单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-13	Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410095122 PMID:40067893	research paper	该研究探讨了在Duchenne肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增及其致病性激活的机制	揭示了在CCR2缺陷小鼠中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活，以及FAPs通过CSF-1刺激巨噬细胞增殖的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类DMD患者	探究DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增机制及其致病作用	mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和对照小鼠	生物医学	Duchenne肌营养不良症	单细胞RNA测序分析和基于谱系追踪的巨噬细胞起源研究	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
82	2025-05-13	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	research paper	该研究探讨了高强度压力通过触发毛囊干细胞的细胞周期阻滞来阻碍毛囊生长的具体机制	揭示了高强度压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP通路抑制毛囊生长的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究高强度压力对毛囊生长的抑制作用及其分子机制	小鼠毛囊干细胞和HaCaT细胞	细胞生物学	脱发	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
83	2025-05-13	Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways 2025-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57667-z PMID:40069153	研究论文	研究人类和大鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系	揭示了人类和大鼠在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动方面的物种特异性差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	研究主要依赖于动物实验和实验室培养的细胞模型，可能无法完全反映人类气道的复杂性	理解气道结构如何影响黏液纤毛清除功能，并建立更准确的人类气道疾病模型	人类和大鼠的气道组织	NA	慢性阻塞性肺病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学和基于物理的建模	NA	NA	NA
84	2025-05-13	A highland-adaptation variant near MCUR1 reduces its transcription and attenuates erythrogenesis in Tibetans 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100782 PMID:40043709	研究论文	通过全基因组测序和功能研究，揭示了MCUR1基因在高原适应中的新作用及其对红细胞生成的调控机制	首次发现MCUR1基因在高原适应中的关键作用，揭示了线粒体钙稳态通过CAMKK2-AMPK-mTOR轴调控红细胞生成的新机制	未明确说明样本量是否足够大以代表整个藏族和汉族人群	探索高原适应的遗传机制，特别是与红细胞生成相关的基因	藏族高原居民和汉族低地居民	基因组学	高原适应相关疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及藏族高原居民和汉族低地居民
85	2025-05-13	Single-cell profiling reveals the intratumor heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in cervical adenocarcinoma 2025-Mar-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97335 PMID:40066698	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了宫颈腺癌（ADC）与鳞状细胞癌（SCC）在肿瘤免疫微环境和异质性方面的差异	发现了ADC特有的上皮细胞亚群Epi_10_CYSTM1及其通过ALCAM-CD6信号招募调节性T细胞（Tregs）的机制，同时Tregs通过TGFβ信号诱导Epi_10_CYSTM1的干性特征	样本量相对较小（11例ADC和4例SCC），可能影响结果的普遍性	探究宫颈腺癌（ADC）与鳞状细胞癌（SCC）在肿瘤免疫微环境和异质性方面的差异	宫颈腺癌（ADC）和鳞状细胞癌（SCC）患者肿瘤组织	digital pathology	cervical cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	11例ADC肿瘤组织和4例SCC肿瘤组织
86	2025-05-13	Infusing structural assumptions into dimensionality reduction for single-cell RNA sequencing data to identify small gene sets 2025-Mar-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07872-9 PMID:40069486	研究论文	本文提出了一种结合无监督深度学习和提升方法的增强自编码器(BAE)方法，用于单细胞RNA测序数据的降维，并识别小基因集	结合无监督深度学习和提升方法，将生物学合理假设融入降维过程，并能够识别解释潜在维度的小基因集	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维方法，以更好地探索细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器(BAE)	基因表达数据	NA
87	2025-05-13	PTN activity in quiescent neural stem cells mediates Shank3 overexpression-induced manic behavior 2025-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57699-5 PMID:40069581	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Shank3过表达导致的躁狂行为中静止神经干细胞（qNSC）的异常活动及其释放的多效生长因子（PTN）的关键作用	发现PTN在qNSCs中的异常活动是Shank3过表达诱导躁狂样行为的关键因素，并提出了针对PTN的干预策略作为潜在治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中得到验证	探索躁狂发作的分子机制并寻找潜在治疗靶点	Shank3过表达的小鼠模型及其静止神经干细胞（qNSC）	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	NA
88	2025-05-13	mpECs with high Piezo2 expression promote fracture healing by driving angiogenesis through the Notch signaling pathway 2025-Mar-11, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-025-08476-4 PMID:40069682	研究论文	研究探讨了高表达Piezo2的mpECs通过Notch信号通路促进血管生成从而加速骨折愈合的机制	首次揭示了Piezo2通过调控Notch信号通路影响内皮细胞表型并促进血管生成的新机制	研究主要基于体外实验（HUVECs），需要进一步体内实验验证	探索促进骨折愈合的血管生成信号分子及相关通路	内皮细胞亚群（mpECs）和人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	细胞生物学	骨折	scRNA-seq、shRNA转染、CCK-8检测、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用HUVECs进行体外实验
89	2025-05-13	Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy 2025-Mar-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06320-w PMID:40069725	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，首次鉴定出一种与乳酸代谢和增殖相关的新型小胶质细胞亚群MKI67+ microglia，并揭示了其在糖尿病视网膜病变(PDR)中促进新生血管形成的机制	首次鉴定出MKI67+ microglia这一新型小胶质细胞亚群，并阐明其通过SPP1-ITGA4信号通路促进血管生成的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中验证这些发现	探究乳酸代谢在糖尿病视网膜病变(PDR)病理新生血管形成中的作用机制	PDR患者和小鼠模型中的小胶质细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明患者数量，使用小鼠模型进行验证
90	2025-05-13	AnomalGRN: deciphering single-cell gene regulation network with graph anomaly detection 2025-Mar-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02177-z PMID:40069807	research paper	提出了一种名为AnomalGRN的模型，通过图异常检测技术解析单细胞基因调控网络	首次将异常检测技术应用于基因调控网络分析，并引入余弦度量规则和图形结构稀疏化技术	未明确提及具体局限性	解析单细胞基因调控网络中的复杂调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图异常检测(GAD)	AnomalGRN	基因表达数据	NA
91	2025-05-13	Single-cell RNA-seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-seq by genetic and contextual information 2025-Mar-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03495-9 PMID:40069819	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和预期组织驻留细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够根据遗传起源和上下文信息分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞	NA	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液细胞污染问题	单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和组织驻留细胞	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Originator	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集，包括胰腺癌和胎盘样本
92	2025-05-13	Young fibroblast-derived migrasomes alleviate keratinocyte senescence and enhance wound healing in aged skin 2025-Mar-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03293-2 PMID:40069826	research paper	研究探讨了年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞的影响及其在老年皮肤伤口愈合中的作用	首次揭示了迁移体形成能力与皮肤衰老进程的关系，并发现年轻成纤维细胞来源的迁移体可减轻角质形成细胞的衰老并促进老年皮肤伤口愈合	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索细胞衰老与迁移体形成的关系，以及年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞和老年皮肤伤口愈合的影响	小鼠皮肤成纤维细胞、HaCaT细胞、自然衰老小鼠	细胞生物学	皮肤衰老	scRNA-seq、mIHC、TEM、SEM、WGA染色	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠皮肤样本和HaCaT细胞
93	2025-05-13	Single-cell transcriptomics analysis reveals that the tumor-infiltrating B cells determine the indolent fate of papillary thyroid carcinoma 2025-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03341-7 PMID:40069827	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤浸润B细胞在决定乳头状甲状腺癌惰性命运中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析了早期乳头状甲状腺癌的细胞差异，并发现了肿瘤浸润B细胞（特别是生发中心B细胞）在惰性PTC中的关键作用	样本量相对较小（10例用于scRNA-seq分析，25例用于验证），且研究结果需要在更大规模的队列中进一步验证	识别惰性和进展性乳头状甲状腺癌之间的差异，寻找新的生物标志物和治疗策略靶点	早期乳头状甲状腺癌肿瘤组织	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养、迁移实验、免疫荧光染色、流式细胞术、TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据、临床样本数据	10例早期PTC肿瘤用于scRNA-seq分析，25例用于验证
