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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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161 | 2025-10-05 |
Constitutive Interferon Epsilon Expression Shapes Antiviral Epithelial States in the Female Reproductive Tract and Intestine
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.15.623843
PMID:41040269
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研究论文 | 本研究揭示了干扰素ε(IFNε)在女性生殖道和肠道黏膜中作为组成性表达的抗病毒防御调节剂的作用机制 | 首次系统阐明IFNε在生殖道外组织(特别是肠道)中的功能,发现其在肠道绒毛尖端肠细胞中的特异性表达模式及其对III型干扰素表达的维持作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证有限;IFNε在其他黏膜组织的功能仍需进一步探索 | 阐明IFNε在不同黏膜表面(女性生殖道和肠道)的抗病毒防御功能 | 小鼠模型和原代人类女性生殖道来源细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
162 | 2025-10-05 |
Inferring Personalized Cell-Cell Communication Networks in Colorectal Cancer with Individualized Causal Discovery
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.20.677543
PMID:41040408
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研究论文 | 开发了一个整合计算框架,用于推断结直肠癌中个性化的细胞间通讯网络 | 结合嵌套层次狄利克雷过程模型和实例特异性贪婪快速因果推断方法,首次实现了患者特异性的细胞间通讯网络推断 | 方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和完整性,因果推断结果需要进一步实验验证 | 解决肿瘤异质性背景下个性化细胞间通讯网络推断的计算挑战 | 结直肠癌患者的单细胞和批量RNA测序数据 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 嵌套层次狄利克雷过程模型,贪婪快速因果推断 | 基因表达数据,生存数据 | 超过625,000个细胞的大规模单细胞RNA测序数据,TCGA批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
163 | 2025-10-05 |
Network dynamics underlying activity-timescale differences between cortical regions
2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.19.677442
PMID:41000864
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研究论文 | 本研究通过整合功能成像和空间转录组学数据,揭示了小鼠大脑皮层不同区域活动时间尺度的网络动力学差异 | 首次将功能成像与空间转录组学数据共同配准,并利用双光子成像和光遗传学技术比较了不同时间尺度皮层区域的网络响应特性 | 研究仅在小鼠模型中进行,结果是否适用于其他物种尚需验证 | 探究大脑皮层不同区域网络动力学的差异及其机制 | 小鼠大脑皮层,特别是短时间尺度的视觉区域VISp和长时间尺度的前额叶区域MOs | 神经科学 | NA | 双光子成像,光遗传学,空间转录组学 | NA | 图像,转录组数据 | 小鼠大脑皮层样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
164 | 2025-10-05 |
Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges
2025-Sep, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002
PMID:40461389
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综述 | 本文综述了微观分辨率空间转录组学(μST)的技术进展、当前挑战及未来发展方向 | 系统总结了微观分辨率空间转录组学的最新突破,强调了从组织水平到细胞和亚细胞水平的技术演进 | 面临每个微米级空间单元转录本发现稀疏、数据跨平台碎片化、缺乏可扩展且通用的分析方法等挑战 | 探讨微观分辨率空间转录组学领域的发展机遇和技术挑战 | 空间转录组学技术及其在微观尺度的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,测序和成像技术 | 人工智能(AI) | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | 微观分辨率空间转录组学(μST) |
165 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveal oxidative phosphorylation and oxidative stress in the superior temporal plane of non-syndromic cleft lip and palate fetuses
2025-Aug-20, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123922
PMID:40845983
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析非综合征性唇腭裂胎儿颞上平面的氧化磷酸化和氧化应激变化 | 首次在NSCLP胎儿大脑中识别出氧化磷酸化和氧化应激异常增加,并发现特定抑制性神经元亚群InN6与此相关 | 样本量较小(仅3例NSCLP和3例正常胎儿),研究仅关注颞上平面区域 | 探究NSCLP胎儿大脑是否存在发育异常 | 非综合征性唇腭裂胎儿和正常胎儿的颞上平面组织 | 数字病理学 | 唇腭裂 | 单核RNA测序, RT-qPCR, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 3个NSCLP胎儿和3个正常胎儿(孕17-23周) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序 |
166 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B
2025-Aug, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10846-y
PMID:40489024
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调 | 首次在HBV感染不同阶段对B细胞亚群进行单细胞转录组分析,发现肝脏组织中富集的特异性B细胞亚群及其功能特征 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 研究乙型肝炎病毒感染者不同阶段B细胞亚群的免疫学特征和临床意义 | 25名个体的肝脏和血液样本中的B细胞 | 单细胞转录组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46个肝脏和血液样本,包含23,967个B细胞(其中1,677个浆细胞),来自25名个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
167 | 2025-10-05 |
CXCL13 as a Prognostic Biomarker and Modulator of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer
2025 Jul-Aug, Journal of digestive diseases
IF:2.3Q3
DOI:10.1111/1751-2980.70001
PMID:40804009
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研究论文 | 本研究探讨CXCL13作为预后生物标志物在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次系统评估CXCL13在结直肠癌中的预后价值及其与CD8+T细胞的相互作用机制 | 研究基于多个独立队列但需要进一步实验验证CXCL13调控CD8+T细胞功能的具体机制 | 探究CXCL13对结直肠癌患者预后和肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学,多重免疫组织化学,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,组织切片图像,单细胞测序数据 | 四个独立队列(包括TCGA队列和Renji医院队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
168 | 2025-10-05 |
Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood
2025-Apr-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445
PMID:39774774
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研究论文 | 本研究从人类外周血中成功扩增出识别ALK和NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞 | 首次在人类外周血中发现ALK特异性CD4+ T细胞,并鉴定出NPM1::ALK融合新表位特异性T细胞受体 | 样本量较小(10名患者和6名健康供者),仅针对ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤 | 探索ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜力 | ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血样本 | 免疫学 | 淋巴瘤 | TCRαβ单细胞测序,树突状细胞刺激,肽池筛选 | TCR报告细胞系(58α-β-) | 细胞免疫应答数据,TCR序列数据 | 10名ALK阳性淋巴瘤患者和6名健康供者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
169 | 2025-10-05 |
Investigation of the mechanism of Xiaoyin Jiedu Yin in the treatment of psoriasis based on bioinformatics, machine learning
2025, Frontiers in chemistry
IF:3.8Q2
DOI:10.3389/fchem.2025.1623449
PMID:40735022
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研究论文 | 基于生物信息学和机器学习方法研究消银解毒饮治疗银屑病的机制 | 首次结合网络药理学、机器学习靶点筛选和单细胞测序技术系统揭示消银解毒饮的多组分协同作用机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步动物实验和临床验证 | 探索消银解毒饮治疗银屑病的药理作用机制 | 银屑病患者皮肤组织样本和IL-17A诱导的HaCaT细胞 | 机器学习 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,网络药理学 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq,spatial transcriptomics | NA | NA |
170 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Shows Exercise Protects db/db Mouse Pancreatic Injuries by Regulating Endothelial Cell Homeostasis
2025, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/9676094
PMID:41030325
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示运动通过调节内皮细胞稳态保护db/db小鼠胰腺损伤的机制 | 首次在单细胞水平系统研究运动对糖尿病胰腺中多种细胞类型的影响,特别是发现内皮细胞亚型在运动保护机制中的关键作用 | 研究仅使用db/db小鼠模型,样本量有限,且未深入验证具体分子机制 | 探究运动对糖尿病胰腺多种细胞类型的保护作用机制 | 6周龄雄性db/db小鼠 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
171 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics reveals distinct role of monocytes/macrophages with high FCGR3A expression in kidney transplant rejections
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654741
PMID:41030449
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研究论文 | 通过空间转录组学技术揭示高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞在肾移植排斥反应中的关键作用 | 首次在肾移植排斥反应中鉴定出高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞亚群,并揭示其空间分布与组织病理特征的对应关系 | 研究样本量有限,仅基于核心针活检样本,需要更大规模研究验证 | 探究先天免疫细胞特定亚群在肾移植排斥反应中的作用机制 | 人类肾移植同种异体移植物的石蜡包埋核心针活检样本 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类肾移植同种异体移植物核心针活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)核心针活检样本的空间转录组分析 |
172 | 2025-10-05 |
Cytotoxic CD4+ T-follicular cells may mediate killing against lymphoma cells
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1657046
PMID:41030456
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研究论文 | 本研究揭示了具有细胞毒性表型的CD4+ T滤泡细胞在淋巴瘤中的存在和功能作用 | 首次发现并命名了具有细胞毒性表型的CD4+ T滤泡辅助细胞(Tk细胞),并证实了它们在淋巴瘤中的直接杀伤能力 | 研究样本仅限于滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤两种亚型,未涉及其他淋巴瘤类型 | 阐明Tk细胞在不同淋巴瘤亚型中的存在和功能相关性 | 滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,免疫荧光染色,细胞杀伤实验 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像数据 | 滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
173 | 2025-10-05 |
Characterization of MAIT cells in glioblastoma reveals a potential immunosuppressive role through a MAIT-neutrophil axis
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf173
PMID:41030524
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研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了胶质母细胞瘤中MAIT细胞通过MAIT-中性粒细胞轴发挥免疫抑制作用的机制 | 首次系统表征胶质母细胞瘤中MAIT细胞的特征,发现MAIT-中性粒细胞轴在肿瘤免疫抑制微环境中的新作用 | 样本量相对有限(20例组织样本),需要进一步功能验证实验 | 探究MAIT细胞在胶质母细胞瘤免疫微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤患者的外周血样本和肿瘤组织样本 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术, bulk RNA-seq, scRNA-seq, 多重组织成像 | NA | 流式细胞数据, RNA测序数据, 单细胞测序数据, 组织成像数据 | 20例胶质母细胞瘤组织样本及对应外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
174 | 2025-10-05 |
Exosome-based Sfrp2 inhibition in mesangial cells alleviates osteoporosis and promotes osteointegration in diabetic kidney disease
2025, Regenerative biomaterials
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/rb/rbaf093
PMID:41030909
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研究论文 | 本研究通过外泌体递送Sfrp2 siRNA靶向肾小球系膜细胞,揭示了SFRP2介导的肾-骨轴在糖尿病肾病和骨质疏松中的作用机制 | 首次发现肾小球系膜细胞分泌的SFRP2是连接肾脏损伤与骨丢失的关键分子桥梁,并利用外泌体成功实现靶向治疗 | 研究仅使用小鼠和大鼠模型,尚未在人类临床中得到验证 | 探究糖尿病肾病与骨质疏松之间的分子机制,并开发针对性的治疗策略 | 糖尿病肾病小鼠和大鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病肾病,骨质疏松 | 单细胞测序,外泌体递送,siRNA干扰 | NA | 基因表达数据,组织形态学数据 | 糖尿病小鼠和大鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
175 | 2025-10-05 |
Characterization of the phenotype and function of PRELP+ fibroblast subtype in liver metastatic colorectal cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1615259
PMID:41031085
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定并表征了结直肠癌肝转移中PRELP阳性癌症相关成纤维细胞亚型的表型和功能 | 首次在结直肠癌肝转移中鉴定出PRELP+ CAF这一独特的终末分化成纤维细胞亚型,并揭示其通过免疫抑制微环境促进肿瘤进展的机制 | 研究样本量有限,功能验证实验需要进一步扩展 | 探究结直肠癌肝转移中成纤维细胞的异质性和特定功能 | 结直肠癌原发灶伴肝转移(mCC)和肝转移灶(mLC)组织样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 转录组分析, 伪时间轨迹分析, 多重免疫荧光染色, 细胞间通讯分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
176 | 2025-10-05 |
Identification and Validation of Fibroblast-Associated Genes in Osteoarthritis Based on High-Dimensional Weighted Gene Coexpression Network Analysis
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5547701
PMID:41031145
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据筛选与成纤维细胞相关的骨关节炎关键诊断基因 | 首次结合成纤维细胞特异性单细胞数据和hdWGCNA方法系统筛选并验证骨关节炎诊断关键基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 筛选骨关节炎中与成纤维细胞相关的关键诊断基因 | 骨关节炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,加权基因共表达网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OA和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
177 | 2025-10-05 |
SPP1+ Macrophage-Associated Prognostic Signature in Hepatocellular Carcinoma via Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5555332
PMID:41031219
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析开发肝细胞癌中SPP1+巨噬细胞相关的预后标志物 | 首次构建基于SPP1+巨噬细胞的七基因预后特征,并应用多算法AI框架提升模型性能 | NA | 探索SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌免疫微环境中的作用并开发预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | Cox回归, Lasso回归, 多算法AI框架 | 基因表达数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
178 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Highlights the Impact of NFKB2-Mediated MIF-CD44 Signaling Axis in Endometrioid Endometrial Cancer
2025, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S530666
PMID:41040843
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示NFKB2介导的MIF-CD44信号轴在子宫内膜样子宫内膜癌中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统描绘EC肿瘤微环境,发现M2_like2巨噬细胞与SOX9+LGR5-上皮细胞间通过MIF-(CD74+CD44)信号轴进行强烈通讯,并证实NFKB2介导MIF对CD44受体的促癌作用 | 样本量相对有限(15例EC和5例正常样本),主要基于公共数据库分析,实验验证仍需加强 | 解析子宫内膜样子宫内膜癌肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯机制 | 子宫内膜样子宫内膜癌患者组织和正常子宫内膜组织 | 单细胞组学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析(包括拟时序轨迹、拷贝数变异、细胞通讯分析) | 单细胞转录组数据 | 15例子宫内膜样子宫内膜癌样本和5例正常子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
179 | 2025-10-05 |
Cell-weighted polygenic risk scores are associated with β-amyloid and tau biomarkers in Alzheimer's disease
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf353
PMID:41040848
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发细胞加权多基因风险评分,探索不同细胞类型对阿尔茨海默病中β-淀粉样蛋白和tau蛋白生物标志物的影响 | 首次开发细胞特异性加权的多基因风险评分,揭示不同细胞类型对阿尔茨海默病病理的差异化贡献 | 研究样本主要来自BioFINDER队列,需要在更广泛人群中验证 | 探究不同细胞类型在阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白和tau蛋白病理积累中的作用机制 | BioFINDER-1和BioFINDER-2研究中的认知正常个体、轻度认知障碍患者、阿尔茨海默病痴呆患者和非阿尔茨海默病神经退行性疾病患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联研究 | 回归模型 | 基因表达数据, 脑脊液生物标志物数据, 认知评估数据 | BioFINDER-1: 1293人(认知正常734人, 轻度认知障碍235人, 阿尔茨海默病痴呆97人, 其他神经疾病227人); BioFINDER-2: 1736人(认知正常773人, 轻度认知障碍358人, 阿尔茨海默病痴呆286人, 其他神经疾病319人) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
180 | 2025-10-05 |
Structure-guided integrative soft deep clustering analysis of scRNA-seq and scATAC-seq data
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1678891
PMID:41040877
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研究论文 | 提出一种结构引导的软深度聚类框架,用于整合分析单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 开发了结构引导的软深度聚类框架,通过概率聚类分配捕捉细胞动态过渡状态,并采用对比学习对齐多模态表示 | NA | 解决单细胞聚类中硬分配方法无法捕捉细胞动态过渡状态的问题 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 对比学习, 注意力机制 | 深度学习, 软聚类 | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | 四个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |