单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-06	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据进行垂直整合聚类分析，避免了将scATAC-seq数据转换为基因活性评分的需求	需要配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
82	2025-07-06	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	通过调节大孔支架的组成，增强免疫干细胞间的相互作用，实现稳健的骨再生	开发了一种可调节明胶（Gel）和硫酸软骨素（CS）比例的大孔微带支架，无需外源生长因子或细胞即可促进内源性骨再生	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，尚未在人体中进行验证	探索通过调节免疫干细胞相互作用增强骨再生的方法	巨噬细胞（Mφ）和间充质干细胞（MSC）	生物材料	骨缺损	单细胞测序（scRNAseq）、CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
83	2025-07-06	Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes 2025-Jul-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013 PMID:40614737	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤(FL)中滤泡T细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用	发现了转录和空间上独特的非T滤泡辅助T细胞亚群，这些亚群具有增强的抗肿瘤特性并形成独特的空间生态位	未明确说明样本量大小，且机制研究仍需进一步验证	探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其临床意义	滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞	肿瘤免疫学	淋巴瘤	单细胞多组学分析、空间分辨单细胞转录组学、多重蛋白分析	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
84	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
85	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Jun-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
86	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
87	2025-07-06	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在LN2A模型中显著富集	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制基因在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的作用	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten、LN2A）
88	2025-07-06	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析，揭示了AP-1转录因子家族成员在组织驻留记忆T细胞（TRM）发育和功能中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，并首次揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM中的重要作用	研究主要关注CD8+ TRM细胞，未涵盖其他类型的TRM细胞	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA测序数据
89	2025-07-06	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，模拟了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的关键临床表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够模拟HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅包含三种主要细胞类型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	研究HGSC肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对癌症表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D肿瘤模型	基因表达数据、荧光标记图像	使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8三种HGSC细胞系、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
90	2025-07-06	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	介绍了一种名为STAMP的新方法，用于通过成像平台进行单细胞转录组学分析和多模态分析	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的高效单细胞基因组学分析，并支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析，同时保留细胞结构和形态	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	单细胞基因组学	NA	转录组学和蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
91	2025-07-06	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	首次在单细胞水平揭示了3/4组髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件发生在晚期并通常为亚克隆	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质高通量测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
92	2025-07-06	High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation 2025-May-29, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041 PMID:40449655	研究论文	本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和多重误差稳健FISH验证，对人类皮脂腺进行了全面的分子分析，揭示了皮脂细胞分化的四个不同阶段及其独特的基因标记	首次提供了人类皮脂腺的高分辨率空间图谱，揭示了皮脂细胞分化的动态复杂过程以及之前未报道的基因标记	研究主要基于人类样本，但未涉及与其他物种（如小鼠）的直接比较，可能限制了对物种间差异的理解	深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制，为皮脂腺相关疾病（如痤疮）的治疗提供理论基础	人类皮脂腺及其皮脂细胞分化过程	空间转录组学	痤疮、脂溢性皮炎、脱发	Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序、多重误差稳健FISH	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
93	2025-07-06	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	research paper	该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（aboral）细胞类型的共同特征和谱系特异性，并发现牛磺酸在调控幼虫定居中的抑制作用	首次整合多物种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，鉴定aboral端保守细胞类型特征，并发现牛磺酸代谢在定居调控中的新功能	研究仅涵盖三种刺胞动物物种，结论在其他类群中的普适性有待验证	解析刺胞动物幼虫定居行为的细胞与分子调控机制	水母（Clytia）和珊瑚（Acropora、Pocillopora）的浮浪幼虫	evolutionary developmental biology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物幼虫样本
94	2025-07-06	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程在癌症中的作用	揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型，人类癌症样本的验证尚不充分	探索TAMs的发育轨迹及其在癌症免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本
95	2025-07-06	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械刺激下的功能	研究主要基于大鼠模型，人类样本数据较少	探讨Mkx在牙周韧带机械转导中的作用及其对骨重塑的影响	大鼠和人类牙周韧带细胞	分子生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带细胞及人类牙周韧带细胞
96	2025-07-06	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的关键作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化促进疾病进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	阐明牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	牙周炎小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	免疫学	牙周炎	单细胞测序	NA	测序数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本（具体数量未明确说明）
97	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	research paper	该研究评估了基因型分型去复用方法在单核多组学测序实验中的表现，特别是在存在环境RNA/DNA污染的情况下	开发了ambisim，一种能够灵活控制环境分子比例并生成真实联合snRNA/snATAC数据的基因型感知读取水平模拟器	研究主要基于模拟数据，虽然也应用于两个真实数据集，但样本量可能有限	评估和改进单核多组学测序实验中的样本去复用方法	单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	单核多组学测序(snRNA/snATAC assays)	NA	基因组测序数据	两个真实的联合snRNA/snATAC数据集
98	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636969 PMID:39975005	research paper	本文评估了在单核多组学测序实验中环境污染物对基于基因型的去复用方法的影响，并开发了一个新的模拟器ambisim来模拟环境分子比例	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据	研究主要基于模拟数据，实际数据验证有限	评估环境污染物对单核多组学测序实验中去复用方法的影响	单核多组学测序数据，特别是snATAC-seq和联合snRNA/snATAC实验	生物信息学	NA	单核多组学测序，snATAC-seq，snRNA-seq	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
99	2025-07-06	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了五个新的HCC预后生物标志物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源有限（主要依赖公共数据库）	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并寻找预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险评分模型, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA-HCC、ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的HCC样本
100	2025-07-06	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	综述	本文全面探讨和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前沿技术及其未来发展潜力	综述了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物检测中的应用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA