单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-14	Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy 2025-Mar-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06320-w PMID:40069725	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了一种新型小胶质细胞亚群MKI67+ microglia，揭示了其在糖尿病视网膜病变(PDR)中通过乳酸代谢促进病理性新血管形成的机制	首次鉴定出与乳酸代谢密切相关的MKI67+小胶质细胞亚群，并阐明其通过SPP1-ITGA4信号通路促进血管新生的分子机制	研究主要基于体外高糖培养模型和动物模型，尚未在人体内直接验证相关机制	探究糖尿病视网膜病变中乳酸代谢与病理性新血管形成的关系	PDR患者的视网膜组织、体外培养的小胶质细胞、氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq、体外细胞培养、动物模型	OIR小鼠模型	单细胞转录组数据、体外实验数据、体内实验数据	未明确说明患者样本量，使用体外培养细胞和小鼠模型
282	2025-05-14	AnomalGRN: deciphering single-cell gene regulation network with graph anomaly detection 2025-Mar-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02177-z PMID:40069807	research paper	提出了一种名为AnomalGRN的模型，通过图异常检测技术解析单细胞基因调控网络	首次将异常检测技术应用于基因调控网络分析，并引入余弦度量规则和图形结构稀疏化技术来优化节点表示	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	解析单细胞基因调控网络中的复杂调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	AnomalGRN	gene expression data	NA
283	2025-05-13	Single-cell RNA-seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-seq by genetic and contextual information 2025-Mar-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03495-9 PMID:40069819	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和预期组织驻留细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够根据遗传起源和上下文信息分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞	NA	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液细胞污染问题	单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和组织驻留细胞	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Originator	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集，包括胰腺癌和胎盘样本
284	2025-05-14	Young fibroblast-derived migrasomes alleviate keratinocyte senescence and enhance wound healing in aged skin 2025-Mar-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03293-2 PMID:40069826	研究论文	研究年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞的影响及其在老年皮肤伤口愈合中的作用	首次报道了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并发现年轻成纤维细胞来源的迁移体能够减轻角质形成细胞的衰老并促进老年皮肤的伤口愈合	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的效果尚需进一步验证	探索细胞衰老与迁移体形成的关系，以及年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞和老年皮肤伤口愈合的影响	成纤维细胞、角质形成细胞、老年皮肤	细胞生物学	皮肤衰老	scRNA-seq、mIHC、TEM、SEM、WGA染色	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠皮肤样本及HaCaT细胞
285	2025-05-14	Single-cell transcriptomics analysis reveals that the tumor-infiltrating B cells determine the indolent fate of papillary thyroid carcinoma 2025-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03341-7 PMID:40069827	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肿瘤浸润B细胞决定乳头状甲状腺癌的惰性命运	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肿瘤浸润B细胞（特别是生发中心B细胞）在惰性乳头状甲状腺癌中的关键作用，并提出了PTPRC-CD22相互作用作为潜在的驱动机制	样本量相对较小（初始分析10例，验证25例），且主要关注早期病例	识别惰性与进展性乳头状甲状腺癌的差异，寻找新的生物标志物和治疗靶点	早期乳头状甲状腺癌肿瘤组织	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞共培养，迁移实验，免疫荧光染色，流式细胞术，TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	初始10例，验证25例早期PTC肿瘤样本
286	2025-05-14	Enhanced mitochondrial function and delivery from adipose-derived stem cell spheres via the EZH2-H3K27me3-PPARγ pathway for advanced therapy 2025-Mar-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04164-1 PMID:40069892	研究论文	本研究探讨了人类脂肪源性干细胞（ASCs）在形态转变过程中组蛋白修饰和线粒体动力学的具体作用，揭示了ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ通路增强线粒体功能和递送效率的机制	首次发现ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ通路增强线粒体功能和递送效率，为再生医学提供了新的治疗策略	研究仅针对体外培养的ASCs，未进行体内实验验证	阐明ASCs球体形成增强线粒体功能、递送和救援效率的机制	人类脂肪源性干细胞（ASCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、Ingenuity Pathway Analysis (IPA)、MitoTracker染色、Seahorse XF分析、ATP发光检测	NA	基因表达数据、线粒体活性数据	NA
287	2025-05-14	Modulating lipid metabolism by nanoparticles (NPs)-mediated ACSL3 silencing to inhibit hepatocellular carcinoma growth and metastasis 2025-Mar-10, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02274-1 PMID:40059153	研究论文	通过纳米颗粒介导的ACSL3沉默调节脂质代谢以抑制肝细胞癌的生长和转移	揭示了ACSL3在肝细胞癌中的关键作用及其通过促进POPC合成激活PPARα通路的机制，并开发了一种新型纳米颗粒平台用于系统性递送siACSL3	ACSL3的具体作用机制仍需进一步研究，且纳米颗粒平台的临床应用效果尚未验证	探索ACSL3在肝细胞癌中的作用并开发基于纳米颗粒的治疗策略	肝细胞癌（HCC）患者及ACSL3基因	癌症研究	肝细胞癌	蛋白质组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	未明确提及样本数量
288	2025-05-14	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	research paper	该研究探讨了NAD+补充如何通过激活肾小管代谢来预防慢性肾病	首次揭示了NAD+补充通过恢复近端小管细胞中的脂肪酸氧化来保护肾脏的机制，并首次报告了Alport模型中转录水平的性别差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究NAD+补充在慢性肾病中的保护机制	Alport综合征小鼠模型	代谢研究	慢性肾病	RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	小鼠模型	转录组数据	Alport综合征小鼠
289	2025-05-14	Altered inflammatory mucosal signatures within their spatial and cellular context during active ileal Crohn's disease 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171783 PMID:40059828	研究论文	该研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入探究了克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的分子特征及其空间和细胞背景	首次将空间转录组学与单细胞转录组学相结合，揭示了CD炎症中上皮细胞在MHC II类通路中的潜在介导作用，并确定了炎症微域中细胞间相互作用的改变	研究仅基于手术切除的冷冻组织样本，可能无法完全反映疾病早期阶段的分子特征	深入理解克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的分子机制及其空间分布特征	克罗恩病患者回肠黏膜组织	空间转录组学	克罗恩病	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	克罗恩病手术切除的冷冻组织样本
290	2025-05-14	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	research paper	该研究揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次发现SUV39H1通过表观遗传调控维持GSCs的特性，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索胶质母细胞瘤干细胞维持的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、全细胞RNA-seq	患者来源异种移植模型（PDX）	基因组数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，但使用了患者来源的GSCs和PDX模型
291	2025-05-14	Integrative single cell transcriptomic analysis reveals 3p deletion associated tumor microenvironment and chemoresistance in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92078-6 PMID:40064955	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了3p缺失与头颈部鳞状细胞癌肿瘤微环境及化疗耐药性的关联	首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示3p缺失如何重塑肿瘤微环境并促进化疗耐药	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证的样本量	阐明3p缺失对头颈部鳞癌肿瘤微环境、免疫细胞浸润和治疗反应的影响，以发现新的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq, 批量转录组测序, RT-qPCR, Western blotting, CCK8检测	LASSO算法, Cox回归分析	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的样本数据
292	2025-05-14	Investigating ferroptosis-related genes NFE2L2 in neutrophils for ankylosing spondylitis: therapeutic potential of cassia twigs 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88775-x PMID:40064975	研究论文	探讨铁死亡相关基因NFE2L2在中性粒细胞中对强直性脊柱炎的作用及中药肉桂的治疗潜力	首次将铁死亡基因NFE2L2与强直性脊柱炎的中性粒细胞关联，并发现中药肉桂可通过作用于该基因治疗疾病	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探索铁死亡与免疫细胞在强直性脊柱炎中的关系及中药治疗机制	强直性脊柱炎患者数据、中性粒细胞、铁死亡基因NFE2L2、中药肉桂	生物医学	强直性脊柱炎	转录组测序、单细胞测序、免疫组化、分子对接	机器学习	临床数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明
293	2025-05-14	Identification of potential drug targets for pelvic organ prolapse using a proteome-wide Mendelian randomization approach 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92800-4 PMID:40064973	研究论文	通过蛋白质组范围的孟德尔随机化方法识别盆腔器官脱垂的潜在药物靶点	首次使用蛋白质组范围的孟德尔随机化(PW-MR)方法识别EFEMP1和MFAP4作为盆腔器官脱垂的潜在药物靶点，并结合单细胞RNA测序数据和分子对接分析验证其可行性和安全性	研究基于FinnGen队列数据，可能受限于该人群的遗传背景，且需要进一步的实验验证	探索盆腔器官脱垂的新治疗靶点	盆腔器官脱垂患者	生物信息学	盆腔器官脱垂	蛋白质组范围的孟德尔随机化(PW-MR)、贝叶斯共定位分析、单细胞RNA测序、分子对接分析	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	FinnGen队列数据（具体样本量未明确说明）
294	2025-05-14	Transcriptome combined with single-cell sequencing explored prognostic markers associated with T cell exhaustion characteristics in head and neck squamous carcinoma 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91299-z PMID:40065044	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索了头颈部鳞状细胞癌中与T细胞耗竭特征相关的预后标志物	构建了HNSC的单细胞图谱，深入分析了T细胞的异质性，并鉴定了与T细胞C2亚群相关的五个特征，开发了临床预后模型	虽然绘制了T细胞异质性和分化轨迹，但这些亚群之间的相互关系仍不清楚，需要进一步研究具体的生物过程和分子进化机制	增强HNSC免疫治疗方法的疗效，改善患者预后	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的T细胞	数字病理	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序, 单细胞测序	临床预后模型	基因表达数据	NA
295	2025-05-14	Imbalance of bladder neurohomeostasis by Myosin 5a aggravates diabetic cystopathy 2025-Mar-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01140-6 PMID:40065210	研究论文	本研究探讨了Myosin 5a在糖尿病性膀胱病变（DCP）中的潜在调控作用	首次揭示了Myosin 5a在糖尿病性膀胱病变中的调控机制及其与膀胱过度活动的关联	研究主要基于动物模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究Myosin 5a是否在糖尿病性膀胱病变中发挥潜在调控作用	糖尿病大鼠和Myosin 5a缺陷型DBA小鼠的膀胱组织	神经生物学	糖尿病性膀胱病变	单细胞RNA测序、尿动力学评估、免疫组织化学	动物模型（大鼠和小鼠）	基因表达数据、生理功能数据	未明确说明样本数量，使用糖尿病大鼠和Myosin 5a缺陷型DBA小鼠
296	2025-05-14	Prognostic implications and characterization of tumor-associated tertiary lymphoid structures genes in pancreatic cancer 2025-Mar-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06152-8 PMID:40065365	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中肿瘤相关三级淋巴结构(TA-TLS)基因的表达特征及其预后意义，并构建了基于TLS基因的风险评估模型	首次在PDAC中系统分析了TA-TLS基因的表达特征，构建了TLS评分系统和风险预测模型，并探索了关键基因DNASE1L3的抗肿瘤机制	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索TA-TLS基因在PDAC中的作用，以增强免疫治疗效果	胰腺导管腺癌(PDAC)患者	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化(IHC)、基因集富集分析(GSEA)	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	310例PDAC患者(来自GEO数据库)
297	2025-05-14	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the aortas of Takayasu arteritis 2025-Mar-10, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03523-w PMID:40065428	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示大动脉炎患者主动脉中的细胞异质性	首次在大动脉炎患者主动脉组织中鉴定出11种主要细胞类型，并揭示了T细胞、B细胞、巨噬细胞等细胞亚型特异性基因表达特征及其在疾病发病机制中的活跃参与	样本量较小（仅3例TAK患者主动脉样本），且对照组数据来自公开数据库	揭示大动脉炎的细胞异质性并发现潜在治疗靶点	大动脉炎患者主动脉组织及外周血T细胞	数字病理学	大动脉炎	单细胞转录组分析、bulk RNA测序	NA	转录组数据	3例TAK患者主动脉样本 + 8例TAK患者和8例健康志愿者的外周血T细胞样本
298	2025-05-14	Exploring the "chemo" in chemoimmunotherapy for triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.02.016 PMID:40068590	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了三阴性乳腺癌在接受PD-L1抑制剂atezolizumab联合紫杉醇或白蛋白结合型紫杉醇治疗后的免疫细胞动态变化	发现了不同的T细胞激活模式，并突出了白蛋白结合型紫杉醇组合中肥大细胞在免疫激活中的独特作用	NA	探索三阴性乳腺癌化学免疫治疗中的化疗作用机制	三阴性乳腺癌患者	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
299	2025-05-14	PRMT5 highly expressed on CD16 + CD56- natural killer cells is correlated with NK cells exhaustion in colorectal cancer mesenchyme 2025-Mar-08, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03981-w PMID:40056169	research paper	研究结直肠癌微环境中自然杀伤细胞（NK细胞）表型变化与重要免疫检查点表达之间的关系	首次发现PRMT5和SIGIRR在CD16+CD56- NK细胞中的高表达与NK细胞功能衰竭相关，并可能影响结直肠癌的进展	研究样本量有限（194例），且仅针对结直肠癌，未涉及其他癌症类型	探究结直肠癌微环境中NK细胞表型变化与免疫检查点表达的关联	结直肠癌患者的NK细胞及其表面受体	肿瘤免疫学	结直肠癌	免疫组织化学染色、多重免疫组织化学、单细胞测序	NA	临床样本数据	194例结直肠癌患者
300	2025-05-14	Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis 2025-Mar-08, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-025-03300-y PMID:40057475	研究论文	本文通过单细胞测序技术指导抗GABAAR脑炎的个体化治疗	利用单细胞测序技术识别出单克隆CD8 T细胞和异常的JAK-STAT信号通路在疾病中的作用，并发现LMO5蛋白能激活特定CD8 T细胞	研究仅基于一个病例和四个健康志愿者的样本，样本量较小	探索抗GABAAR脑炎的个体化治疗方法	一名难治性抗GABAAR脑炎患者和四名健康志愿者的PBMCs及脑脊液细胞	数字病理学	脑炎	单细胞测序	NA	单细胞数据	1名患者和4名健康志愿者的PBMCs及患者的脑脊液细胞