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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-04-01 |
Systemic immune profiling uncovers divergent mechanisms and predictive biomarkers of response to combination immunotherapies in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013648
PMID:41912268
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了晚期肝细胞癌患者对两种不同联合免疫疗法(Atez/Bev 与 Dur/Tre)产生应答的系统性免疫机制及预测性生物标志物 | 首次在晚期肝细胞癌中,通过单细胞测序结合CITE-seq技术,系统比较了两种主流联合免疫疗法的系统性免疫应答机制,并识别了治疗方案特异性的预测生物标志物 | 样本量较小(19例患者),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性队列验证 | 阐明晚期肝细胞癌患者对联合免疫疗法产生应答的系统性免疫机制,并寻找预测性生物标志物 | 晚期肝细胞癌患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,CITE-seq,T细胞受体(TCR)谱分析,细胞间通讯建模 | CellChat | 单细胞转录组数据,表面蛋白数据 | 19例晚期肝细胞癌患者(Atez/Bev组:5例应答者,5例无应答者;Dur/Tre组:4例应答者,5例无应答者),共345,962个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-04-01 |
Targeting LAPTM5 enhances AML sensitivity to cytarabine through autophagy inhibition
2026-Mar-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08654-9
PMID:41912486
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研究论文 | 本研究通过分析急性髓系白血病(AML)患者的单细胞RNA测序数据,发现LAPTM5在阿糖胞苷(AraC)耐药细胞中高表达,并通过调控自噬流促进耐药性,靶向LAPTM5可增强AML对AraC的敏感性 | 首次揭示LAPTM5在AML阿糖胞苷耐药中的关键作用,通过调控自噬流和溶酶体生物合成介导耐药性,为克服AML耐药提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于公开的单细胞RNA测序数据分析和体外/体内实验,临床样本验证和具体靶向药物的开发仍需进一步探索 | 探究LAPTM5在急性髓系白血病(AML)对阿糖胞苷(AraC)耐药中的作用机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 急性髓系白血病(AML)细胞,特别是阿糖胞苷(AraC)耐药细胞 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-04-01 |
The RASSF1C-HIF-1α axis drives macrophage lipid metabolism to promote pancreatic cancer
2026-Mar-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08609-0
PMID:41912489
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧-RASSF1C-HIF-1α轴通过乳酸介导的免疫代谢重编程重塑肿瘤相关巨噬细胞功能,从而促进胰腺癌进展的分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学,阐明了RASSF1C-HIF-1α轴通过乳酸介导的UFL1-IRF7 UFMylation调控巨噬细胞脂质代谢,进而驱动胰腺癌进展的新机制 | 研究样本量相对较小(20例PDAC组织芯片),且主要基于体外和动物模型验证,临床转化潜力需进一步大规模队列研究证实 | 探究胰腺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞代谢重编程的分子机制及其对肿瘤进展的影响 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者组织样本、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织图像数据 | 20例人类胰腺导管腺癌组织标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-04-01 |
Bisphenol a exposure and major depressive disorder: an integrative analysis combining network toxicology, molecular docking, genetic epidemiology, and transcriptomic validation
2026-Mar-30, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-026-03862-5
PMID:41912493
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、分子对接、遗传流行病学和转录组学验证,系统探讨了双酚A暴露与重度抑郁症之间的分子机制 | 首次将网络毒理学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子对接等多种方法整合,系统揭示BPA暴露与MDD的分子关联 | 研究主要基于公共数据库和动物模型,人类样本的直接验证有限,且BPA暴露的剂量和时间效应需进一步探究 | 探究双酚A暴露与重度抑郁症之间的分子机制及潜在治疗靶点 | 双酚A暴露相关的分子靶点、重度抑郁症相关基因、小鼠模型 | 生物信息学 | 重度抑郁症 | 网络毒理学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接、ELISA、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、GWAS数据、eQTL数据 | 涉及公共数据库中的多个数据集及BPA诱导的MDD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-04-01 |
Antagonistic SMAD2/3 control of TIMP-1, VEGF-A, and hypoxia signaling in myofibroblasts shapes histotype-specific angiogenesis in lung cancer
2026-Mar-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08677-2
PMID:41912498
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关成纤维细胞通过SMAD2/3的拮抗调控TIMP-1、VEGF-A和缺氧信号,塑造了肺腺癌和鳞状细胞癌中组织类型特异性的血管生成模式 | 发现了TIMP-1在促进内皮细胞超分支方面的新功能,并阐明了SMAD2/3在调控肿瘤相关成纤维细胞血管生成因子产生中的关键作用 | 未明确说明样本量的具体数字,且研究主要聚焦于NSCLC的两种亚型,可能不适用于其他癌症类型 | 解析非小细胞肺癌中组织类型依赖的血管生成调控机制 | 非小细胞肺癌(包括肺腺癌和鳞状细胞癌)及其肿瘤相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组学(包括bulk RNA-seq和scRNA-seq)、血管生成阵列、遗传扰动、体外和体内功能实验 | NA | 转录组数据、蛋白质阵列数据、功能实验数据 | 多个患者队列,但未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-04-01 |
Cell neighborhood topology directs rare cell population identification
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71180-x
PMID:41912521
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RareQ的快速可扩展框架,用于通过单细胞组学数据评估每个细胞的k近邻邻域的紧密性来检测稀有细胞 | 提出了一种基于细胞邻域拓扑结构的新方法RareQ,该方法在准确度、灵敏度和效率方面优于现有方法,并能识别模态特异性和共享的稀有细胞 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种高效识别稀有细胞的方法,以增强对组织结构和疾病机制的理解 | 单细胞组学数据和空间转录组学数据中的稀有细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞组学 | NA | 单细胞组学数据、空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2026-04-01 |
AI-guided multi-omics analysis identifies NPC1-modulated susceptibility to SARS-CoV-2 infection under PM2.5 exposure
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71196-3
PMID:41912520
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研究论文 | 本研究通过AI引导的多组学分析,揭示了PM2.5暴露下NPC1基因调控SARS-CoV-2感染易感性的分子机制 | 利用微调的单细胞转录组学基础模型,首次整合AI引导的转录组学、流行病学、GWAS、功能基因组学和体外验证,系统解码了环境暴露对健康的影响 | 机制研究主要在体外实验中进行,需要更多体内实验和临床数据进一步验证 | 阐明PM2.5暴露如何增加SARS-CoV-2感染风险的分子机制 | PM2.5暴露与SARS-CoV-2感染的关联机制 | 机器学习 | SARS-CoV-2感染 | 单细胞转录组学、全基因组关联研究(GWAS)、功能基因组学分析 | 基础模型(微调) | 转录组数据、流行病学数据、遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-04-01 |
Identification of rheumatoid arthritis manganese metabolism-related diagnostic biomarkers through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Mar-30, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08081-3
PMID:41913032
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞RNA测序分析,识别了与锰代谢相关的类风湿关节炎诊断生物标志物 | 首次系统性地探索了锰代谢失调与类风湿关节炎发病机制之间的联系,并通过机器学习算法筛选出高诊断准确性的锰代谢相关基因 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且锰代谢在自身免疫病中的具体机制仍需进一步实验阐明 | 识别类风湿关节炎中与锰代谢相关的诊断生物标志物,并探索其病理机制 | 类风湿关节炎患者的基因表达数据及单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习算法 | LASSO, SVM, RF | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的类风湿关节炎患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-04-01 |
Exploring the immune environment of glioblastoma in humanized mouse models
2026-Mar-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag073
PMID:41913047
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研究论文 | 本研究通过建立人源化小鼠模型,探索了胶质母细胞瘤的免疫环境 | 建立了独特的人源化小鼠模型,结合患者来源的异种移植和人类免疫细胞,模拟了复发性胶质母细胞瘤的免疫特征 | 模型基于免疫缺陷小鼠,可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性,且样本数量有限 | 研究胶质母细胞瘤的免疫环境,以促进创新治疗方法的开发 | 人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源异种移植 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 光谱流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 组织图像 | 使用两种免疫缺陷小鼠模型和患者来源异种移植 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-04-01 |
Stromal NNMT Overexpression as an Independent Prognostic Biomarker in Lung Adenocarcinoma and Breast Carcinoma
2026-Mar-30, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgag020
PMID:41913584
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在泛癌基质中的表达谱和预后意义,并在肺腺癌和乳腺癌中进行了重点验证 | 首次将NNMT作为基质特异性独立预后生物标志物在肺腺癌和乳腺癌中进行验证,并利用单细胞RNA测序数据揭示其在基质细胞(尤其是成纤维细胞)中的高表达 | 研究主要基于数据库分析和回顾性临床队列,需要进一步的前瞻性研究验证NNMT的临床实用性 | 评估NNMT在癌症基质中的表达及其作为预后生物标志物的潜力 | 肺腺癌和乳腺癌患者,以及泛癌分析中的多种癌症类型 | 数字病理学 | 肺癌, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 数据库分析 | Cox回归分析, 生存曲线分析 | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 临床数据 | 来自独立临床队列的患者样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-04-01 |
Local transcriptional covariation produces accurate estimates of cell phenotype
2026-Mar-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag135
PMID:41915021
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研究论文 | 本文提出了一种名为Sceodesic的新方法,利用黎曼流形结构分析单细胞RNA测序数据中的局部基因共表达模式,以更准确地估计细胞表型 | 首次将微分几何中的对数欧几里得度量应用于基因共表达矩阵分析,能够发现局部(细胞状态层面)而非全局的基因共变模式 | 未明确说明方法对数据规模和质量的敏感性,也未与其他新兴的局部共变分析方法进行系统比较 | 开发一种数学框架来更准确地从scRNA-seq数据中表征细胞状态 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 黎曼流形分析(基于对数欧几里得度量) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-04-01 |
Lumican-Mediated Fibroblast Differentiation in Skin Fibrosis
2026-Mar-28, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2026.03.006
PMID:41912056
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,探索了皮肤纤维化中Lumican介导的成纤维细胞分化机制 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,系统比较了胎儿皮肤、成人皮肤和瘢痕疙瘩组织,并鉴定出Lumican作为连接再生愈合与病理性瘢痕形成的关键调节因子 | 研究主要基于体外模型和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探究皮肤无瘢痕愈合与病理性纤维化的分子机制 | 胎儿皮肤、成人皮肤和瘢痕疙瘩组织 | 数字病理学 | 皮肤纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 胎儿皮肤、成人皮肤和瘢痕疙瘩组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-04-01 |
HOX Code-Based Stratification Reveals RUNX1T1-HDAC Reprogramming as a Targetable Driver of Lineage Plasticity Across Cancers
2026-Mar-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218465
PMID:41912135
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研究论文 | 本研究通过分析HOX基因表达模式(HOX代码),揭示了RUNX1T1-HDAC轴作为癌症谱系可塑性的可靶向驱动机制 | 首次利用HOX代码在跨癌症水平上稳健地分层谱系约束和谱系可塑性状态,并识别出RUNX1T1作为一致调控因子 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要更多前瞻性临床验证 | 探索癌症谱系可塑性的驱动机制并寻找可靶向的治疗弱点 | 23种癌症类型中的114个癌症亚型,包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病 | 计算生物学 | 多癌种 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CUT&RUN, 共免疫沉淀, AI结构建模 | AI结构模型 | 多组学数据 | 超过80,000个RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-04-01 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术分析了结直肠癌及其腹膜转移中的肿瘤浸润先天淋巴样细胞,揭示了其向ILC1/组织驻留NK细胞分化的偏向性 | 首次在结直肠癌及其腹膜转移中鉴定出两个未成熟的先天淋巴样细胞群体(早期NK和幼稚ILC),并证明幼稚ILC在体外可被诱导分化为ILC1/组织驻留NK样细胞 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序仅11例患者),且研究主要基于转录组分析,功能验证实验有限 | 探究结直肠癌及其腹膜转移中肿瘤浸润先天淋巴样细胞的组成、分化和功能 | 结直肠癌患者、结直肠癌腹膜转移患者的肿瘤样本以及健康结肠组织 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,分化实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 单细胞RNA测序11例患者,流式细胞术8例患者,分化实验24例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-04-01 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2026-Mar-27, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101560
PMID:41903535
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研究论文 | 本文探讨了Seurat和Scanpy软件包在单细胞RNA测序分析中的算法差异及其对结果的影响 | 揭示了Seurat和Scanpy在多个分析步骤中输出结果的显著差异,并量化了这些差异相当于减少5%的读取或20%的细胞分析带来的变异性 | 研究主要关注Seurat和Scanpy的比较,可能未涵盖所有单细胞分析工具,且差异的具体生物学含义需进一步验证 | 评估单细胞RNA测序分析中软件包选择和版本更新对结果可重复性的影响 | 单细胞RNA测序数据分析流程,包括过滤、高变基因选择、降维、聚类和差异表达分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-04-01 |
The Impact of Low-Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2026-Mar-26, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001053
PMID:41885952
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研究论文 | 本研究探讨了母体低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的分子和细胞影响,揭示了其如何通过影响肾单位祖细胞的承诺和分支形态发生来减少肾单位数量 | 首次结合单细胞RNA测序和成像技术,全面解析低蛋白饮食对肾脏发育过程中细胞转录变化和形态缺陷的影响,特别是识别了肾单位祖细胞承诺受损的核心机制 | 研究基于动物模型,结果可能无法直接外推至人类;未探讨长期后遗症的分子基础 | 探究母体低蛋白饮食如何影响胎儿肾脏的分子和细胞发育过程,以理解肾单位数量减少的机制 | 胎儿肾脏发育过程中的细胞类型,特别是肾单位祖细胞和输尿管尖端细胞 | 发育生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序,断层扫描成像,共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-04-01 |
Smoothie: efficient inference and integration of spatial co-expression networks from denoised spatial transcriptomics data
2026-Mar-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09898-z
PMID:41888598
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的流程,用于通过高斯平滑去噪空间转录组学数据,并构建和整合全基因组共表达网络 | Smoothie利用隐式和显式并行化技术,能够扩展到超过1亿个空间解析点的数据集,具有快速运行时间和低内存使用,实现了高效的空间共表达网络推断与整合 | NA | 从高分辨率空间转录组学数据中提取深层生物学见解,包括基因模块检测、功能注释、基因表达与基因组结构关联以及多样本比较 | 空间转录组学数据中的基因共表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2026-04-01 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2026-Mar-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101346
PMID:41895263
|
研究论文 | 本研究评估了整合单细胞RNA测序和单核RNA测序数据集以改善批量RNA测序反卷积性能的策略 | 首次系统比较了多种整合方法(包括基于主成分的潜在偏移、条件与非条件scVI以及跨模态差异表达基因过滤)在提升snRNA-seq作为反卷积参考方面的效果,并发现跨模态DEG过滤和条件scVI能显著提高准确性 | 研究仅在四种组织中进行基准测试,可能未覆盖所有生物环境;且当匹配的scRNA-snRNA细胞类型不可用时,方法性能可能受限 | 改善批量RNA测序反卷积的准确性,通过整合单细胞和单核RNA测序数据集 | 四种组织中的单细胞和单核RNA测序数据,以及真实的脂肪组织批量RNA测序样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | scVI(单细胞变分推断) | RNA测序数据 | 四种组织的数据集和真实脂肪样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-04-01 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics analysis reveals MYCN-UBE2C-TFRC signaling endows ferroptosis resistance in neuroectodermal tumors
2026-Mar-26, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3233-3
PMID:41915328
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了MYCN-UBE2C-TFRC信号轴赋予神经外胚层肿瘤铁死亡抵抗的机制 | 首次发现了MYCN通过调控UBE2C表达,进而介导TFRC的泛素化降解,从而减少铁流入并赋予肿瘤细胞铁死亡抵抗的新机制 | NA | 探究MYCN扩增肿瘤中铁死亡抵抗的分子机制 | 神经外胚层肿瘤 | 数字病理学 | 神经外胚层肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CUT&Tag, 深度覆盖质谱蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2026-04-01 |
Cell confinement initiates a delayed but heritable loss of chromosomes
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117053
PMID:41811846
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研究论文 | 本研究通过染色体报告系统探究细胞在受限条件下如何引发延迟但可遗传的染色体丢失,揭示了压缩对细胞分裂和染色体稳定性的影响 | 开发染色体报告系统(ChReporters)量化活细胞中罕见的可遗传染色体丢失,首次发现适度压缩可通过延长有丝分裂期诱导染色体错误分离,形成“有丝分裂记忆” | 研究主要关注短期压缩效应,长期遗传稳定性变化未充分探讨;体外压缩模型可能无法完全模拟体内肿瘤微环境 | 探究机械压缩如何影响细胞染色体稳定性及其在癌症进化中的作用 | 活细胞(具体细胞类型未明确说明) | 细胞生物学 | 癌症(实体瘤) | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |