单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-05 |
Benchmarking multi-slice integration and downstream applications in spatial transcriptomics data analysis
2025-Sep-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03796-z
PMID:41024097
|
研究论文 | 本研究提出了一个全面的基准测试框架，用于评估空间转录组学中多切片整合方法的性能 | 首次系统性地评估了12种多切片整合方法在19个不同数据集上的表现，并建立了从上游到下游的完整分析流程 | 方法性能高度依赖于应用场景、数据集大小和技术平台，存在数据依赖性差异 | 评估空间转录组学中多切片整合方法的可靠性和下游应用效果 | 12种多切片整合方法和19个不同的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 空间基因表达数据 | 19个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-05 |
Microglia networks within the tapestry of alzheimer's disease through spatial transcriptomics
2025-Sep-29, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00897-y
PMID:41024223
|
综述 | 通过空间转录组学技术探讨阿尔茨海默病中小胶质细胞网络的作用机制 | 整合成像和测序为基础的空间转录组学方法，揭示小胶质细胞在淀粉样斑块微环境中的区域异质性和功能多样性 | 作为综述文章，不包含原始实验数据，主要基于现有研究进行整合分析 | 理解阿尔茨海默病发病机制中的细胞间相互作用和微环境影响 | 阿尔茨海默病患者脑组织和小鼠模型中的小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-05 |
NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma
2025-Sep-27, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582
PMID:41022354
|
研究论文 | 本研究开发并验证了基于NOTCH相关基因的头颈鳞状细胞癌预后预测模型 | 首次构建NOTCH评分系统用于HNSCC预后预测，并揭示其与肿瘤免疫微环境和治疗反应的关系 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性 | 开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型并探索其临床意义 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，免疫组化，LASSO回归，ROC分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据，临床数据 | 头颈鳞状细胞癌患者队列（训练集和验证集） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-05 |
A Multi-Layered Atlas of Spatial Regulatory Programs and Therapeutic Vulnerabilities in Glioblastoma
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.27.674707
PMID:41040398
|
研究论文 | 本研究构建了一个整合多层次的胶质母细胞瘤空间调控图谱，将转录因子和通路活性推断与配体/受体及药物靶点映射相结合 | 开发了整合STAN和SPAN的计算框架，首次在系统水平上解析胶质母细胞瘤空间异质性的调控逻辑与治疗脆弱性关联 | 研究仅基于26个肿瘤样本，样本量相对有限，需要更大规模验证 | 解析胶质母细胞瘤空间异质性的系统调控逻辑并识别治疗脆弱性 | 26个胶质母细胞瘤肿瘤样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | STAN, SPAN | 空间转录组数据 | 26个肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-05 |
Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction
2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120652
PMID:41016542
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研究论文 | 本研究解析了古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死血管新生的分子机制 | 首次结合网络药理学、RNA测序和单细胞测序技术系统阐明古今录验续命汤治疗脑梗死的作用靶点RAB11A及其分子机制 | 分子机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证 | 阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管新生的分子机制 | 脑梗死模型动物和细胞 | 生物信息学 | 脑梗死 | HPLC-MS/MS, RNA-seq, 单细胞测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 使用公共数据集GSE137482和GSE225948 | NA | RNA测序, 单细胞测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-05 |
Super-Resolved Spatial Transcriptomics Reveals Early Changes in RNA Localization in the 5xFAD Hippocampus
2025-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678295
PMID:41040317
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研究论文 | 本研究利用超分辨率空间转录组技术揭示了5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠海马区RNA定位的早期变化 | 首次在阿尔茨海默病早期病理出现前，通过超分辨率空间转录组技术发现RNA空间定位紊乱是疾病的早期分子特征 | 研究仅限于5xFAD小鼠模型，且仅分析了101个基因的空间分布 | 探究阿尔茨海默病早期阶段RNA空间定位的变化特征 | 4周龄5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和野生型小鼠的海马组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | Expansion Sequencing (ExSeq), 空间RNA速度分析 | NA | 空间转录组数据 | 5xFAD和野生型小鼠海马组织 | NA | 空间转录组学 | NA | Expansion Sequencing (ExSeq) 超分辨率技术 |
| 147 | 2025-10-05 |
Inflammatory macrophages drive smooth muscle dedifferentiation via YAP signaling in murine deep vein thrombosis
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678378
PMID:41040135
|
研究论文 | 本研究揭示了炎症巨噬细胞通过YAP信号通路驱动平滑肌细胞去分化在深静脉血栓形成中的机制 | 首次发现炎症巨噬细胞通过抑制Hippo通路效应因子YAP驱动平滑肌细胞去分化在深静脉血栓早期发病中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究深静脉血栓形成中平滑肌细胞表型变化的分子机制 | 小鼠深静脉血栓模型中的静脉平滑肌细胞和炎症巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 深静脉血栓 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, Western blotting, qRT-PCR, 功能分析 | 小鼠深静脉血栓停滞模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 雄性和雌性小鼠的静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-05 |
Peripheral nerve-targeting and pain-promoting transcriptomic signatures in early Guillain-Barré syndrome
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678413
PMID:41040175
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA测序揭示早期吉兰-巴雷综合征中免疫细胞与周围神经系统相互作用的分子机制 | 首次在AIDP变异型GBS患者中结合单细胞和bulk RNA测序分析，发现特定白细胞亚群与周围神经细胞相互作用的分子机制 | 研究样本量有限，仅针对早期未治疗的AIDP变异型患者，需要进一步功能验证 | 阐明吉兰-巴雷综合征早期自身免疫损伤的驱动机制 | 早期未治疗的AIDP变异型GBS患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 吉兰-巴雷综合征 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 早期未治疗AIDP变异型GBS患者和健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-05 |
Dual-patterned pluripotent stem cells self-organize into a human embryo model with extended anterior-posterior patterning
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.25.678678
PMID:41040184
|
研究论文 | 本研究通过双模式预分化人类多能干细胞，开发出具有前后轴模式化特征的人类胚胎模型 | 首次通过混合前后轴预分化干细胞实现自组织形成具有完整前后轴特征的人类胚胎模型 | 缺乏脊索结构和完整的背腹极性 | 建立更完善的人类胚胎发育模型以研究体轴形成机制 | 人类多能干细胞(hPSCs) | 发育生物学 | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 人类胚胎模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-05 |
Mapping disease critical spatially variable gene programs by integrating spatial transcriptomics with human genetics
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678397
PMID:41040309
|
研究论文 | 开发了一种名为Spacelink的统一框架，通过整合空间转录组学与人类遗传学数据来识别与疾病相关的空间可变基因程序 | 提出自适应混合数据驱动空间核模型，在整体组织和细胞类型分辨率下建模基因空间变异性，并引入有效空间变异性(ESV)指标 | NA | 解码连接组织架构与疾病遗传学的空间可变基因程序 | 人类健康组织(大脑皮层、淋巴结、肝脏)、小鼠器官发生图谱、阿尔茨海默病患者样本 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病,自闭症谱系障碍,复杂疾病 | 空间转录组学,遗传学分析 | 自适应混合空间核模型 | 空间基因表达数据,遗传数据 | 3个健康人类组织,32个阿尔茨海默病样本,8个小鼠发育阶段 | 10x Genomics,Nanostring | 空间转录组学 | 10x Visium,CosMx,Stereo-seq | Visium空间基因表达平台,CosMx空间分子成像仪,Stereo-seq空间转录组技术 |
| 151 | 2025-10-05 |
Regional Signaling Controls Stem Cell-Mediated Regeneration in an Invertebrate Chordate
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.25.678506
PMID:41040342
|
研究论文 | 本研究通过比较海鞘再生与非再生片段，揭示了区域特异性信号如何调控干细胞介导的再生过程 | 首次在海鞘模型中系统比较再生与非再生环境的转录动态和信号差异，发现再生能力不仅取决于干细胞数量，更关键的是区域特异性信号调控 | 研究局限于单一无脊椎脊索动物模型，结论在其他系统中的普适性有待验证 | 探究局部信号如何调控干细胞在损伤后的激活和再生过程 | 海鞘（无脊椎脊索动物）的再生与非再生身体片段 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 流式细胞术, scRNA-seq, 移植实验, 命运图谱 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 海鞘再生与非再生片段对比样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-05 |
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Sep-25, ArXiv
PMID:41040798
|
研究论文 | 提出HEIST分层图变换器基础模型，用于空间转录组学和蛋白质组学数据分析 | 首次将组织建模为分层图结构，通过跨层级消息传递实现空间信息和细胞内基因共表达网络的联合建模，能够泛化到未见过的数据类型 | 未在文中明确说明具体限制 | 开发能够同时利用空间信息和细胞内分子程序的基础模型 | 空间转录组学和蛋白质组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 分层图变换器 | 空间坐标，基因表达，蛋白质计数 | 2230万个细胞，来自15个器官的124个组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-05 |
CD1d+ Goblet Cells Expand Colon-Resident Immature, Intermediate and Differentiated iNKT Cells to Limit Colitis
2025-Sep-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7603392/v1
PMID:41041542
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现结肠中存在不成熟和中间阶段的iNKT细胞，并揭示杯状细胞通过表达CD1d调控这些细胞的扩增从而限制结肠炎 | 挑战了传统认为iNKT细胞在胸腺发育后即固定不变的观点，首次发现成年结肠中iNKT细胞具有可塑性，并揭示杯状细胞作为非传统抗原呈递细胞的新功能 | NA | 探究结肠iNKT细胞的发育状态及其在结肠炎中的保护作用 | 人类和小鼠的结肠iNKT细胞及CD1d+杯状细胞 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-05 |
Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T-cell-mediated cytotoxicity
2025-Sep-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7633686/v1
PMID:41041547
|
研究论文 | 通过单细胞技术研究多发性硬化中慢性神经炎症的维持机制 | 首次结合单细胞转录组和T细胞受体测序揭示PRL相关干扰素信号和CD8+ T细胞毒性作用 | 样本量有限（34例MS患者），需要更大队列验证 | 探索多发性硬化慢性神经炎症的分子机制和潜在治疗靶点 | 多发性硬化患者和健康对照者的脑脊液和血液免疫细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 蛋白质组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列, 蛋白质组数据 | 34例多发性硬化患者（17例未治疗，6例B细胞清除治疗）和5例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-05 |
Single cell-scale spatial transcriptome profiling of the adult cycling mouse uterus
2025-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.22.677812
PMID:41040313
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组技术对成年小鼠子宫在生殖周期中的细胞类型和空间分布进行了高分辨率分析 | 首次在单细胞尺度上对成年小鼠子宫在四个不同动情周期阶段进行空间转录组分析，揭示了子宫细胞类型的空间分布特征 | 研究仅针对未生育的成年小鼠子宫，未涉及其他生理状态或疾病模型 | 揭示子宫在生殖周期中细胞重塑和再生的时空分子调控机制 | 成年未生育小鼠的子宫组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 覆盖四个动情周期阶段的成年小鼠子宫样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组技术，提供8x8微米分辨率的空间转录信息 |
| 156 | 2025-10-05 |
Longitudinal single-cell analysis of glucagon-like peptide-2 treatment in patients with short bowel syndrome
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194497
PMID:40773292
|
研究论文 | 本研究通过纵向单细胞分析探讨了GLP-2类似物治疗对短肠综合征患者肠道上皮细胞和免疫细胞动态变化的影响 | 首次在短肠综合征患者中进行为期一年的纵向单细胞RNA测序分析，并结合微生物组组成分析 | 样本量较小（仅5名男性患者），缺乏对照组 | 阐明GLP-2类似物在短肠综合征患者中的治疗机制 | 短肠综合征患者 | 单细胞组学 | 短肠综合征 | 单细胞RNA测序，微生物组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，微生物组数据 | 5名男性短肠综合征患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-05 |
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.23.678081
PMID:41040308
|
研究论文 | 本研究通过建立确定的细菌群落并结合空间转录组学技术，揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间的复杂相互作用 | 首次使用确定的13种细菌群落结合空间转录组学技术，在单细胞分辨率水平解析病原体-宿主-微生物群的相互作用机制 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能无法完全反映人类肠道环境的复杂性 | 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 | 无菌小鼠及其肠道微生物群 | 空间转录组学 | 肠道感染 | 16S rRNA基因测序,荧光原位杂交,RNAscope,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 三组无菌小鼠：C13定植组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组 | NA | 空间转录组学,16S rRNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-05 |
Reduced intestinal GLP-1 + cell numbers are associated with an inflammation-related epithelial metabolic signature
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.05.641577
PMID:41040310
|
研究论文 | 本研究探讨肠道炎症中GLP-1+细胞数量减少与炎症相关上皮代谢特征的关系 | 首次系统证明GLP-1+细胞减少是肠道炎症的普遍特征，并揭示其与线粒体功能障碍和代谢重编程的因果关系 | 主要依赖动物模型和体外器官样培养，人类样本验证相对有限 | 阐明肠内分泌细胞在肠道炎症中的作用机制 | 小鼠模型、克罗恩病患者黏膜活检、肠道器官样 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、器官样培养 | NA | 基因表达数据、组织学数据 | 4种小鼠炎症模型、克罗恩病患者活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-05 |
Defining the vascular niche of human adipose tissue across metabolic states
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.22.610444
PMID:41040169
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示人类皮下脂肪组织中血管生态位的细胞异质性和在代谢疾病中的作用 | 首次构建了包含近70,000个血管细胞的人类皮下脂肪组织单细胞转录组图谱，鉴定出一种新型异质性内皮细胞亚群（sub-AdECs）并证实其通过内皮-间质转化形成 | 研究主要关注皮下脂肪组织，其他脂肪库的血管生态位特征可能不同 | 阐明人类脂肪组织血管生态位在代谢状态下的细胞组成和功能特征 | 65名个体的皮下脂肪组织血管细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖和糖尿病 | 单细胞RNA测序，全组织成像 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 65名个体，近70,000个血管细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-05 |
Establishing a continuum of cell types in the visual cortex
2025-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.22.677893
PMID:41040235
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了小鼠视觉皮层L2/3层神经元连续体的发育机制及其在皮层连接中的作用 | 首次揭示视觉皮层神经元连续体通过遗传程序和视觉经验两阶段发育形成，并证明不同位置神经元优先投射到不同高级视觉区域 | 研究仅聚焦于小鼠视觉皮层L2/3层兴奋性神经元，未涉及其他皮层区域或神经元类型 | 理解视觉皮层神经元连续体的发育机制及其对皮层连接特异性的贡献 | 小鼠视觉皮层第2/3层兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | 单核多组学测序(RNA-seq和ATAC-seq)、空间转录组学 | NA | 基因组学数据、表观基因组学数据、空间基因表达数据 | NA | NA | 单核多组学测序, 空间转录组学 | NA | NA |