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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-01-20 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
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研究论文 | 本文介绍了空间人体解剖学图谱(SAHA),这是一个跨多器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考图谱 | 首次创建了跨多器官系统的多模态亚细胞分辨率健康成人组织参考图谱,整合了空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征 | NA | 构建一个全面的健康人体组织图谱,以支持空间诊断和下一代精准医学的发展 | 健康成人组织,包括胃肠道和免疫组织,以及结直肠癌和炎症性肠病的比较分析 | 数字病理学 | 结直肠癌, 炎症性肠病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单核RNA-seq | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 组织学图像 | 超过100名捐赠者的超过1500万个细胞 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP, 单核RNA-seq |
| 162 | 2026-01-20 |
A New Model of Gastric Pre-neoplasia Induced by Aberrant ADAR1-mediated Double-stranded RNA Signaling
2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101673
PMID:41197768
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研究论文 | 本研究通过在小鼠胃壁细胞中特异性删除ADAR1基因,建立了一种新的胃前瘤变模型,揭示了内源性双链RNA信号在胃上皮损伤和癌前病变中的作用 | 首次建立了由ADAR1介导的双链RNA信号失调驱动的胃前瘤变遗传模型,并发现线粒体双链RNA在胃上皮中的富集是病变的关键因素 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证;模型依赖于特定的基因删除,可能无法完全反映自然发生的胃前瘤变过程 | 明确双链RNA反应失调在胃上皮中对胃前瘤变的影响 | ADAR1基因特异性删除的小鼠胃壁细胞及其引发的胃前瘤变 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、双链RNA免疫沉淀、免疫电子显微镜 | 遗传小鼠模型(Adar1ΔPC) | 组织学、转录组、免疫学数据 | Adar1ΔPC小鼠及年龄匹配的对照组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2026-01-20 |
Integrated single-cell transcriptomics and spatial metabolomics unveil cellular differentiation and ginsenosides biosynthesis in Panax root tips
2025-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf202
PMID:41180020
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间代谢组学分析,揭示了人参属植物根尖的细胞分化轨迹和人参皂苷生物合成的细胞异质性 | 首次在人参属植物根尖中整合单细胞转录组和空间代谢组学,识别了新的转录因子并验证了其在内皮层木栓化和人参皂苷生物合成中的调控作用 | 研究仅聚焦于三种人参属物种,可能无法完全代表该属的多样性,且功能验证实验范围有限 | 探究人参属植物根尖早期发育过程中的细胞命运转变及人参皂苷生物合成的细胞异质性 | 三种人参属植物(Panax ginseng、Panax quinquefolius和Panax notoginseng)的根尖组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间代谢组学、LC-MS/MS、RNA原位杂交、双荧光素酶报告基因检测(dual-LUC)、电泳迁移率变动分析(EMSA) | NA | 转录组数据、代谢组数据、图像数据 | 三种人参属物种的根尖样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间代谢组学 | NA | NA |
| 164 | 2026-01-20 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases
2025-Oct-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017
PMID:40961941
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研究论文 | 本文介绍了RetiGene,一个专为遗传性视网膜疾病设计的专家策划基因图谱,整合了变异数据、批量与单细胞RNA测序以及功能注释 | 开发了首个综合性的专家策划基因图谱,整合多源数据以支持遗传性视网膜疾病的基因发现、功能研究和治疗开发 | 未提及样本量或具体技术限制,可能依赖于现有数据源的完整性和准确性 | 解决遗传性视网膜疾病中基因目录不完整和变异解释困难的问题,促进分子诊断和遗传研究 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因变异数据、RNA测序数据、功能注释 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2026-01-20 |
Recent Advances in Deciphering Normal and Diseased Aortic Valve Biology Using Transcriptomic Technologies
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70835
PMID:40903834
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综述 | 本文综述了转录组学技术(尤其是RNA-seq和单细胞测序)在揭示正常和病变主动脉瓣生物学机制方面的最新进展,并强调了其在识别治疗靶点方面的潜力 | 整合了最新的转录组学发现,特别关注瓣膜细胞可塑性、异质性和细胞间相互作用(尤其是瓣膜内皮细胞与单核细胞在生理和病理条件下的互作),并强调了表征健康主动脉瓣基线分子过程对解读疾病相关改变的重要性 | NA | 总结主动脉瓣结构和功能的最新认识,识别关键分子靶点,并为其在湿实验中的验证提供优先顺序,最终为开发有效的钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)疗法提供信息 | 主动脉瓣(AV),包括正常和病变状态,特别关注瓣膜内皮细胞(VECs)和单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序(RNAseq),单细胞测序(scRNAseq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2026-01-20 |
Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70814
PMID:40913484
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析,揭示了胶质母细胞瘤中NUCB2作为肿瘤侵袭和免疫功能障碍的关键调控因子 | 首次将NUCB2鉴定为胶质母细胞瘤中协调肿瘤细胞增殖和免疫调节功能的多功能调控因子,并揭示了其在肿瘤中心区域神经祖细胞样肿瘤细胞中的特异性上调 | 研究基于公共数据集,缺乏实验验证NUCB2在体内模型中的具体作用机制 | 阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制 | 胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个公共数据集中的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 167 | 2026-01-20 |
Numbat-multiome: inferring copy number variations by combining RNA and chromatin accessibility information from single-cell data
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf516
PMID:41104806
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat-multiome的新算法,该算法通过结合单细胞RNA测序和染色质可及性数据来推断拷贝数变异 | Numbat-multiome扩展了原始Numbat算法的功能,使其能够从scRNA-seq和scATAC-seq数据中单独或整合地进行CNV推断,通过基于共同基因组坐标系统的分箱策略统一不同模态的数据 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中准确推断拷贝数变异的算法,以更好地理解癌症中的遗传和表观遗传变化 | 癌症样本,包括早期多发性骨髓瘤和由慢性淋巴细胞白血病引发的Richter综合征 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 168 | 2026-01-20 |
Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL
2025-Aug-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08533-7
PMID:40770488
|
研究论文 | 介绍一种基于多核学习(scMKL)的创新方法,用于单细胞多组学数据的可解释和整合分析 | 结合复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性,在单细胞多组学数据整合中实现高精度且可解释的结果,识别关键转录组和表观遗传特征及多模态通路 | NA | 提供一种可解释且整合的单细胞多组学分析方法,以增强对癌症生物学和肿瘤进展的理解 | 健康与癌性细胞群体,包括乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌和肺癌 | 机器学习 | 乳腺癌, 淋巴癌, 前列腺癌, 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 多核学习(MKL) | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | 10x Multiome | NA |
| 169 | 2026-01-20 |
Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938
PMID:40608517
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用人淋巴结切片作为功能性模型系统,研究疫苗佐剂早期炎症反应的方法 | 开发了精确切割的人淋巴结切片作为保持组织结构完整的全器官模型系统,结合单细胞转录组学和多重成像技术,揭示了先天淋巴细胞和基质细胞在疫苗佐剂反应中的新作用 | 模型系统可能无法完全模拟体内复杂免疫环境,且研究聚焦于早期炎症反应,长期效应未涉及 | 研究人类免疫系统对疫苗佐剂的早期炎症反应机制 | 人淋巴结切片中的免疫细胞和基质细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学,多重成像 | NA | 转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2026-01-20 |
Single-cell RNA sequencing unraveled immune-related expression heterogeneity and lymphoid cell development dysregulation in childhood asthma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606650
PMID:41550933
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析儿童哮喘患者的外周血单个核细胞,揭示了免疫相关表达异质性和淋巴细胞发育失调在疾病中的作用 | 首次在儿童哮喘中应用单细胞RNA测序技术,系统揭示了免疫细胞发育轨迹异常和细胞间通讯网络的变化,识别了潜在的分子靶点 | 样本量较小(3例患者和4例对照),可能限制统计功效和普遍性结论 | 阐明免疫失调在儿童哮喘发病机制中的作用 | 儿童哮喘患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例儿童哮喘患者和4例年龄匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2026-01-20 |
Role of SUV39H2 in shaping the malignant phenotype of triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1679640
PMID:41551146
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研究论文 | 本文研究了SUV39H2在三阴性乳腺癌中的表达模式、临床相关性及其在肿瘤恶性表型中的功能作用 | 首次系统分析了SUV39H2在多种癌症中的表达模式,并验证了其在三阴性乳腺癌中的过表达及其与恶性特征的关联 | SUV39H2的临床效用需要进一步验证 | 阐明SUV39H2在三阴性乳腺癌中的表达模式、临床相关性及其功能作用 | 三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231和Hs-578T)及患者样本 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | TCGA-GTEX数据库分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学、Western blotting、Transwell迁移、克隆形成、球体形成及皮下异种移植肿瘤形成实验 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学图像、蛋白质印迹数据 | 五对三阴性乳腺癌患者样本及两个细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2026-01-20 |
Research progress of stem cells in the treatment of atherosclerosis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1722416
PMID:41552013
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综述 | 本文系统综述了近年来干细胞在治疗动脉粥样硬化方面的研究进展,重点关注了间充质干细胞、诱导多能干细胞和内皮祖细胞等主要细胞类型的作用机制,并总结了动物实验和临床试验的关键证据 | 提出了利用单细胞测序、类器官模型和精准递送系统等前沿技术来促进干细胞临床转化的具体实施路径,如筛选高活性干细胞亚群、模拟病变微环境评估疗效以及增强靶向递送 | 干细胞存在归巢效率低、存活时间短以及免疫排斥风险等核心挑战 | 探讨干细胞在动脉粥样硬化靶向治疗中的应用,旨在为疾病修饰治疗提供理论依据和研究方向 | 动脉粥样硬化(AS) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2026-01-20 |
Bu-Yi-Xin-Shen formula targets monocytes through PI3K-Akt/NF-κB signaling in post-percutaneous coronary intervention angina
2025, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/CMPK4691
PMID:41552316
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研究论文 | 本研究结合生物信息学与实验验证,探讨补益心肾方治疗经皮冠状动脉介入术后心绞痛的机制,发现其通过靶向单核细胞调控PI3K-Akt/NF-κB信号通路发挥作用 | 首次结合单细胞RNA测序与分子对接技术,识别补益心肾方在经皮冠状动脉介入术后心绞痛中的核心靶点基因与活性成分,并明确单核细胞为关键作用细胞类型 | 研究主要基于动物实验和生物信息学分析,缺乏临床样本的直接验证,且活性成分的体内药效与毒性需进一步评估 | 探究补益心肾方治疗经皮冠状动脉介入术后心绞痛的作用机制 | 经皮冠状动脉介入术后心绞痛患者相关靶点基因、单核细胞及动物模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子对接、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 174 | 2026-01-20 |
Visualizing stability: a sensitivity analysis framework for t-SNE embeddings
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1719516
PMID:41552665
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研究论文 | 本文提出一个计算框架,用于扩展标准t-SNE图,通过可视化线索展示t-SNE嵌入的稳定性 | 结合隐函数定理与自动微分进行敏感性分析,计算嵌入对输入数据的敏感性,并通过雅可比矩阵可视化特征影响和结构不稳定区域 | 未在摘要中明确说明 | 评估t-SNE可视化的稳健性和可解释性,以支持生物信息学中更严谨的科学结论 | 高维生物数据,包括批量RNA-seq、蛋白质组学和单细胞转录组学数据集 | 机器学习 | NA | t-SNE, 敏感性分析, 自动微分 | t-SNE | 高维数据 | 三个不同的生物数据集 | NA | bulk RNA-seq, proteomics, single-cell transcriptomics | NA | NA |
| 175 | 2026-01-20 |
Emerging technologies and current challenges in intratumoral microbiota research
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1685862
PMID:41552720
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物群研究领域的新兴技术与当前挑战,探讨了其在肿瘤微环境中的作用以及推动该领域向机制理解和临床转化发展的策略 | 系统总结了克服肿瘤内微生物群低生物量检测挑战的最新进展,包括改进的污染控制策略、高分辨率技术(如单细胞RNA测序、空间转录组学)以及人工智能辅助的多组学数据整合,推动该领域从描述性分析转向机制研究和临床转化 | 文章指出该领域尚未建立标准化的分析流程,采样方案、测序工作流程和生物信息学流程的差异阻碍了跨研究比较和可靠证据的整合 | 探讨如何克服肿瘤内微生物群研究的挑战,并推动该领域向机制理解和临床转化发展 | 肿瘤内微生物群及其在肿瘤微环境中的作用 | 肿瘤微生物组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 优化厌氧培养, 基因组解析分析, 酶水平分析, 人工智能 | NA | 微生物组数据, 临床数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 176 | 2026-01-20 |
Tumor-like characteristics of vascular smooth muscle cells in atherosclerosis
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1734123
PMID:41552822
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞(SMCs)表现出的肿瘤样特征,包括DNA损伤、基因组不稳定性、逃避衰老、过度增殖、迁移和侵袭激活、癌症干细胞样特性以及癌症相关信号通路激活 | 利用谱系追踪和单细胞转录组学揭示了血管SMCs在动脉粥样硬化发生过程中表现出高度可塑性及肿瘤样特征,挑战了其传统作为收缩和细胞外基质产生细胞的认知 | 这是一篇综述文章,未进行原始实验研究,主要基于现有文献进行讨论,未提供新的实验数据或样本分析 | 探讨动脉粥样硬化中血管SMCs的肿瘤样特征,为针对SMCs的新治疗策略提供理论基础,并为动脉粥样硬化的精准防治提供新思路 | 血管平滑肌细胞(SMCs)及其在动脉粥样硬化中衍生的细胞(SDCs) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2026-01-20 |
Matrine induces V-ATPase-dependent cytoplasmic vacuolation and inhibits the function of the lysosome in leukemia cells
2024-Dec, Pharmaceutical science advances
DOI:10.1016/j.pscia.2023.100013
PMID:41550167
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研究论文 | 本研究揭示了苦参碱通过诱导V-ATPase依赖性细胞质空泡化并抑制溶酶体功能,从而抑制白血病细胞增殖的新分子机制 | 首次发现苦参碱通过质子化激活V-ATPase导致溶酶体来源的酸性空泡形成,并系统阐明了其抑制白血病细胞增殖的分子途径 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏动物模型验证;分子机制中苦参碱质子化的具体过程仍需进一步验证 | 探究苦参碱抑制白血病细胞增殖的分子机制 | 白血病细胞系 | 分子生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、透射电镜、荧光显微镜、Western blot、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据 | 未明确样本数量,使用白血病细胞系进行实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2026-01-20 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和性碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力,并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确定量的影响 | 首次系统评估Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中测序通过胸腺嘧啶同聚物的准确性,开发了改进的接头修剪和比对流程,并证明该平台在多聚腺苷酸化位点分析中的独特优势 | 与单端比对相比,配对端比对并未持续提高读段映射率,且未排除其他新兴平台的类似性能潜力 | 评估新型测序技术对单细胞RNA-seq文库表征的改进效果 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, 配对端测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | Element Aviti平台采用亲和性碱基化学测序技术 |
| 179 | 2026-01-19 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to identify disulfidptosis-related gene signature, immune landscape, and immunotherapy targets in cutaneous melanoma
2026-Feb-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116046
PMID:41500176
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序,识别了皮肤黑色素瘤中与二硫键死亡相关的基因特征、免疫景观及免疫治疗靶点 | 首次在皮肤黑色素瘤中系统探索二硫键死亡的分子机制及其临床价值,并识别出关键基因B2M、HLA-A和HLA-B作为潜在治疗靶点 | 研究样本量有限,单细胞数据仅来自四名患者,且体外实验仅使用A-375细胞系,需进一步验证 | 阐明二硫键死亡在皮肤黑色素瘤中的分子机制及其对免疫治疗和预后的潜在影响 | 皮肤黑色素瘤细胞(A-375细胞系)及患者样本(单细胞数据来自4名患者,bulk数据来自472名患者) | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4名患者的单细胞数据,472名患者的bulk RNA数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 180 | 2026-01-19 |
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC
2026-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001302
PMID:40080840
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研究论文 | 本研究探讨了Pre-B细胞白血病转录因子1(PBX1)在肝纤维化中的作用,发现其通过激活IL-7信号通路促进肝星状细胞活化 | 首次揭示了PBX1在肝星状细胞活化中的关键作用,并发现其通过调控IL-7受体(IL7R)激活促纤维化信号级联 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限,且未深入探讨PBX1在其他肝细胞类型中的潜在作用 | 探究PBX1在肝纤维化过程中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 肝星状细胞(HSCs)、小鼠模型、肝硬化患者样本 | 数字病理学 | 肝纤维化、肝硬化、肝细胞癌 | 单细胞RNA-seq、转录组分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀 | NA | RNA-seq数据、转录组数据 | 小鼠模型及肝硬化患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |