单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-14	HOXA1 Contributes to Bronchial Epithelial Cell Cycle Progression by Regulating p21/CDKN1A 2025-Mar-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052332 PMID:40076953	研究论文	本研究探讨了HOXA1基因在支气管上皮细胞周期进程中的作用及其通过调控p21/CDKN1A影响细胞增殖的机制	首次揭示了HOXA1基因通过调节p21/CDKN1A影响气道上皮细胞周期进程和增殖的新机制	研究仅使用体外细胞模型，未在体内模型或临床样本中进行验证	探究HOXA1基因在气道上皮细胞增殖和迁移中的作用	支气管上皮细胞	细胞生物学	慢性阻塞性肺病	CRISPR/CAS9基因编辑技术、单细胞RNA测序、流式细胞术	基因敲除细胞模型	基因表达数据	NA
122	2025-05-14	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	提出了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	整合了循环变分自编码器、GRANGER因果、稀疏性诱导惩罚和基于负二项式的损失函数，显著提升了处理数据稀疏性和噪声的能力	未明确提及具体局限性，但时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性仍是普遍挑战	开发更准确的时间序列scRNA-seq数据基因调控网络推断方法	小鼠全脑单细胞RNA测序数据中的五个转录调控因子（E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2）	生物信息学	NA	scRNA-seq	循环变分自编码器（recurrent variational autoencoder）	时间序列单细胞RNA测序数据	多个流行基准数据集和小鼠全脑scRNA-seq数据
123	2025-05-14	TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073 PMID:40065693	研究论文	提出了一种名为TrAGEDy的方法，用于对齐单细胞转录组测序中的独立轨迹，避免误差较大的整合步骤	TrAGEDy能够对齐不对称的生物过程轨迹，优于现有工具，并能捕捉更多生物学相关基因和过程	未明确提及具体局限性	开发一种新方法以改善单细胞转录组测序数据的轨迹对齐	单细胞转录组测序数据，特别是T细胞和Trypanosoma brucei血流形式的发育过程	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（具体数量未提及）
124	2025-05-14	AJGM: joint learning of heterogeneous gene networks with adaptive graphical model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf096 PMID:40073230	research paper	提出了一种自适应联合图形模型（AJGM），用于从具有未知异质性的单细胞或批量数据中估计多个基因网络	引入了整体网络来捕捉所有样本共享的关系，并通过自适应权重在亚型网络和整体网络之间建立连接，从而更有效地关注所有网络共享的基因关系	GGM假设数据服从多元高斯分布，而零膨胀的scRNA-seq数据往往不符合这一假设	推断基因网络以深入了解生物通路和基因间的功能关系	单细胞或批量基因表达数据	machine learning	triple-negative breast cancer	scRNA-seq	Adaptive Joint Graphical Model (AJGM)	gene expression data	NA
125	2025-05-14	NAD+ Promotes Superovulation of Huaxi Cattle Through Regulation of Cumulus Cell Proliferation and Oocyte Maturation 2025-Mar-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052276 PMID:40076893	研究论文	本研究探讨了NAD+对华西牛超排卵过程中卵丘细胞增殖和卵母细胞成熟的调控作用	首次发现NAD+通过调节脂质代谢途径和优化激素分泌水平提高超排卵效率	研究仅针对华西牛，未在其他牛种中验证	提高家畜繁殖效率和生产优质胚胎	华西牛的卵丘细胞和卵母细胞	动物繁殖学	NA	血清代谢组学和单细胞RNA测序	NA	代谢组数据和转录组数据	未明确说明样本数量
126	2025-05-14	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和eQTL分析，揭示了PZP在衰老和慢性肾病中的作用	首次发现CD8+ TCM细胞和PZP基因在衰老与慢性肾病共病机制中的关键作用，并验证了PZP作为生物标志物的潜力	样本来源仅限于外周血，未涉及肾脏组织；临床样本量相对有限	探索衰老与慢性肾病共病的遗传和免疫机制	年轻对照组、老年个体和慢性肾病患者的外周血样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据、基因组队列数据	包含UK Biobank和FinnGen基因组队列数据，具体临床样本量未明确说明
127	2025-05-14	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	research paper	该研究揭示了增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录的特性，挑战了传统认为增强子双向转录的观点	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统认为的双向转录	研究主要基于FANTOM5和其他转录组数据集，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探究增强子在单个细胞类型中的转录方向特性	增强子及其转录方向	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组测序、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
128	2025-05-14	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究揭示了HBx/DTL正反馈环在HBV相关肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用	首次发现DTL在HBV阳性HCC样本中过表达，并揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录的机制，以及DTL通过稳定HBx蛋白形成正反馈环促进HCC进展	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HBV相关肝细胞癌的发病机制	HBV相关肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本及裸鼠模型
129	2025-05-14	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	review	本文综述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及单细胞RNA测序在理解其功能异质性方面的贡献	应用单细胞RNA测序技术揭示免疫细胞的功能异质性，为个性化癌症治疗提供新途径	尽管前景广阔，但仍存在若干挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用	总结肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
130	2025-05-14	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的关键代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞适应性的靶点，并揭示了其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞及其在胰腺癌和黑色素瘤中的代谢调控	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	涉及83个代谢靶点的CD8 T细胞样本
131	2025-05-14	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示不明原因复发性流产（uRPL）中免疫失调的遗传基础	首次在uRPL患者中鉴定出MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异，并通过单细胞RNA测序数据揭示了这些变异对免疫细胞表达模式的影响	样本量较小（仅13名患者），可能影响结果的普遍性	揭示不明原因复发性流产（uRPL）的分子机制	13名中国uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞	基因组学与转录组学	复发性流产	WES（全外显子组测序）和scRNA-Seq（单细胞RNA测序）	NA	基因组数据和转录组数据	13名uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞
132	2025-05-14	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫微环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性，并鉴定了四个与成纤维细胞相关的预后基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM）	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤免疫微环境和预后的影响	结直肠癌组织中的成纤维细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
133	2025-05-14	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本研究提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合深度学习技术，显著提高了细胞分类的准确性	将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合CNN和ResNet进行细胞分类，显著提高了分类准确率	未提及对不同批次效应处理的详细评估，且仅测试了四种细胞类型的数据	解决scRNA-seq数据中的高噪声、高维度和批次效应问题，提高细胞分类的准确性和可靠性	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
134	2025-05-14	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法疗效之间的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法的疗效机制	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
135	2025-05-14	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用，探讨了其技术方法、机会与限制，并讨论了在piFNGN和GCA中使用数字空间分析技术获得的结果	空间转录组学技术为研究自身免疫和炎症性疾病提供了强大的工具，能够识别不同病变类型和疾病病因之间差异表达的基因	方法的选择需要基于对组织病理学变化的理解，并受到预分析变异和探针使用等限制	探讨空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用及其潜力	肾小球疾病，特别是pauci-immune focal necrotizing glomerulonephritis (piFNGN)和giant cells arteritis (GCA)	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析	NA	RNA和/或蛋白质	NA
136	2025-05-14	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据构建心脏内在神经系统神经元的电生理模型库，填补分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，且仅基于被动电学特性进行参数约束	研究心脏内在神经系统在心脏调控和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
137	2025-05-14	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	通过机器学习算法识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合多种生物信息学分析和机器学习算法，首次鉴定出四种胃癌血清生物标志物，并验证其临床效用	研究主要基于公共数据库数据，临床样本验证规模有限	开发胃癌诊断和预后的新型生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	scRNA-seq, RT-PCR, ELISA	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据, 血清蛋白数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集，以及实验验证的GC样本
138	2025-05-14	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	通过空间转录组和单细胞RNA测序揭示棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了SVB和SVBL基因在纤维起始中的关键作用	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物分子生物学	NA	空间转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
139	2025-05-14	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序数据，并在胶质母细胞瘤中识别罕见细胞亚群	开发了InfoScan工具，能够识别未注释的转录本和罕见细胞亚群，揭示了胶质母细胞瘤中的'肿瘤干细胞样'亚群及其潜在治疗靶点	未提及样本量大小或数据集的详细限制	开发并应用新型生物信息学工具以探索胶质母细胞瘤的转录组特征和罕见细胞亚群	胶质母细胞瘤中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
140	2025-05-14	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于空间转录组学数据中的缺失基因填补和细胞类型注释	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式同时进行基因填补和细胞类型注释	未明确提及具体局限性	解决单细胞空间转录组学(scST)中全转录组水平表征和细胞类型全面注释的挑战	单细胞空间转录组学(scST)数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术, scRNA-seq	深度学习模型(编码器-解码器结构)	空间转录组学数据, scRNA-seq数据	来自不同平台、具有不同测量基因数量的数据集