单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22721	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of Bisphenol A exposure reveals the key roles of the testicular microenvironment in male reproduction 2022-Jan, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2021.112449 PMID:34808557	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了双酚A暴露对睾丸微环境的影响及其在男性生殖中的关键作用	首次系统分析了青春期人类睾丸中细胞类型组成的显著变化，并构建了青少年睾丸中生殖细胞与体细胞之间的细胞间通信网络	NA	揭示双酚A在支持细胞和男性生殖中的生殖毒性和分子机制	人类睾丸中的生殖细胞和体细胞	NA	非阻塞性无精症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22722	2024-08-08	Establishment of Trophoblast-Like Tissue Model from Human Pluripotent Stem Cells in Three-Dimensional Culture System 2022-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202100031 PMID:34813178	研究论文	本文报道了从人多能干细胞（hPSCs）在三维（3D）培养系统中生成滋养层样组织模型的方法	该研究首次成功在体外建立了从hPSCs到3D滋养层样组织模型，这一模型能够展示微绒毛结构并分泌人胎盘特异性激素	NA	旨在深入理解人类早期胎盘发育的机制，并探索其在发育生物学和妊娠障碍研究中的应用潜力	人多能干细胞（hPSCs）及其在三维培养系统中的滋养层样组织模型	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	3D培养系统	细胞	NA
22723	2024-08-08	Single-cell RNA Sequencing Reveals How the Aryl Hydrocarbon Receptor Shapes Cellular Differentiation Potency in the Mouse Colon 2022-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-21-0378 PMID:34815312	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和高级分析策略，探讨了芳香烃受体（Ahr）在调节小鼠结肠隐窝稳态中的作用	本研究首次揭示了Ahr缺失对隐窝相关上皮细胞类型和亚型的促进作用，以及对单细胞熵和RNA速度长度的影响	NA	探讨Ahr在调节结肠隐窝稳态中的作用	小鼠结肠隐窝中的上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	野生型和肠道特异性Ahr敲除小鼠的结肠隐窝
22724	2024-08-08	Stem cell aging in the skeletal muscle: The importance of communication 2022-01, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2021.101528 PMID:34818593	综述	本文综述了骨骼肌中卫星细胞功能衰退的分子过程及其在衰老中的作用	强调了单细胞测序技术在研究骨骼肌衰老中的新兴应用，特别是在卫星细胞群体异质性和与微环境中其他细胞类型的分子相互作用方面	文中提到的许多外在因素仍未明确	探讨卫星细胞在衰老过程中的功能衰退机制及其与环境的相互作用	骨骼肌中的卫星细胞及其在衰老中的功能衰退	NA	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
22725	2024-08-08	Optimized workflow for human PBMC multiomic immunosurveillance studies 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100900 PMID:34806044	研究论文	本文详细介绍了一种用于人类外周血单个核细胞多组学免疫监测研究的优化工作流程	该工作流程通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序技术，减少了批次效应，提高了数据的可重复性和处理通量	NA	深入了解人类免疫系统在健康和疾病中的功能	人类外周血单个核细胞	数字病理学	NA	高维流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
22726	2024-08-08	Absence of ERAP1 in B Cells Increases Susceptibility to Central Nervous System Autoimmunity, Alters B Cell Biology, and Mechanistically Explains Genetic Associations between ERAP1 and Multiple Sclerosis 2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100813 PMID:34810226	研究论文	研究探讨了ERAP1基因在B细胞中的缺失如何增加中枢神经系统自身免疫的易感性，并揭示了ERAP1与多发性硬化症之间的遗传关联机制	首次通过多种小鼠模型和单细胞光谱流式细胞术，结合人类单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了ERAP1在B细胞中的作用及其与多发性硬化症的关联机制	NA	探究ERAP1基因多态性与多发性硬化症易感性增加的机制	ERAP1基因在B细胞中的作用及其对中枢神经系统自身免疫的影响	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36个个体
22727	2024-08-08	Delayed antiretroviral therapy in HIV-infected individuals leads to irreversible depletion of skin- and mucosa-resident memory T cells 2021-12-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.021 PMID:34813775	研究论文	本文探讨了HIV感染者在接受抗逆转录病毒治疗（ART）后皮肤和黏膜中CD4组织驻留记忆T细胞的损耗情况及其对HPV相关癌症发展的影响	首次揭示了HIV感染者在接受晚期ART治疗后，皮肤和黏膜中CXCR3 Trm细胞的不可逆损失	研究样本量较小，且仅限于特定类型的HPV相关癌症	探究HIV感染者皮肤和黏膜中CD4 Trm细胞的损耗机制及其对HPV相关癌症发展的影响	HIV感染者的皮肤和黏膜中的CD4 Trm细胞	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确
22728	2024-08-08	Epigenetically associated CCL20 upregulation correlates with esophageal cancer progression and immune disorder 2021-Dec, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2021.153683 PMID:34798484	研究论文	本文研究了趋化因子CCL20在食管癌中的表达及其与肿瘤进展和免疫紊乱的关系	首次揭示了CCL20通过表观遗传学机制上调，促进食管癌进展和免疫失调	NA	探讨CCL20在食管癌中的作用及其机制	食管癌患者的趋化因子表达及免疫细胞浸润	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立食管癌队列及模拟人类食管鳞状细胞癌发展的鼠模型
22729	2024-08-08	Transfer learning compensates limited data, batch effects and technological heterogeneity in single-cell sequencing 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab104 PMID:34805988	研究论文	本文提出了一种元迁移学习方法，用于在单细胞测序数据中补偿有限数据、批次效应和技术异质性	通过迁移分子模式识别模型从无关领域的大数据集中学习，克服了数据稀缺和数据异质性的问题	NA	探索小样本数据集中的迁移学习方法，以提高分子模式识别任务的性能	单细胞测序数据	机器学习	NA	下一代测序技术	元迁移学习模型	单细胞测序数据	小样本数据集
22730	2024-08-08	Scaling concepts in 'omics: Nuclear lamin-B scales with tumor growth and often predicts poor prognosis, unlike fibrosis 2021-11-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112940118 PMID:34810266	研究论文	研究探讨了核层粘连蛋白-B与肿瘤生长之间的关系，并利用机器学习方法分析了其对患者生存预测的影响	首次发现核层粘连蛋白-B与肿瘤生长具有特定的基因-基因缩放指数，并能通过机器学习方法预测患者生存	研究主要集中在肿瘤类型和患者生存预测上，未涉及其他疾病或更广泛的生物学机制	探索核层粘连蛋白-B与肿瘤生长及患者预后之间的关系	核层粘连蛋白-B、肿瘤生长及患者生存	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	涉及32种肿瘤类型的数据
22731	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome 2021-11-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70416 PMID:34821556	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了海胆早期浮游幼虫的细胞类型，揭示了其消化、骨骼、免疫和神经系统的主要细胞类型	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了海胆幼虫的细胞多样性，并发现了海胆神经元与脊椎动物内分泌胰腺细胞共享的大量基因	NA	识别生物细胞类型的分子特征，以理解其功能和进化	海胆早期浮游幼虫的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	21个不同的细胞集群
22732	2024-08-08	Single-cell DNA and RNA sequencing of circulating tumor cells 2021-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-02165-7 PMID:34819539	研究论文	本文通过单细胞DNA和RNA测序技术研究循环肿瘤细胞，以精确展现肿瘤异质性并提供癌症治疗和研究的有用信息	采用多种全基因组扩增（WGA）和全转录组扩增（WTA）方法，特别是基于多重置换扩增（MDA）的方法，显示出较高的扩增效率和覆盖深度	基于MDA的WTA方法在扩增mRNA时效果较差，并显示出非特异性基因表达模式	开发一种更可靠和适应性强的方法，用于单细胞水平上的循环肿瘤细胞（CTC）分析	循环肿瘤细胞的单细胞DNA和RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	使用了来自健康志愿者的血液样本，并掺入了TGW神经母细胞瘤细胞
22733	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals intratumoural heterogeneity and malignant progression in retinoblastoma 2021-11-23, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04390-4 PMID:34815392	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜母细胞瘤中的两种主要细胞类型及其在恶性进展中的作用	NA	探究视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	视网膜母细胞瘤中的细胞类型及其在恶性进展中的作用	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,739个细胞来自两个视网膜母细胞瘤样本
22734	2024-08-08	Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes 2021-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151349 PMID:34806648	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术在1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞中鉴定出一类共享TCRα链的T细胞受体	发现了一类在个体间共享的TCRα链，这些TCR序列更接近胚系，且具有较短的连接序列，表明随机核苷酸插入较少	NA	探讨1型糖尿病中胰岛自身抗原反应性T细胞的TCR特性及其在疾病机制中的作用	1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞及其TCR	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	TCR序列	从健康、新发和已建立的1型糖尿病供体血液中分离的2767个单个细胞
22735	2024-08-08	Single-cell transcriptome identifies molecular subtype of autism spectrum disorder impacted by de novo loss-of-function variants regulating glial cells 2021-11-21, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-021-00368-7 PMID:34802461	研究论文	本研究通过整合大规模脑单细胞转录组数据和自发性失功能（LOF）ASD变异，探讨了ASD相关基因在时空和细胞类型表达上的模式	首次揭示了ASD相关基因在非神经细胞类型中的转录调控限制，并提出这些细胞类型在ASD发病机制中的潜在作用	NA	探究自闭症谱系障碍（ASD）的分子基础，特别是从'脑到行为'的致病机制角度	自闭症谱系障碍（ASD）相关基因的时空和细胞类型表达模式	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组	NA	转录组数据	超过百万个脑细胞，40,122个病例中的852个基因
22736	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals gene expression characteristics in invasive micropapillary carcinoma of the breast 2021-11-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04380-6 PMID:34799559	研究论文	本研究通过空间转录组测序分析了四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本，首次绘制了其转录组图谱，揭示了其广泛的异质性及其与代谢重编程的关联	本研究首次通过空间转录组技术揭示了浸润性微乳头状癌的转录组特征，发现了与淋巴结转移和患者生存相关的SREBF1基因高表达	NA	探索浸润性微乳头状癌的肿瘤间和肿瘤内异质性，并寻找新的诊断和治疗标志物	浸润性微乳头状癌的转录组特征及其与代谢重编程的关联	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	转录组数据	四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本
22737	2024-08-08	Automated annotation of rare-cell types from single-cell RNA-sequencing data through synthetic oversampling 2021-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04469-x PMID:34798805	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的过采样方法，通过使用已识别的稀有细胞的基因表达计数作为输入，生成合成细胞，以在其他公开可用的实验中识别类似的稀有细胞。	提出了一种基于机器学习的过采样方法，使用单细胞合成过采样（sc-SynO）技术，该技术基于Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法，能够纠正少数类和多数类之间的总体不平衡比率。	NA	旨在开发一种自动化、无偏见且准确的稀有亚群细胞注释方法。	稀有细胞亚群的自动注释。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法	基因表达数据	三个独立用例，分别包含17个核（8635个核中）、较低不平衡比率的数据（约1比26）以及超过100万个细胞的Allen脑图谱数据。
22738	2024-08-08	Self-organization of human dorsal-ventral forebrain structures by light induced SHH 2021-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26881-w PMID:34799555	research paper	本文通过设计一系列光遗传学ePiggyBac载体，表达光活化Cre-loxP重组酶，利用蓝光刺激人胚胎干细胞(hESCs)，系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了人胚胎干细胞中背腹前脑结构的自组织	利用光遗传学技术在人胚胎干细胞模型中系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了背腹前脑结构的自组织	NA	系统研究人胚胎组织中心	人胚胎干细胞中的背腹前脑结构	NA	NA	光遗传学	NA	scRNA-seq	NA
22739	2024-08-08	Capturing hidden regulation based on noise change of gene expression level from single cell RNA-seq in yeast 2021-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01558-y PMID:34799619	研究论文	本文研究了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的噪声变化来捕捉酵母中基因表达水平的隐藏调控	提出了一种新的网络估计策略，通过噪声差异比较来捕捉补偿性交互作用	仅限于研究STP1和STP2基因的单删除对噪声变化的影响	探索通过scRNA-seq中的噪声变化来识别基因调控网络中的补偿性交互作用	酵母中的基因调控网络和功能补偿机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
22740	2024-08-08	Myeloid cell subsets that express latency-associated peptide promote cancer growth by modulating T cells 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103347 PMID:34820606	研究论文	本文研究了表达潜伏相关肽（LAP）的骨髓细胞通过调节T细胞促进肿瘤生长的机制	首次揭示了LAP骨髓细胞通过刺激Foxp3 Tregs并抑制效应T细胞的增殖和功能来促进肿瘤生长的新功能	文中提到的机制尚未完全阐明	识别LAP骨髓细胞促进肿瘤生长的新功能，并探索针对这些细胞的癌症治疗干预措施	表达LAP的骨髓细胞及其在肿瘤生长中的作用	NA	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	文中未具体说明样本数量