单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-19	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5和LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并发现它们在先兆子痫中失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并发现其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧和促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，暗示其他机制可能参与	研究LGR5/LGR4在胎盘中的表达特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调机制	人类胎盘组织、滋养层干细胞和不同妊娠期胎盘样本	生殖医学	先兆子痫	原位杂交、单细胞转录组学、单核RNA测序、转录组分析	NA	mRNA表达数据、测序数据	早孕期(n=11)、早产(n=9)、足月(n=11)胎盘样本，先兆子痫组(n=81)与对照组(n=19)等
82	2025-09-19	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示结节病相关的细胞组成、基因表达和细胞互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并揭示其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量较小（16例患者和14例对照），可能限制统计功效和泛化性	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进展型和非进展型）和健康对照的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat（聚类分析），CellChat（细胞通讯分析）	单细胞转录组数据	30例参与者（16例结节病患者，14例健康对照）
83	2025-09-19	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序技术，系统表征了小鼠健康与疾病肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及其在坏死病灶清除中的作用	首次鉴定出坏死病灶相关巨噬细胞亚群（如C1q+ MoMFs），并发现其表达ECE1等蛋白促进坏死病灶解析	研究仅限于小鼠模型，未验证人类肝脏中的适用性	解析肝脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的异质性、空间分布及功能	小鼠肝脏组织中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞（MoMFs）	免疫学	肝脏疾病	多重免疫荧光染色、scRNA-seq、图像分析	NA	图像数据、基因表达数据	未明确样本数量，使用健康小鼠和刀豆蛋白A（ConA）诱导肝损伤小鼠模型
84	2025-09-19	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨MFAP4通过调控肝星状细胞命运在肝纤维化中的作用机制	首次揭示MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床相关性需进一步验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的功能作用和分子机制	野生型和Mfap4基因敲除小鼠、LX-2细胞系、肝星状细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	基因修饰小鼠模型和细胞系实验
85	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
86	2025-09-19	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	本研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT细胞）通过抑制γδ T细胞缓解结肠炎的作用机制	首次揭示DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D协同增强对γδ T细胞的细胞毒性，并证明异体DNT细胞移植可缓解结肠炎且不引发移植物抗宿主病	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	阐明调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及治疗潜力	小鼠结肠组织中的免疫细胞（DNT细胞和γδ T细胞）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，过继性细胞转移	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中说明）
87	2025-09-19	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	本研究探讨脓毒症存活小鼠通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对李斯特菌感染的抵抗力	发现脓毒症存活诱导髓系细胞脂质代谢重编程，增强对胞内病原体的免疫防御	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究脓毒症存活后免疫系统增强抵抗二次感染的机制	脓毒症存活小鼠及李斯特菌感染模型	免疫学	脓毒症及细菌感染	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组化、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	NA	基因表达数据、脂质组学数据、细胞表型数据	实验小鼠模型（具体数量未明确说明）
88	2025-09-19	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过RanBP2介导的SUMO化激活STAT3通路，从而加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化并增强其核转位来激活STAT3通路，提出ApoJ/STAT3/RanBP2轴作为肝纤维化治疗新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化潜力需进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何调控STAT3通路介导旁分泌信号激活肝星状细胞	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）、小鼠模型、肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、基因敲除/过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	肝硬化患者与健康对照的单细胞RNA数据集、多种肝纤维化小鼠模型
89	2025-09-19	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients With Inflammatory Bowel Disease 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析结肠标本，揭示与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合传统组织病理学与单细胞空间转录组学技术，系统揭示J型储袋失败的分子机制和免疫微环境特征	回顾性研究设计，样本来源单一医疗中心，空间转录组学分析仅针对部分患者亚组	识别与回肠储袋-肛门吻合术失败相关的组织病理学特征并探究其分子机制	接受回肠储袋-肛门吻合术治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学，免疫组织化学	NA	组织切片，基因表达数据	417例患者队列，其中部分进行空间转录组学分析
90	2025-09-19	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤与再生研究中的最新进展和应用	揭示了损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应等新发现	NA	总结单细胞转录组学在肝损伤与再生机制研究中的平台、分析方法和样本处理技术	肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞和巨噬细胞等肝脏细胞类型	生物信息学	急性肝损伤	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
91	2025-09-19	Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331580 PMID:40956822	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征	在单细胞水平探索内皮细胞在肝细胞癌中的作用，并开发了新的多基因预后特征	样本量相对较小（12个HCC样本），需要更大规模的研究验证	识别内皮细胞特异性标志物并开发肝细胞癌的预后预测模型	肝细胞癌患者组织样本	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, Lasso-Cox回归分析, IHC, Western blotting	多基因特征模型	单细胞转录组数据、临床预后数据	12个HCC样本（scRNA-seq），TCGA和ICGC队列验证
92	2025-09-19	Malignant epithelia cells-derived spermine induces APOE+ macrophages to suppress tumor immunity in adenocarcinoma of the esophagogastric junction 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1636699 PMID:40963562	研究论文	本研究揭示了食管胃结合部腺癌中恶性上皮细胞通过精胺代谢重编程诱导APOE+巨噬细胞极化并抑制肿瘤免疫的机制	首次发现AEG特异性恶性亚型通过谷氨酰胺-精氨酸-精胺轴代谢重编程驱动免疫抑制性肿瘤微环境形成	样本量有限（单细胞RNA测序N=11，空间转录组N=4，代谢组学N=26），需更大队列验证	探究食管胃结合部腺癌进展中代谢重编程与免疫微环境相互作用的机制	食管胃结合部腺癌患者肿瘤组织及配对癌旁正常组织	肿瘤免疫学	食管胃结合部腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学分析	动物模型	转录组数据, 空间转录组数据, 代谢组数据	单细胞RNA测序11例, 空间转录组4例, 代谢组学26例患者样本
93	2025-09-19	Machine learning-based integration develops an immune-derived signature for diagnosing high-altitude pulmonary hypertension 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1603140 PMID:40963580	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，开发了一种基于免疫特征的诊断模型，用于高原性肺动脉高压（HAPH）的诊断	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和蛋白质组学数据，利用机器学习整合分析，筛选出HAPH的六基因诊断标志物	外部验证队列的AUC值（0.773）较训练队列（0.995）有所下降，样本量相对有限	开发一种适用于高海拔地区的、微创的HAPH诊断方法	高原性肺动脉高压（HAPH）患者和对照组	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, RNA-seq, 蛋白质组学, Quantitative PCR	随机森林（RF）	基因组数据、蛋白质组数据	scRNA-seq n=10, RNA-seq n=126, 蛋白质组 n=42, 训练队列 n=55, 外部验证 n=71
94	2025-09-19	A machine learning-derived immune-related prognostic model identifies PLXNA3 as a functional risk gene in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653794 PMID:40963600	研究论文	通过机器学习构建结直肠癌免疫相关预后模型，并鉴定PLXNA3为关键风险基因	整合100多种机器学习算法构建预后模型，首次发现PLXNA3作为结直肠癌新型免疫相关生物标志物，并阐明其在肿瘤进展中的多层面作用	NA	开发结直肠癌预后预测模型并鉴定关键风险基因	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	转录组测序，空间转录组学，单细胞转录组学，免疫组化	LASSO, CoxBoost, StepCox	转录组数据，临床数据	TCGA和GEO队列数据
95	2025-09-19	Decoding paraneoplastic neuromyelitis optica: a multi-omics investigation of tumor-driven T and B cell dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1665688 PMID:40963604	综述	本文探讨多组学技术在研究副肿瘤性视神经脊髓炎谱系障碍中T细胞和B细胞功能动态的应用	整合多组学技术（包括单细胞RNA测序）全面解析肿瘤驱动的自身免疫反应机制，揭示T细胞和B细胞克隆扩增与分子模拟现象	将多组学发现转化为临床实践仍面临挑战，缺乏可靠的分子标志物区分副肿瘤性与特发性NMOSD，需进一步功能验证和纵向样本分析	阐明肿瘤如何通过分子模拟引发中枢神经系统自身免疫反应，改善副肿瘤性NMOSD的早期诊断和治疗策略	副肿瘤性视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）患者，重点关注T细胞和B细胞的免疫动态	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	多组学技术（基因组学、表观基因组学、转录组学-scRNA-seq、蛋白质组学、代谢组学），高通量TCR/BCR测序	AI和机器学习用于数据整合	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据）	NA
96	2025-09-19	Topological data analysis in single cell biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615278 PMID:40963635	综述	本文探讨拓扑数据分析在单细胞生物学中的应用及其对揭示细胞异质性和动态过程的价值	引入拓扑数据分析作为补充传统方法的数学框架，特别擅长捕捉高维非线性数据中的多尺度模式（如稀有细胞群和分支轨迹）	NA	综述拓扑数据分析的理论基础及其在单细胞生物学中的新兴应用	单细胞转录组学、蛋白质组学和空间生物学数据，特别关注免疫系统数据	计算生物学	NA	持久同调、Mapper算法	NA	单细胞多组学数据（转录组、蛋白质组、空间数据）	NA
97	2025-09-19	The prognostic model based on tumor-associated neutrophils contributes to the stromal landscape and influences metabolic reprogramming in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587947 PMID:40963631	研究论文	基于肿瘤相关中性粒细胞构建结直肠癌预后模型，并分析其对基质微环境和代谢重编程的影响	首次基于18个TAN相关基因建立结直肠癌预后风险评分模型，并揭示其与基质浸润、代谢通路及化疗反应的关系	回顾性研究，需进一步实验验证机制	开发结直肠癌预后分层标志物并探索肿瘤微环境调控机制	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	scRNA-seq, RNA-seq, LASSO回归	预后风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库的多队列结直肠癌样本
98	2025-09-19	Integrating scRNA-seq and GWAS data reveals potentially critical endothelial cells in large artery atherosclerotic stroke 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1646993 PMID:40963808	研究论文	整合scRNA-seq和GWAS数据揭示大动脉粥样硬化性卒中中潜在关键内皮细胞的作用	首次通过单细胞RNA测序与全基因组关联研究数据整合，识别出两种特定内皮细胞亚型在卒中发病机制中的关键作用及分化轨迹	研究依赖公共数据集，未进行实验验证；细胞类型功能需进一步体内外实验确认	探究卒中发病的细胞类型机制并寻找潜在治疗策略	脑血管分区结构的细胞类型（重点为内皮细胞亚型）	生物信息学	脑血管疾病	scRNA-seq, GWAS, CELLEX, GSEA, Monocle2, SCENIC	伪时间轨迹模型（Monocle2）, 基因调控网络分析（SCENIC）	单细胞转录组数据、基因组关联数据	基于三个GWAS数据集（普通卒中、大动脉粥样硬化性卒中、小血管缺血性卒中）及脑血管单细胞数据
99	2025-09-19	Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis reveals prognostic stemness genes in leiomyosarcoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604413 PMID:40963856	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别与平滑肌肉瘤预后相关的干性基因	结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，利用机器学习方法识别恶性细胞并计算干性指数，发现六个新的预后标志物	NA	识别可靠的预后标志物和治疗靶点以改善平滑肌肉瘤的个性化治疗策略	平滑肌肉瘤（LMS）患者	生物信息学	平滑肌肉瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox回归, Lasso回归	RNA-seq数据, 临床数据	来自GEO和TCGA的平滑肌肉瘤样本
100	2025-09-19	Case Report: A large granular cell tumor of the cervical esophagus with single cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1580121 PMID:40963874	病例报告	本文报告一例巨大宫颈食管颗粒细胞瘤病例，采用肌皮游离瓣修复术后缺损，并首次应用单细胞RNA测序分析肿瘤细胞状态	首次对颗粒细胞瘤进行单细胞RNA测序分析，发现神经样细胞亚群富集及X染色体区域显著拷贝数变异增加	NA	研究颗粒细胞瘤恶性潜能标志物以指导临床治疗选择	宫颈食管颗粒细胞瘤患者及其肿瘤与癌旁组织	数字病理	食管肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	1例患者（肿瘤及癌旁组织）