单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 35198 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-14 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal polychlorinated biphenyl exposure dysregulated cell type-specific metabolic responses in the livers of female mouse offsprings
2025-Sep-25, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100174
PMID:41520576
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了母体多氯联苯暴露对雌性小鼠后代肝脏细胞类型特异性代谢反应的调控作用 | 首次在单细胞分辨率下，系统性地展示了发育期多氯联苯暴露如何导致肝脏中不同细胞类型的转录组重编程，并影响代谢和免疫功能 | 研究仅针对雌性小鼠后代，且样本量有限，未探讨长期暴露效应或雄性个体的反应 | 探究母体多氯联苯暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 雌性小鼠后代的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 代谢紊乱 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 产后第28天的雌性小鼠肝脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-01-14 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIGEL的上下文感知基因组表示学习框架，用于从空间转录组数据中生成具有空间信息的基因表示 | 开发了一种成本效益高的框架，通过利用空间基因组上下文从ST数据中推导基因流形，生成的基因表示具有上下文感知、生物学意义明确且跨样本稳健的特点 | NA | 为空间基因组分析开发一种能够生成具有空间信息的基因表示的计算框架 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 103 | 2026-01-14 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.648995
PMID:40313919
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研究论文 | 本研究通过分析电子健康记录、空间免疫转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了HIV感染者（PLWH）黑色素瘤的临床特征和免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次结合大规模人群队列分析与空间转录组学技术，系统揭示了HIV感染者黑色素瘤的免疫抑制性肿瘤微环境特征及其与临床预后差的相关性 | 样本量相对较小（空间转录组学n=11，多重免疫荧光n=29），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚 | 剖析HIV感染者黑色素瘤的临床和免疫学特征，以解释其比HIV阴性患者更差的临床结局 | HIV感染者（PLWH）和HIV阴性者（PLw/oH）的黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学，多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录，空间转录组数据，免疫荧光图像 | 电子健康记录：1,019名PLWH和373,121名PLw/oH；空间转录组学：11个黑色素瘤样本；多重免疫荧光：15名PLWH和14名PLw/oH样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 104 | 2026-01-14 |
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661367
PMID:40667251
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研究论文 | 本研究揭示了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和成骨分化中的关键作用 | 首次发现SLC6A6表达在MSCs中富集，并证明牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化调节MSC的维持和成骨命运决定 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSCs数据有限，且未深入探讨牛磺酸在其他细胞类型中的间接效应 | 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和骨组织发育中的作用机制 | 小鼠和人类原代间充质基质细胞，以及TauT基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序，RNA测序，shRNA敲低 | 遗传功能丧失模型 | 单细胞RNA测序数据，RNA测序数据 | 小鼠非免疫骨和骨髓单细胞RNA测序数据集，原代人类MSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-01-14 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657944
PMID:40501930
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了母体多氯联苯暴露通过内质网应激途径，对雌性后代肝脏造成细胞类型特异性的代谢与免疫功能损伤 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了环境相关多氯联苯混合物对发育期肝脏的细胞类型特异性转录重编程效应，并明确了内质网应激通路的关键介导作用 | 研究仅针对雌性后代且观察时间点为出生后28天，未评估长期效应及性别差异；机制验证主要依赖转录组数据 | 探究母体多氯联苯暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 围产期暴露于多氯联苯的雌性小鼠肝脏组织 | 单细胞组学 | 代谢紊乱 | 单细胞RNA测序，RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 出生后28天雌性小鼠肝脏组织（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
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研究论文 | 本文通过标准化PBMCs样本，全面比较了多种商业单细胞RNA测序技术的性能，包括细胞回收率、测序效率、灵敏度、细胞注释和差异基因表达等指标 | 首次对七种全转录组mRNA测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行标准化比较，强调实验约束对细胞亚型分辨能力的影响 | 研究仅使用PBMCs样本，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的性能差异 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2026-01-14 |
Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice
2025-May-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1
PMID:40470235
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肺纤维化中关键的中间肺泡上皮细胞状态，并开发了一种基于RNA感知的蛋白质翻译技术，选择性靶向并消除这些细胞，从而在小鼠模型中减轻肺纤维化 | 引入了一种新型的RNA感知依赖性蛋白质翻译技术，用于选择性靶向和功能研究中间肺泡上皮细胞，并首次利用Sprr1a作为特异性标记物来区分这些细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类应用仍需进一步验证；技术特异性可能受限于标记物表达水平 | 探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化发生中的具体作用，并开发靶向治疗策略 | 小鼠模型中的Krt8+ ADI细胞和人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA感知依赖性蛋白质翻译技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-01-14 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了骨髓细胞脂肪酸代谢通过激活邻近造血干细胞，促进射血分数保留型心力衰竭（HFpEF）的机制 | 首次发现HFpEF患者外周血造血干细胞升高，并揭示了骨髓细胞线粒体脂肪酸代谢通过上调Vcam1表达驱动造血干细胞增殖的新机制 | 动物模型可能无法完全模拟人类HFpEF的复杂性，且机制研究主要在体外进行 | 探究HFpEF发病机制中免疫细胞代谢与造血干细胞活化的作用 | HFpEF患者样本、高脂饮食和高血压小鼠模型、原代巨噬细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据 | 患者样本和动物模型（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-01-14 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ISOSCELES的新框架，通过整合单细胞基因表达数据和药物反应签名，量化胶质母细胞瘤细胞对药物的敏感性和耐药性景观 | ISOSCELES框架首次整合单细胞RNA测序数据和L1000表达签名，以预测不同细胞状态对药物的差异反应，并识别出OLIG2抑制剂与Depatux-M的新型组合疗法 | 研究未明确说明样本量大小或验证实验的详细范围，可能限制结果的普适性 | 开发一个预测胶质母细胞瘤不同细胞状态对药物敏感性和耐药性的平台，以促进治疗开发 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-01-14 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率的模式 | SPLISOSM利用多元测试来考虑位点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论依据充分的性能 | NA | 研究转录多样性（包括剪接和替代3'端使用）的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 神经精神疾病，胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多元统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2026-01-14 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2025-Apr-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1
PMID:40321776
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用 | 首次发现HHEX是糖皮质激素生成细胞中最富集的转录因子，并证明其作为雄激素受体靶基因，通过抑制女性转录程序和防止脂质自噬来维持肾上腺性二态性和脂质稳态 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的具体机制仍需进一步验证 | 探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制 | 肾上腺皮质糖皮质激素生成细胞（束状带细胞） | 单细胞转录组学 | 肾上腺功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 遗传小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 使用报告基因小鼠的肾上腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-01-14 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645175
PMID:40196550
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研究论文 | 本文提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架，并验证了现有工具的准确性 | 首次系统性地评估了从scRNA-seq数据中推断遗传祖先的方法，并揭示了现有单细胞数据集中欧洲血统样本比例过高的问题 | 评估依赖于有限的scRNA-seq数据集（4个），且变异检测受限于scRNA-seq读长的覆盖度和准确性 | 评估从单细胞RNA测序数据中推断遗传祖先的方法的准确性，并促进单细胞研究中的遗传多样性表征 | 单细胞RNA测序数据中的遗传多态性 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE等遗传祖先推断工具 | 单细胞RNA测序数据 | 来自人类细胞图谱的4个数据集的196名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-01-14 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平，以弥补现有技术的局限性 | VISTA结合变分推断和几何深度学习，联合建模单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据，并引入不确定性量化，首次实现针对SST数据的基因表达预测 | 方法依赖于scRNA-seq和SST数据的联合可用性，可能受数据质量和整合难度影响 | 解决空间转录组技术中基因覆盖度有限的问题，提升空间诱导细胞状态和特征的分析能力 | 空间转录组数据和单细胞RNA-seq数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个SST数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2026-01-14 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的潜在激活状态 | 结合单细胞基因表达和可及染色质谱，识别了激活干细胞在命运决定阶段的转录异质性，并发现了一类静息细胞在损伤前已表观遗传学上准备好激活 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据，可及染色质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-01-14 |
HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data
2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629494
PMID:39763944
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研究论文 | 本文介绍了一个名为HapCNV的综合性统计框架，用于在单倍体或低输入DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测 | HapCNV通过构建新颖的基因组位置特异性伪参考，利用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留常见CNV，并在模拟和真实寄生虫数据集中显示出优于现有方法的性能，尤其对短CNV检测更准确 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个针对单倍体或低细胞数DNA测序数据的CNV检测框架，以克服现有方法在单倍体基因组和参考样本选择上的局限性 | 单倍体和二倍体生物的低输入DNA测序数据，包括单细胞或少数细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 低输入DNA测序，包括低细胞和单细胞测序 | 统计框架 | DNA测序数据 | 未在摘要中明确指定 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2026-01-14 |
Molecular landscape of the mouse adrenal gland and adjacent adipose tissue by spatial transcriptomics
2025, Folia histochemica et cytobiologica
IF:1.7Q4
DOI:10.5603/fhc.108988
PMID:41311243
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，生成了成年雄性小鼠肾上腺及其邻近脂肪组织的高分辨率分子图谱 | 首次提供了成年雄性小鼠肾上腺的空间分辨转录组参考图谱，揭示了肾上腺分区、更新和区域间相互作用的细胞与分子框架 | 研究仅针对成年雄性CD1 IGS小鼠，未涉及雌性、其他品系或不同发育阶段，可能限制结果的普适性 | 旨在解析肾上腺分区和皮质更新的分子机制，以及肾上腺与周围组织的相互作用 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺及其邻近的棕色和白色脂肪组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 无监督聚类、差异基因表达分析、通路和基因本体富集、细胞类型反卷积、伪时间轨迹推断 | 空间转录组数据 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Visium CytAssist平台 |
| 117 | 2026-01-14 |
Human-Mouse Chimeric Brain Models to Study Human Glial-Neuronal and Macroglial-Microglial Interactions
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.03.601990
PMID:39005270
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研究论文 | 本文介绍了一种通过共移植人类诱导多能干细胞衍生的神经细胞构建人鼠嵌合脑模型的方法，用于在体内研究人类神经胶质细胞与神经元之间的相互作用 | 创新性地开发了人鼠嵌合脑模型，通过共移植人类诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞和原始巨噬细胞祖细胞，首次在体内同时模拟人类小胶质细胞、大胶质细胞和神经元的相互作用 | 模型基于小鼠脑环境，可能无法完全复制人类脑的复杂生理条件，且移植细胞的长期行为和功能稳定性需进一步验证 | 研究人类神经胶质细胞与神经元在体内的相互作用机制，以揭示脑功能复杂性并为神经系统疾病治疗提供新见解 | 人类诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞、原始巨噬细胞祖细胞及其在鼠脑中的共移植模型 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、超分辨率成像、3D重建技术 | 人鼠嵌合脑模型 | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-01-14 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中由白细胞介素-1β驱动的疾病进展机制，并验证了靶向IL-1β的治疗潜力 | 首次在ACM中结合单核RNA测序和空间转录组学，识别了炎症-纤维化空间微环境，并证明抗IL-1β抗体治疗可改善疾病表型 | 研究样本量有限，且主要基于小鼠模型验证，人类临床转化需进一步研究 | 探究ACM的疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗策略 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本，具体数量未明确说明 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2026-01-14 |
Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function
2024-11-20, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c15013
PMID:39520323
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现Wnt信号通路可促进修复型雪旺细胞转化，并开发了一种负载Wnt3a蛋白的聚合物支架，在大鼠坐骨神经缺损模型中验证了其优异的神经修复效果 | 首次结合单细胞测序技术阐明Wnt通路在周围神经再生中的作用机制，并创新性地将Wnt3a蛋白整合到电纺纤维支架表面 | 研究仅在大鼠动物模型中进行验证，尚未开展临床转化研究 | 探索通过调控雪旺细胞功能促进周围神经再生的新策略 | 雪旺细胞、大鼠坐骨神经缺损模型 | 组织工程与再生医学 | 周围神经损伤 | 单细胞测序、电纺丝技术、动物模型实验 | NA | 测序数据、组织学数据、电生理数据 | 大鼠坐骨神经缺损模型（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-01-14 |
Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer
2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528365
PMID:36824957
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研究论文 | 本研究揭示了CRACD作为肿瘤抑制因子，通过调控肌动蛋白聚合来限制小细胞肺癌的神经内分泌可塑性和免疫逃逸，并提出EZH2阻断作为潜在治疗策略 | 首次将CRACD与SCLC的神经内分泌可塑性和免疫逃逸机制联系起来，并通过单细胞转录组学验证了其在患者肿瘤中的临床相关性 | 研究主要基于基因敲除模型和体外实验，临床样本验证和体内治疗效果的长期数据可能有限 | 探究小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的分子机制 | 小细胞肺癌肿瘤细胞、CRACD基因、NOTCH1信号通路、EZH2介导的组蛋白修饰 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞转录组学、基因敲除、药理学阻断 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |