单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-29	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	该研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌建立有利的肺部微环境	研究发现吸烟者肺部富集未成熟的炎症性单核细胞，这些细胞表现出与慢性阻塞性肺疾病相似的状态，并确定了CD93作为这些单核细胞的标记物	研究主要基于吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞，可能无法完全反映所有吸烟者的肺部情况	揭示吸烟如何增加结核病易感性的机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
142	2025-07-29	CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network 2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566642 PMID:38014057	研究论文	介绍了一种基于图神经网络（GNN）的细胞间通讯推断框架CGCom，利用空间转录组学数据、配体-受体信息和下游分子调控信息来预测细胞间通讯	CGCom利用细胞邻近信息和特定细胞对之间的学习，减少假阳性，提高预测准确性	目前仅在鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证，尚未在其他数据集或生物系统中测试	开发一种高精度的细胞间通讯推断方法	鼠胚胎细胞	生物信息学	NA	空间转录组学	GNN	空间转录组数据	鼠胚胎seqFISH数据集
143	2025-07-29	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人膝关节软骨和半月板组织，发现了一个与骨关节炎相关的衰老细胞群，其主调控因子为ZEB1转录因子	首次在软骨和半月板组织中鉴定出一个共享的致病性衰老细胞群，并确定ZEB1和FAP为其主要调控因子，为骨关节炎治疗提供了新的靶点	样本量相对较小（健康组n=6-7，OA组n=6），且仅针对膝关节组织	探究骨关节炎发病机制并寻找潜在治疗靶点	人膝关节软骨和半月板组织	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组化, 基因过表达和敲除	NA	单细胞转录组数据	软骨70,972个细胞，半月板78,017个细胞（来自6-7例健康样本和6例OA样本）
144	2025-07-29	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	research paper	比较半自动与手动封闭系统在人卵母细胞玻璃化冷冻中的效果，包括存活率和转录组分析	首次评估半自动玻璃化冷冻系统在人卵母细胞冷冻中的效率，并通过单细胞RNA-seq技术分析转录组后果	研究中仅发现5个差异表达基因，且未观察到紧密的转录组特征	评估半自动与手动卵母细胞玻璃化冷冻技术的效率及转录组影响	人卵母细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
145	2025-07-29	Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2022-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039 PMID:35430299	研究论文	本研究旨在解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，同时探讨免疫相关不良事件（irAEs）的关联	识别了与抗PD-1治疗反应和irAEs相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞，并提出了新的联合免疫治疗方案以增强疗效而不增加irAEs	样本量相对较小（新加坡队列32例患者，韩国队列29例患者），且需要进一步验证新联合免疫治疗方案的临床效果	解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，并探讨免疫相关不良事件的关联	肝细胞癌患者	免疫治疗	肝细胞癌	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠肝细胞癌模型	血液样本、肿瘤活检样本	新加坡队列32例患者（60份血液样本），韩国队列29例患者，20份肿瘤活检样本
146	2025-07-28	Investigating intestinal farnesoid X receptor functions at the intestinal mucosal barrier and in the intestinal microbiota in a biliary obstruction mouse model 2025-Aug-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024 PMID:40623002	research paper	研究肠道法尼醇X受体（FXR）在胆道梗阻模型中对肠黏膜屏障和肠道微生物群的作用	揭示了FXR在生理和胆道梗阻条件下对肠道功能的具体作用，并提出了可能的分子靶点	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨FXR在胆道梗阻疾病中的肠道治疗潜力	肠道特异性敲除小鼠和胆道梗阻模型	NA	胆道梗阻疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
147	2025-07-28	Idiopathic Subglottic Stenosis and the Epithelial Interface of Host and Environment 2025-Aug-01, Journal of the American College of Surgeons IF:3.8Q1 DOI:10.1097/XCS.0000000000001340 PMID:39902917	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和国际患者队列，揭示了特发性声门下狭窄(iSGS)的发病机制，包括上皮细胞功能异常、微生物组移位和免疫激活	首次使用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的气道瘢痕组织进行无偏倚表征，揭示了上皮祖细胞耗竭和微生物组移位的病理机制	疾病罕见性和患者地理分布广泛可能影响样本的代表性	阐明特发性声门下狭窄(iSGS)的发病机制	iSGS患者的近端气道瘢痕组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列(具体数量未提及)
