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当前共找到 38727 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-04-24 |
Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics
2025-06, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107498
PMID:40318741
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research paper | 利用单细胞转录组数据从人动脉粥样硬化组织中提取内皮-间质转化基因特征，并发现该特征与稳定斑块的组织学特征相关 | 通过计算机模拟谱系追踪从人斑块组织的单细胞转录组数据中识别内皮-间质转化过程中的上调基因，而非仅关注终末分化状态 | 未明确提及局限性，但可能包括依赖公开数据集、样本量有限、动物模型的外推性等 | 揭示人动脉粥样硬化中内皮-间质转化的分子机制，并定义其核心基因表达特征 | 人动脉粥样硬化斑块组织中的内皮细胞和血管平滑肌细胞亚群 | 计算机视觉 | 动脉粥样硬化 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 46个来自人颈动脉的单细胞转录组样本，632个来自人颈动脉的批量RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 162 | 2026-04-24 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03569-8
PMID:40217326
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示小麦籽粒发育过程中关键基因表达的时空调控机制，鉴定出影响产量和品质的候选基因 | 首次构建了小麦籽粒早期发育阶段（授粉后4-12天）的时空转录组图谱，将籽粒分为10种不同细胞类型并鉴定出192个标记基因，发现TaABI3-B1转录因子负调控胚和籽粒大小 | 研究主要集中于早期发育阶段（4-12天），可能未涵盖后期籽粒填充和成熟过程的完整调控网络；功能性验证局限于单一转录因子，缺乏对多个候选基因的系统性功能分析 | 解析小麦籽粒发育的时空转录调控网络，揭示影响籽粒大小和品质的关键基因调控机制 | 小麦（Triticum aestivum）籽粒 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学（Spatial transcriptomics） | WGCNA（加权基因共表达网络分析） | 空间基因表达数据 | 授粉后4、8、12天的小麦籽粒样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 163 | 2026-04-24 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白及转录因子的细胞类型特异性和区域分布 | 首次系统表征小鼠肝脏中药物加工基因在不同细胞类型和肝小叶区域的基线mRNA富集情况，结合单细胞和空间转录组数据实现分区解析 | NA | 表征小鼠肝脏中药物加工基因的细胞类型特异性和区域分布 | 小鼠肝脏细胞类型包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞及免疫细胞 | 机器学习 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 来自已发表数据集的单细胞和单核转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | Seurat V5（分析软件） | 使用Seurat V5在R中进行过滤、标准化、聚类和差异表达分析，并基于已知区域标记物及空间转录组数据验证肝细胞分区 |
| 164 | 2026-04-24 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 全面总结单细胞组学实验流程、数据分析方法及应用 | 系统梳理单细胞组学技术从基因组到代谢组的多层次扩展，以及空间转录组和CRISPR筛选等整合进展 | 未详细说明具体技术对比和性能评估 | 提供单细胞测序及相关数据分析的方法学选择指导 | 单细胞组学技术及其应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞基因组学, 单细胞表观基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 165 | 2026-04-24 |
Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf106
PMID:40626041
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综述文章 | 讨论调控和系统基因组学的最新发展、技术局限与未来方向 | 系统评述了顺式调控密码的解读进展、序列-功能神经网络方法及新兴空间转录组学技术 | 指出当前计算方法的基准测试挑战、技术局限及知识空白 | 旨在推动更通用的顺式调控代码模型的构建 | 非编码区的顺式调控元件及基因调控网络 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、三维染色质组织分析、基因组学检测 | 序列-功能神经网络 | 基因表达数据、染色质构象数据、基因组序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 166 | 2026-04-24 |
Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.15.628587
PMID:39763751
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研究论文 | 通过结合成像空间转录组学（MERFISH）和免疫组化共染技术优化工作流程，系统分析了小鼠视网膜平铺片上神经节细胞的空间分布、多样性和血管周围性 | 首次在分子水平上全面描绘了视网膜神经节细胞（RGC）类型在二维视网膜表面的空间拓扑结构，鉴定了血管周围RGC类型并验证了其进化保守性和神经保护作用 | 主要基于小鼠模型，人类数据仅来自有限的组织样本；且工作流程需要薄切片可能丢失完整细胞形态信息 | 揭示视网膜神经节细胞类型在视网膜表面的空间组织规律及其与血管微环境的关系 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）及人类视网膜同源细胞类型 | 数字病理学 | 视神经疾病 | MERFISH，免疫组织化学染色，视神经压迫模型 | 计算配准方法 | 图像 | 小鼠视网膜平铺片（数量未具体说明），人类视网膜组织样本 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 成像空间转录组学（MERFISH）结合免疫组化共染技术 |
| 167 | 2026-04-24 |
A Prime-Boost Vaccination Approach Induces Lung Resident Memory CD8+ T Cells Derived from Central Memory T Cells That Prevent Tumor Lung Metastasis
2024-Oct-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3257
PMID:39350665
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研究论文 | 通过初免-加强疫苗接种策略，诱导中央记忆T细胞来源的肺驻留记忆CD8+ T细胞，从而预防肿瘤肺转移 | 首次发现初免-加强疫苗接种诱导的肺CD8+驻留记忆T细胞来自中央记忆T细胞，且单细胞RNA测序分析揭示了肺驻留记忆T细胞分化的早期转录重编程机制 | 仅在小鼠模型中验证，尚未在人体验证该策略的有效性 | 探究初免-加强疫苗接种策略诱导肺驻留记忆T细胞的来源及其在预防肿瘤肺转移中的作用 | 中央记忆T细胞与肺驻留记忆T细胞 | 机器学习 | 肿瘤转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，具体样本数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序分析采用10x Chromium平台 |
| 168 | 2026-04-24 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、空间转录组、谱系追踪和先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现两种非典型的与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的产生，这些细胞形成高密度髓周上皮簇，缺乏胸腺细胞，并与FOXN1下调相关，为胸腺衰老和免疫衰老提供了新机制 | 未明确提及 | 探索胸腺衰老过程中非造血基质细胞的年龄相关变化及其对胸腺功能和再生的影响 | 胸腺中的非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs） | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、成像数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 169 | 2026-04-24 |
CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01888-9
PMID:39164479
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研究论文 | 通过单细胞转录组学评估mRNA疫苗接种后人类血液和淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型 | 利用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，结合单细胞转录组学揭示了淋巴结和血液中刺突蛋白特异性CD4+ T细胞的异质性表型，并比较了疫苗接种与感染后的差异 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 探究mRNA疫苗接种后人类血液和引流淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型特征 | BNT162b2 mRNA疫苗接种者和SARS-CoV-2感染者的刺突蛋白特异性CD4+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度学习模型Trex | 单细胞转录组数据 | 1277个刺突特异性CD4+ T细胞（其中238个通过Trex方法预测） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2026-04-24 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 本文提出空间图傅里叶变换（SpaGFT），用于复杂器官空间组学的表示和分析 | 首次将图信号处理应用于空间组学数据，生成可解释的表征，支持空间可变基因识别、基因表达插补，并与机器学习框架无缝集成提升分析精度 | 未提及明显局限性 | 开发一种可解释的图表示方法，用于探索组织生物学和功能 | 人类和小鼠空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人扁桃体CODEX数据、高分辨率空间蛋白质组数据 | 机器学习和数字病理学 | NA | 空间组学技术、图信号处理 | 图傅里叶变换 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium（用于淋巴结数据）及CODEX平台（用于扁桃体数据） |
| 171 | 2026-04-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
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研究论文 | 对小鼠骨肉瘤进行单细胞转录组学分析，揭示Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用及额外靶向通路 | 首次通过单细胞RNA测序在免疫活性转基因小鼠模型中全面分析Skp2敲除对骨肉瘤肿瘤异质性、微环境复杂性、转移和免疫激活的影响，并发现潜在逃逸机制 | NA | 探索Skp2在骨肉瘤中的功能及其作为治疗靶点的潜力，并揭示相关分子机制 | 小鼠骨肉瘤肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 骨肉瘤小鼠模型的原发肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2026-04-24 |
Neutrophil extracellular traps induced by IL-1β promote endothelial dysfunction and aggravate limb ischemia
2024-06, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-024-01661-3
PMID:38605142
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研究论文 | 本研究探讨了IL-1β诱导的中性粒细胞胞外陷阱在肢体缺血中促进内皮功能障碍和加重缺血的机制 | 首次揭示IL-1β通过诱导NETs形成，并激活STAT1信号通路，导致内皮细胞激活和炎症，从而加重下肢缺血 | 文章未提及具体实验样本量及模型局限性 | 探究NETs在肢体缺血相关血管炎症和重塑中的功能意义 | 人类肢体缺血组织及小鼠缺血模型中的中性粒细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 下肢缺血，血管疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫荧光，蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据，图像，蛋白质表达数据 | 人类肢体缺血样本和小鼠缺血模型样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 173 | 2026-04-24 |
Immune microniches shape intestinal Treg function
2024-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07251-0
PMID:38570678
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研究论文 | 通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学，研究了肠道中免疫微环境如何塑造调节性T细胞的功能 | 首次揭示了固有层而非淋巴聚集区是支持效应调节性T细胞功能的关键微环境，并识别了CD206巨噬细胞与效应T细胞之间的耐受性相互作用 | 未说明 | 理解肠道免疫系统中调节性T细胞的空间组织和功能维持机制 | 小鼠肠道组织中对肝螺杆菌有反应的调节性T细胞 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 活体成像、光激活引导单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 小鼠肠道样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 174 | 2026-04-24 |
Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology
2024-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07187-5
PMID:38509377
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研究论文 | 研究鉴定出一个由表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群，该亚群在再刺激时表现出加剧的促炎反应，并促进中枢神经系统病理 | 首次发现星形胶质细胞存在表观遗传记忆，并阐明ACLY-p300轴通过调控染色质可及性控制该记忆的形成 | 未明确记忆星形胶质细胞在人类多发性硬化症中的长期稳定性及与其他神经退行性疾病的关联 | 探究疾病相关星形胶质细胞亚群的稳定性及其整合过去刺激事件的能力 | 星形胶质细胞和实验性自身免疫性脑脊髓炎与多发性硬化症模型 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、染色质免疫沉淀测序、核酸靶向检测测序、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 测序数据和图像数据 | 急性与慢性EAE小鼠模型及人类慢性多发性硬化症尸检样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq、ChIP-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序用于单细胞转录组分析；Illumina NovaSeq用于测序文库测序 |
| 175 | 2026-04-24 |
Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology
2024-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.04.574196
PMID:38260616
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研究论文 | 本文描述了表观遗传调控的记忆性星形胶质细胞亚群，通过整合过去刺激事件加剧炎性反应，促进中枢神经系统病理过程 | 首次发现星形胶质细胞存在表观遗传控制的记忆亚群，并阐明ACLY-p300通路通过乙酰辅酶A调节染色质可及性来维持促炎记忆的机制 | 主要基于动物模型（EAE），人体验证仅限于MS慢性病灶的关联分析，记忆功能在人类中的直接证据有限 | 探究疾病相关星形胶质细胞亚群的稳定性、调控机制及其对后续刺激的响应能力 | 多发性硬化症（MS）及实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中的星形胶质细胞 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、ChIP-seq、FIND-seq、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、组蛋白修饰数据 | EAE模型小鼠（急性/慢性），以及慢性MS患者脑组织样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'转录组测序，Illumina NovaSeq高通量测序平台 |
| 176 | 2026-04-24 |
A robust platform for integrative spatial multi-omics analysis to map immune responses to SARS-CoV-2 infection in lung tissues
2023-11, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13679
PMID:37605469
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研究论文 | 开发了一个稳健的空间多组学整合平台，用于分析SARS-CoV-2感染肺组织中的免疫反应 | 通过创新的计算映射方法，首次整合五种组织分析技术（空间转录组学Visium、GeoMx、RNAScope和蛋白质组学CODEX、PhenoImager HT），全面比较病毒感染的肺组织在不同细胞分辨率下的转录组和靶向蛋白质组 | 未在摘要中明确提及 | 理解SARS-CoV-2病毒在肺组织中的分子和细胞反应，尤其是巨噬细胞浸润及其微环境 | COVID-19感染的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 感染和未感染的肺组织样本，具体数量未说明 | 10x Genomics, NanoString, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 10x Visium, GeoMx, RNAScope, CODEX, PhenoImager HT | 10x Visium用于空间转录组，GeoMx用于数字空间分析，RNAScope用于原位杂交，CODEX用于多重蛋白质成像，PhenoImager HT用于高通量成像 |
| 177 | 2026-04-24 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
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研究论文 | 开发了一种整合突变顺序和最优性原则的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断更准确和全面的细胞系统发育 | 首次将标准系统发育最优性原则与序列变异共现模式整合应用，可从错误和缺失碱基较多的单细胞序列数据中产生更扩展和准确的细胞系统发育 | 未提及 | 改进单细胞测序数据的细胞系统发育推断 | 肿瘤细胞和CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 机器学习 | 癌症（肿瘤） | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA序列 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 178 | 2026-04-24 |
Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges
2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24070995
PMID:35885218
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综述 | 本文批判性讨论了单细胞RNA测序数据中差异表达分析的六类统计方法及其局限性 | 首次将差异表达分析方法系统划分为六类，并详细讨论每类方法的统计原理和局限性 | 方法分类可能不全面，且未提供实证数据集验证结论 | 综述单细胞RNA-seq数据差异表达分析的统计方法及挑战 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达分析方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 179 | 2026-04-24 |
MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.831040
PMID:35432484
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研究论文 | 提出MOCA软件，用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达与遗传变异 | 首次实现单细胞层面基因表达与遗传变异的联合一致性分析，识别收敛和发散表达模式 | 未提及具体局限性 | 开发分析工具以探究体细胞变异对基因表达模式演化的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达与遗传变异 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2026-04-24 |
Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes
2021-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.151349
PMID:34806648
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定1型糖尿病患者中共享种系样α链的自身反应性T细胞受体 | 首次发现1型糖尿病中一类共享TCRα链的“公共”T细胞受体，这些受体具有种系约束性抗原识别特性，并且部分展现出对不同胰岛抗原肽的交叉反应性 | 未明确说明局限性 | 研究1型糖尿病中自身反应性T细胞的T细胞受体特征及其在发病机制中的作用 | 健康供体、新发T1D供体和已确诊T1D供体的外周血CD4+记忆T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从多个供体中分离的2767个单个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用多重CD154富集法分离IAR T细胞后进行scRNA-Seq |