单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-05 |
Crotonate enhances intestinal regeneration after injury via HBO1-mediated H3K14 crotonylation
2025-Oct-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63869-2
PMID:41038843
|
研究论文 | 本研究揭示了克罗托酸通过HBO1介导的H3K14克罗托酰化促进肠道损伤后再生修复的机制 | 首次发现克罗托酸和H3K14cr在再生隐窝中增加，并证明HBO1介导的H3K14cr在肠道再生中的关键作用 | 未明确说明样本量大小和研究局限性 | 探究组蛋白克罗托酰化特别是H3K14cr在肠道再生中的作用机制 | 肠道上皮细胞、Lgr5肠道干细胞、再生隐窝 | 分子生物学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-05 |
Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers
2025-Oct-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62359-9
PMID:41038850
|
研究论文 | 本研究对六种单细胞RNA测序拷贝数变异检测工具进行了系统性评估 | 首次对单细胞RNA测序CNV检测方法进行独立基准测试，并开发了用于新数据集方法选择的基准测试流程 | 性能受数据集特定因素影响，包括数据集大小、CNV数量和类型以及参考数据集选择 | 评估单细胞RNA测序CNV检测方法的准确性和性能 | 六种流行的单细胞RNA测序CNV检测计算方法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于液滴的单细胞RNA测序数据集 |
| 103 | 2025-10-05 |
Androgen receptor interacts with c-Myc to regulate macrophage-osteoclast axis and drive bone metastasis in triple negative breast cancer
2025-Oct-02, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03202-2
PMID:41039017
|
研究论文 | 本研究揭示雄激素受体与c-Myc相互作用通过调控巨噬细胞-破骨细胞轴驱动三阴性乳腺癌骨转移的机制 | 首次发现AR与c-Myc相互作用调控巨噬细胞向破骨细胞分化，阐明TNBC骨转移的分子机制 | 主要依赖小鼠模型和回顾性数据分析，缺乏临床前瞻性验证 | 探索三阴性乳腺癌骨转移的器官特异性机制 | 三阴性乳腺癌细胞、巨噬细胞、破骨细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, CUT&TAG测序, 免疫共沉淀, 破骨细胞分化实验 | 小鼠模型 | 基因组数据, 蛋白质相互作用数据 | 公共数据库回顾性数据及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, CUT&TAG测序 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-05 |
Identification and expression analysis of papain-like cysteine proteases gene family and response to B. cinerea stress in F. vesca
2025-Oct-02, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-025-07291-2
PMID:41039302
|
研究论文 | 本研究通过系统分析森林草莓中木瓜样半胱氨酸蛋白酶基因家族，揭示了其在灰葡萄孢菌胁迫响应中的功能 | 首次在森林草莓中系统鉴定PLCP基因家族，结合单细胞转录组和双转录组分析揭示了该基因家族在病原菌胁迫下的细胞类型特异性表达模式 | 研究主要基于生物信息学分析和表达验证，缺乏直接的基因功能验证实验 | 探究森林草莓PLCP基因家族在生物胁迫响应中的功能 | 森林草莓(Fragaria vesca)的PLCP基因家族 | 植物分子生物学 | 植物真菌病害 | 系统发育分析,染色体定位,Ka/Ks分析,顺式元件分析,单细胞转录组测序,双转录组测序,RT-qPCR,瞬时表达实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,基因表达数据 | 44个FvPLCP基因 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example
2025-Oct, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70198
PMID:40626415
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了人参中三萜类化合物人参皂苷的多细胞区室化分布图谱 | 首次报道植物三萜类化合物的生物合成多细胞定位图谱，构建了人参皂苷的多细胞区室化分布图 | 仅以人参皂苷为例研究植物三萜类化合物，未涵盖其他三萜类化合物 | 揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化分布规律 | 人参（Panax ginseng）组织中的三萜类化合物人参皂苷 | 植物代谢组学 | NA | 单细胞测序，质谱成像 | 伪时间分析 | 单细胞基因表达数据，空间代谢物分布图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间代谢组学 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcription Reveals the Fibroblast Heterogeneity and Neural Cells' Significance in Desmoid Fibromatosis
2025-Oct, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70160
PMID:40706632
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性及神经细胞在肿瘤微环境中的重要作用 | 首次揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性，鉴定出特异性标志物ADAM12和转录因子CREB3L1，发现神经细胞在维持促纤维化微环境中的关键作用 | NA | 揭示硬纤维瘤的细胞特征和肿瘤微环境组成 | 硬纤维瘤组织，并与瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞进行对比 | 单细胞测序 | 硬纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用公共数据集GSE163973，包含硬纤维瘤、瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-05 |
Pan-Cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells
2025-Oct-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595
PMID:40742316
|
研究论文 | 通过整合33种癌症类型的单细胞RNA测序数据，建立了人类树突状细胞的全面蓝图 | 发现了肿瘤浸润的罕见树突状细胞亚群，揭示了LAMP3+ DCs的多重细胞起源与功能潜力 | NA | 探索肿瘤微环境中树突状细胞的异质性，为基于DC的免疫疗法开发提供见解 | 肿瘤浸润树突状细胞 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 2500多个样本，涵盖33种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-05 |
Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280155.124
PMID:40750330
|
研究论文 | 本研究通过大规模表观基因组分析开发了表观遗传漂变评分，揭示了DNA甲基化变异性与衰老过程的关联 | 首次在大型中国人群中开展全面的表观基因组漂变研究，开发了量化个体漂变负担的表观遗传漂变评分，并揭示了漂变与转录变异性、代谢特征和遗传决定因素的关联 | 研究主要基于850K EPIC芯片数据，可能未覆盖全基因组所有CpG位点，且不同人群队列的样本量存在差异 | 探究表观遗传漂变在人类衰老过程中的规模、生物学意义和人群特异性 | 中国人群(n=3538)和欧洲人群(n=956)的DNA甲基化数据 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | DNA甲基化芯片分析，单细胞RNA-seq，全基因组关联分析(GWAS) | 统计检验(White's test)，表观遗传漂变评分模型 | DNA甲基化数据，转录组数据，脂质组数据，临床数据 | 总样本量5961人(中国人群5005人，欧洲人群956人) | Illumina | DNA甲基化芯片，单细胞RNA-seq | 850K EPIC array | Illumina EPIC 850K甲基化芯片 |
| 109 | 2025-10-05 |
Intergenic accumulation of RNA polymerase II maintains the potential for swift transcriptional restart upon release from quiescence
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279874.124
PMID:40796281
|
研究论文 | 本研究通过追踪芽殖酵母静息细胞中转录活性的全局变化，揭示了RNA聚合酶II在基因间区域的积累对快速重启转录的关键作用 | 发现静息细胞中RNA聚合酶II在三分之一基因启动子处的特异性积累，这种分布模式确保细胞在重返生长时能快速启动转录反应 | 研究仅限于芽殖酵母模型，在高等真核生物中的普适性仍需验证 | 探究静息细胞如何维持快速重启转录的分子机制 | 芽殖酵母的静息细胞群体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序，细胞分选 | NA | 转录组数据 | 分选的静息细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-10-05 |
Deciphering context-specific gene programs from single-cell and spatial transcriptomics data with DeCEP
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279689.124
PMID:40841173
|
研究论文 | 提出DeCEP计算框架，用于从单细胞和空间转录组数据中识别特定背景的基因程序 | 利用功能基因列表和有向图构建功能网络，基于网络拓扑识别背景依赖的枢纽基因，实现更精细的基因程序表征 | NA | 开发计算框架以解析特定细胞或空间背景下的基因程序 | 单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 功能网络分析 | 基因表达数据 | 模拟和真实生物数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-05 |
Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis
2025-Oct, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01343-1
PMID:40962953
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了严重酒精相关性肝炎中浸润巨噬细胞替代库普弗细胞并发挥多种功能 | 发现sAH肝脏中独特的C1Q巨噬细胞群，可能通过清除凋亡中性粒细胞发挥补偿作用 | 研究主要基于人类肝脏移植样本和实验动物模型，需要进一步验证这些发现 | 探究严重酒精相关性肝炎中巨噬细胞的多样性和功能 | 酒精性肝硬化患者和严重酒精相关性肝炎患者的肝脏样本，以及酒精诱导肝损伤实验模型 | 单细胞生物学 | 酒精性肝病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人类肝脏移植样本（sAH和AC患者）和实验小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-05 |
Plasma proteome correlations with liver stiffness in pediatric cholestasis implicate epithelial to mesenchymal transition
2025-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000796
PMID:41021277
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析探索儿童胆汁淤积性肝病中肝脏硬度与蛋白质表达的相关性 | 首次在多种儿童胆汁淤积性疾病中系统分析血浆蛋白质组与肝脏硬度的疾病特异性相关性，并发现上皮间质转化通路在所有三种疾病中均显著富集 | 研究为横断面分析，无法确定因果关系；样本量相对有限 | 探究儿童胆汁淤积性肝病中血浆蛋白质组与肝脏硬度的相关性及其生物学意义 | 187名儿童（93例胆道闭锁、31例α-1抗胰蛋白酶缺乏症、46例Alagille综合征患者及17名健康对照） | 蛋白质组学 | 肝胆疾病 | 慢解离速率修饰适体扫描分析、振动控制弹性成像、单细胞转录组学、机器学习 | 弹性网络模型 | 蛋白质组数据、临床参数、转录组数据 | 187名儿童（93例BA、31例A1AT、46例ALGS、17名健康对照） | NA | 血浆蛋白质组分析、单细胞转录组学 | NA | 慢解离速率修饰适体扫描分析技术检测7000多种血浆蛋白质 |
| 113 | 2025-10-05 |
LAG3 as a Tumor Suppressor and Immune Regulator in Cervical Cancer: From Functional Validation to Therapeutic Strategy
2025-Oct, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71278
PMID:41025546
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，系统表征了宫颈癌中焦亡相关基因的特征，并发现LAG3作为关键肿瘤抑制因子和免疫调节因子 | 首次建立基于焦亡相关基因的宫颈癌预后模型，并通过功能实验证实LAG3的肿瘤抑制功能 | 研究样本主要来自公共数据库，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 系统分析宫颈癌中焦亡相关基因的预后和治疗价值 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 多组学分析，单细胞RNA测序，Western blot，CCK-8，集落形成，transwell实验 | LASSO-Cox回归模型 | 基因组数据，转录组数据，单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中的宫颈癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-10-05 |
Artemisia annua-derived extracellular vesicles reprogram breast tumor immune microenvironment via altering macrophage polarization and synergizing recruitment of T lymphocytes
2025-Oct-01, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-025-01210-1
PMID:41029711
|
研究论文 | 本研究从青蒿中分离细胞外囊泡，探索其通过改变巨噬细胞极化和协同招募T淋巴细胞来重编程乳腺癌免疫微环境的作用机制 | 首次发现青蒿来源的细胞外囊泡能够通过激活NF-κB信号通路和抑制PPARγ通路，促进巨噬细胞从M2型向M1型极化，并增强T淋巴细胞向肿瘤床的浸润 | 青蒿细胞外囊泡在乳腺癌治疗中的临床应用潜力仍需进一步验证 | 探索青蒿来源细胞外囊泡对乳腺癌免疫微环境的重编程作用 | 乳腺癌细胞、巨噬细胞、T淋巴细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, mRNA测序, 透射电子显微镜, 纳米颗粒跟踪分析, 超高效液相色谱-质谱联用, 高效液相色谱 | NA | 单细胞RNA测序数据, mRNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-05 |
Multicondition and multimodal temporal profile inference during mouse embryonic development
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279997.124
PMID:40813249
|
研究论文 | 提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据 | 开发能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据的联合建模方法 | 由于单细胞测量的破坏性特性，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹 | 推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时间谱 | 小鼠胚胎发育过程中的单细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 联合建模框架 | 单细胞时间序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-10-05 |
Exploring the mechanisms underlying effects of oxygenated polycyclic aromatic hydrocarbons exposure on inflammatory bowel disease
2025-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119153
PMID:41038021
|
研究论文 | 本研究探讨了氧代多环芳烃暴露对炎症性肠病影响的分子机制 | 首次系统揭示OPAHs通过氧化应激和免疫反应途径影响IBD的分子机制，并识别出三个核心靶点基因 | 研究主要基于网络毒理学和计算分析，实验验证相对有限 | 探索环境污染物OPAHs与炎症性肠病之间的毒性作用机制 | 氧代多环芳烃(OPAHs)和炎症性肠病(IBD) | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 网络毒理学、单细胞RNA测序、分子对接、体外实验 | 机器学习算法 | 基因表达数据、分子对接数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-05 |
Deciphering the carcinogenic role of benzo[a]pyrene in glioblastoma: Insights from network toxicology, single-cell transcriptomics, and Mendelian randomization
2025-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119155
PMID:41038024
|
研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、孟德尔随机化和文献计量学方法，揭示了苯并[a]芘通过靶向TP53基因促进胶质母细胞瘤发生的机制 | 首次将网络毒理学、单细胞转录组学、孟德尔随机化和文献计量学整合应用于环境致癌物与胶质母细胞瘤关系研究，发现BaP通过靶向TP53驱动胶质母细胞瘤发生 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内实验验证 | 探索苯并[a]芘在胶质母细胞瘤中的致癌机制 | 胶质母细胞瘤相关基因和细胞亚群 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 网络毒理学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 分子对接, 分子动力学模拟, 文献计量学分析 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 分子对接模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 单细胞RNA-seq数据集GSE131928 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2025-10-05 |
Sequencing-free whole-genome spatial transcriptomics at single-molecule resolution
2025-Oct-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.006
PMID:41038164
|
研究论文 | 开发了一种无需测序、具有全基因组覆盖和单分子分辨率的空间转录组学方法RAEFISH | 首次实现无需测序的全基因组空间转录组分析，同时具备单分子分辨率 | 未明确说明技术在实际应用中的限制条件 | 开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组学技术 | 人类和小鼠组织样本中的转录本 | 空间转录组学 | NA | 反向padlock扩增子编码荧光原位杂交(RAEFISH) | NA | 图像数据 | 涵盖23,000个人类基因和22,000个小鼠基因 | NA | 空间转录组学,荧光原位杂交,CRISPR筛选 | NA | RAEFISH技术平台 |
| 119 | 2025-10-05 |
Single-cell profiles delineate immune cell remodeling and enhanced tumor-fibroblast interaction of hepatoblastoma after chemotherapy
2025-Oct-01, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102401
PMID:41038160
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了化疗后肝母细胞瘤免疫细胞重塑和肿瘤-成纤维细胞相互作用增强的机制 | 首次在肝母细胞瘤中整合单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组学、多重免疫荧光和患者来源异种移植模型，系统描绘化疗后肿瘤微环境变化 | 样本量相对有限（32个肿瘤），需要进一步验证FGF-FGFR信号通路在临床治疗中的具体应用价值 | 探究化疗对肝母细胞瘤肿瘤微环境的影响及化疗耐药机制 | 肝母细胞瘤患者肿瘤组织（化疗前后） | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学, 多重免疫荧光, 患者来源异种移植 | NA | 单细胞RNA序列, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 免疫荧光图像 | 32个肝母细胞瘤肿瘤（化疗前后配对样本） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell genomics of two uncultivated Naegleria species harboring Legionella cobionts
2025-Sep-30, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00352-25
PMID:40862623
|
研究论文 | 本研究通过单细胞基因组测序技术，对两种携带军团菌共生体的未培养耐格里属阿米巴进行基因组比较分析 | 首次从单细胞水平直接关联细胞内病原体与其宿主，发现编码抗血凝素样结构域的基因家族，并鉴定出类似植物病原菌TAL效应蛋白的新型军团菌效应蛋白 | 研究对象仅限于从英国利姆河分离的两种未培养耐格里属物种，样本来源有限 | 理解原生生物-细菌相互作用的进化及其在环境中维持细菌病原体的作用 | 两种未培养耐格里属阿米巴及其携带的军团菌共生体 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 两个耐格里属物种的单细胞样本 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | NA |