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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-07-27 |
Integrated multi-omics and single-cell analysis of galectins and immune associations in triple-negative breast cancer
2026-Jul-02, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102887
PMID:42391674
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研究论文 | 通过整合多组学和单细胞分析,系统研究了半乳糖凝集素在三阴性乳腺癌中的表达、预后意义及其与肿瘤微环境和治疗反应的关系 | 首次在三阴性乳腺癌中从单细胞和整体水平系统解析了半乳糖凝集素家族成员在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达模式及其与免疫检查点、免疫浸润和治疗反应的关系 | NA | 阐明半乳糖凝集素在三阴性乳腺癌中作为候选生物标志物和治疗靶点的临床和转化意义 | 三阴性乳腺癌患者(FUSCC队列465例,TCGA队列161例,以及26例初治患者的单细胞RNA测序数据) | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 基因组数据, 单细胞数据 | 626例患者(FUSCC 465例,TCGA 161例)和26例患者的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2026-07-27 |
Smad2 Preserves Corneal Stromal Homeostasis by Restraining Profibrotic Smad3/YAP/TEAD2 Transcriptional Program
2026-Jul-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15131202
PMID:42439676
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研究论文 | 该研究揭示了Smad2通过抑制Smad3/YAP/TEAD2转录程序来维持角膜基质稳态,并发现YAP/TEAD抑制剂维替泊芬可有效治疗角膜纤维化 | 首次明确区分Smad2和Smad3在角膜纤维化中的不同作用,发现Smad2缺失导致Smad3-YAP-TEAD2三聚体复合物形成并驱动纤维化,提出靶向YAP/TEAD的治疗策略 | 研究主要基于Wnt1-Cre小鼠模型,未在其他角膜损伤模型中验证;Smad2在人类角膜中的具体作用尚需进一步研究 | 阐明Smad2在维持角膜基质稳态和防止纤维化中的关键作用及其与Smad3的差异 | Wnt1-Cre小鼠(神经嵴细胞特异性Smad2敲除)的角膜组织 | 数字病理学 | 角膜纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Wnt1-Cre小鼠角膜样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2026-07-27 |
Spatial Transcriptomics of Immune Cell Distribution in Non-Small Cell Lung Cancer Identifies Tertiary Lymphoid Structures and Its Density and Area Fraction Were Associated with Neoadjuvant Therapy Response
2026-Jul-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18132141
PMID:42449683
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研究论文 | 通过空间转录组学分析非小细胞肺癌中免疫细胞分布,鉴定三级淋巴结构及其密度和面积与新辅助治疗反应的关系 | 首次利用空间转录组学揭示非小细胞肺癌中三级淋巴结构的空间免疫细胞分布异质性,并发现成熟三级淋巴结构密度和面积比例与新辅助治疗反应显著相关 | 样本量较小(仅2例样本用于空间转录组学,66例患者用于关联分析),且样本类型仅限于肺鳞癌和肺腺癌,可能限制结果的普遍性 | 研究非小细胞肺癌中三级淋巴结构的空间分布特征及其与新辅助免疫治疗联合化疗疗效的关系 | 非小细胞肺癌患者肿瘤样本,包括肺鳞癌和肺腺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重免疫组化、免疫组织化学染色 | NA | 图像、空间转录组数据 | 2例样本用于空间转录组分析,66例患者用于三级淋巴结构密度和面积评估 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台,用于FFPE组织样本 |
| 164 | 2026-07-27 |
Single-Cell RNA-Seq of Pituitary and Ovary Identifies Regulators of Reproduction in Yellow Catfish (Pelteobagrus fulvidraco)
2026-Jul-02, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani16132044
PMID:42450751
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研究论文 | 对产卵前黄颡鱼的脑垂体和卵巢进行单细胞RNA测序,解析生殖细胞类型和调控网络 | 首次通过单细胞RNA测序构建黄颡鱼脑垂体和卵巢的高分辨率细胞图谱,发现性腺激素和类固醇信号在颗粒细胞和膜细胞中的功能分区,以及前列腺素和褪黑素旁分泌通路在卵母细胞成熟中的作用 | 未提及研究限制 | 阐明黄颡鱼生殖腺发育和卵母细胞成熟的细胞景观和调控通路 | 黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)的脑垂体和卵巢 | 单细胞转录组学 | 不适用 | scRNA-seq | 不适用 | 单细胞RNA测序数据 | 4条雌鱼(体重43.8±3.2克,体长14.1±0.7厘米)和4条雄鱼(体重78.2±11.2克,体长18.9±1.1厘米)的脑垂体 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 165 | 2026-07-27 |
Diversity, Equality, and Inclusion in the naïve T Cell Receptor Repertoire
2026-Jul, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70138
PMID:42385225
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综述 | 本文通过多样性、平等性和包容性的视角,审视人类初始T细胞受体库的基本特性 | 将多样性、平等性和包容性概念引入初始TCR库研究,挑战了克隆删除作为免疫耐受核心的传统观点,并提出群体感应等替代耐受机制的重要作用 | 对驱动克隆型大小异质性的机制理解不足,且关于阴性胸腺选择导致功能性空位的实验证据有限 | 阐明初始TCR库的特性及其对适应性免疫应答的影响 | 人类初始T细胞受体库 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 大规模单细胞测序 |
| 166 | 2026-07-27 |
Four-dimensional molecular mapping from a spatial snapshot reveals the dynamics of hair follicle organogenesis
2026-Jul-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.06.014
PMID:42385701
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研究论文 | 开发了一种名为3DEEP的组织透明化方法,从单个空间快照生成四维分子图谱,揭示毛囊器官发生的动态变化 | 首次通过去除基因组DNA的组织透明化技术实现深层组织空间转录组学分析,将单次空间快照转化为四维分子图谱,揭示器官发生的动态变化 | 未说明 | 通过深层组织空间转录组学揭示器官形成中隐藏的动态过程 | 新生小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 3D DNase增强表达谱分析(3DEEP) | NA | 图像 | 新生小鼠皮肤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 3DEEP组织透明化方法,用于深层空间转录组学分析 |
| 167 | 2026-07-27 |
Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens
2026-Jul-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2026.06.002
PMID:42385698
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学,绘制了人类伏隔核的时空分子图谱,揭示了不同细胞类型的解剖组织 | 首次将单细胞转录组与空间转录组结合,描绘人类伏隔核的时空分子图谱,并发现D1岛等新空间域及连续基因表达梯度 | 仅使用死后组织样本,可能无法完全反映活体状态;样本量未明确提及 | 阐明人类伏隔核中不同细胞类型的空间组织及其在神经精神疾病中的作用 | 人类伏隔核的死后组织样本 | 数字病理学 | 神经精神病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium单细胞3'端测序,10x Visium空间转录组学 |
| 168 | 2026-07-27 |
Systemic immune profiling in hepatocellular carcinoma: navigating etiological heterogeneity and selection bias
2026-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015777
PMID:42386346
|
评论 | 对Nishio等人关于晚期肝细胞癌联合免疫疗法循环免疫生物标志物的研究进行方法论评论,指出病因异质性、选择偏差和生物学适用性三个关键问题 | 提出了单细胞RNA测序(CITE-seq)在肝细胞癌免疫标志物研究中需考虑的病因异质性、选择偏差和数据组成性伪影等关键方法论问题 | 仅基于现有研究进行评论,未开展原始数据验证;对CellChat模型在外周循环高流量环境中的生物学适用性提出质疑 | 评估单细胞RNA测序(CITE-seq)在识别肝细胞癌免疫治疗生物标志物时的临床有效性及方法学局限性 | 循环免疫细胞亚群(单细胞RNA测序数据) | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(CITE-seq),CellChat | CellChat(配体-受体相互作用模型) | 单细胞转录组数据 | NA(未提供具体样本量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(CITE-seq) | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'(CITE-seq) |
| 169 | 2026-07-27 |
ENPP3 CAR T cells combined with CD206 modulation suppress adrenocortical carcinoma
2026-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013726
PMID:42386343
|
研究论文 | 该研究使用患者来源的异种移植(PDX)模型,识别了ENPP3作为肾上腺皮质癌的CAR T细胞免疫治疗新靶点,并发现联合CD206调节可克服肿瘤微环境的免疫抑制,增强治疗效果 | 首次在肾上腺皮质癌中识别ENPP3作为CAR T细胞治疗的新靶点,并提出联合CD206+肿瘤相关巨噬细胞调节的组合治疗策略 | ENPP3仅在4/7(57%)的ACC PDX中表达,治疗范围有限;且仅基于PDX模型,临床转化效果待验证 | 为肾上腺皮质癌开发新型CAR T细胞免疫治疗策略 | 肾上腺皮质癌患者来源的异种移植(PDX)模型和肿瘤样本 | 数字病理学 | 肾上腺皮质癌 | 单细胞RNA测序、表面蛋白质组学分析、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 7个PDX模型,样本量包括47个ACC患者(用于单细胞测序) | Illumina | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2026-07-27 |
Multi-omics profiling reveals systemic rejuvenation of the aged kidney through senolytic therapy
2026-Jul-01, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-026-00490-x
PMID:42386771
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研究论文 | 该研究通过多组学分析揭示了衰老肾脏在塞诺利治疗下的系统性年轻化机制 | 首次系统评估了达沙替尼和槲皮素联合疗法在自然衰老小鼠中的长期效应,并利用多组学方法揭示其在多个层面的抗衰老机制,包括逆转转录组衰老特征、重塑细胞间通讯网络 | 研究主要基于小鼠模型,其发现向人类转化的有效性尚需验证 | 探究塞诺利治疗对自然衰老肾脏的长期效应及其多层次系统性机制 | 自然衰老小鼠的肾脏组织 | 机器学习 | 肾脏衰老 | 蛋白质组学、单细胞转录组学、多组学分析 | NA | 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据 | 自然衰老小鼠的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 171 | 2026-07-27 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in the mouse visual cortex
2026-Jul-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10424-8
PMID:42386969
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和投射组数据,在小鼠视觉皮层中建立兴奋性神经元类型的综合分类体系 | 首次将长程轴突投射信息与单细胞转录组数据直接关联,建立了形态-电生理-转录组联合分类器,并利用基因表达模式预测单个神经元的投射靶点 | 研究仅涉及小鼠视觉皮层兴奋性神经元,未涵盖抑制性神经元及其他脑区,且样本量有限 | 建立小鼠视觉皮层兴奋性神经元的转录组-投射组联合分类体系 | 小鼠视觉皮层兴奋性神经元 | 机器学习 | NA | Patch-seq, RNA测序 | 多步分类器 | 基因表达数据, 形态学数据, 电生理数据, 投射组数据 | 1528个Patch-seq兴奋性神经元,341个全神经元形态学数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2026-07-27 |
Integrative Multi-Omics Analysis Reveals the Tumor-Suppressive and Immunoregulatory Roles of SEMA5B in Prostate Cancer
2026 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.70133
PMID:42399103
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示SEMA5B在前列腺癌中的抑癌和免疫调节作用 | 首次揭示SEMA5B由雄激素受体转录调控,并在前列腺癌中扮演抑癌角色,且与免疫炎症微环境及线粒体氧化代谢相关 | 未提及具体局限性 | 探究SEMA5B在前列腺癌中的功能及其作为肿瘤抑制因子和免疫治疗靶点的潜力 | SEMA5B基因及前列腺癌细胞系 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 批量RNA测序, 基因敲低, 染色质免疫沉淀 | NA | 转录组数据 | 单细胞转录组数据集、空间转录组样本、前列腺癌细胞系及异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2026-07-27 |
Single-Cell Transcriptomics and Development of Gametocyte-Specific Molecular Markers for Avian Malaria Parasites
2026-Jul, Molecular ecology resources
IF:5.5Q1
DOI:10.1111/1755-0998.70157
PMID:42409029
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研究论文 | 利用单细胞转录组学开发鸟疟原虫配子体特异性分子标记 | 首次开发出能区分禽疟原虫无性期、雄性和雌性配子体的分子标记,并证明其敏感性优于显微镜检查 | 缺乏体外培养系统,且研究仅针对单一疟原虫物种的两个细胞色素b谱系 | 开发量化与性别鉴定禽疟原虫可传播阶段(配子体)的分子工具 | 禽疟原虫Plasmodium relictum的无性期、雄性和雌性配子体 | 单细胞转录组学 | 禽疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个细胞色素b谱系(pSGS1和pDELURB4)的寄生虫样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台 |
| 174 | 2026-07-27 |
A succinylation-based classifier predicts chemotherapy response in prostate cancer and reveals KAT2A as a therapeutic target
2026-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70737
PMID:42415249
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研究论文 | 基于琥珀酰化修饰的分类器预测前列腺癌化疗反应并揭示KAT2A为治疗靶点 | 首次开发基于琥珀酰化得分的转录组分类器,整合代谢与免疫特征预测前列腺癌化疗敏感性,并阐明KAT2A通过PIK3R2琥珀酰化驱动耐药的机制 | 未提及具体局限性 | 评估琥珀酰化在前列腺癌中的预后意义,开发基于琥珀酰化的生物标志物,并揭示化疗耐药的驱动机制 | 前列腺癌患者肿瘤组织、细胞系、患者来源类器官及异种移植模型 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、基因编辑、药物敏感性实验 | 单样本基因集富集分析、CIBERSORT、TIDE、oncPredict | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA-PRAD队列(未明确样本数) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2026-07-27 |
Olfml3 Regulates Microglial Inflammation and Neuronal Injury in Obstructive Sleep Apnea via Cybb-Mediated TLR4/NF-κB Pathway
2026-Jul, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.71006
PMID:42418294
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研究论文 | 探究Olfml3在阻塞性睡眠呼吸暂停中通过Cybb介导的TLR4/NF-κB通路调节小胶质细胞炎症和神经元损伤的作用机制 | 首次揭示Olfml3在小胶质细胞中间歇性缺氧诱导的神经炎症中的负调控作用,并阐明其通过Cybb/TLR4/NF-κB轴发挥神经保护作用 | 未提及具体局限性,如样本量、临床转化难度等 | 阐明Olfml3在阻塞性睡眠呼吸暂停相关神经炎症中的作用及其分子机制 | 间歇性缺氧诱导的OSA小鼠模型及小胶质细胞 | 机器学习和数字病理学 | 阻塞性睡眠呼吸暂停 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR、western blot、流式细胞术、ELISA、ROS检测、免疫组化、免疫荧光、水迷宫实验 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白表达数据、细胞功能数据 | 小鼠模型:IH诱导OSA小鼠与对照组;细胞模型:IH处理的小胶质细胞;具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA |
| 176 | 2026-07-27 |
Lecanemab treatment improves B cell subpopulation immune homeostasis in patients with Alzheimer's disease
2026-Jul, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71655
PMID:42418504
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研究论文 | 评估Lecanemab对阿尔茨海默病患者外周免疫的影响,发现其能改善B细胞亚群的免疫稳态 | 首次揭示了Lecanemab通过调节B细胞亚群比例和功能来恢复外周免疫稳态的免疫调节机制 | 未提及具体局限性 | 探究Lecanemab对阿尔茨海默病患者外周免疫系统的影响 | 阿尔茨海默病患者 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、抗体阵列分析 | NA | 血清、外周血单核细胞 | 健康对照和患者在基线、治疗后3个月和6个月的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2026-07-27 |
Epstein-Barr Virus-Induced Upregulation of GPR183: A Potential Upstream Mechanism in IgG4-Related Ophthalmic Disease
2026-07-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.8.30
PMID:42423408
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研究论文 | 本文发现EB病毒诱导GPR183上调可能是IgG4相关性眼病的上游发病机制 | 首次揭示GPR183是IgG4-RD中唯一在多个组织中共上调的基因,并发现EBV通过诱导GPR183表达促进异位生发中心形成 | 样本量较小,且未进行功能验证实验证明因果关系的直接证据 | 探索IgG4相关性眼病的上游触发机制和新的治疗靶点 | IgG4-ROD患者泪腺组织及对照样本 | 数字病理学 | IgG4相关性眼病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多重免疫荧光, 流式细胞术, qPCR | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 14例IgG4-ROD患者和13例对照(9例泪腺脱垂和4例慢性泪腺炎) | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | bulk RNA-seq和公共单细胞RNA-seq数据集分析 |
| 178 | 2026-07-27 |
Riemannian metric learning for alignment of spatial multiomics
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag220
PMID:42412825
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研究论文 | 提出流形Gromov-Wasserstein框架,通过黎曼度量学习实现空间多组学数据的对齐 | 首次将黎曼度量学习与Gromov-Wasserstein最优传输结合,实现任意模态空间数据的超参数自由对齐,并具备理论不变性 | 未提及计算成本或大尺度组织数据的可扩展性限制 | 实现异质特征空间的空间多组学数据对齐 | 小鼠胚胎时空转录组、结直肠癌空间转录组、人类纹状体和肾癌空间代谢组-转录组 | 机器学习 | 结直肠癌, 肾癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学 | 神经网络场, 最优传输 | 空间组学数据 | 小鼠胚胎组织切片、结直肠癌组织切片、人类纹状体和肾癌组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学, 空间代谢组学 | 10x Visium, 10x Xenium | Stereo-Seq, Xenium原位分析, Visium空间基因表达 |
| 179 | 2026-07-27 |
Amaranth: enhanced single-cell transcript assembly via discriminative modelling of UMI reads and internal reads
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag292
PMID:42412805
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研究论文 | 开发了名为Amaranth的单细胞转录本组装器,通过区分性建模UMI读段和内部读段来提升组装准确性 | 首次对UMI连接读段和内部读段进行区分性建模,针对两种读段的不同偏差设计启发式算法,并开发跨细胞信息整合的元组装方法 | 主要基于Smart-seq3数据集验证,未在其他scRNA-seq协议中验证;依赖具体读段类型的差异设计,可能不适用于无UMI的协议 | 提高单细胞RNA-seq中全长转录本组装的质量 | 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 启发式算法模型 | 转录组测序读段 | 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞样品 | Illumina | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议,结合UMI连接读段和内部读段 |
| 180 | 2026-07-27 |
LAML-Pro: joint maximum likelihood inference of cell genotypes and cell lineage trees
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag219
PMID:42412792
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研究论文 | 提出LAML-Pro算法,联合推断细胞基因型和细胞谱系树,以纠正基因型错误并提高谱系树准确性 | 首次提出联合推断细胞基因型和谱系树的算法,基于概率混合型缺失观测(PMMO)模型,能有效纠正基因型错误并显著提升树形准确性 | 当前基于模拟数据和两种成像谱系追踪系统的验证,可能未涵盖所有实验场景;未详细阐明计算复杂度与实际大规模数据的扩展性 | 开发一种联合推断方法,解决基因型错误导致的谱系树不准确问题 | 单细胞谱系追踪数据,包括模拟数据和基于荧光成像的系统数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序、成像谱系追踪 | PMMO模型 | 基因组数据、成像数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |