单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-14	Microbial metabolites control self-renewal and precancerous progression of human cervical stem cells 2025-Mar-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57323-6 PMID:40057497	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和宫颈类器官模型，揭示了人类宫颈干细胞的调控机制及其在宫颈健康和疾病中的作用	发现了乳酸菌衍生的乳酸通过PI3K-AKT通路和YAP1调控宫颈干细胞的自我更新和早期肿瘤发生，并区分了D-乳酸和L-乳酸的不同作用	研究主要关注宫颈干细胞的体外模型，体内验证可能不足	探索宫颈干细胞的调控机制及其在宫颈癌发生中的作用	人类和小鼠的宫颈干细胞	细胞生物学	宫颈癌	单细胞RNA测序，类器官培养	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类和小鼠的宫颈组织
302	2025-05-14	IL-19 as a promising theranostic target to reprogram the glioblastoma immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-08, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-025-01126-w PMID:40057744	研究论文	本文探讨了IL-19作为胶质母细胞瘤免疫抑制微环境的重要调控因子及其作为诊疗靶点的潜力	发现IL-19通过IL-19/WISP1信号通路促进TMZ耐药性GBM细胞的迁移和侵袭，并开发了新型CHOL-PEG-SPIO-IL-19纳米颗粒用于靶向诊疗	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索IL-19在胶质母细胞瘤免疫抑制微环境中的作用及其作为诊疗靶点的可行性	胶质母细胞瘤患者样本、TMZ敏感/耐药GBM细胞系、Il-19基因敲除小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞转录组分析、CRISPR基因编辑、纳米颗粒合成、MRI成像	动物模型（GBM小鼠模型）	基因组数据、转录组数据、影像数据	台湾GBM队列和TCGA数据库的临床样本、体外培养细胞系、动物模型
303	2025-05-14	Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling 2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03353-3 PMID:40065328	研究论文	通过空间转录组学分析乳腺癌原发灶和转移灶的转录特征，识别出一个基质转移特征	首次利用空间转录组学技术识别乳腺癌转移灶的基质特征，为理解转移机制提供了新视角	研究样本量有限，需要进一步验证	识别乳腺癌转移灶的分子特征，探索转移机制	乳腺癌原发灶和转移灶的转录特征	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	代表性微区域样本集和小鼠模型
304	2025-05-14	Extracellular vesicular delivery of ceramides from pulmonary macrophages to endothelial cells facilitates chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02125-y PMID:40055817	研究论文	本研究揭示了肺巨噬细胞通过细胞外囊泡将神经酰胺传递给内皮细胞，从而促进慢性阻塞性肺疾病(COPD)发展的新机制	首次发现神经酰胺作为细胞间信号分子，通过细胞外囊泡介导肺巨噬细胞与内皮细胞间的代谢通讯，在COPD发病中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步扩大	探究神经酰胺在COPD发病中作为细胞间信号分子的作用机制	肺巨噬细胞、内皮细胞、COPD患者和小鼠模型	呼吸系统疾病	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序、质谱脂质组学、透射电镜、纳米颗粒追踪分析	小鼠COPD模型	RNA测序数据、脂质组学数据、显微镜图像	人类肺组织样本、暴露于香烟烟雾的小鼠模型
305	2025-05-14	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi两个种族对疟疾的免疫反应差异，并发现了种族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他人群	探究非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	126名儿童（Fulani和Mossi种族），超过70,000个单细胞转录组
306	2025-05-14	Bacteroides fragilis Toxin Suppresses METTL3-Mediated m6A Modification in Macrophage to Promote Inflammatory Bowel Disease 2025-Mar-05, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae179 PMID:40065724	研究论文	本研究探讨了脆弱拟杆菌毒素（BFT）通过抑制METTL3介导的m6A修饰在巨噬细胞中促进炎症性肠病的机制	揭示了BFT通过抑制FOXD3表达减少METTL3转录，进而降低m6A修饰，并通过减少YTHDF2依赖的mRNA降解促进ITGA5表达的新机制	研究主要基于体外和动物模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	研究BFT与宿主相互作用对宿主mRNA m6A修饰的影响及其机制	炎症性肠病患者和硫酸葡聚糖钠诱导的结肠炎小鼠	分子生物学	炎症性肠病	单细胞测序	NA	基因表达数据	炎症性肠病患者和结肠炎小鼠模型
307	2025-05-14	HOXA1 Contributes to Bronchial Epithelial Cell Cycle Progression by Regulating p21/CDKN1A 2025-Mar-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052332 PMID:40076953	研究论文	本研究探讨了HOXA1基因在支气管上皮细胞周期进程中的作用及其通过调控p21/CDKN1A影响细胞增殖的机制	首次揭示了HOXA1基因通过调节p21/CDKN1A影响气道上皮细胞周期进程和增殖的新机制	研究仅使用体外细胞模型，未在体内模型或临床样本中进行验证	探究HOXA1基因在气道上皮细胞增殖和迁移中的作用	支气管上皮细胞	细胞生物学	慢性阻塞性肺病	CRISPR/CAS9基因编辑技术、单细胞RNA测序、流式细胞术	基因敲除细胞模型	基因表达数据	NA
308	2025-05-14	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	提出了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	整合了循环变分自编码器、GRANGER因果、稀疏性诱导惩罚和基于负二项式的损失函数，显著提升了处理数据稀疏性和噪声的能力	未明确提及具体局限性，但时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性仍是普遍挑战	开发更准确的时间序列scRNA-seq数据基因调控网络推断方法	小鼠全脑单细胞RNA测序数据中的五个转录调控因子（E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2）	生物信息学	NA	scRNA-seq	循环变分自编码器（recurrent variational autoencoder）	时间序列单细胞RNA测序数据	多个流行基准数据集和小鼠全脑scRNA-seq数据
309	2025-05-14	TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073 PMID:40065693	研究论文	提出了一种名为TrAGEDy的方法，用于对齐单细胞转录组测序中的独立轨迹，避免误差较大的整合步骤	TrAGEDy能够对齐不对称的生物过程轨迹，优于现有工具，并能捕捉更多生物学相关基因和过程	未明确提及具体局限性	开发一种新方法以改善单细胞转录组测序数据的轨迹对齐	单细胞转录组测序数据，特别是T细胞和Trypanosoma brucei血流形式的发育过程	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（具体数量未提及）
310	2025-05-14	AJGM: joint learning of heterogeneous gene networks with adaptive graphical model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf096 PMID:40073230	research paper	提出了一种自适应联合图形模型（AJGM），用于从具有未知异质性的单细胞或批量数据中估计多个基因网络	引入了整体网络来捕捉所有样本共享的关系，并通过自适应权重在亚型网络和整体网络之间建立连接，从而更有效地关注所有网络共享的基因关系	GGM假设数据服从多元高斯分布，而零膨胀的scRNA-seq数据往往不符合这一假设	推断基因网络以深入了解生物通路和基因间的功能关系	单细胞或批量基因表达数据	machine learning	triple-negative breast cancer	scRNA-seq	Adaptive Joint Graphical Model (AJGM)	gene expression data	NA
311	2025-05-14	NAD+ Promotes Superovulation of Huaxi Cattle Through Regulation of Cumulus Cell Proliferation and Oocyte Maturation 2025-Mar-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052276 PMID:40076893	研究论文	本研究探讨了NAD+对华西牛超排卵过程中卵丘细胞增殖和卵母细胞成熟的调控作用	首次发现NAD+通过调节脂质代谢途径和优化激素分泌水平提高超排卵效率	研究仅针对华西牛，未在其他牛种中验证	提高家畜繁殖效率和生产优质胚胎	华西牛的卵丘细胞和卵母细胞	动物繁殖学	NA	血清代谢组学和单细胞RNA测序	NA	代谢组数据和转录组数据	未明确说明样本数量
312	2025-05-14	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和eQTL分析，揭示了PZP在衰老和慢性肾病中的作用	首次发现CD8+ TCM细胞和PZP基因在衰老与慢性肾病共病机制中的关键作用，并验证了PZP作为生物标志物的潜力	样本来源仅限于外周血，未涉及肾脏组织；临床样本量相对有限	探索衰老与慢性肾病共病的遗传和免疫机制	年轻对照组、老年个体和慢性肾病患者的外周血样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据、基因组队列数据	包含UK Biobank和FinnGen基因组队列数据，具体临床样本量未明确说明
313	2025-05-14	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	research paper	该研究揭示了增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录的特性，挑战了传统认为增强子双向转录的观点	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统认为的双向转录	研究主要基于FANTOM5和其他转录组数据集，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探究增强子在单个细胞类型中的转录方向特性	增强子及其转录方向	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组测序、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
314	2025-05-14	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究揭示了HBx/DTL正反馈环在HBV相关肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用	首次发现DTL在HBV阳性HCC样本中过表达，并揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录的机制，以及DTL通过稳定HBx蛋白形成正反馈环促进HCC进展	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HBV相关肝细胞癌的发病机制	HBV相关肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本及裸鼠模型
315	2025-05-14	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	review	本文综述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及单细胞RNA测序在理解其功能异质性方面的贡献	应用单细胞RNA测序技术揭示免疫细胞的功能异质性，为个性化癌症治疗提供新途径	尽管前景广阔，但仍存在若干挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用	总结肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
316	2025-05-14	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的关键代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞适应性的靶点，并揭示了其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞及其在胰腺癌和黑色素瘤中的代谢调控	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	涉及83个代谢靶点的CD8 T细胞样本
317	2025-05-14	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示不明原因复发性流产（uRPL）中免疫失调的遗传基础	首次在uRPL患者中鉴定出MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异，并通过单细胞RNA测序数据揭示了这些变异对免疫细胞表达模式的影响	样本量较小（仅13名患者），可能影响结果的普遍性	揭示不明原因复发性流产（uRPL）的分子机制	13名中国uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞	基因组学与转录组学	复发性流产	WES（全外显子组测序）和scRNA-Seq（单细胞RNA测序）	NA	基因组数据和转录组数据	13名uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞
318	2025-05-14	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫微环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性，并鉴定了四个与成纤维细胞相关的预后基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM）	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤免疫微环境和预后的影响	结直肠癌组织中的成纤维细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
319	2025-05-14	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本研究提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合深度学习技术，显著提高了细胞分类的准确性	将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合CNN和ResNet进行细胞分类，显著提高了分类准确率	未提及对不同批次效应处理的详细评估，且仅测试了四种细胞类型的数据	解决scRNA-seq数据中的高噪声、高维度和批次效应问题，提高细胞分类的准确性和可靠性	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
320	2025-05-14	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法疗效之间的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法的疗效机制	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA