单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-11	The MYC/TXNIP axis mediates NCL-Suppressed CD8+T cell immune response in lung adenocarcinoma 2025-May-09, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01224-3 PMID:40346484	研究论文	本研究探讨了核仁蛋白NCL在T细胞葡萄糖代谢和肺腺癌细胞免疫逃逸中的作用	揭示了NCL通过MYC/TXNIP轴调控CD8+ T细胞葡萄糖代谢和抗肿瘤免疫功能的新机制	研究主要基于体外和小鼠模型，未在人类临床试验中验证	研究NCL在T细胞葡萄糖代谢和肺腺癌细胞免疫逃逸中的作用	CD8+ T细胞和肺腺癌细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外实验、原位移植小鼠模型	NA	RNA测序数据、实验数据	来自GEO和TCGA的数据库数据及小鼠模型
22	2025-05-11	Multi-omics integration reveals Vha68-3 as a testicular aging-specific factor that coordinates spermatid elongation through mitochondrial metabolic homeostasis 2025-May-09, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00737-3 PMID:40346547	研究论文	本研究通过多组学整合揭示了Vha68-3作为睾丸衰老特异性因子，通过线粒体代谢稳态协调精子细胞延伸的机制	首次发现Vha68-3在睾丸衰老过程中对精子细胞延伸的关键调控作用，并提出了通过饮食补充相关化合物改善线粒体功能障碍和睾丸衰老的潜在治疗策略	研究主要在果蝇模型中进行，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索线粒体在睾丸衰老过程中影响精子发生的分子机制	果蝇睾丸组织	分子生物学	男性不育	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、转录组-代谢组关联分析、液相色谱-串联质谱	果蝇基因敲除模型	基因表达数据、代谢组数据、蛋白质相互作用数据	Vha68-3基因敲除果蝇
23	2025-05-11	S100A9 as a potential novel target for experimental autoimmune cystitis and interstitial cystitis/bladder pain syndrome 2025-May-09, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00763-5 PMID:40346703	研究论文	本文探讨了S100A9作为实验性自身免疫性膀胱炎和间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征（IC/BPS）潜在新靶点的重要性	发现S100A9在IC/BPS和EAC中作为重要的促炎和致病分子，并验证了通过抑制S100A9或其信号通路可显著减轻病理过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验验证	阐明IC/BPS的关键靶点和潜在机制，寻找有效治疗靶点	实验性自身免疫性膀胱炎（EAC）小鼠模型和IC/BPS患者	分子生物学	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	单细胞RNA测序、蛋白质组测序、分子生物学实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	NA
24	2025-05-11	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其免疫细胞群	首次构建小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，明确了分泌细胞的转录组特征和免疫细胞群的组成	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	理解精囊这一研究较少的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
25	2025-05-11	Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis 2025-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02521-3 PMID:40338428	research paper	本研究通过单细胞和批量转录组测序技术，探讨了结直肠癌（CRC）患者中昼夜节律（CR）的失调情况，并构建了CR亚型分类器，深入分析了不同CR簇的预后意义、肿瘤微环境状态及对免疫检查点阻断（ICB）疗法的反应	首次结合单细胞和批量转录组测序技术系统研究CRC中CR的失调，并开发了CR评分系统（CRS）用于预测患者总体生存率，同时鉴定了多个影响CRC预后的潜在靶基因	研究样本量未明确说明，且CR与CRC关系的机制仍需进一步实验验证	探究昼夜节律失调在结直肠肿瘤发生中的作用，并开发基于CR相关基因的预后评估工具	结直肠癌患者组织样本（肿瘤与正常组织）	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	machine learning-based CR scoring system (CRS)	transcriptome sequencing data	NA
26	2025-05-11	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	research paper	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示T细胞耗竭中的关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于内在随机性和稀疏性带来的细胞聚类和细胞类型特异性网络推断的挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	转录组数据	NA
27	2025-05-11	The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis 2025-May-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00585-3 PMID:40341189	research paper	通过单细胞RNA测序分析LGR5+细胞的癌症干细胞特性，探讨其对肺癌风险的影响	识别出LGR5+干细胞是肺腺癌进展的主要贡献者，并发现其枢纽基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导了独特的转录状态	研究仅基于公开数据库GSE149655的数据，未涉及更大规模的独立验证	探索肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用	肺腺癌组织样本及BEAS-2B和A549细胞系	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, wound healing, trans-well assays, EdU tests, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE149655数据集中的单细胞RNA测序数据及体外实验使用的BEAS-2B和A549细胞系
28	2025-05-11	Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma 2025-May-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07698-7 PMID:40341358	研究论文	本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后中的作用，揭示了其作为独立预后标志物的潜力	首次通过scRNA-seq和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性，并验证了其作为独立预后标志物的价值	研究仅基于TCGA数据库的数据，需要进一步实验验证MIOX的功能机制	探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	癌症基因组学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归分析, Kaplan-Meier分析	NA	基因表达数据	TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本
29	2025-05-11	Unraveling Tissue Complexity Through Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-May-08, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500710 PMID:40342283	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
30	2025-05-11	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-May-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞的作用及其对免疫微环境的影响	首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋进展中的关键作用及其与单核巨噬细胞的相互作用	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	开发针对深龋的治疗策略	牙髓干细胞(DPSCs)和深龋病变组织	牙科医学	龋齿	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC和RNA-seq	NA	基因表达数据和细胞表型数据	人类和小鼠模型的牙髓组织样本
31	2025-05-11	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A在肝细胞癌中通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗效果的机制	发现PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，并揭示了其在调节抗肿瘤免疫中的作用	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制	肝细胞癌细胞和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	体外培养细胞和动物模型
32	2025-05-11	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析研究小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，识别细胞类型特异性标记基因，揭示干旱响应机制的细胞异质性	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及自然干旱条件下的验证	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和易旱小麦幼苗的叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	抗旱和易旱小麦幼苗叶片细胞
33	2025-05-11	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	research paper	研究头颈癌中成熟三级淋巴结构（mTLS）通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞，从而支持CD8+ T细胞活化的新机制	研究仅针对头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者，未涉及其他癌症类型	探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤组织样本（具体数量未提及）
34	2025-05-11	Spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in EBV positive diffuse large B cell lymphoma 2025-May-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00410-x PMID:40335578	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境异质性及其与预后的关系	首次整合10X Visium空间转录组学和scRNA-seq技术，揭示EBV+DLBCL中PD-1/PD-L1信号通路的免疫抑制特性，并验证PD-1/PD-L1抑制剂BMS202的治疗潜力	研究样本量未明确说明，且功能验证仅限于EBV+Farage细胞系	探究EBV+DLBCL肿瘤微环境异质性及其对患者生存的影响	EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤（EBV+DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	10X Visium空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
35	2025-05-11	Immunodynamic axis of fibroblast-driven neutrophil infiltration in acute pancreatitis: NF-κB-HIF-1α-CXCL1 2025-May-07, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00734-6 PMID:40335899	研究论文	本研究揭示了成纤维细胞通过NF-κB-HIF-1α-CXCL1信号轴驱动中性粒细胞浸润在急性胰腺炎中的免疫动力学机制	首次证明成纤维细胞激活是中性粒细胞浸润的免疫驱动因素之一，并阐明NF-κB-HIF-1α通路驱动的糖酵解是成纤维细胞分泌CXCL1趋化中性粒细胞的内在分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证不足	阐明急性胰腺炎中成纤维细胞驱动中性粒细胞过度浸润的分子机制	C57BL/6J小鼠模型和人类胰腺星状细胞	免疫学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞迁移实验、细胞转染、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、共免疫沉淀(co-IP)	小鼠急性胰腺炎模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用C57BL/6J小鼠和人类胰腺星状细胞
36	2025-05-11	Surgery/anesthesia may cause monocytes to promote tumor development 2025-May-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01213-6 PMID:40335909	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了手术/麻醉对围手术期外周血单个核细胞的影响	首次在围手术期使用单细胞测序技术深入分析手术/麻醉对免疫细胞的影响，特别是发现单核细胞可能促进肿瘤发展	样本量较小（仅4名患者），观察时间较短（仅48小时）	研究手术/麻醉对围手术期患者免疫系统的影响	接受大手术患者的围手术期外周血单个核细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序, RT-PCR	NA	单细胞RNA测序数据	4名手术患者
37	2025-05-11	PAQR5 drives the malignant progression and shapes the immunosuppressive microenvironment of hepatocellular carcinoma by activating the NF-κB signaling 2025-May-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00785-z PMID:40336138	研究论文	本研究揭示了PAQR5通过激活NF-κB信号通路促进肝细胞癌（HCC）恶性进展和免疫抑制微环境形成的分子机制	首次系统阐明了PAQR5在HCC中的致癌作用机制，并通过多组学分析和实验验证揭示了其通过ERK/NF-κB信号轴驱动肿瘤进展的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PAQR5在肝细胞癌进展中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境的调控	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肝细胞癌	多组学分析（包括bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组）、体外实验和体内实验	NA	转录组数据、实验数据	未明确说明具体样本量，但涉及多个转录组队列和实验模型
38	2025-05-11	Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences 2025-May-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02013-z PMID:40336141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中不同细胞类型和性别的转录组变化，揭示了tauopathy中性别特异性和年龄依赖性的分子机制	首次在THY-Tau22小鼠模型中系统研究了性别特异性和性别二态性转录组变化，并揭示了这些变化在年龄增长过程中的演变规律	研究仅基于小鼠模型，虽然与人类AD数据进行了比较，但仍需进一步验证这些发现在人类中的适用性	理解AD相关tauopathy中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性和年龄依赖性	THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	THY-Tau22小鼠模型	转录组数据	17月龄和7月龄的THY-Tau22和野生型小鼠皮质组织
39	2025-05-11	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	研究探讨了在鼠胰腺导管腺癌模型中，联合阻断LIF和PD-L1如何增强立体定向体部放疗的抗肿瘤效果	首次展示了同时抑制LIF和PD-L1能显著增强SBRT的抗肿瘤效果，并揭示了其免疫调节机制	研究仅基于鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索联合靶向LIF和PD-L1的治疗策略以增强放疗效果	鼠胰腺导管腺癌模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	多个鼠胰腺肿瘤模型
40	2025-05-11	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出了一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过四个主要计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和去卷积）推算单细胞基因表达轨迹，为研究异质性刺激响应提供新工具	未提及方法在特定数据集上的性能限制或适用范围限制	开发从破坏性单细胞测序数据中重建基因表达动态变化轨迹的计算方法	时间序列单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	NA