单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-13	TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics 2025-Mar-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06074-8 PMID:40050726	研究论文	介绍了一个名为TRain的Python工具，用于自动化处理T细胞受体（TCR）与肽-MHC复合物（pMHC）的结构预测和对接过程	开发了一个自动化工具TRain，整合了从TCR序列到3D TCRpMHC复合物预测的全流程，简化了复杂的免疫信息学分析步骤	依赖于现有的TCR建模流程和RosettaDock工具，可能受到这些工具本身性能的限制	简化TCR与pMHC复合物的结构预测流程，以更好地理解TCR的结合特性	T细胞受体（TCR）与肽-MHC复合物（pMHC）	免疫信息学	NA	单细胞测序、RosettaDock对接	NA	序列数据、结构数据	NA
122	2025-05-13	Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06297-6 PMID:40050821	研究论文	本研究通过整合单细胞测序数据和转录组学数据，识别与黑色素瘤进展相关的ac4C相关基因（acRG），并评估其临床意义	开发并验证了一个卓越的acRG相关特征（acRGS），该特征在预测黑色素瘤患者总体生存率方面优于之前报道的120个特征	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探讨ac4C mRNA修饰模式是否以及如何影响黑色素瘤患者的临床结果	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序, 转录组学	机器学习算法	测序数据, 转录组数据	四个外部数据集
123	2025-05-13	Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06236-5 PMID:40050872	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌的上皮-间质转化	发现了CTHRC1+ CAFs与恶性上皮细胞亚型在EMT活跃空间中的共定位，并揭示了CTHRC1+ CAFs通过WNT5A-MSLN信号轴促进肿瘤侵袭的新机制	未明确说明样本量是否足够代表所有CRC亚型，且体内验证仅限于小鼠模型	解析CAFs在结直肠癌进展中的异质性作用并探索治疗靶点	结直肠癌相关成纤维细胞(CAFs)和恶性上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组, CellChat, NicheNet	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	未明确说明（包含小鼠异种移植模型）
124	2025-05-13	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	research paper	该研究开发了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间T细胞谱系中的病毒持久性	提出了HILT系统，这是一种不可逆标记感染细胞的模型，能够检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1感染早期ART治疗期间T细胞谱系中病毒的持久性	HIV-1感染的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植了基因修饰的造血干细胞
125	2025-05-13	Discovering root causal genes with high-throughput perturbations 2025-Mar-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100949 PMID:40042510	研究论文	本文提出了一种利用高通量扰动和单细胞RNA测序数据识别根因果基因的新方法	首次提出从数据中识别根因果基因的算法，并开发了一种新的统计方法来识别特定患者的根因果基因	RNA测序数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计	开发一种能够识别疾病起始阶段根因果基因的方法，以促进针对疾病早期阶段的治疗开发	基因表达水平和根因果基因	生物信息学	黄斑变性和多发性硬化症	Perturb-seq和RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	NA
126	2025-05-13	MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment 2025-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06279-8 PMID:40045374	research paper	本研究探讨了MCT4在胃癌转移及转移性免疫微环境调节中的关键作用	首次全面分析了MCT4对胃癌及其微环境影响的机制，并通过多组学分析和实验验证揭示了MCT4与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证的样本量可能有限	阐明MCT4在胃癌发生发展和转移中的作用机制	胃癌细胞、胃癌患者组织样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光	胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型	测序数据、图像数据	临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本
127	2025-05-13	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞组成的影响	首次在PSCC中系统描述了从局部到晚期疾病过程中免疫微环境的动态变化，并比较了HPV阳性和阴性肿瘤的免疫特征差异	样本量较小（仅10例PSCC组织样本），且未探讨观察到的免疫表型变化与临床预后的直接关联	阐明PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和不同HPV感染状态下的变化特征，寻找晚期PSCC的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）患者的肿瘤组织样本（包括原发灶、淋巴结和远处转移灶）	肿瘤免疫学	阴茎癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	10例PSCC组织样本（包括4组匹配的原发灶和淋巴结样本）
128	2025-05-13	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	research paper	本研究开发了两种小鼠模型，用于探索肾肿瘤向下腔静脉的扩展	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种IVCTT模型，并成功使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中创建了IVCTT模型	免疫缺陷小鼠中的IVCTT进展速度远快于免疫正常小鼠，且淋巴细胞较少	阐明肾肿瘤向下腔静脉扩展的发病机制、识别治疗靶点并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	digital pathology	renal tumor	单细胞转录组测序、免疫组织化学和多重免疫组织化学	mouse models	NA	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
129	2025-05-13	A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain 2025-Mar-05, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09609-6 PMID:40044925	研究论文	通过scRNA-Seq和RNA-Seq综合分析，揭示了AAV载体在大脑中引发的B细胞免疫抑制机制	利用转录组和单细胞RNA测序数据结合孟德尔随机化分析，发现了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因在大脑中介导B细胞免疫抑制的潜在作用	研究初步探索了AAV载体在大脑中的免疫抑制机制，但需要进一步研究免疫调节网络中的调控因子和通路	探究AAV载体在大脑中引发的免疫反应及其抑制机制	AAV载体在大脑中引发的免疫反应及B细胞免疫抑制	基因治疗	遗传性疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
130	2025-05-13	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	研究探讨了神经元间通讯在介导内在神经元免疫反应及限制病毒感染中的作用	揭示了在三维前脑类器官中，神经元与旁观神经前体细胞之间通过I型干扰素信号传导的抗病毒交叉对话	在二维培养中观察到的动态反应未能限制病毒传播	探究神经元内在免疫反应在抗病毒保护中的作用	神经元和旁观神经前体细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	前脑类器官	转录组数据	NA
131	2025-05-13	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入研究了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的关键机制	NA	研究FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌免疫微环境中的功能和机制	FOLR2+巨噬细胞和CD8 T细胞在乳腺癌中的作用	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
132	2025-05-13	Bacteroides fragilis Toxin Suppresses METTL3-Mediated m6A Modification in Macrophage to Promote Inflammatory Bowel Disease 2025-Mar-05, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae179 PMID:40065724	研究论文	研究探讨了Bacteroides fragilis毒素（BFT）通过抑制METTL3介导的m6A修饰促进炎症性肠病的机制	揭示了BFT通过抑制FOXD3表达减少METTL3转录，进而降低m6A修饰，促进ITGA5表达的新机制	研究主要基于体外和动物模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究BFT与宿主相互作用对m6A修饰的影响及其在炎症性肠病中的作用机制	炎症性肠病患者和DSS诱导的结肠炎小鼠模型中的炎症巨噬细胞	分子生物学	炎症性肠病	单细胞测序	NA	RNA测序数据	炎症性肠病患者和DSS诱导的结肠炎小鼠模型
133	2025-05-13	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	研究论文	该研究通过单细胞技术分析了极早产婴儿在出生后前两个月外周免疫细胞的动态变化	首次对极早产婴儿外周免疫细胞进行了纵向多组学分析，揭示了其与足月婴儿不同的免疫发育轨迹	样本量较小（仅10名极早产婴儿），且未涉及更长期的随访数据	探究极早产婴儿出生后前两个月外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿（孕周<30周）的外周免疫细胞	免疫学	早产相关疾病	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式细胞术	NA	单细胞多组学数据	10名极早产婴儿，以及健康成人、早产和足月脐带血样本作为对照
134	2025-05-13	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中准确识别空间域	MAEST利用图掩码自编码器去噪和精炼表示，同时结合图对比学习防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示有效捕捉局部和全局空间关系	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	图神经网络	图掩码自编码器	空间转录组学数据	包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种数据集
135	2025-05-13	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	research paper	该研究通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示了神经浸润作为癌症标志物的新角色	提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score），并发现其与多种癌症不良预后相关，揭示了神经信号在肿瘤微环境中的重要作用	研究基于RNA-seq数据，需要进一步实验验证神经浸润与癌症进展的直接机制	探索神经系统在癌症发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境中的神经浸润情况	digital pathology	cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	40个bulk RNA-seq数据集（涵盖10种癌症类型）和55个单细胞RNA测序数据集
136	2025-05-13	ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094 PMID:40053700	research paper	开发了一个名为ENACT的端到端分析流程，用于整合高级细胞分割与Visium HD转录组数据，以推断整个组织切片中的细胞类型	提出了新颖的bin-to-cell分配方法，提高了单细胞转录估计的准确性	未明确提及具体限制	提高空间转录组学数据分析的准确性和分辨率	Visium HD转录组数据	digital pathology	NA	Visium HD技术	NA	转录组数据	多样化的合成和真实数据集，可扩展至包含数十万个细胞的样本
137	2025-05-13	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	提出了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	整合了循环变分自编码器、GRANGER因果性、稀疏性诱导惩罚和基于负二项式的损失函数等多种先进技术，显著提高了处理时间序列scRNA-seq数据的能力	未明确提及具体局限性，但时间序列scRNA-seq数据的高噪声水平和稀疏性仍是潜在挑战	从时间序列单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络	小鼠全脑单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	循环变分自编码器	时间序列基因表达数据	多个流行基准数据集和小鼠全脑scRNA-seq数据
138	2025-05-13	TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073 PMID:40065693	研究论文	提出了一种名为TrAGEDy的方法，用于对齐单细胞转录组测序中的独立轨迹，避免了错误易发的整合步骤	TrAGEDy能够对齐独立轨迹，无需进行复杂的样本整合，且在模拟数据集和真实数据集中表现优于现有工具	未提及具体的技术限制或适用范围	改进单细胞转录组测序中不同生物过程的比较方法	T细胞和Trypanosoma brucei血流形态的基因表达动态	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（具体数量未提及）
139	2025-05-13	STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.8 PMID:40042874	研究论文	本研究探讨了STING信号调控的Th17样滤泡辅助性T细胞（Tfh）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的致病机制	揭示了STING缺陷通过促进Th17样Tfh细胞的分化和表型转化加剧EAU炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索STING信号在EAU发病机制中的作用	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	Sting-/-基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	EAU小鼠和对照小鼠的引流淋巴结细胞
140	2025-05-13	Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.9 PMID:40042873	研究论文	利用单细胞多组学分析技术研究小鼠角膜上皮早期伤口反应的基因调控程序	首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术，系统描绘了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的转录组和表观遗传变化	仅关注早期伤口反应阶段，未涉及后期修复过程；研究局限于小鼠模型，人类组织的适用性有待验证	阐明伤口愈合过程中角膜上皮细胞的基因调控机制	小鼠角膜上皮细胞	单细胞多组学	角膜损伤	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 免疫荧光染色, 实时定量PCR	Seurat, ArchR, Monocle 2, CellChat, pySCENIC	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量（包含稳态和伤口诱导的小鼠角膜上皮细胞）