148	2025-07-28	Human myelocyte and metamyelocyte-stage neutrophils suppress tumor immunity and promote cancer progression 2025-Aug, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-025-01145-0 PMID:40664963	research paper	该研究揭示了人类骨髓中髓细胞和晚幼粒细胞阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制和促癌作用	首次将人类和小鼠中性粒细胞按发育阶段分为三类，并发现人类MC & MM阶段中性粒细胞在骨髓中占主导地位且具有强免疫抑制和促肿瘤特性	研究主要基于NCG-Gfi1人类免疫系统小鼠模型，可能无法完全模拟人类肿瘤微环境的复杂性	探究不同发育阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序分析	NCG-Gfi1人类免疫系统小鼠模型	基因表达数据	17种癌症类型的患者样本
149	2025-07-28	Decrypting cancer's spatial code: from single cells to tissue niches 2025-Jul-25, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70100 PMID:40711978	review	本文探讨了空间转录组学在癌症研究中的应用及其挑战	提出了新的空间信息分析框架，以充分利用空间转录组学技术揭示癌症组织的复杂结构和新兴特性	未提及具体的技术实施细节或实验验证结果	旨在解决癌症空间转录组学中的关键挑战，推动临床转化	癌症组织中的细胞状态、细胞微环境及空间数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial gene expression data	NA
150	2025-07-28	Transcriptomic disruption and hypoactivity in DYT-SGCE medial ganglionic eminence-patterned inhibitory neurons 2025-Jul-25, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf272 PMID:40711998	研究论文	本研究探讨SGCE基因突变对内侧神经节隆起来源的抑制性GABA能神经元的影响，揭示了其在肌阵挛性肌张力障碍中的作用	首次在SGCE突变背景下系统评估抑制性神经元的功能异常，并发现树突复杂性降低和神经元活动减弱的表型	研究基于体外细胞模型，可能与体内真实情况存在差异	阐明SGCE突变如何通过影响抑制性神经元导致肌阵挛性肌张力障碍的运动症状	患者来源的诱导多能干细胞和基因编辑胚胎干细胞分化的抑制性中间神经元	神经科学	肌阵挛性肌张力障碍	单细胞RNA测序、Ca2+成像、MEA多电极阵列、膜片钳	干细胞分化模型	转录组数据、电生理数据、形态学数据	使用患者来源的诱导多能干细胞系和基因编辑胚胎干细胞系（具体数量未明确说明）
151	2025-07-28	Neurons derived from NeuroD1-expressing astrocytes transition through transit-amplifying intermediates but lack functional maturity 2025-Jul-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw9296 PMID:40712017	研究论文	研究探讨了通过NeuroD1表达将星形胶质细胞转化为神经元的过程及其功能成熟度	揭示了NeuroD1驱动的胶质细胞向神经元转化的时空框架，并发现转化后的神经元缺乏成熟的神经电特性	NeuroD1转化的神经元样细胞缺乏成熟的神经电特性，限制了其在神经回路中的功能整合	探索非神经元细胞向神经元转化的策略，以替代中枢神经系统损伤或疾病中丢失的神经元	星形胶质细胞和NeuroD1表达诱导的神经元样细胞	神经科学	中枢神经系统损伤	单细胞转录组学、时空谱系追踪	转基因小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	转基因小鼠的脊髓和脑部损伤核心区域
152	2025-07-28	The Key to Spinal Cord Recovery: Harnessing p21 Inhibition to Boost Neural Stem/Progenitor Cell Proliferation 2025-Jul-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c05512 PMID:40712080	research paper	该研究探讨了通过抑制p21来增强神经干细胞/祖细胞（NSPCs）增殖，以促进脊髓损伤（SCI）后的恢复	开发了一种基于阳离子脂质体的递送系统（@LP），用于递送p21小干扰RNA，显著提高了NSPCs的增殖率，并促进了脊髓损伤后的功能恢复	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索通过调控细胞周期来促进脊髓损伤后的神经再生	神经干细胞/祖细胞（NSPCs）和脊髓损伤（SCI）大鼠模型	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序、阳离子脂质体递送系统	NA	基因表达数据、功能实验数据	T9脊髓损伤大鼠模型
153	2025-07-28	A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection 2025-Jul-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503932 PMID:40712141	研究论文	本研究开发了一种人类免疫-肺类器官模型，用于研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老	建立了生理相关的免疫-肺类器官模型，并发现了THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的新作用	NA	研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老的机制	非COVID和COVID-19肺组织的移植和尸检样本，以及hPSC衍生的肺泡和气道类器官与巨噬细胞的共培养体系	数字病理学	COVID-19	空间转录组学（NanoString CosMx）	免疫-肺类器官模型	空间转录组数据	非COVID和COVID-19肺组织的移植和尸检样本
154	2025-07-28	Ki-67 in meningioma: distribution and implications 2025-Jul-25, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2025.4.JNS25438 PMID:40712166	研究论文	本研究通过单细胞质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，分析了Ki-67在脑膜瘤微环境中的细胞来源和分布，并探讨了其与临床、基因组和生物学特征的关联	揭示了Ki-67在脑膜瘤中由多种细胞系表达的复杂性，强调了在评估增殖指数时需要细致解读	研究样本量相对较小（32例脑膜瘤），且需要进一步验证在更大样本中的适用性	探讨Ki-67在脑膜瘤微环境中的细胞来源和分布及其临床意义	32例切除的脑膜瘤样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫组织化学	NA	单细胞数据、基因组数据	32例脑膜瘤样本（发现队列）和448例新诊断的脑膜瘤样本（验证队列）
155	2025-07-28	Metabolic reprogramming through histone lactylation in microglia and macrophages recruits CD8+ T lymphocytes and aggravates spinal cord injury 2025-Jul-23, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.003 PMID:40328251	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞通过组蛋白乳酸化代谢重编程招募CD8+ T淋巴细胞并加剧神经功能损伤的机制	揭示了糖酵解重编程通过组蛋白乳酸化介导的Cxcl16转录调控CD8+ T细胞招募的新机制，并提出了针对CXCL16-CXCR6轴的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者脑脊液样本，人类脊髓组织的直接证据不足	阐明脊髓损伤后先天免疫与适应性免疫的相互作用机制	脊髓损伤患者和小鼠模型中的微胶质细胞、巨噬细胞及CD8+ T淋巴细胞	神经免疫学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	脊髓损伤患者脑脊液样本和受伤小鼠脊髓组织
156	2025-07-28	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Jul-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	research paper	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的Fibulin-5（FBLN5）在非小细胞肺癌（NSCLC）放疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路，下调ACSL4表达并抑制辐射诱导的铁死亡，从而促进NSCLC放疗抵抗的分子机制	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型的验证	阐明CAFs在NSCLC放疗抵抗中的作用机制并寻找预测放疗疗效的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床组织样本	未明确说明样本数量，但涉及复发性患者组织样本分析
157	2025-07-28	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous response of interlamellar cell mass to hypoxic stress in crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Jul-22, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110584 PMID:40701446	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究鲫鱼鳃中层间细胞群（ILCM）对低氧应激的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术揭示ILCM在低氧应激下的异质性反应及其在鲫鱼鳃重塑中的作用	研究仅针对鲫鱼，结果可能不适用于其他鱼类	探究鲫鱼鳃中层间细胞群对低氧应激的响应机制	鲫鱼（Carassius auratus）鳃中的层间细胞群（ILCM）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
158	2025-07-28	Resolving microenvironment complexity and cellular heterogeneity in osteoarthritis via spatial transcriptomics 2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007 PMID:40669534	综述	本文探讨了空间转录组学在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用	利用空间转录组学技术揭示骨关节炎中局部组织环境对细胞行为的影响，以及疾病进展中的基因表达模式、致病细胞状态和细胞间相互作用	当前技术存在局限性，需要未来将空间数据与其他组学和成像模式整合	探索空间转录组学技术在骨关节炎研究中的应用，以重新定义疾病表型并识别新的治疗靶点	骨关节炎中的关键关节区域，包括软骨、滑膜、软骨下骨和关节周围组织	数字病理学	骨关节炎	空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据	NA
159	2025-07-28	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jul, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	该研究通过整合89个B-ALL样本的单细胞转录组测序数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型倾向于从B谱系转移的机制，发现这些亚型富含多能祖细胞，并展示了这一发育阶段表现出CEBPA激活和保留髓系潜能，为临床观察提供了机制解释	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者样本	癌症研究	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
160	2025-07-28	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	research paper	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并确定了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于细胞系和器官芯片实验，尚未在人体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的作用机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	分子生物学	食管腺癌	RNAseq分析、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、器官芯片技术	NA	基因表达数据、转录组数据	NA