单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-31	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	综述	本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为	整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	从系统角度建模和推断细胞动态行为	单细胞RNA测序数据和时空转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学	马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥）	基因表达数据, 时空数据	NA
102	2025-05-31	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	research paper	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集	NA	解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题	亚细胞空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
103	2025-05-31	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	research paper	研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证	阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果	Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型
104	2025-05-31	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态	开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物	STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制	乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	异种移植模型和临床样本
105	2025-05-31	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法通过整合索引分选、随机引物和rRNA去除技术，实现了高效的细菌单细胞转录组分析	该方法在细胞保留率和适用于有限输入材料的实验方面表现突出，显著优于现有其他方法，能够检测每个细胞300-600个基因	NA	开发一种高效的细菌单细胞转录组测序方法，以研究细菌群体内的细胞间变异和复杂微生物群落中的基因表达谱	细菌单细胞（以鼠伤寒沙门氏菌等模式生物为例）	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	NA
106	2025-05-31	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除（efferocytosis），从而增强抗肿瘤免疫反应	揭示了PI3Kγ信号在限制炎症性巨噬细胞中的作用，并展示了PI3Kγ抑制与靶向放疗联合如何刺激巨噬细胞从免疫耐受转变为抗原呈递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre基因工程小鼠模型	细胞数据、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
107	2025-05-31	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，并确定了白质纤维束在炎症中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	系统理解年龄诱导的分子变化及其对大脑功能的影响	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组的小鼠大脑（年轻、中年、老年），包括两性
108	2025-05-31	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变异的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变异如何导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	首次详细描述了PSMB10杂合变异（G201R）对免疫蛋白酶体表达、T细胞发育和选择的负面影响，并提出了胸腺植入可能的治疗益处	研究仅基于单个病例，结果可能需要更大样本量验证	阐明PSMB10杂合变异导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的免疫学和分子机制	携带PSMB10杂合变异的婴儿及其细胞	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	人工胸腺器官模型	细胞表型数据、分子表达数据、单细胞转录组数据	1名患者及其父母（作为对照）
109	2025-05-31	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释性分析，并通过深度混合效应自编码器进行批次效应可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，结合对抗学习和贝叶斯自编码器，增强了数据的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能涉及计算复杂度或特定数据类型的适用性	解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题，提高数据分析和解释的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗学习和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	涉及多种条件、细胞类型及技术和生物效应的综合评估，具体样本量未明确
110	2025-05-31	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'来优化处理大型基因组参考	未明确提及具体限制，但可能包括对特定类型基因组数据的适用性或准确性验证的局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	未明确提及具体样本数量
111	2025-05-31	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	该研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，分析了50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构	提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，每个村庄由独特的SDN支持，并展示了这些村庄与患者预后的关联	研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌	理解肿瘤空间景观如何形成及其对肿瘤适应性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像, 单细胞RNA测序	深度学习	图像, RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞
112	2025-05-31	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的107个成功应用案例，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	当前研究可能存在方法学上的不足，未来需要进一步探索改进方向	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用现状与未来发展	单细胞组学数据（包括表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学和多组学数据）	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据	涉及77个公开单细胞数据集
113	2025-05-31	Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods 2025-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400789 PMID:38979872	综述	本文综述了高通量并行单细胞全基因组测序方法的最新技术进展和应用	总结了高通量单细胞全基因组测序在策略设计、数据效率和并行处理平台等方面的技术进展	总成本较高	探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进展及其应用	单细胞全基因组测序方法	基因组学	NA	单细胞全基因组测序(scWGS)	NA	基因组数据	NA
114	2025-05-31	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	研究论文	本文提出了一个最佳实践框架，用于药物发现和开发中的空间生物学研究，特别是利用数字空间分析（DSP）技术进行成功的队列研究	提出了基于数字空间分析（DSP）的框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制，实现了可扩展的全转录组和超高多重蛋白分析	DSP方法不提供单细胞分辨率	提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，加深对疾病生物学的理解并识别潜在的治疗靶点和生物标志物	固体组织样本	数字病理学	NA	数字空间分析（DSP）	NA	组织图像	NA
115	2025-05-31	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸（UA）与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的保护因子和治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了UA与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及潜在治疗药物	研究主要基于公共数据库和回顾性临床数据，需要进一步实验验证IGF1R的具体作用机制	探究UA与MG的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库（TCGA、GEO）数据及临床中心患者数据
116	2025-05-31	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	research paper	该研究通过解析Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体可抑制Hedgehog信号和肿瘤形成	研究主要基于小鼠模型，人类BCC中的Gαs和PKA活性突变需要进一步验证	探索Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的潜在应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
117	2025-05-31	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块与细胞分化过程的关系	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），并揭示了转录因子如何赋予细胞一般和特殊功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控逻辑	斑马鱼的脊索和孵化腺	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎
118	2025-05-31	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	research paper	该研究首次在小鼠腭裂模型中实施了单细胞空间RNA测序，探索了腭裂的基因组基础	首次在腭裂模型中应用单细胞空间RNA测序技术，揭示了Wnt信号效应器功能和细胞外基质基因表达的扰动	研究仅基于小鼠模型，结果在人类腭裂中的适用性需要进一步验证	探索腭裂形成的信号微环境中的精确扰动，为开发人类腭裂有效疗法奠定基础	小鼠胚胎腭部	digital pathology	腭裂	单细胞空间RNA测序(Visium HD), Xenium In Situ mRNA空间分析, RNAscope Multiplex检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠模型
119	2025-05-31	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	research paper	该文章通过单细胞转录组学技术研究了13个器官中多个细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四种不同的动态波动，其中免疫细胞是受影响最大的群体	利用单细胞转录组学技术在13个器官中识别衰老过程中的四种动态波动，并发现免疫细胞是受影响最大的群体	NA	研究衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化	13个器官中的多个细胞群体	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个细胞群体（具体数量未提及）
120	2025-05-31	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了流感损伤后小鼠肺的再生过程，揭示了不同细胞区室中的异步响应	发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），这种细胞在损伤后出现并长期存在，与发育中的肺内皮及人类退行性肺疾病中的内皮异常有共同特征	研究仅基于小鼠模型，人类肺再生过程的直接相关性尚需进一步验证	理解肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制	小鼠肺再生过程	单细胞转录组学	肺疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	转录组数据	NA