94	2025-05-13	Enhanced mitochondrial function and delivery from adipose-derived stem cell spheres via the EZH2-H3K27me3-PPARγ pathway for advanced therapy 2025-Mar-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04164-1 PMID:40069892	研究论文	本研究探讨了人类脂肪来源干细胞（ASCs）在形态转变过程中组蛋白修饰和线粒体动力学的具体作用，揭示了ASC球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ途径增强线粒体功能和递送效率的机制	首次发现并验证了EZH2-H3K27me3-PPARγ通路在增强ASC球体线粒体功能和递送效率中的关键作用，为再生医学提供了新的治疗策略	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证其效果	阐明ASC球体形成增强线粒体功能、递送和救援效率的分子机制	人类脂肪来源干细胞（ASCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、Ingenuity Pathway Analysis（IPA）、MitoTracker染色、Seahorse XF分析、ATP发光测定	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、线粒体形态数据	未明确说明样本数量，使用人类脂肪来源干细胞进行实验
95	2025-05-13	Modulating lipid metabolism by nanoparticles (NPs)-mediated ACSL3 silencing to inhibit hepatocellular carcinoma growth and metastasis 2025-Mar-10, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02274-1 PMID:40059153	研究论文	通过纳米颗粒介导的ACSL3沉默调节脂质代谢以抑制肝细胞癌的生长和转移	揭示了ACSL3在肝细胞癌中的重要作用，并开发了一种新型纳米颗粒平台用于系统性递送ACSL3 siRNA	ACSL3的具体作用机制尚未完全阐明，且纳米颗粒平台的临床应用效果有待进一步验证	研究ACSL3在肝细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌患者及ACSL3基因	纳米医学	肝细胞癌	蛋白质组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	肝细胞癌患者的蛋白质组和单细胞RNA测序数据
96	2025-05-13	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	research paper	该研究探讨了NAD+补充如何通过激活肾小管代谢来预防慢性肾病	首次揭示了NAD+补充通过刺激肾PPARα信号通路和恢复近端小管脂肪酸氧化来保护肾脏的机制，并首次在Alport小鼠模型中报告了转录水平的性别差异	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究NAD+补充预防慢性肾病的机制	Alport综合征小鼠模型	NA	chronic kidney disease	bulk RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、成像数据、生化检测数据	Alport综合征小鼠模型
97	2025-05-13	Altered inflammatory mucosal signatures within their spatial and cellular context during active ileal Crohn's disease 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171783 PMID:40059828	研究论文	该研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术，探讨了克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的黏膜特征及其空间和细胞背景	首次将空间转录组学与单细胞转录组学相结合研究CD炎症特征，揭示了上皮细胞在炎症过程中作为MHC II类通路潜在介导者的新作用	研究仅使用手术切除的冷冻组织样本，可能无法完全反映疾病早期阶段的特征	深入了解克罗恩病特有的炎症特征并克服单细胞RNA测序的局限性	克罗恩病患者回肠黏膜组织	数字病理学	克罗恩病	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量的克罗恩病手术组织
98	2025-05-13	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	研究论文	该研究揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次发现SUV39H1通过调控染色质状态维持GSCs特性，并证实其抑制剂Chaetocin可增强化疗敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索胶质母细胞瘤干细胞维持机制并寻找治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 全细胞RNA-seq	患者来源异种移植模型（PDX）	基因组数据	未明确样本数量（包含患者组织和PDX模型）
99	2025-05-13	Integrative single cell transcriptomic analysis reveals 3p deletion associated tumor microenvironment and chemoresistance in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92078-6 PMID:40064955	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示3p缺失与头颈部鳞状细胞癌的肿瘤微环境及化疗耐药性相关	首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示3p缺失对HNSCC肿瘤微环境、免疫细胞浸润及治疗反应的影响，并识别出与生存相关的关键基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证所有发现	阐明3p缺失对HNSCC肿瘤微环境、免疫细胞浸润及治疗反应的影响，以发现新的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、RT-qPCR、Western blotting、CCK8实验	LASSO算法、Cox回归分析	RNA测序数据、蛋白质表达数据	来自GEO和TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确说明
100	2025-05-13	Investigating ferroptosis-related genes NFE2L2 in neutrophils for ankylosing spondylitis: therapeutic potential of cassia twigs 2025-Mar-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88775-x PMID:40064975	研究论文	探讨铁死亡相关基因NFE2L2在中性粒细胞中对强直性脊柱炎的作用及中药肉桂的治疗潜力	首次将铁死亡基因NFE2L2与强直性脊柱炎的中性粒细胞关联，并验证中药肉桂通过作用于该基因蛋白结构治疗疾病的潜力	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	揭示铁死亡与免疫细胞在强直性脊柱炎中的关系及中药治疗机制	强直性脊柱炎患者临床数据、转录组数据、单细胞测序数据及铁死亡相关基因	生物信息学	强直性脊柱炎	单细胞测序、转录组分析、分子对接	机器学习	临床数据、基因表达数据	NA