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当前共找到 35174 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-01-10 |
Single-cell analysis identifies BASP1 as a driver of drug resistance and cell plasticity in oral squamous cell carcinoma
2026-Jan-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.111126
PMID:41506484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了BASP1基因在口腔鳞状细胞癌（OSCC）顺铂耐药和细胞可塑性中的关键驱动作用 | 首次在单细胞水平上识别出OSCC顺铂耐药过程中的两个过渡细胞群，并发现BASP1不仅是主要耐药簇中的上调基因，也在过渡簇中高表达，阐明了BASP1通过调控LIN7A表达和抑制microRNA hsa-mir-501-3p来诱导β-catenin介导的上皮间质转化（EMT）的分子机制 | 研究主要基于体外细胞系模型，缺乏体内实验和临床样本的进一步验证；耐药机制的探索可能尚未涵盖所有相关通路 | 探究口腔鳞状细胞癌（OSCC）中罕见细胞群在化疗耐药中的作用，并识别关键调控因子 | 具有敏感、早期耐药和晚期顺铂耐药表型的人类OSCC细胞系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种耐药表型的OSCC细胞系（未明确具体细胞系数量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 262 | 2026-01-10 |
Integrating single cell- and spatial- resolved transcriptomics unravels the inter-tumor heterogeneity and immunosuppressive landscape in HBV- and Clonorchis sinensis-associated hepatocellular carcinoma
2026-Jan-05, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02381-z
PMID:41491521
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了HBV和华支睾吸虫相关肝细胞癌的肿瘤间异质性和免疫抑制微环境 | 首次同时利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了HBV、华支睾吸虫及双重感染背景下肝细胞癌的肿瘤微环境异质性 | 研究样本量相对有限，且部分分析依赖于公开数据集，可能影响结果的普适性 | 探究不同感染背景（HBV和华支睾吸虫）下肝细胞癌的肿瘤间异质性及免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者肿瘤及癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 免疫组化, 体外实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 269例原发性肝细胞癌患者，包括肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 263 | 2026-01-07 |
Correction: An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2026-Jan-05, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04098-x
PMID:41491807
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2026-01-10 |
SCALE: unsupervised multiscale domain identification in spatial omics data
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1456
PMID:41495880
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCALE的无监督算法，用于在空间转录组学数据中识别多尺度功能域 | SCALE结合了基于深度学习的图表示学习和基于熵的搜索算法，首次系统性地解决了空间转录组学中多尺度功能域层次结构的识别问题 | 论文未明确讨论算法在极高空间分辨率或极低信噪比数据中的性能限制 | 开发一种计算方法来识别空间转录组学数据中的多尺度功能域层次结构 | 小鼠大脑（使用Xenium和MERFISH平台）和患者来源的肾脏组织的空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习图表示学习 | 空间转录组学数据 | 模拟数据以及小鼠大脑和患者肾脏组织的实际数据 | 10x Genomics, Vizgen | 空间转录组学 | Xenium, MERFISH | 10x Xenium空间转录组平台和MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）技术 |
| 265 | 2026-01-10 |
scSuperAnnotator: a platform for benchmarking comparison and visualizing automated cellular annotation methods for scRNA-seq data
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1470
PMID:41495899
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研究论文 | 介绍了一个名为scSuperAnnotator的在线平台，用于整合和比较单细胞RNA-seq数据中的细胞类型注释方法 | 首个整合多种细胞类型识别方法（包括基于标记基因和基于参考的方法）的在线平台，提供用户友好界面和一站式注释分析功能 | NA | 开发一个综合平台，以促进单细胞RNA-seq数据中细胞类型的自动识别和比较 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型注释方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2026-01-10 |
Natural progression of glioma enhances functional connection with the cerebral cortex through synaptogenesis
2026-Jan-04, NeuroImage. Clinical
DOI:10.1016/j.nicl.2026.103942
PMID:41506055
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研究论文 | 本研究通过结合多灶性胶质瘤患者的fMRI分析和胶质瘤小鼠纵向scRNA-seq数据，揭示了胶质瘤自然进展中与大脑皮层功能连接增强的宏观表现及其背后的突触发生分子机制 | 首次通过多模态跨尺度方法（临床fMRI与小鼠scRNA-seq结合）系统揭示胶质瘤自然进展中功能连接增强的宏观特征及其微观分子基础 | 样本量有限（仅24例多灶性胶质瘤患者），且依赖小鼠模型数据外推至人类疾病机制 | 探究胶质瘤的自然进展机制及其与大脑功能网络的相互作用 | 多灶性胶质瘤患者（人类）和胶质瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 功能磁共振成像（fMRI），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 影像数据，单细胞转录组数据 | 24例多灶性胶质瘤患者，胶质瘤小鼠的早期、中期和终末期病变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 267 | 2026-01-10 |
Integration of in situ hybridization and scRNA-seq data provides a 2D topographical map of the developing retina across species
2026-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.04.697548
PMID:41509457
|
研究论文 | 本研究结合原位杂交和单细胞转录组数据，构建了发育中视网膜的二维拓扑图，揭示了跨物种的基因表达空间模式 | 通过整合原位杂交与单细胞RNA测序数据，实现了发育视网膜的定量二维空间重建，并识别出高敏锐度区域的新候选基因 | 研究主要聚焦于鸡、小鼠和人类视网膜，可能未涵盖所有脊椎动物物种的空间模式多样性 | 探究脊椎动物视网膜发育过程中的空间分子组织逻辑，特别是高敏锐度区域的形成机制 | 鸡、小鼠和人类的发育中视网膜组织 | 数字病理学 | NA | 原位杂交，单细胞RNA测序 | NA | 图像，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-01-10 |
Benchmarking algorithms for RNA velocity inference
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.03.697314
PMID:41509202
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研究论文 | 本研究对29种RNA速度推断算法进行了系统性基准测试，评估了它们在模拟和真实单细胞RNA测序数据上的性能 | 首次对29种RNA速度算法进行大规模系统性基准测试，提出了包含准确性、可扩展性、稳定性和可用性四个维度的统一评估框架，并扩展到空间和多组学层面 | 评估主要基于现有数据集，缺乏真正多模态和空间显式的速度模型，对基于spot技术的支持有限 | 评估和比较不同RNA速度推断算法的性能，为方法选择提供指导 | RNA速度推断算法 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 114个模拟数据集和62个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 269 | 2026-01-10 |
Spatial transcriptomics reveals expression gradients in developing wheat inflorescences at cellular resolution
2026-Jan-02, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf282
PMID:41388990
|
研究论文 | 本研究通过优化空间转录组技术，在细胞分辨率水平揭示了小麦花序发育过程中沿顶端-基部轴的基因表达梯度模式 | 首次将MERFISH空间转录组技术优化应用于小麦花序组织，实现了200个基因在4个发育阶段、5万个细胞中的精确定位，揭示了花序发育的时空组织模式 | 仅分析了200个基因的表达模式，未覆盖全转录组；技术优化主要针对小麦花序组织，在其他植物组织的适用性有待验证 | 解析小麦花序发育过程中基因表达的时空模式 | 小麦（Triticum aestivum）花序组织 | 空间转录组学 | NA | Multiplexed Error Robust Fluorescence In Situ Hybridization (MERFISH) | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 4个发育阶段的小麦花序组织，约50,000个细胞 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 优化的MERFISH技术用于小麦花序组织 |
| 270 | 2026-01-10 |
Research progress on immunotherapeutics for triple-negative breast cancer from a single-cell perspective
2026-Jan-02, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105111
PMID:41485631
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综述 | 本文从单细胞视角综述了三阴性乳腺癌免疫治疗的研究进展，总结了新的治疗靶点和优化的药物组合，并讨论了肿瘤微环境如何影响免疫治疗耐药性 | 整合了最新的单细胞多组学技术和药理学进展，从单细胞视角系统阐述三阴性乳腺癌免疫治疗，提出单细胞指导的免疫治疗是一种创新的临床转化方法 | NA | 总结三阴性乳腺癌免疫治疗的发展进展，并探讨肿瘤微环境对免疫治疗耐药性的影响 | 三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2026-01-10 |
Computational identification of necroptosis-related hub genes and therapeutic targets in dilated cardiomyopathy via integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing public cohorts
2026-Jan-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046959
PMID:41496071
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研究论文 | 本研究通过整合分析bulk和单细胞RNA测序公共队列，计算识别了扩张型心肌病中与坏死性凋亡相关的枢纽基因及潜在治疗靶点 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，系统识别了DCM中与坏死性凋亡相关的5个枢纽基因，并构建了诊断模型 | 研究完全依赖公共数据集，缺乏实验验证，且样本来源和数量可能受限 | 识别与扩张型心肌病相关的坏死性凋亡枢纽基因，并预测潜在治疗药物 | 扩张型心肌病患者的心脏组织样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, 随机森林 | 基因表达数据 | 来自公共数据库GSE128095和GSE184899的数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 272 | 2026-01-10 |
scVDM: A Diffusion Model Integrated With Conditional VAE for Generative Single-Cell Tasks
2026-Jan, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3585960
PMID:40608883
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研究论文 | 本文提出了一种名为scVDM的生成模型，结合条件变分自编码器和扩散模型，用于处理单细胞RNA-seq数据中的生成任务 | scVDM首次将条件变分自编码器与基于Transformer的条件去噪扩散模型集成，以学习单细胞数据中的复杂非线性关联，并应用于条件数据生成、批次效应校正和药物扰动预测等多种生成任务 | 未明确提及具体局限性，但可能涉及模型对高维数据的计算复杂度或泛化能力 | 开发一种生成模型，以解决单细胞RNA-seq数据中的噪声问题，并实现多种生成任务 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 扩散模型, 条件变分自编码器, Transformer | 转录组数据 | 基于五个真实世界数据集进行评估，具体样本数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2026-01-10 |
A unique microglia subset associated with aggressive α-synucleinopathy uncovered in a rapidly progressive multiple system atrophy cerebellar type model
2026-Jan, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107206
PMID:41325908
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研究论文 | 本研究开发了一种快速进展性多系统萎缩小脑型小鼠模型，并通过单细胞RNA测序发现了一种与侵袭性α-突触核蛋白病相关的独特小胶质细胞亚群 | 首次在MSA-C模型中鉴定出一种表达Tlr2、Tgm2、Msr1等基因的独特促炎性小胶质细胞亚群，该亚群位于p-α-syn聚集物附近，且不同于已知的保护性疾病相关小胶质细胞 | 研究基于小鼠模型，其在人类疾病中的完全相关性尚需进一步验证；样本量相对有限 | 探究多系统萎缩小脑型的病理机制，特别是小胶质细胞在疾病进展中的作用 | 转基因小鼠模型（Tet-Off系统，少突胶质细胞特异性过表达人A53T α-syn）以及6例人类MSA-C尸检病例 | 神经科学，单细胞组学 | 多系统萎缩，α-突触核蛋白病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，组织病理学图像 | 转基因小鼠模型（具体数量未明确说明），6例人类MSA-C尸检病例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2026-01-10 |
CausalGenDiff: Generative causal diffusion bridges scRNA-seq and spatial transcriptomics
2026-Jan, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104966
PMID:41354118
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研究论文 | 本文提出CausalGenDiff模型，通过整合扩散和自回归过程，利用基因间的因果依赖关系，有效桥接scRNA-seq和空间转录组学数据 | 首次将因果基因关系纳入scRNA-seq和ST数据整合，扩展Causal Attention Transformer处理高维基因表达数据，无需预定义关系即可捕获基因调控机制 | 未明确说明模型计算复杂度或对大规模数据集的扩展性，也未讨论对特定组织类型或实验条件的泛化能力 | 提高scRNA-seq和空间转录组学数据整合的性能，以更好地理解基因表达的空间背景 | 单细胞RNA测序和空间转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 扩散模型, 自回归模型, Transformer, VAE | 基因表达数据 | 10个组织数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录omics | NA | NA |
| 275 | 2026-01-10 |
MOH: A Novel Multilayer Multi-Omics Heterogeneous Graph for Single-Cell Clustering
2026-Jan, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3589464
PMID:41385419
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研究论文 | 本文提出了一种基于多层多组学异质图的新型单细胞聚类算法MOH，用于整合scRNA-seq、scATAC-seq和空间转录组学数据 | MOH通过构建多层异质图整合三种单细胞组学数据，同时捕获层内和层间关系，克服了传统方法仅整合两种组学数据且忽略细胞间相互作用的限制 | 未明确提及具体局限性，但传统方法在引入新组学数据时需要重新设计图结构，限制了可扩展性 | 开发一种能够整合多种单细胞组学数据的聚类算法，以更准确地识别细胞群体 | 单细胞多组学数据，包括scRNA-seq、scATAC-seq和空间转录组学 | 机器学习 | 癌症 | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学 | 多层异质图模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 276 | 2026-01-10 |
Interferon-stimulated gene GALNT2 restricts respiratory virus infections
2026-Jan, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02200-7
PMID:41387548
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序，发现干扰素刺激基因GALNT2通过O-连接糖基化限制多种冠状病毒和甲型流感病毒的复制，揭示了其抗病毒机制和遗传变异与COVID-19住院风险的相关性 | 首次将GALNT2鉴定为抗呼吸道病毒感染的干扰素刺激基因，并阐明其通过O-糖基化调控病毒糖蛋白加工和病毒-细胞融合的机制 | 研究主要基于体外和动物模型，人类遗传数据分析的样本规模和临床验证需进一步扩展 | 探索干扰素刺激基因在抗呼吸道病毒感染中的作用机制 | SARS-CoV-2、多种冠状病毒、甲型流感病毒以及COVID-19患者的样本 | 自然语言处理 | NA | 转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 野生型和IFNAR小鼠的肺组织、COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 277 | 2026-01-10 |
MMSpa is a deep learning-based tool that enhances the identification of spatial domains in spatial transcriptomics studies
2026-Jan, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003580
PMID:41490241
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研究论文 | 本文提出了一种名为MMSpa的深度学习工具，旨在提升空间转录组学研究中空间域的识别精度 | MMSpa采用掩码图注意力自编码器框架，结合边移除策略构建增强空间图，以解决跨域干扰并刻画更清晰的域边界，通过掩码基因表达重构学习稳定的潜在表征 | NA | 提升空间转录组学中空间域的识别准确性 | 空间转录组学数据中的空间域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 掩码图注意力自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2026-01-10 |
HBx hijacks the miR-19a-3p/BAMBI/TGF-β1 axis to impair the anti-tumour activity of CD4+ T cells in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70578
PMID:41492119
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研究论文 | 本研究揭示了乙型肝炎病毒X蛋白通过下调miR-19a-3p激活BAMBI/Wnt信号通路，从而增强TGF-β1分泌并抑制弥漫性大B细胞淋巴瘤中CD4⁺ T细胞的抗肿瘤活性 | 首次阐明了HBx通过miR-19a-3p/BAMBI/TGF-β1轴调控DLBCL肿瘤微环境中CD4⁺ T细胞功能耗竭的具体分子机制，并利用单细胞测序解析了TGFB1-TGFBR2配体-受体对在细胞间通讯中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证相对有限；针对miR-19a-3p或TGF-β的治疗策略尚未进行临床试验 | 探究乙型肝炎病毒感染影响弥漫性大B细胞淋巴瘤预后不良的免疫学机制 | HBV阳性弥漫性大B细胞淋巴瘤患者样本、DLBCL细胞系、CD4⁺ T细胞、小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、双荧光素酶报告实验、qRT-PCR、Western blot、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、流式细胞术、酶联免疫吸附试验、免疫组化 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量，但包含患者样本、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2026-01-10 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity of mucosaassociated invariant T cells in donor grafts and its diagnostic relevance in gastrointestinal graft-versus-host disease
2026-Jan-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.287114
PMID:40820727
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了供体移植物中黏膜相关恒定T细胞的异质性及其在胃肠道移植物抗宿主病中的诊断相关性 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析了G-CSF动员对MAIT细胞功能的影响，并识别了CXCR6-CXCL16轴在MAIT细胞向肠道组织迁移中的关键作用，开发了基于MAIT细胞特征预测肠道aGVHD的流式细胞术模型 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证规模有限，MAIT细胞功能机制仍需进一步在人体中验证 | 探究G-CSF动员对MAIT细胞功能的影响及其在预防肠道移植物抗宿主病中的作用机制 | 供体G-CSF动员的外周血干细胞移植物中的黏膜相关恒定T细胞 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | 预测模型 | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 未明确样本数量，涉及供体移植物和受体小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2026-01-10 |
ZNF282 Promotes Colorectal Cancer Progression Possibly via E2F1 Activation
2026-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70224
PMID:41125417
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析与实验验证，发现ZNF282基因通过可能激活E2F1促进结直肠癌进展 | 首次将ZNF282鉴定为结直肠癌进展的关键基因，并通过单细胞RNA测序与空间转录组学结合TCGA数据，揭示了其通过调控E2F1影响细胞周期的分子机制 | ZNF282调控E2F1的具体分子机制（如直接结合证据）仍需进一步实验验证 | 探究结直肠癌进展的新分子机制与潜在治疗靶点 | 结直肠癌细胞系、临床结直肠癌样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，CRISPR/Cas9基因敲除，TCGA数据分析 | NA | 基因表达数据，单细胞数据，空间转录组数据 | TCGA数据库及临床CRC数据集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |