单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-01	A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141 PMID:40443528	research paper	该研究构建了一个基于谷氨酰胺代谢基因特征的评分系统（GLMscore），用于预测结直肠癌患者的生存预后和免疫治疗反应	创新性地构建了GLMscore评分系统，整合了转录组、微生物组和单细胞RNA测序数据，全面评估了结直肠癌患者的生物学特征和肿瘤免疫微环境	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且GLMscore的临床应用潜力还需进一步探索	探索谷氨酰胺代谢在结直肠癌进展和治疗反应中的作用，并开发一个预测预后的评分系统	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	transcriptomic profiling, KEGG pathway enrichment analysis, immune infiltration analysis, scRNA-seq, 16S rRNA gene sequencing	NA	transcriptome, microbiome, whole-slide images	多个队列的结直肠癌患者数据（具体数量未提及）
122	2025-06-01	Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296 PMID:40443657	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究黄韧带肥厚中成纤维细胞和内皮细胞的亚群变化及其在纤维化和炎症中的作用	首次在黄韧带肥厚中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群在肥厚黄韧带中的比例显著增加	研究未涉及这些细胞亚群变化的具体分子机制	建立黄韧带的单细胞图谱，为腰椎管狭窄症的药物治疗提供潜在靶点	黄韧带中的成纤维细胞和内皮细胞	单细胞测序	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和肥厚黄韧带组织的比较
123	2025-06-01	Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584619 PMID:40444099	研究论文	通过整合单细胞和转录组测序数据，揭示了IL1RAP在胃癌微环境和预后中的价值	首次通过机器学习和单细胞数据分析，揭示了IL1RAP在胃癌微环境中的关键作用及其作为免疫治疗疗效预测因子的潜力	研究主要基于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探究IL1RAP在胃癌肿瘤微环境中的作用及其预后价值	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序, 转录组测序	机器学习算法, CIBERSORT, ssGSEA, TIDE	转录组数据, 单细胞数据	胃癌患者公共数据集
124	2025-06-01	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	提出了一种新颖的空间感知降维方法RASP，其计算速度比现有技术快几个数量级，并能处理数十万个位置的数据	NA	开发一种高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术（如10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机化两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集，涉及人类和小鼠组织
125	2025-06-01	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	本研究揭示了在小肠固有层中，NF-κB家族成员RelB对隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）分化的必要性，并发现RelB缺陷的常规树突状细胞（cDCs）通过释放趋化因子CCL22促进与调节性T细胞（Treg）的相互作用，从而调控肠道免疫耐受	首次发现RelB在小肠树突状细胞中的关键作用，及其通过CCL22调控DC-Treg细胞相互作用的机制	研究主要关注RelB在小肠免疫调控中的作用，未涉及其他组织或器官的免疫调节机制	探究RelB在树突状细胞中对肠道免疫耐受的调控作用	隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）及调节性T细胞（Treg）	免疫学	肠道感染	单细胞RNA测序	DC特异性RelB敲除动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
126	2025-06-01	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	research paper	本文介绍了一种名为OAK的高通量单细胞多组学分析方法，通过液滴条形码系统和组合索引技术提高效率	OAK方法结合了液滴条形码系统和组合索引技术，显著提高了单细胞多组学分析的效率和通量	NA	开发一种高效的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	单细胞测序技术	黑色素瘤	液滴条形码系统、组合索引技术	NA	单细胞多组学数据	超过40万个黑色素瘤细胞
127	2025-06-01	IL-1β-induced epithelial cell and fibroblast transdifferentiation promotes neutrophil recruitment in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53307-0 PMID:39438439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IL-1β诱导的上皮细胞和成纤维细胞转分化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中促进中性粒细胞募集的机制	发现了两种IL-1信号诱导的细胞亚群（LY6D club细胞和IDO1成纤维细胞）通过释放特定趋化因子促进中性粒细胞募集的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制及潜在治疗靶点	人类鼻黏膜组织（下鼻甲、中鼻甲和鼻息肉）及LPS诱导的CRSwNP小鼠模型	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LPS诱导的小鼠CRSwNP模型	RNA测序数据	CRSwNP患者的多部位鼻黏膜组织
128	2025-06-01	Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52977-0 PMID:39438438	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了食管鳞状细胞癌新辅助免疫化疗治疗反应的免疫特征	揭示了CXCL13CD8 Tex细胞作为新辅助免疫化疗反应改善的预测因子，并发现CXCL13可增强体内抗PD-1疗效	未明确说明样本量是否足够大以支持广泛结论	探索影响食管鳞状细胞癌对新辅助免疫化疗反应的因素	接受新辅助免疫化疗治疗的食管鳞状细胞癌患者组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序与T细胞受体测序配对	NA	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量
129	2025-06-01	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-10-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析HCV特异性T细胞	利用AIM方法高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，不受MHC多聚体可用性的限制	仅在一个受试者中进行了验证，样本量较小	开发一种新方法来识别和分离HCV特异性T细胞，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据和T细胞受体（TCR）使用数据	1名受试者的HCV特异性T细胞
130	2025-06-01	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	research paper	该论文介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表示	通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表示	NA	解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题	蛋白质	machine learning	NA	几何深度学习，单细胞转录组学	PINNACLE	蛋白质相互作用数据，单细胞转录组数据	NA
131	2025-06-01	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态方法探讨了内侧前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的新诊断方法	研究结果主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探究精神分裂症相关认知障碍的神经机制	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	甲基偶氮氧甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型	影像数据、基因表达数据、行为数据	精神分裂症患者和健康对照者，以及6周大的小鼠模型
132	2025-06-01	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	通过批量RNA测序和空间转录组学技术，研究糖尿病周围神经病变（DPN）中人类周围神经的分子景观	揭示了感觉轴突mRNA转运在周围神经退化中的潜在作用，为DPN的机制提供了新的见解	研究样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢，可能限制了结果的普遍性	深入理解糖尿病周围神经病变的分子机制	人类胫神经和腓肠神经	分子生物学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本
133	2025-06-01	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中具有一致多类表达模式的生物标志物	MICA框架首次从信息论角度解决了多类设计组学研究的生物标志物检测问题，相比现有方法具有更高的准确性和错误发现率控制能力	未明确提及方法在样本量不足或数据质量较差情况下的表现	开发一种能够整合多个组学研究并检测多类生物标志物的统计方法	多类设计的组学数据(如不同疾病亚型、治疗方式、组织或细胞类型的样本)	生物信息学	三阴性乳腺癌	RNA-Seq(包括bulk和单细胞)	MICA(基于互信息的统计框架)	转录组数据	多个组学研究(具体数量未明确说明)，包括小鼠代谢相关转录组研究的四种组织和雌激素处理表达谱的三个来源
134	2025-06-01	CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning 2024-May-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1 PMID:38826463	research paper	介绍了一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以克服传统降维方法的局限性	通过引入代表正常组织的背景数据集，增强了对目标数据集中潜在被掩盖的有趣模式的识别能力，同时减少了背景与目标数据集共享的主导共同模式的影响	NA	开发一种新方法来更有效地识别空间转录组数据中的生物相关特征	小鼠癌前肺组织样本的空间转录组数据	生物信息学	肺癌	空间转录组学	graph contrastive learning	空间转录组数据	NA
135	2025-06-01	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性	总结了SMCs在动脉粥样硬化病变中的克隆扩张和表型多样性，以及调控SMC命运的分子机制	讨论了单细胞转录组学在确定SMC功能方面的可靠性问题，以及SMC克隆性和表型可塑性对转化研究的影响	探讨SMCs在动脉粥样硬化中的贡献及其表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）	心血管疾病研究	动脉粥样硬化	命运图谱分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
136	2025-06-01	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠不同解剖区域、发育阶段及脑病理状态下的微胶质细胞，并对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组学表征	首次跨物种鉴定了表型保守的微胶质细胞亚群，揭示了脑发育和疾病过程中微胶质细胞的时空异质性	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅涉及多发性硬化症患者	解析微胶质细胞在脑发育和疾病中的异质性特征	小鼠和人类多发性硬化症患者的微胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	跨多个解剖区域/发育阶段/病理状态的鼠类样本+人类患者样本（数量未明确说明）
137	2025-05-31	Human microbiota influence the immune cell composition and gene expression in the tumor environment of a murine model of glioma 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2508432 PMID:40443227	研究论文	探讨人类微生物群如何影响小鼠胶质瘤模型中肿瘤微环境的免疫细胞组成和基因表达	首次使用人类化微生物群（HuM）小鼠模型结合单细胞RNA测序技术，揭示肠道微生物群对胶质瘤微环境中免疫细胞浸润和基因表达的影响	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法直接外推到人类	研究肠道微生物群对胶质瘤免疫微环境的影响	人类化微生物群（HuM）小鼠模型中的胶质瘤微环境	肿瘤免疫学	胶质瘤	16S rRNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠胶质瘤模型（GL261）	基因表达数据	两组人类化微生物群（HuM1和HuM2）小鼠
138	2025-05-31	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	该研究探讨了系统性硬化症（SSc）及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示了FcγR表达增强的巨噬细胞在驱动吞噬作用和炎症反应中的作用	研究发现SSc患者的巨噬细胞，特别是皮肤中的FCGR3Ahi簇和肺中的FCN1hi巨噬细胞，表现出FcγR基因表达升高和促吞噬途径富集，这一表型在其他风湿性疾病如RA和PsA中也有体现	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，尚未在体内模型中验证这些发现	揭示系统性硬化症及其他风湿性疾病中巨噬细胞促吞噬表型的机制	健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴向脊柱关节炎（axSpA）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	来自健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞（hMDMs）
139	2025-05-31	Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	research paper	本研究探讨了内源性逆转录元件（EREs）在早期类风湿性关节炎（eRA）中的表达及其与干扰素-α（IFN-α）产生和抗环瓜氨酸肽（anti-CCP）自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了外周血和滑膜组织中ERE的表达，揭示了ERE与IFN-I产生及anti-CCP自身抗体之间的潜在因果关系	样本量相对较小（eRA滑膜组织样本n=22，全血样本n=56），且未进行功能性实验验证ERE的直接作用	探索EREs在eRA发病机制中的作用及其与IFN-I和anti-CCP自身抗体的关系	早期类风湿性关节炎（eRA）患者的外周血和滑膜组织样本	风湿病学	类风湿性关节炎	逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、NanoString技术、流式细胞术、单细胞测序	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	eRA滑膜组织样本22例，全血样本56例，以及早期银屑病关节炎（ePsA）和骨关节炎（OA）患者的样本
140	2025-05-31	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	research paper	该研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）疼痛与滑膜先天免疫细胞耗竭之间的关联	首次揭示了滑膜先天免疫调节细胞的耗竭和功能障碍与更严重的OA疼痛相关，并提出了其作为潜在治疗靶点的重要性	样本量相对较小（n=122），且未探讨其他可能影响疼痛的因素	识别与膝关节OA更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者的滑膜组织活检	免疫病理学	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	122名患者（其中32例进行空间组学分析，8例进行单细胞测序）