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当前共找到 43167 篇文献,本页显示第 161 - 180 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
161 2026-09-09
The domestication-associated WHP10 tandem cluster of amino acid transporter genes enhances whole-plant protein accumulation in maize
2026-Sep-07, Molecular plant IF:17.1Q1
研究论文 研究发现玉米茎秆作为氮素分配的调控节点,通过空间转录组学和代谢组学结合定量遗传学,鉴定到WHP10基因簇,其编码串联重复的氨基酸转运蛋白基因,促进全株蛋白质积累,为精准育种提供高价值靶标。 首次揭示茎秆作为蛋白质积累调控层的机制,并鉴定出WHP10串联重复基因簇,通过启动子变异增强野生等位基因活性,促进维管相关氨基酸转运,实现提高全株蛋白质积累而不影响产量。 未提供明确局限性信息。 阐明玉米有机氮流动的调控机制,提高全株蛋白质积累。 玉米(包括野生种质Ames21814)的茎秆、叶、籽粒等。 遗传学与基因组学 不适用 空间转录组学、代谢组学、定量遗传学、功能验证 不适用 空间转录组数据、代谢组数据 未提供具体样本数量。 NA 空间转录组学 NA NA
162 2026-09-09
Identification of immune cell type-specific susceptibility genes in multiple cancers using transcriptome-wide association studies
2026-Sep-01, Journal of the National Cancer Institute
研究论文 利用单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究汇总统计,进行细胞类型特异性转录组全关联研究,以识别多种癌症的易感基因。 开发了一个整合不同细胞类型共享基因表达效应的建模框架,提高了预测准确性,并首次在多种癌症中应用细胞类型特异性TWAS,发现了许多新的易感位点。 未明确说明,但可能包括依赖已有的GWAS和单细胞数据,预测模型的外部验证有限等。 利用细胞类型特异性TWAS提高癌症易感基因的识别能力,并揭示免疫细胞在癌症病因中的作用。 14种免疫细胞类型,7种癌症(包括乳腺癌、前列腺癌、肺癌、黑色素瘤、卵巢癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤)。 自然语言处理 多种癌症(包括乳腺癌、前列腺癌、肺癌等) 单细胞RNA测序 未明确指定具体模型,但使用了整合共享基因表达效应框架的预测模型 单细胞RNA测序数据、基因组关联研究汇总统计 1.27百万个细胞,超过290,000癌症病例(用于GWAS汇总统计)和113个额外个体的肺组织单细胞数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
163 2026-09-09
Microenvironment T-type calcium channels regulate neuronal and glial processes in tumor cells to promote glioblastoma growth
2026-Sep-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究探讨微环境T型钙通道(Cav3)通过调控神经元和胶质细胞过程促进胶质母细胞瘤生长的机制 首次揭示微环境Cav3.2在胶质母细胞瘤生长中的促进作用,通过调控神经元和胶质细胞过程影响肿瘤进程 未明确提及具体局限性 阐明微环境和内源性T型钙通道在调控胶质母细胞瘤生长中的角色 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、神经元、胶质母细胞瘤干细胞 癌症研究 胶质母细胞瘤 scRNA-seq NA 基因表达数据 未明确提及样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'
164 2026-09-09
Identifying fate-determining transcription factors with single-cell omics
2026-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1
综述 系统综述了利用单细胞组学数据识别细胞命运决定转录因子的计算方法,并从多个角度对方法进行分类和比较。 从三个维度(状态定义与转换驱动、离散与连续过程建模、单个与组合作用)系统组织并比较了关键转录因子识别方法,并提出向可编程主动控制细胞命运发展的趋势。 未提及具体局限性。 综述用于识别关键转录因子的计算方法,指导工具选择,并讨论该领域的发展趋势。 细胞命运决定转录因子(关键转录因子)及单细胞组学数据。 生物信息学,机器学习 NA 单细胞测序 NA 单细胞数据 NA NA 单细胞组学 NA NA
165 2026-09-09
Multi-omics and developmental comparison of direct and conventional warming methods in vitrified human and mouse cleavage-stage embryos
2026-Sep-01, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 该研究通过多组学分析和发育比较,评估了玻璃化冷冻的人类和小鼠卵裂期胚胎直接复温与传统分步复温的效果,发现两者在发育和分子层面上结果相当 首次提供多层面证据支持直接复温作为传统分步复温的替代方案,结合体内生殖结果、后代发育和分子图谱分析,且未发现转录组和甲基组的通路水平紊乱 小鼠模型与人类在胚胎大小、膜特性和发育方面存在物种差异,可能限制普适性;所有胚胎在优化条件下培养,外推到多样化临床环境需谨慎 比较玻璃化冷冻的人类和小鼠卵裂期胚胎的直接复温与传统多步复温对胚胎发育能力和分子完整性的影响 玻璃化冷冻的小鼠卵裂期胚胎和捐赠的人类卵裂期胚胎 机器学习 NA RNA-seq, 甲基化测序, scRNA-seq, scBS-seq NA 转录组数据, 甲基化数据, 单细胞RNA-seq数据, 单细胞BS-seq数据 490个小鼠胚胎和15个捐赠人类胚胎;小鼠亚组211个进行胚胎移植 NA bulk RNA-seq, 亚硫酸盐测序, 单细胞RNA-seq, 单细胞BS-seq NA NA
166 2026-09-09
PAPSS2-mediated BMPR1A sulfation in stromal cells regulating endometrial decidualization via autophagy
2026-Sep-01, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 本研究探讨了PAPSS2介导的BMPR1A硫酸化在基质细胞中通过自噬调节子宫内膜蜕膜化的机制,并发现其在反复植入失败患者中的下调可促进蜕膜化 首次揭示PAPSS2-BMPR1A硫酸化轴通过调节BMP2/SMAD信号和自噬稳态来精细调控蜕膜化,为子宫因素不孕提供了新的分子机制和潜在治疗靶点 需要更大样本量的研究来确认PAPSS2-BMPR1A硫酸化轴在体内的相关性 探究PAPSS2介导的硫酸化是否参与反复植入失败患者的蜕膜化缺陷及其潜在机制 反复植入失败患者和可生育对照者的分泌中期子宫内膜组织、永生化人子宫内膜基质细胞(T-HESCs)、原代人子宫内膜基质细胞(hEnSCs)和小鼠模型 分子生物学 反复植入失败 转录组测序、RT-qPCR、蛋白质印迹、免疫沉淀、免疫荧光、体外植入实验 NA 转录组数据、基因表达数据、蛋白质互作数据 未明确具体样本数,涉及RIF患者和可生育对照者的子宫内膜组织及体外细胞模型 NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq GSE75425、GSE17504、GSE183837 从基因表达综合数据库(GEO)获取公开的批量转录组数据集和单细胞RNA-seq数据集
167 2026-09-09
Single-cell dissection of cholesterol metabolism reveals cell-type-specific genes and hypercholesterolemia-associated remodeling
2026-09-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
研究论文 通过单细胞RNA测序系统解析人类血液样本中细胞类型特异性的胆固醇代谢,并探究高胆固醇血症对免疫和基质细胞组成及基因表达的影响 首次构建了人类血液细胞胆固醇代谢的细胞类型特异性图谱,揭示了单核细胞和巨噬细胞中胆固醇运输和动态反应通路的高活性,并鉴定了五个单核细胞富集的胆固醇代谢相关基因 未在摘要中明确提及研究的局限性 系统表征人类血液样本中细胞类型特异性的胆固醇代谢,并研究高胆固醇血症对免疫和基质细胞组成及基因表达的影响 人类血液样本中的免疫细胞和基质细胞,包括单核细胞、巨噬细胞、T细胞、自然杀伤细胞、B细胞等 单细胞转录组学 高胆固醇血症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 31个人类血液样本,共472,204个高质量循环细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
168 2026-09-09
IL-17-driven transcriptional programs in muscle fibroblasts are not required for pathogenesis in murine anti-histidyl-tRNA synthetase (Jo-1) myositis
2026-Aug-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序探究抗组氨酰tRNA合成酶(Jo-1)诱导的肌炎小鼠模型中肌肉成纤维细胞的动态变化,发现IL-17基因特征被激活,但IL-17-IκBζ信号轴对该模型的病理过程并非必需。 首次在Jo-1肌炎模型中利用单细胞RNA测序分析肌肉成纤维细胞的转录程序,并揭示IL-17驱动的Nfkbiz(编码IκBζ)激活,但否定了其在疾病发病机制中的必要性。 研究基于小鼠模型,可能不能完全反映人类IIM的复杂性;结果仅针对该特定模型,需在其他模型或患者中验证。 确定肌肉成纤维细胞在肌炎发病中的分子机制,评估IL-17信号通路在Jo-1诱导肌炎中的作用。 小鼠肌肉成纤维细胞 单细胞转录组学 特发性炎症性肌病(抗Jo-1肌炎) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确提供,基于小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
169 2026-09-09
CD151 identifies a cytotoxic CD4 T cell population enriched in people with HIV that later develop cancer
2026-Aug-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 研究CD151在HIV感染者中细胞毒性CD4 T细胞群中的表达及其与癌症发展的关联 首次报道CD151作为细胞毒性CD4 T细胞的标志物,在HIV感染者中该细胞群在癌症诊断前数年即出现异常扩增,提示其作为免疫重塑和癌症风险的潜在生物标志物 样本量较小,尤其单细胞测序仅涉及每组1名参与者,可能限制结果的普适性 探究HIV感染者中癌症发生前的免疫重塑特征,特别是CD151标记的细胞毒性CD4 T细胞的作用 HIV感染者及非感染者的外周血单核细胞中的T细胞亚群,包括CD4+CD151+ T细胞 免疫学 HIV感染相关癌症 流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、细胞表型数据 成人队列(25-65岁),包括未感染者、无癌症HIV感染者及后续发展癌症的HIV感染者,每组样本数未明确提及 未提及 单细胞RNA测序 NA NA
170 2026-09-09
DFCE-KanT: predicting spatial gene expression from histology images via contrastive learning
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DFCE-KanT,一种基于对比学习的框架,用于从H&E染色全切片图像预测空间基因表达,通过结合图像特征、基因特征和空间位置信息,并在五个公开数据集上验证其优越性能。 创新性地将Kolmogorov-Arnold网络(KAN)与Transformer多头注意力结合,组成KanT模块,自动学习最佳融合策略,并通过特征通道增强(FCE)注意力技术提升图像特征提取能力,增强了投影头的非线性能力,实现了图像与基因表达特征在共同嵌入空间中的更好兼容性。 未明确提及局限性 开发一种低成本方法,从常规H&E染色图像直接预测空间基因表达,以替代昂贵的空间转录组学实验。 五种公开数据集的H&E染色组织切片图像及其对应的空间转录组数据,包括HER2+、cSCC、Alex、HBC和Liver数据集 数字病理学、计算机视觉 乳腺癌、皮肤鳞状细胞癌、肝细胞癌等 空间转录组学 对比学习框架、DenseNet、KAN、Transformer H&E染色图像和基因表达数据 涉及五个公开数据集(HER2+、cSCC、Alex、HBC和Liver) NA 空间转录组学 NA NA
171 2026-09-09
PRISM: Prior-enhanced Inference for Spatial Transcriptomic Cell Type Mapping
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出PRISM框架,通过结合生物先验、伪标签生成和多层空间转录组优化,实现细胞类型映射 引入跨域生物学先验来显式提取标记基因,结合先验增强的自训练策略生成伪标签,并在双方向生物学约束下优化模型,以处理域差距和平台特异性噪声 未在摘要中明确说明局限性 解决空间转录组数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性问题 空间转录组数据中细胞类型映射 空间转录组学 NA 空间转录组测序,单细胞RNA测序 集成模型 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 十一个ST数据集,涵盖六个平台、两个物种和多种组织场景 NA 空间转录组学 NA NA
172 2026-09-09
SpatialFlux: an R package for distance gradient analysis in spatial transcriptomics
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 描述了一个名为SpatialFlux的R包,用于空间转录组学中的距离梯度分析,以克服低采样、组织形态多样性和高丢失率等挑战 提出了一个基于参考的距离梯度分析方法,能够在多个空间转录组组织切片和多个轴上,以无偏或有偏方式识别和可视化差异表达基因和通路 未在摘要中明确提及局限性 开发并描述SpatialFlux R包,以支持空间转录组数据的距离梯度分析,促进生物学发现 空间转录组数据,具体为多个组织切片中的基因表达和通路 生物信息学 不适用 空间转录组学 不适用 空间转录组数据、图像(隐含) 不适用 不适用 空间转录组学 不适用 不适用
173 2026-09-09
NicheDeSig: niche-aware deconvolution and adaptive signature analysis for spatial transcriptomics
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出NicheDeSig方法,用于空间转录组数据的巢穴感知去卷积,通过自适应签名提高细胞类型比例估计的准确性并支持功能分析 引入空间巢穴先验信息,使每种细胞类型采用动态适应的签名,从而在去卷积过程中考虑上下文依赖的细胞状态变化,支持巢穴相关分子程序的功能分析 摘要中未明确提及局限,但可能受限于模拟数据验证和特定组织类型代表性 研究空间转录组中准确去卷积细胞类型并分析空间微环境中细胞状态变异的算法开发 模拟基准数据集、模拟结肠数据集、人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌、胰腺导管腺癌样本A及结直肠肝转移样本 空间转录组学与计算生物学 乳腺癌、胰腺癌、结直肠癌肝转移 空间转录组学 自适应签名模型(基于概率或矩阵分解),不特指神经网络 空间转录组数据(spots序列和基因表达矩阵) 包含模拟数据集及多种真实组织样本,具体数量未在摘要中提及 10x Genomics, MGI, Illumina 空间转录组学 10x Visium, MGI DNBSEQ, Illumina NovaSeq 基于Spots技术的空间转录组平台
174 2026-09-09
Making multi-axis Gaussian graphical models scalable to millions of cells
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种多轴高斯图模型方法,能在数分钟内处理数百万细胞的数据集,用于学习基因和细胞的条件依赖网络 该方法是首个能够扩展至百万细胞规模的多轴方法,克服了现有方法只能处理数千细胞或基因的限制,并在神经发育的scRNA-seq数据上提供了比现有技术更聚焦的生物学解释 摘要未明确提及局限性,但可能受限于特定数据类型或计算资源 使多轴高斯图模型方法适用于现代大规模单细胞RNA测序数据集,以同时学习基因网络和细胞网络 神经元细胞发育的scRNA-seq数据集,以及基因和细胞之间的条件依赖关系 机器学习 NA scRNA-seq 高斯图模型(GmGM) 单细胞基因表达数据 数百万个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
175 2026-09-09
SRLST: a unified multimodal representation learning framework for spatial transcriptomics analysis
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出SRLST,一种统一的多模态表示学习框架,用于空间转录组分析,通过整合转录组、空间和组织学信息来精确描绘组织结构 采用双图变分自编码器策略,联合建模空间邻近性和形态关系,并将基因表达嵌入融合到统一潜在空间,实现三种互补数据模态的整体协调 摘要中未提及明显局限性 解决空间转录组数据中空间域准确划分的挑战,通过整合转录组、空间和组织学信息来揭示组织结构 空间转录组数据中的组织结构、皮层组织、小面积不连续组织区室和肿瘤内异质性 机器学习 癌症 空间转录组 双图变分自编码器 空间转录组数据(包括转录组、空间和组织学图像信息) NA NA 空间转录组学 NA NA
176 2026-09-09
Deciphering spatial heterogeneity by multimodal spatial transcriptomics modelling with SpatialModal
2026-08-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出多模态图学习框架SpatialModal,用于整合空间转录组数据和组学图像,揭示组织空间异质性。 采用分层表征策略和双层级对比学习机制,实现多模态ST数据的有效整合与联合建模。 未提及 开发一种多模态空间转录组数据整合方法,以精确解析复杂组织的空间异质性。 人类和小鼠组织,包括大脑、乳腺癌、阿尔茨海默病和胚胎心脏。 机器学习, 生物信息学 乳腺癌, 阿尔茨海默病 空间转录组测序 图神经网络 基因表达, 组织学图像, 空间坐标 多个数据集,涵盖不同组织和物种 NA 空间转录组学 NA NA
177 2026-09-09
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Heterogeneity and Microenvironment of Temporal Bone Squamous Cell Carcinoma
2026-Aug, Clinical and experimental otorhinolaryngology IF:2.9Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术首次揭示了颞骨鳞状细胞癌的肿瘤异质性和微环境特征 首次使用单细胞RNA测序技术全面刻画颞骨鳞状细胞癌的异质性和肿瘤微环境 样本量较小,缺乏大规模临床验证 阐明颞骨鳞状细胞癌的肿瘤异质性和微环境 颞骨鳞状细胞癌肿瘤组织和癌旁正常组织 单细胞测序 颞骨鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 基因表达数据 6例患者的9个样本(5个肿瘤组织和4个癌旁正常组织),共113,344个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
178 2026-09-09
Human Papillomavirus (HPV)-Infected Epithelial Cells and FBLN1-Positive Fibroreticular Cells Govern the Immunogenic Tumor Microenvironment in HPV-Associated Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2026-Aug, Clinical and experimental otorhinolaryngology IF:2.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学,比较HPV相关与非HPV相关的口咽鳞状细胞癌及正常扁桃体的肿瘤微环境,揭示FBLN1阳性纤维网状细胞在HPV相关肿瘤中的富集及其促进免疫原性微环境的作用 首次通过高分辨率空间转录组学分析,识别出FBLN1阳性纤维网状细胞亚群,并阐明其通过表达SLIT2促进免疫细胞募集,增强抗原呈递和上皮增殖,从而改善临床结果 研究样本量较小,且仅基于转录组学数据,缺乏功能验证实验来直接证明FBLN1阳性FRC在免疫调节中的因果作用 探究HPV相关口咽鳞状细胞癌中改善预后相关的细胞和分子因素,重点关注肿瘤微环境中的纤维网状细胞 口咽鳞状细胞癌患者样本及正常扁桃体组织 数字病理学 HPV相关口咽鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据 2例非HPV相关OPSCC、5例HPV相关OPSCC、3例正常扁桃体 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
179 2026-09-09
Fibrosis as the Engine of Kidney Functional Decline: Donald W. Seldin Young Investigator Award Lecture
2026-08-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1
综述 本文综述了肾小管间质纤维化作为慢性肾脏病功能衰退驱动力的机制,并讨论了单细胞和空间转录组学及肾脏类器官在抗纤维化药物研发中的应用 整合高分辨率转录组学与人类多能干细胞来源的肾脏类器官,强调其在功能验证和加速抗纤维化药物发现中的创新性 未提及具体局限性 总结肾脏纤维化重塑的机制见解,并探讨先进平台如何促进抗纤维化药物研发 肾小管间质纤维化、肌成纤维细胞、肾脏类器官 数字病理学 慢性肾脏病 单细胞转录组学、空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
180 2026-09-09
Transcriptional landscape of direct reprogramming toward the hematopoietic lineage
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组图谱和算法预测的转录因子组合,评估了直接重编程成造血干细胞过程中的转录状态。 采用长读长单细胞 RNA 测序和参考图谱基准测试,揭示了基因水平和异构体水平上的转录重塑,为优化重编程方案提供了新策略。 当前方案效率有限,且未展示功能性验证结果。 Characterization of intermediate states in direct reprogramming toward hematopoietic stem cells and testing of computationally predicted transcription factor recipes. 人类成纤维细胞重编程为造血干细胞/祖细胞的过程。 单细胞转录组学 血液和免疫疾病 长读长单细胞 RNA 测序 NA 单细胞转录组数据 CD34 重编程细胞(具体数量未提供) NA 单细胞 RNA 测序,长读长测序 NA NA
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