬细胞与成纤维细胞相互作用促进肛瘘伤口愈合的分子机制 | 样本量较小(仅20例患者),且为单中心研究,需要更大规模的多中心验证 | 探究紫色秃马勃孢子促进肛瘘伤口愈合的疗效和机制 | 肛瘘术后患者的肉芽组织样本及小鼠皮肤成纤维细胞 | 数字病理学 | 肛瘘 | 单细胞RNA测序, ELISA, 免疫组化, Western blot, 免疫荧光, 流式细胞术, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 细胞图像数据 | 20例肛瘘手术患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2026-01-10 |
Replication stress-inducing ELF3 upregulation promotes BRCA1-deficient breast tumorigenesis in luminal progenitors
2026-Jan-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89573
PMID:41498327
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研究论文 | 本研究揭示了复制应激在BRCA1缺陷型乳腺肿瘤发生中的作用,并阐明了ELF3在促进管腔祖细胞转化中的关键机制 | 首次通过单细胞测序和RNA-seq技术,揭示了复制应激作为BRCA1缺陷型乳腺肿瘤发生的驱动因素,并发现ELF3在这一过程中的核心调控作用 | 研究主要基于人类突变乳腺癌样本和BRCA1缺陷的正常乳腺细胞,可能未完全涵盖所有肿瘤亚型或体内微环境的影响 | 探究BRCA1缺陷型乳腺癌在管腔祖细胞中易转化的原因 | 人类BRCA1突变乳腺癌样本和BRCA1缺陷的正常乳腺细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2026-01-10 |
Integrative multi-omics and radiogenomic profiling decodes NNK-related tumor remodeling and prognostic stratification in pancreatic cancer
2026-Jan-07, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004732
PMID:41504500
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和放射基因组学分析,揭示了烟草特异性致癌物NNK与胰腺癌进展的关系,并开发了一个基于CT的放射组学模型,用于无创解码NNK相关的分子改变 | 首次将NNK暴露与胰腺癌的分子改变和影像表型联系起来,开发了基于ITGA3的放射组学模型,实现了术前风险分层 | 研究依赖于回顾性数据,需要前瞻性验证;放射组学模型的泛化能力有待进一步评估 | 阐明NNK如何促进胰腺癌进展,并开发无创的放射组学模型进行预后分层 | 胰腺癌患者 | 放射组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,放射组学特征提取 | 多算法机器学习框架,Cox比例风险模型 | CT图像,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个队列的胰腺癌患者,包括TCIA和独立手术队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2026-01-10 |
Digital twins for in vivo metabolic flux estimations in patients with brain cancer
2026-Jan-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.10.022
PMID:41330373
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研究论文 | 本文开发了两种基于机器学习的框架,用于在脑癌患者体内进行代谢通量估计 | 开发了数字孪生框架和单细胞代谢通量分析框架,首次实现了在人类患者体内进行代谢通量估计,克服了组织采样、肿瘤微环境异质性和非稳态条件等挑战 | 未明确说明样本量大小或具体验证方法 | 开发能够在人类患者体内进行代谢通量估计的新方法 | 脑癌患者和脑癌小鼠模型 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序,C-同位素示踪 | 卷积神经网络 | bulk样本数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2026-01-10 |
Sirt6 deficiency in mast cells promotes adipose fibroinflammation in obesity through galectin-3 signaling
2026-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66040-z
PMID:41495031
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研究论文 | 本研究揭示了肥大细胞中Sirt6缺失通过galectin-3信号通路加剧肥胖相关的脂肪组织纤维化和炎症 | 首次发现肥大细胞中Sirt6通过表观遗传调控galectin-3表达,影响巨噬细胞极化和脂肪组织纤维化,并鉴定出新的纤维炎症性肥大细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未探讨Sirt6在其他免疫细胞中的作用 | 阐明肥胖条件下肥大细胞功能失调导致脂肪组织纤维炎症的分子机制 | 肥大细胞、脂肪组织、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用KitW-sh/W-sh肥大细胞缺陷小鼠和Sirt6敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2026-01-10 |
Duhuo Jisheng Decoction Alleviates Knee Osteoarthritis via Synovial Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Mediating the microRNA-194-5p/Wnt Signaling Pathway
2026-Jan-06, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.121140
PMID:41506303
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研究论文 | 本研究探讨了独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导microRNA-194-5p/Wnt信号通路,从而缓解膝骨关节炎的机制 | 首次探索了独活寄生汤对滑膜间充质干细胞及其外泌体的影响,并揭示了其通过外泌体miR-194-5p调控Wnt信号通路促进软骨修复的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,未来需要进一步的机制探索、转化研究以及确保复方中药成分的一致性以推进临床应用 | 探究独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导miR-194-5p/Wnt信号通路治疗膝骨关节炎的疗效与机制 | 膝骨关节炎大鼠模型、原代滑膜间充质干细胞、H2O2诱导的软骨细胞 | NA | 膝骨关节炎 | LC-MS, RNA测序, 定量PCR, 单细胞RNA测序, 透射电镜, 纳米颗粒追踪分析, Western blot, 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2026-01-10 |
Machine Learning Reveals Sex-Biased Platelet-Associated Molecular Signatures in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan-06, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107136
PMID:41506349
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法揭示了系统性红斑狼疮中性别偏倚的血小板相关分子特征 | 首次利用机器学习算法结合多组学数据,识别出系统性红斑狼疮中性别特异性的血小板分子标志物GP6及其与PTCRA的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据,样本量有限,且未进行实验验证 | 探究系统性红斑狼疮中性别差异的分子机制 | 系统性红斑狼疮患者和正常对照的血小板转录组数据 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 转录组测序, 单细胞RNA-seq, 差异基因表达分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 338名个体(163名SLE患者和175名正常对照) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |