单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞间通讯	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘了人类胎儿心脏在不同妊娠周数（GW8、GW10、GW11、GW17）的基因表达景观，并识别了11种主要细胞类型及其差异表达基因和信号通路	研究仅覆盖了妊娠8至17周的心脏发育阶段，未涵盖更早期或更晚期的发育过程	解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和基因调控机制	人类胎儿心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个时间点（GW8、GW10、GW11、GW17）的人类胎儿心脏样本
182	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
183	2025-05-14	Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Apr-04, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌肿瘤微环境的分子机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包含60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性及其分子机制	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	基因表达数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
184	2025-05-14	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术深入研究了哺乳动物心脏发育的复杂过程	揭示了心脏发育过程中的时空转录组景观，发现了新的心脏祖细胞群和腔室特异性发育特征	NA	探索心脏发育的基本机制及其相关复杂疾病	人类和小鼠心脏发育过程中的细胞群	基因组学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
185	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能失调特征	首次利用scRNA-seq技术对T2DM患者PBMCs进行转录组分析，揭示了免疫细胞的异常功能和潜在分子机制	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索T2DM患者外周血免疫细胞的功能异常及其分子机制	2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	digital pathology	diabetes mellitus	scRNA-seq, Ficoll密度梯度离心法	NA	RNA-seq数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
186	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051 PMID:40084238	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了银屑病关节炎（PsA）患者与健康对照之间以及不同PsA临床表型之间的基因表达差异	首次在单细胞水平上比较了伴有和不伴有皮肤银屑病的PsA患者的免疫细胞基因表达谱，揭示了先天和适应性免疫反应机制的差异	未发现PsA-only和PsA/PsC患者之间的差异表达基因，样本量相对有限（70例患者和10例对照）	探索PsA患者不同临床表型与免疫发病机制之间的关联	银屑病关节炎患者（70例）和健康对照（10例）的外周血单个核细胞	单细胞组学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），BD Rhapsody™单细胞分析系统	差异表达分析（DE），基因集富集分析（GSEA）	单细胞转录组数据	80例（70例PsA患者和10例健康对照）
187	2025-05-14	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文提出了一种用于空间注释单细胞测序的协议，旨在通过深度单细胞RNA测序和单细胞分辨率来剖析肿瘤内异质性	结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现对体外肿瘤模型中感兴趣区域的细胞进行标记和单细胞RNA测序	该协议目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在临床组织样本中广泛验证	开发一种空间注释单细胞测序技术，用于研究肿瘤内异质性	体外肿瘤模型中的细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNAseq), 活细胞成像, 光图案化照明	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	适用于多种细胞系，未来可扩展至组织切片
188	2025-05-14	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	提出一种计算工作流程，用于研究单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高度可变基因	开发了一种新的计算框架，用于分析跨多个时间点和细胞类型的单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	未提及具体的技术限制或数据局限性	研究单细胞RNA测序数据中高度可变基因的动态表达水平	登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型	生物信息学	登革热和COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集中的多个免疫细胞类型
189	2025-05-14	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离和剖析活肿瘤细胞的单细胞转录组学方案	开发了一种全面的方法，包括手术组织收集、培养、荧光细胞分选和群体富集的单细胞RNA测序，用于单细胞水平的脑肿瘤生物学研究	未提及具体样本量或实验验证的局限性	深入理解脑肿瘤生物学在单细胞水平上的特征	人源体外胶质母细胞瘤培养物中的活肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光细胞分选	NA	转录组数据	NA
190	2025-05-14	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录和cDNA扩增的酶、裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清理步骤	未提及具体的技术局限性	研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	哺乳动物植入前发育中的单细胞或数十至数百个细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	手选单细胞或数十至数百个细胞
191	2025-05-14	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	research paper	本文提出了一种用于小鼠足垫免疫细胞分离的优化方案，以支持单细胞RNA测序和流式细胞术	提供了一种维持高细胞存活率的小鼠足垫白细胞分离方案，并详细描述了从组织解离到数据分析的全过程	NA	开发一种优化的细胞分离方案，以支持单细胞水平上的分子图谱构建	小鼠足垫白细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
192	2025-05-14	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文提出了一种从人肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案	开发了一种通过Percoll密度梯度离心法从人肝母细胞瘤组织中分离单细胞的标准化流程	未明确说明该方案对不同亚型肝母细胞瘤样本的适用性差异	建立人肝母细胞瘤单细胞悬液制备标准流程	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	单细胞测序	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq), Percoll密度梯度离心	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（人肝母细胞瘤组织）
193	2025-05-14	Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464 PMID:37480562	research paper	介绍了一种从正常和肿瘤人类胰腺中分离单细胞的协议	提供了一种适用于单细胞组学分析的高质量样本制备协议	需要参考Peng et al. (2019)和Li et al. (2021)以获取完整执行细节	开发适用于单细胞组学分析的样本制备方法	人类正常和肿瘤胰腺细胞	单细胞组学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 10× Genomics平台	NA	单细胞组学数据	100-10,000个细胞，存活率至少80%-90%
194	2025-05-14	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.533888 PMID:37034624	research paper	介绍了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	exFINDER能够识别由外部系统发送的信号，并推断外部信号-靶标信号网络（exSigNet），进行定量分析	未提及具体局限性	开发一种计算工具，用于推断单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	单细胞转录组数据中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	不同物种的scRNA-seq数据集
195	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.523391 PMID:36747870	research paper	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	解决单细胞组学数据稀疏性带来的挑战，识别调控细胞状态的隐藏驱动因子	单细胞RNA-seq数据中的转录和信号驱动因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互信息（MI）框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
196	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1 PMID:36747874	研究论文	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	开发一种计算框架，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于互信息(MI)的框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量
197	2025-05-14	Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016 PMID:36400027	研究论文	该研究通过改进人类胚胎干细胞（hESC）分化为功能性中脑多巴胺能神经元的方法，揭示了中脑发育的关键因素	发现了层粘连蛋白-511、双重WNT激活、GSK3β抑制和FGF8b等新因子对中脑模式化的改善作用，以及肝X受体激活和成纤维细胞生长因子信号抑制对神经发生和分化的增强作用	未提及具体样本量，且研究结果尚未在临床中验证	探索人类中脑发育的关键因素并提高hESC分化为功能性mDA神经元的效率	人类胚胎干细胞（hESC）及其分化的中脑多巴胺能神经元	干细胞研究	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
198	2025-05-14	Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease 2022-11-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01136-5 PMID:36447241	综述	本文综述了单细胞转录组学在阿尔茨海默病研究中揭示的细胞类型特异性变化	整合了多项单细胞转录组学研究的主要发现，并将其置于阿尔茨海默病大规模组学研究的整体背景中	主要基于已有研究数据的整合分析，缺乏新的实验数据支持	探讨阿尔茨海默病中细胞类型组成和分子特征的改变	阿尔茨海默病患者与正常对照的死后人脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞/核RNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据	多项研究的人脑组织样本（具体数量未说明）
199	2025-05-13	CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354 PMID:40351118	研究论文	本研究评估了表达不同PD-1水平的CD8 T细胞在luminal乳腺癌患者不同组织中的功能状态和分布，并探讨了其预后相关性	首次在luminal乳腺癌患者中详细描述了CD8 T细胞在不同组织中的耗竭阶段分布，并发现PD-1表达能有效区分CD8 T细胞的耗竭阶段	研究仅针对luminal乳腺癌患者，结果可能不适用于其他乳腺癌亚型	探讨CD8 T细胞在乳腺癌肿瘤组织中的耗竭状态及其临床意义	luminal乳腺癌患者的肿瘤组织、瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	TCR-β测序、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及luminal乳腺癌患者的多组织样本
200	2025-05-13	COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Jul-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731 PMID:40254092	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了COL1A1阳性内皮细胞通过ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展的机制	首次建立了胃癌内皮细胞单细胞图谱，并发现COL1A1阳性内皮细胞亚群通过EndoMT过程促进肿瘤侵袭和转移	研究样本量相对较小（97例），且机制验证主要在细胞水平进行	探究内皮-间质转化（EndoMT）在胃癌进展中的具体作用和分子机制	胃癌患者样本中的内皮细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ssGSEA, Monocle2, CellChat, 多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	97例胃癌样本（来自6个scRNA-seq队列）